공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액을 계산함에 있어 면세공급가액 및 총공급가액에 쟁점보조금을 포함하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부

부가가치세 비과세사업(고유목적사업) 과세사업(수익사업)을 겸영하는 청구법인이 지자체로부터 지급받은 쟁점보조금은 비과세 영역의 공급가액으로 봄이 타당하고, 부가가치세 비과세 및 면세 사업과 관련된 매입세액은 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없으므로, 처분청이 쟁점보조금을 면세공급가액 및 총공급가액에 포함하여 공통매입세액 중 면세사업 관련 매입세액을 계산(불공제)하여 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2006.10.30.OOO을 위한 각종 사업을 추진하기 위한 목적으로설립허가를 받아, 2007.1.1. OOO가 출연하여 설립된 비영리법인으로, 2008년 제1기, 2012년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시, 2008년 및 2012년에 OOO로부터 지급받은 보조금 각OOO(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 공통매입세액 중 면세사업에 관련된매입세액을 계산함에 있어 총공급가액과 면세공급가액에 산입하지 아니하고 면세비율을 산정하였다.

나. 처분청은 2013.3.5.～2013.3.18. 기간 중 청구법인에 대한 부가가치세 환급 현지확인을 실시하여,쟁점보조금이 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되는 것으로 보아,공통매입세액 중 면세사업관련 매입세액을 재계산하여, 2013.7.11. 청구법인에게부가가치세 2008년 OOO을 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.9.27. 이의신청을 거쳐 2014.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점보조금은 비과세 사업에 대한 대가가 아니며, 비과세 사업은 무상으로 이루어졌거나 또는 저렴한 가액으로 이루어져 비과세 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하므로「부가가치세법 시행령」제61조의 규정은 유추적용할 수 없고, 쟁점이 되는 공통매입세액은 전기료, 경비료, 청소비 등으로 쟁점보조금과는 직·간접적으로 관계가 없는 것으로 청구법인의 당초 신고가 정당하며, 처분청이 과세의 근거로 삼은「부가가치세법 시행령」제61조제1항은 2013.2.25. 개정을 통해 비과세 사업을 포함한다고 개정된 것으로 법규를 소급 적용하여 과세하는 것은 부당한 것이므로이 건 부가가치세 부과처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로, 부가가치세 과세사업(대관 및 임대사업)과 관련이 없는 사업부분에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것인 바, 청구법인은 부가가치세가 과세되지 아니하는 비영리 문화행사를 주업으로 하면서 부수적으로 과세사업의 수입이 발생하는 공익법인으로서, 청구법인이 주 목적사업 수행을 위하여 OOO로부터 지급받는 보조금은 청구법인이 시행하는 비과세 사업의 대가에 해당하므로 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 쟁점보조금 수입을 비과세사업의 수입금액과 총공급가액에 포함하여 안분계산하는 것이 타당하며,「부가가치세법 시행령」제61조는 과세사업과 과세사업 외의 사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대한 합리적인 안분계산 방법을 규정하는 것으로 청구법인이 전체사업에 공통으로 사용하여 그 귀속이 불분명한 공통매입세액에 대하여 이를 적용하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

공통매입세액 중 면세사업에 관련된 매입세액을 계산함에 있어 면세공급가액 및 총공급가액에 쟁점보조금을 포함하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인은 OOO을 대표이사로 하여‘OOO 설립 및 조례’ 가 정하는 바에 의하여 지역문화예술 진흥을 위한 각종 사업을 추진하기 위해 2007.1.1 안산시가 설립한 비영리 공익법인으로,정관상 목적사업인 OOO 지역문화예술의 진흥과 시민의 문화수요 충족을 위한각종 문화예술사업을 운영하면서 쟁점보조금과 비영리 문화행사수행과정에서 부수적으로 발생하는 수익과 기타 대관료 수입을 재원으로 하고있으며, 쟁점보조금을 수익사업에서 발생하는 수익과 구분하여 운영하지 않고 있고, 고유목적사업의 일환으로 수행하는 비영리 문화행사에서 부수적으로 발생하는 수입을 면세사업수입금액으로, 기타의 대관료 수입을 과세사업수입금액으로 하여 부가가치세를 신고하였으며,전체 사업에서 공통으로 사용되어 귀속이 불분명한 공통매입세액을 안분계산함에 있어, 청구법인이 쟁점보조금에 대응하는 공익목적의 비과세사업이 포함되어 있음에도 불구하고 이를 고려하지 않고,목적 사업의 일환인 문화행사에서 부수적으로 발생하는 수입(면세사업수입금액)과 대관료 수입(과세사업수입금액)만을 기준으로 공통매입 세액을 안분계산함으로써 부가가치세 매입세액을 과다공제 신청하였다.

