쟁점매입비용을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

청구법인과 쟁점시행사가 작성한 ‘합의서’에는 쟁점사업 부지확보 및 명도, 제한물권 해소를 청구법인이 담당하는 것으로 기재되어 있으나, 이는 공동사업약정서의 내용과는 상반되고, 약정서 체결 이후 2년이 지난 후로서, 청구법인이 쟁점매입처로부터 용역제공을 받았다고 주장하는 시기 이후이고, 2022년 제2기 부가가치세 신고기간 이후 작성된 것으로서 신빙성이 없어 보인다고 할 것인 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

1. 처분개요

가. 청구법인은 부동산 개발업자로서, 2022년 제2기 과세기간 중 OOO 외 현 주차장 용지에 공동주택 신축 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 진행하기로 하고, 부지확보 및 인허가 업무지원 등을 내용으로 주식회사 AAA(이하 “쟁점1매입처”라 한다)와 공급가액 OOO원 및 주식회사 BBB(이하 “쟁점2매입처”라 하고, 쟁점1매입처와 합하여 “쟁점매입처”라 한다)와 공급가액 OOO원의 용역계약을 각 체결하고 관련 세금계산서를 수취하여, 관련 세액을 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 하고, 이와 관련한 매입액을 이하 “쟁점매입비용”이라 한다)으로 하여 2022년 제2기 부가가치세 환급신고를 하였다.

나. 처분청은 청구법인과 주식회사 CCC(이하 “쟁점시행사”라 한다)이 작성한 ‘공동사업약정서’상 청구법인은 부가가치세 과세대상 용역의 제공이 확인되지 않는 단순한 투자자의 지위에 불과하므로 쟁점매입비용을 쟁점사업과 직접 관련이 없는 지출로 판단하고 쟁점매입세액을 불공제하여 2023.5.18. 청구인에게 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 실질적으로 쟁점사업에 용역을 제공하는 독립된 사업자이고 쟁점매입처로부터 자신의 사업과 관련하여 용역을 발주한 것이므로 쟁점매입비용은 쟁점사업과 관련있는 비용에 해당하며, 이는 쟁점시공사에서 작성하여 제출한 사실확인서 등을 통하여 확인할 수 있다.

(2) 또한 처분청의 의견대로 청구법인이 투자자로서의 지위에 해당한다고 하더라도 쟁점매입비용은 다음과 같은 사유로 업무와 관련성이 있다.(가) 청구법인은 쟁점사업으로 인하여 얻을 수익을 극대화하기 위하여 쟁점매입처에 사업과 관련하여 필요한 용역을 발주하였고, 청구법인이 ㈜DDD에 발행한 매출세금계산서와 유사하게 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 부수되는 사업을 진행하여 얻는 수익에 대응하는 매입세금계산서를 수령한 것이다.(나) 청구법인과 쟁점시행사가 체결한 공동사업약정서에 따르면 쟁점사업 완료 후 매출은 배당으로 받는 것이 아니라 청구법인이 매출세금계산서를 발행하여 수령할 예정이고, 청구인은 쟁점시행사에서 배당을 수령할 수 있는 주주로서의 지위에 해당하지 않으므로 청구법인은 배당으로 개발 수익을 분배받을 수 없다.

(3) 청구법인이 쟁점사업의 투자자의 지위라면 성공적인 개발사업으로 인하여 얻을 소득을 극대화하기 위하여 청구법인이 쟁점매입처에 사업과 관련한 매입을 발주한 것이고 반대로 용역을 제공하는 위치라면 청구법인이 제공할 용역에 대하여 제3자에게 용역을 발주한 것에 해당한다. 청구법인은 쟁점사업과 관련하여 매입과 매출이 발생하는 등 청구법인이 영위하는 쟁점사업에 해당하는 용역을 수행하고 있으므로 쟁점매입처로부터 수취한 매입세금계산서는 청구법인의 사업과 관련한 매입세금계산서라고 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점매입처로부터 제공받았다고 주장하는 쟁점사업 관련 부지 확보지원, 사업개발과 관련한 설계 지원, 인허가 업무 지원, 시공사 선정 지원, PF대출 알선 등의 용역은 약정서 등에 따르면 이는 투자자인 청구법인과 무관하고, 쟁점시행사에서 수행하는 것으로 판단되어 쟁점매입세액은 공제할 수 없는 것으로 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점시행사가 작성한 확인서를 제출하며 청구법인이 쟁점시행사에 제공하는 용역의 공급이 완료되지 않아「부가가치세법」 제16조에 따라 매출이 확정되지 않았다고 주장하나, 쟁점매입처의 용역은 이미 공급이 완료되어 청구법인은 쟁점매입처로부터 매입세금계산서를 수령하고 부가가치세 환급을 신고하였음에도 해당 용역이 쟁점시행사에 제공되지 않았다는 청구주장을 이해하기 어렵다고 할 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점사업의 수익극대화를 위하여 쟁점매입처에 필요한 용역을 발주하였다고 주장하나, 쟁점시행사와의 공동투자약정서와 합의서에서 투자금 유치 외에 쟁점매입처에 발주한 독자적 용역의 공급이 확인되지 않고, 쟁점매입처가 제공한 용역이 청구법인에게 제공되었으며, 쟁점시행사에 제공되지 않았다는 것도 확인할 수 없다고 할 것이다. 따라서 쟁점매입세액은 청구법인의 사업과 관련이 없는 지출이므로 쟁점매입세액을 불공제하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입비용을 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아 쟁점매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조 제1항 제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는「소득세법 시행령」 제78조또는「법인세법 시행령」 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료를 보면 다음의 사실관계가 나타난다.(가) 청구법인은 OOO를 본점 소재지로 하여 주택건설업, 건설분양업 등 부동산 매매 및 개발을 주업으로 하는 법인이다.(나) 청구법인의 2021년 제1기~2022년 제2기 부가가치세 신고내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞

