기부채납한 학교시설의 공급시기를 관리운영권 등록일로 보아 과세한 처분의 당부(기각)

사업자가 기부채납하는 시설을 본인 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고 직접 지방자치단체 등의 명의로 소유권이전등기를 한 경우 당해시설 건설용역의 공급시기는 준공일임

1. 처분개요

청구법인은 2006.5.18.부터 현재까지 OOOOO OOO OOO OOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO라는 상호로 건설업을 영위 하고 있는 법인으로서, 2006.3.9. OOO OOOOO, OOOOO, OOOOOO OOOOOOO OO OOOOO OOO OOOO OO OO(OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO, OOOOOO OOOOOOO OO OOO O OOOO OO OOOOO OOOOOOOO OO)에 따라 OOO OOO OOO OOOOO OO OO,OOOO OOO OOOOOO(OO OOOOOOOOOO OO)외 3개교를 설립하여 기부채납하는 조건으로 시설관리운영권을 설정하고 임대료를 받기로 하였다.청구법인은 2007.5.31. 쟁점학교시설을 준공하여 2007.6.20. 쟁점학교시설관리운영권을 OOOOO에 설정·등록(2007.6.1.자로 소급하여 설정하고, 존속기간은 2007.6.1.～2027.5.31. 설정가액은 9,543 백만원)하고, 2007.6.26. 2007년 6월분 임대료68백만원을 수령한 후, 2007년 1기 부가가치세 신고시 위의 임대료에 대해서만 신고하고, 쟁점학교시설물 기부채납 건에 대한 공급시기는 기부채납절차가 완료된 시점(2007.8.10.)으로 보아 2007년 2기에 영세율과세표준으로 신고하였다.이에 대하여, 처분청은 쟁점학교시설관리운영권 등록이 이루어진 2007.6.20.을 기부채납시설의 공급시기로 보아 2007.12.11. 청구법인에게 2007년 1기 부가가치세 286,290천원(세금계산서미교부가산세 190,860천원, 영세율과세표준 신고불성실가산세 95,430천원)을경정 고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2007.12.20. 이의신청을 거쳐 2008.3.10. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 쟁점학교시설의 기부채납에 대한 공급시기를 시설 관리운영권 등록일인 2007.6.20.로 보아 이 건을 과세하였으나, 청구 법인은 2007.7.18. OOOOO에 기부채납 의사표시를 하고, OOOOO은 청구법인과 체결한 협약에서 정한 절차에 따라 준공공사 및 시설운영점검과 성능테스트 등을 거쳐 2007.8.10. OOO OOOO OOOOOOO OO OOOOO OOO OOO OOOOOO의 회신공문서에 의해 확인되는 바, 처분청이 과세기간으로 본 2007년 1기에는 쟁점학교시설이 OOOOO에 공급되기 전이고, 시설관리운영권 등록은 청구법인이 쟁점학교시설을 교육청에 기부채납하는 절차를 이행하기 위한 중간절차일 뿐, 공급시기와는 전혀 무관하므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점학교시설의 공급시기가 청구법인이 기부채납 의사를 표시한 날 또는 쟁점학교시설의 보존등기일이라고 주장하나, 쟁점학교시설의 경우 2007.5.31. 완공되었고, OOOOO은 2007.6.26. 청구법인에게 쟁점학교시설에 대한 임대료를 지급하였으며, 임대료 지급의 근거인 사회시설관리운영권 등록부에 의하면, 등록부 접수일은 2007.6.20.이고, 시설관리운영권의 존속기간은 2007.6.1.～2027.5.31. 이며, 사회기반시설의 신설·개축에 투자된 비용과 시설관리운영권에 대한 정부지급금의 총액이 9,530백만원과 16,806백만원으로 각각 확정되었는 바, OOOOOOOOOOOOOOO외 2개 업체가 2007.6.20. 시설관리운영권에 근저당권을 설정한 사실이 있는 점에 비추어 볼 때, 사회시설관리운영권 등록일인 2007.6.20.이 쟁점학교 시설의 공급시기라 할 것이므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 기부채납한 후 일정시간동안 시설관리 이용권을 갖기로한 쟁점학교시설의 공급시기를 언제로 볼 것인지 여부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제105조【부가가치세 영세율의 적용】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3의 2호의 규정은 2009년 12월 31일 까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. (2006. 12. 30. 개정)3의

2. 「사회기반시설에 대한민간투자법」 제2조제7호의 규정에의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로동법 제4조제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역(2)부가가치세법 제7조【용역의 공급】

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다.

③ 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하거나 고용관계에 의하여 근로를 제공하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다.