(2) 청구법인이 부가가치세를 신고할 당시 산출한 공통매입세액 중 면세사업관련 매입세액은 아래 <표1>과 같으며, 처분청은 공통매입세액 중 면세사업관련 매입세액을 계산하면서, 쟁점보조금 각각 2008년 OOO이 면세공급가액 및 총공급가액에 포함되는 것으로 보아 아래 <표2>와 같은 계산방법으로 공통매입세액 중 면세사업관련 매입세액을 산출하였다.

<표1>

과세기간별 매입세액 구분OOO<표 2>

* 공통매입세액 중 면세사업관련 매입세액(①+②)

① 1차 안분 : 공통매입세액 中 보조금 수입관련 불공제액 계산

각 과세기간에 발생한 공통매입세액 × 각 과세기간에 발생한 공통매입세액 ×

② 2차 안분 : 공통매입세액 中 면세공급가액 해 당 분 불공제액 계산

(각 과세기간에 발생한 공통매입세액- ①) × (각 과세기간에 발생한 공통매입세액- ①) ×

(3) 청구법인은 아래에서 보는바와 같이 쟁점보조금이 비과세 사업의 대가가 아닌 무상 또는 저렴하게 이루어진 공급가액이 없는 경우에 해당하므로 쟁점보조금을 공통매입세액 중 면세사업에 관련 매입세액을 계산함에 있어 총공급가액과 면세공급가액에 산입하지 아니하는 것이 타당하다고 주장한다. (가) 청구법인은 당초 OOO에서 운영하던 OOO을 운영하기 위하여 설립된 법인으로 영리목적보다는 시민의 문화욕구를 충족시키기 위한 사업활동을 하며 이 과정에서 실비를 받거나 무상으로 사업활동을 수행하고 있고, 영리를 목적으로 주 사업을 수행하지 아니함에 따라 자체수입이 실비보전 또는 무상으로 이루어져 사업활동에 따른 비용을 주로 쟁점보조금에 의존하고 있으며, 쟁점보조금은 특정, 개별 사업에 대한 보조가 아닌 승인된 지출예산을 자체 수익으로 충당한 나머지 부분을 보전받는 것으로 사업진행과 무관하게 연초에 지급받으며 청구법인은 쟁점보조금과 자체수익을 구분하여 지출 경리하지는 아니하였다.

(나) 쟁점보조금은 비과세 사업에 대한 대가가 아니고, 청구법인의 본래 목적사업인 비과세 사업은 무상으로 이루어졌거나 또는 저렴한 가액으로 이루어져 비과세 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당하는바,「부가가치세법」제13조제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조에는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금은 과세표준에서 제외한다고 하고 있고, 청구법인이 제공하는 용역 중 OOO에 직접 제공되는 것은 없어 부가가치세 과세표준에서 제외하여 부가가치세를 신고하였으며,「부가가치세법」제7조제3항은 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다고 하여 무상 용역공급의 경우 가치 평가가 곤란하므로 과세대상으로 보지 않고 있는 것으로 보이고, 이에 따라 무상 용역제공과 직접 관련된 비용의 부가가치세는 처음부터 사업과 관련없는 비용으로 보고 불공제 하였고,청구법인의 경우 공급에 따른 대가가 조금이라도 발생하면 과세사업 또는 면세사업으로 판단하여 부가가치세 계산에 반영하였는바, 매출의 누락이 없는 청구법인의 신고내용상 비과세 사업은 전부 무상으로 공급이 이루어진 경우에 해당하여 비과세 사업의 공급가액은 “0”인 경우에 해당하므로 구「부가가치세법 시행령」제61조제1항을 유추적용할 수 없으며, “0”인 금액을 포함하여 부가가치세를 재 안분계산하여도 청구법인이 당초 신고한 내용과 동일하며,무상으로 이루어진 비과세 사업부분에 대한 대가를 달리 산정할 방법이 없으므로, 쟁점보조금 자체를 비과세 사업의 대가로 보겠다는 처분청의주장은,「부가가치세법」제13조제1항 제4호에서 무상이나 저렴한 용역제공의 경우 특수관계에 있는 자와의 거래에 한정하여 시가로 과세표준을계산하도록 하고 있는 규정에 비추어 보아도, 불특정한 다수의 제3자(주로OOO 시민)에게 용역을 무상 또는

