조세특례제한법 제99조의3 에 따른 감면소득 계산방법

종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 이전까지의 양도소득은 조세특례제한법 제99조의3 에서 규정한 감면대상에 해당한다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 2000.3.15. OOO 소재 대지 96㎡ 및 위 지상 주택 72㎡(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 종전주택이 멸실되어 2004.10.15. OOOOO OOOO OOOO OOO OOOOOOO OOOO OOOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득한 후 이를 2008.4.3. OOO원에 양도하고 2008.5.23. 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였으나, 2009.11.25. 「조세특례제한법」 제99조의3 (2008.12.26, 법률 제9272호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의한 양도소득세 과세특례 규정에 따라 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 양도소득금액 OOO원 전액을 감면소득으로 하여 2010.1.28. 청구인에게 농어촌특별세 OOO원을 차감한 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득금액은 감면대상이 아니라고 보아 감면소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 재계산하여 2013.5.14. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청은 ‘종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일전까지’의 양도차익에 대하여 감면을 인정하지 아니하였으나 신축주택 취득일부터 5년이내 양도시 양도일 현재 전체 소득금액에 대하여 100% 감면을 하여야 한다. 청구인의 경우 신축주택 양도후 양도소득세 신고시 감면을 신청하지 않았다가 조합원도 일반분양자와 동일하게 신축주택 감면대상이 된다는 대법원 판결(대법원 2008두2026, 2008.05.29.)에 따라 경정청구를 하였고, 이에 처분청은 대하여 감면소득 전액에 대하여 환급한 바 있다. 감면대상금액을 산정하는 「 조세특례제한법 시행령」 제40조 의 산식{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}에서 분모 및 분자의 ‘취득당시의 기준시가’ 문언이 동일함에도 처분청이 분모의 ‘취득당시 기준시가’를 ‘종전주택 취득당시’의 기준시가로 보는 것은 자의적인 해석이고, 기존 예규(서면4팀-2109,2005.11.8.)에도 반하며, 「조세특례제한법 시행규칙」 별지 제37호 세액감면신청서의 내용에도 어긋난다. 1세대 1주택 비과세제도에서 부수토지 위의 주택 취득 후 양도소득만 비과세하는 것이 아니라 주택신축 이전의 토지 보유기간의 양도소득까지 비과세하는 것에 비추어 보면, 신축주택 감면의 경우에 있어서도 종전주택에 대하여 과세하지 않겠다는 뜻으로 보아야 한다.

처분청의 과세에 따르면 다른 조건이 똑같은 일반분양자와 조합원분양자의 감면금액은 많은 차이가 나는바 이는 양자 사이의 형평과 공평과세에 부합하지 못하고, 종전주택분에 대한 양도차익에 대한 감면관행은 납세자들에게 받아들여져 10년이 넘도록 평온하게 이루어져 왔음에도 이에 반하는 처분을 한 것은 소급과세금지원칙에 반하며, 부과제척기간 경과로 과세하지 못한 2005년 이전 양도한 납세자들과 2006년 이후 양도한 납세자 사이의 과세형평에도 문제가 있다.

(2) 처분청은 2009년 청구인의 경정청구에 대하여 종전주택 양도차익을 포함한 양도소득금액 전부에 대하여 감면을 인정하여 환급결정을 하였다. 종전주택 양도차익이 감면대상이 아닌 줄 알았다면 당연히 그에 맞게 신고하고 납부하였을 것이나 그 당시에는 처분청이나 납세자들 모두가 종전주택 양도차익이 감면대상인 줄 알고 있었다. 이는 청구인의 무지 또는 의무태만으로 볼 수 없으며 귀책사유를 청구인에게 지우기 어려운 정당한 사유가 있었다고 볼 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용함에 있어 그 감면대상은 신축주택의 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액인바, 종전주택의 취득일부터 신축주택 취득일전까지의 양도소득금액은 감면소득금액에 해당하지 아니하는 것(재산-227, 2009.1.20. 외 다수)이고, 감면대상에서 제외할 세액의 계산은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식을 적용하는바, 이는 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항과 그 수임규정인 같은 법 시행령 제99조의3 제2항의 입법취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것으로 보이므로, 동 산식상 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용하고 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 적용하여 계산하는 것이 타당하므로 관련 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(2) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자로 하여금 성실하게 세법에 정한 의무를 준수하도록 하는 의미도 있지만, 세법상의 법정납부기한과 납부일까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 정상적으로 납부한 자에 비하여 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 것이므로, 청구인이 납부하여야 할 세액에 미달한 세액에 대한 납부불성실가산세를 부과한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 「조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 신축주택의 양도소득세 감면소득 산정방식이 적법한지 여부