청구법인의 부가가치세 신고 내역

ㅇ

ㅇ

ㅇ(다) 청구법인이 쟁점시행사와 체결한 ‘공동사업약정서’(2021.2.3.)의 내용은 다음과 같고, 처분청은 이를 근거로 청구법인은 현금을 투자(OOO원)하여 이에 대한 성과를 확정 배당받는 투자자이므로 쟁점매입비용이 청구법인의 사업과 관련이 없는 것으로 판단하였다.

ㅇ

ㅇ

ㅇ(라) 청구법인은 쟁점시행사와 공동사업약정서과 관련하여 합의한 내용이라고 하며 다음과 같은 합의서(2023.2.21.)를 제출하였다.

ㅇ

ㅇ

ㅇ(마) 청구법인이 쟁점매입처와 작성한 각 사업관리용역계약서의 내용은 다음과 같고, 쟁점1·2매입처는 2022년 제1기 부가가치세로 각 OOO원 및 OOO원을 신고.납부한 것으로 확인된다.

＜쟁점1매입처와의 계약서(2021.4.8.)＞

ㅇ

ㅇ

ㅇ＜쟁점2매입처와의 계약서(2021.8.2.)＞

ㅇ

ㅇ

ㅇ(바) 청구법인은 쟁점시행사가 작성한 다음과 같은 사실확인서(2023.4.7.)를 제출하였다.

ㅇ

ㅇ

ㅇ(사) 청구법인은 쟁점사업이 아직 진행중이라고 주장하며, 아래 ＜표2＞와 같은 업무진행 목록표를 제출하였다.

＜표2＞

업무진행 목록표

ㅇ

ㅇ

ㅇ

(2) 청구법인은 추가 증빙서류로 청구법인이 쟁점1매입처와 2019.10.25. 체결한 부동산개발사업 업무약정서, 쟁점2매입처가 작성한 보고서 등을 제출하였고, 쟁점1시행사가 청구법인을 참조로 하여 사업부지 검토 요청을 발송한 곳은 쟁점시행사(2019.10.30., 2020.5.13., 2021.5.11.)로 나타나며, 쟁점2매입처가 작성한 ‘OOO 공동주택 사업계획서’ 보고서를 수신(2022년 9월)한 곳도 쟁점시행사로 나타난다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은「부가가치세법」제39조제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지 여부를 살펴 개별적으로 판단하여야 하는 것(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결 참조)이다.(나) 청구법인은 쟁점매입비용이 청구법인의 사업과 직접 관련한 지출로서, 쟁점매입세액을 공제하는 것이 타당하다고 주장하나, 청구법인과 쟁점시행사가 2021.2.3. 체결한 공동사업약정서에 따르면 청구법인은 투자금(OOO원)을 투자하여 수익을 배당받고, 쟁점사업은 사업주체인 쟁점시행사가 진행하는 것으로 나타나며, 이와 관련하여 청구법인이 용역을 제공한다는 내용은 확인되지 않는 점, 이후 청구법인과 쟁점시행사가 작성한 ‘합의서’(2023.2.21.)에는 쟁점사업 부지확보 및 명도, 제한물권 해소를 청구법인이 담당하는 것으로 기재되어 있으나, 이는 공동사업약정서(2021.2.3.)의 내용과는 상반되고, 약정서 체결 이후 2년이 지난 후로서, 청구법인이 쟁점매입처로부터 용역제공을 받았다고 주장하는 시기 이후이고, 2022년 제2기 부가가치세 신고기간 이후 작성된 것으로서 신빙성이 없어 보인다고 할 것인 점, 쟁점매입처가 작성한 용역결과보고서 및 검토에 대한 수신자는 쟁점시행사로 확인되므로 청구법인이 쟁점사업과 관련한 용역을 수행하거나 쟁점매입처가 수행한 용역이 청구법인의 사업과 관련된 것이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.(다) 따라서 처분청이 쟁점매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.