저렴하게 제공한 청구법인의 경우, 무상용역에대하여 그 과세표준을 시가로 계산하려고 하는 자체가 법률의 규정을 위반하고있는 것이므로무상으로 이루어진 비과세 사업의 대가를 산정하기 위해서는법률의정비를 통해 과세체계를 갖춘 후 이루어져야 하는 것이지, 다른방법이 없으므로 보조금을 비과세사업의 대가로 보겠다는 것은 처분청의 판단은 법규를 확장 해석한 것으로 부당한 처분이다. (다) 처분청이 과세근거로 삼은「부가가치세법 시행령」제61조제1항은 2013.2.25. 비과세 사업을 포함하는 것으로 개정되었으므로 당해 조항이 과거에 관행적으로 적용되고 있었다고 주장하는 것은조세법률주의 원칙에 위배된 처분이고, 보통의 납세자는 구 법령에 개정규정의 내용이 포함되어 있다는 사실을 알 수도 없는 바, 청구법인이 지방자치단체의 산하기관이라는 점에서 탈세를 목적으로 임의로 법규해석을 하지 않을 것이므로 이 건은 처분청의 무리한 법규해석에 따른 잘못된 처분이며,청구법인과 같은 형태로 운영되는 다른 시군와 달리 청구법인에게만 달리 법규해석을 하여 부가가치세를 부과한 처분은 신의성실의 원칙에도 위배된 처분이다.

(4) 이에 대하여 처분청은 비과세사업을 주목적으로 하며 일부 과세사업을 겸영하는 청구법인이 전체 사업에 공통으로 사용하여 귀속이 불분명한 공통매입세액에 대하여 이를 안분계산하여 과세한 처분은 아래와 같은 사유로 정당하다는 의견이다. (가) 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이므로, 부가가치세 과세사업(대관 및 임대사업)과 관련이 없는 사업부분에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것으로, 청구법인의 본래 업무는 ‘지역문화예술의 진흥과 시민의 문화수요 충족을 위한 문화예술사업’으로 영리를 목적으로 하지 않는 공익목적의 비영리 문화사업에 해당하고, 본래 업무 외에 부수적 수익사업으로 임대 및 대관사업을 영위하고 있다.

(나) 청구법인이 수행하는 본래 업무(목적사업)의 주 수입원은 쟁점보조금과 영리를 목적으로 하지 않는 문화행사 등에서 발생하는 수입으로 2012년 경우 전체 수입의 90.5%에 해당하고, 과세사업인 대관료 사업의 수입금액은 OOO으로 전체 사업수입의 9.5%에 불과하나, 청구법인은 2012년 귀속 부가가치세 신고시 전체 사업에서 사용된 공통매입가액 OOO 중 과세사업에 해당하는 공통매입가액을 OOO으로 하여 전체 공통매입의 43.3%에 해당하는 것으로 신고하였는데, 이는 과세사업 수입금액의 128.1%에 해당하는 금액이며, 청구법인은 연간 사업운영자금으로 OOO원(2012년기준)을 사용하고 있고, 이 중 대관사업을 하지 않는다 하더라도 일상적으로 발생되는 시설운영비·청소용역비·경비비 등으로 상당의 비용을 지출하는 공익법인이고, 과세사업은 청구법인의 주 목적사업도 아니며, 시설 전체를 장기간 임대하는 임대사업도 아닌 ‘특정시설을 짧은 기간대여하는 대관업’에 불과함에도, 전체사업 운영자금의 9.5%의 비중밖에 차지하지 않는 과세사업OOO에 전체사업 공통경비의 43.3%OOO에 해당하는 금액을 매입세액으로 공제하는 것은 과세사업과 관련없는 매입금액을 포함하여 공제하였다고 봄이 상당하다.

(다)「부가가치세법」제17조1항에서는 공제받을 매입세액으로 ‘자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액’으로 규정하고 있고, 동 조 2항 6호에서는 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 하고 있는 바, 청구법인의 본래 업무인 목적사업 수행을 위해 OOO로부터 지원받는 보조금을 고려하지 않고, 부수적으로 발생하는 과세사업(대관 및 임대사업)과 면세사업의 공급가액만을 합산한 가액만을 기준으로 공통매입세액 중 과세사업에 관한 부분을 안분계산하게 되면 그만큼 매출세액에서 공제받을 수 있는 매입세액이 부당하게 증가하는 결과를 초래하는데, 이는 과세사업에 관련된 매입세액만을 매출세액에서 공제하도록 한「부가가치세법」제17조의 취지에 명백히 위배되는 것이다(OOO법원2010누1826, 2011.7.7 같은 뜻).