② 납부불성실가산세 부과의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 양도소득세 신고서 및 경정청구서 등 제출된 심리자료에 의하면, 청구인은 2000.3.15. 종전주택을 취득하여 보유하던 중 재개발로 인해 종전주택이 멸실되어 2004.10.15. 신축 주택을 취득한 후 이를 2008.4.3. OOO원에 양도하고 2008.5.23. 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부한바, 청구인은 OOO구역주택재개발조합원으로서 「 조세특례제한법」 제99조의3 에 따른 양도소득세 감면대상 신축주택 취득기간(2001.5.23～2003.6.30.) 이후인 2004.10.15. 신축주택을 취득하였으나, 아파트재건축조합원의 주택이 신축주택 취득기간 경과 후 사용승인(취득)되더라도 동 기간 내에 재건축조합과 일반분양자간에 계약체결 및 납부가 이루어진 경우는 감면 주택에 해당된다는 판결(대법원 2008두2026, 2008.5.29.)에 따라 2009.11.25. 「 조세특례제한법」제99조의3 에 의한 양도소득세 과세특례 규정에 의하여 2008년 귀속 양도소득세의 경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 양도소득금액 OOO원 전액을 감면소득으로 하여 2010.1.28. 청구인에게 농어촌특별세 OOO원을 차감한 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급한 것으로 나타난다.

(2) 양도소득세 결정결의서 등에 의하면, 청구인에 대한 2008년 귀속 양도소득세 환급 이후 처분청은 OOO지방국세청의 기획점검계획에 따라 신축주택 취득전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여, 「 조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항에 따라 ‘종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지’의 양도소득금액인 OOO,OOO,OOO 원에 감면비율[분모에는 신축주택 양도당시 기준시가(OOO원)에서 종전주택 취득당시 기준시가(OOO원)를 차감한 금액을, 분자에는 신축주택 양도당시 기준시가(OOO원)에서 신축주택 취득당시 기준시가(OOO원)를 차감한 금액]을 곱하여 감면대상 양도소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 재계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 2013.5.14. 이 건 양도소득세 OOO원을 경정·고지한 사실이 나타난다.

(3) 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항은 거주자가 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택 또는 자기가 건설한 신축주택의 경우에는 신축주택 취득기간 (2001.5.23～2003.6.30.) 내에 사용승인 또는 사용검사를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하고 있으며 「 조세특례제한법 시행령」 제99조의3 제2항에서 ‘법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제40조 제1항의 계산식은 ‘{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}’로 되어 있다.

(4) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식에 따라 감면대상 양도소득금액 산정함에 있어, 해당 산식 중 분모 및 분자에서 차감되는 취득당시 기준시가는 모두 신축주택 취득당시 기준시가로 하여 종전주택 양도차익을 포함한 양도소득금액 전부를 감면대상으로 인정하여야 한다고 주장하나, 「조세특례제한법」 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면, 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다(조심 2010서2935, 2011.6.30. 외 다수 참고).

(5) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 처분청이 2009년 청구인의 경정청구를 받아들여 종전주택 양도차익을 포함한 양도소득금액 전부에 대하여 환급하였던 점 등을 고려하면 귀책사유를 청구인에게 지우기 어려운 정당한 사유가 있으므로 납부불성실가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 납부불성실가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 그 납부의무의 이행을 확보하고자 하는 목적 외에도 세법상의 신고기한까지 납부되지 아니한 금액에 대하여는 그 이자액 상당의 금융혜택을 받은 것으로 보아 이를 회수보전하기 위한 목적도 포함되어 있는 점(조심 2008서1196, 2008.6.30. 등 참고), 종전 국세청 예규가 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니하고, 일반적으로 납세자의 경정청구에 대하여 처분청이 잘못된 환급결정을 하였다 하여 이를 과세관청의 공식적 견해표명이 있었다고 보기는 어려운 점(조심 2013서22, 2013.5.2. 및 조심 2011서2460, 2012.4.20. 등 참고) 등을 감안할 때, 처분청이 청구인에게 납부불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.