(라) 청구법인은 ‘OOO 설립 및 운영 조례’ 와 ‘재단법인 OOO 정관’에서 정한 바와 같이 ‘지역문화예술의 진흥과 시민의 문화수요 충족 및 예술창작활동에 기여함으로써 OOO 구현에 이바지 함을 목적’으로 OOO가 출연하여 설립한 재단법인이고, 그 본래 업무가 OOO에서 설립한 문화예술시설의 운영 및 관리, 문화예술의 창작 보급, 축제기획 및 운영, 그 밖에 OOO이 위탁하는 사업을 수행하는 비영리 공익법인으로 OOO을 대신하여 OOO 문화예술시설을 관리하고, OOO시민을 위한 OOO 축제·한국현대미술 100인 초대전 등 비수익의 문화사업과 OOO 문화예술 진흥을 위한 비영리 문화예술사업 등 비과세사업을 시행하고 있는 바, 그 목적 달성을 위한 사업 수행을 위해 매년 사업계획서 및 예산서를 시장에게 제출하여 승인받고 그 사업계획과 예산서에 따라 OOO로부터 수령하는 보조금은 청구법인이 OOO를 위해 청구법인이 수행하는 비과세사업의 대가에 해당한다 할 것이므로 부가가치세 공통매입세액 안분계산시, OOO 보조금 수입을 비과세사업의 수입금액과 총공급가액에 포함하여 안분 계산함이 타당하다.〔기획재정부 부가가치세제과-266(2010.4.22.)〕(마) 또한 청구법인은 구「부가가치세법 시행령」제61조제1항의 규정은 2013.2.15. 개정에 의해 ‘비과세 사업을 포함’하는 것으로 개정된 바, 2013.2.15 이전 과세기간에 대한 공통매입세액 안분계산 방식으로써 구「부가가치세법 시행령」제61조를 적용하는 것은 법규의 소급적용으로 조세법률주의에 어긋난다고 주장하나, 구「부가가치세법」제17조는 납부세액을 계산할 때 과세사업과 관련된 매입세액은 공제하지만 부가가치세가 면제되거나 과세되지 않는 사업에 관련된 매입세액은 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 구「부가가치세법 시행령」제61조에서

과세사업과 과세사업 외의 사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 대한 합리적인 안분계산 방법을 규정하고 있는 것으로서 부가가치세가 과세되지 않는 비과세사업과 관련된 매입세액은 부가가치세 납부세액에서 공제할 수 없는 것이고, 공통매입세액의 안분계산방식에 대하여 과세사업과 면세사업 외에 비과세사업을 겸영하는 경우에도 구「부가가치세법 시행령」제61조의 규정의 유추적용에 대하여 판례는 일관되게 긍정의 판시를 하고 있는 바(대법원 2006.10.27 선고 2004두13288, 대법원 2011.9.8 선고 2009두16268 외), 공익목적의 비과세사업을 주 목적사업으로 하면서 일부 과세사업을 겸영하는 청구법인이 전체사업에 공통으로 사용하여 그 귀속이 불분명한 공통매입세액에 대하여 구「부가가치세법 시행령」제61조의 규정을 적용하여 공통매입세액을 안분 계산하여 부과 결정한 것으로 당초 처분은 정당하다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 공통매입세액을 안분계산하도록 규정하고 있는「부가가치세법 시행령」제61조제1항, 제4항의 내용과 그 취지 및 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액도 면세사업에 관련된 매입세액과 마찬가지로 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 점 등에 비추어, 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 유추 적용된다고 보는 것이 타당한 점(조심 2008전1764, 2009.9.30.,조심 2010중3799, 2010.12.29.,대법원 2004두13288, 2006.10.27. 참조), 청구법인은 지역문화예술 진흥을 위한 각종 사업을 추진하기 위하여 설립된 비영리 공익법인으로 부가가치세 과세사업 또는 면세사업 이외에 다양한 공익목적의 사업을 영위하고 있고, 그러한 사정이 감안되어 OOO로부터사업에 필요한 재원을 보조금으로 출연받아 충당하고 있는 것으로보이는바, 청구법인의 공익적 활동 중에는 부가가치세가 비과세되는 영역이 없다고 보기 어려우며, 그 중 비과세 사업의 규모를 공급가액으로 환산하기 매우 어려운 점을 감안하면 청구법인의 고유 목적사업에 사용되도록 지급되는 보조금을 비과세 영역의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 합리적인 것으로 보이는 점등을 종합하여 볼 때 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 부가가치세법(2012.7.1. 법률 제11129호로 개정된 것)제13조【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(價額)을 합한 금액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가

② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

3. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액제48조【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다.중략

⑩ 법 제13조제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것)제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액(3)부가가치세법 시행규칙 제18조의2【매입세액의 안분계산】

① 영 제61조제1항 및 제3항에서 "총공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 과세사업에 대한 공급가액과 면세사업에 대한 수입금액의 합계액을 말하며, "면세공급가액"이라 함은 공통매입세액에 관련된 당해과세기간의 면세사업에 대한 수입금액을 말한다.