(3)부가가치세법 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

(4) 부가가치세 제22조【가산세】

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. (2006. 12. 30. 신설)

1. 제16조 제1항의 규정에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 때

⑦ 영세율이 적용되는 과세표준을 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 과세표준이 신고하여야 할 과세표준에 미달하는 때에는 그 신고하지 아니한과세표준(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 과세표준)의 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

(5)사회기반시설에대한민간투자법 제4조【민간투자사업의 추진방식】민간투자사업은 다음 각호의 1에 해당하는 방식으로 추진하여야 한다.

2. 사회기반시설의 준공과 동시에 당해시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되며, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하되, 그 시설을 국가 또는 지방자치단체 등이 협약에서 정한 기간동안 임차하여 사용·수익하는 방식3.사회기반시설의 준공후 일정기간동안 사업시행자에게 당해 시설의 소유권이 인정되며 그 기간의 만료시 시설소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되는 방식

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인의 쟁점학교시설의 공급시기를 2007년 1기로 보아 이 건을 처분한 데 대하여, 청구법인은 쟁점학교시설의 소유권이 OOO OOO 명의로 보존등기된 날(2007.8.10.)이 속하는 2007년 2기로 보아야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴 본다. (가) 청구법인과 OOOOO은 2006.4.13. OOO OOOOOO 실시협약을 체결하여 쟁점학교시설의 공급가액을 9,543백만원으로 책정하였고, 2007.5.31. 쟁점학교시설이 준공되었으며,2007.6.20. 청구법인이 쟁점학교시설관리운영권 등록신청(존속기간 2007.6.1.～2027.5.31,설정가액 9,543백만원, 정부지급총액 16,806백만원)을 하였고, 2007.6.26. OOOOO은 청구법인에게 쟁점학교시설에 대한2007년 6월분임대료 68백만원을 지급하였으며,2007.7.23. OOOOO은 청구법인에게 쟁점학교시설관리운영권 등록필증을 교부하였을 뿐 아니라,2007.8.9. 쟁점학교시설의 소유권이 경기도 교육청 명의로 보존등기 되었음이 심리자료에 의해 확인된다. (나)OOOOO과 청구법인이2006.3.9. 체결한 쟁점학교시설외 3개교 OOO OOOOOO 실시협약서 제9조 제1항에는 ‘본 사업시설의소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에 귀속된다’고약정되어 있다.

(다) 사업자가 자기의 비용을 투입하여 공공시설 등을 완성하여 지방자치단체 등에게 기부채납한 후, 그에 대한 반대급부로 일정기간 무상사용권 등을 취득하는 경우에는 그 기부채납과 무상사용권 등의 취득사이에 실질적·경제적 대가관계가 있고(OOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO), 시설물의 기부채납관련 법률에 의하여 그 시설물의 소유권 귀속에 관한 특별규정이 있는 경우 또는 당사자 사이에 시설물의 소유권 귀속에 관한 특별한 약정이 있는 경우에는 당해 시설물을 기부채납하는 것은 용역의 공급에 해당하는(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO OO) 것인 바, 청구법인이 위의 (나)의 실시협약서에 의하여 쟁점학교시설을 OOOOO에 기부채납한 것은 용역의 공급에 해당한다.

(라)부가가치세법 제9조제2항과동법시행령 제22조제1호에서 용역의 공급시기를 ‘역무의 제공이 완료되는 때’로 규정하고 있고, 청구법인과 OOOOO이 2006.3.9. 체결한 쟁점학교시설의 OOO OOOOOO 실시협약서 제9조 제1항에 ‘본 사업 시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에 귀속된다’고 규정하고 있는데, 쟁점학교시설과 같이 사업자가 기부채납하는 시설을 본인 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고 직접 지방자치단체 등의 명의로 소유권이전등기를 한 경우 당해시설 건설용역의 공급시기는 준공일이라고 할 것이다(OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OOOO)O(마) 한편, 청구법인과 OOOOO은 2007.12.31. 추가 실시 협약을 체결하여 쟁점학교시설의 공급가액을 9,543백만원에서 12백만원을 감액한 9,531백만원으로 최종확정하였으나, 이는 당초 실시협약서상 쟁점학교시설의 준공일인 2007.3.31.보다 2개월 늦어진 2007.5.31. 준공함에 따라 결과적으로 2개월분의 건설이자가 과잉 계상되어 이를 차후에 정산한 것에 불과하여 위 추가 실시협약에 의하여 기부채납가액이나 시설관리운영권의 사용기간 등에 변경이 있었다고 보기는 어렵다.

(2) 이상과 같이 살펴본 바를 종합하면, OOOOO과 청구법인이 2006.3.9. 체결한 쟁점학교시설 OOO OOOOOO 실시협약서 제9조 제1항에 ‘본 사업시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에 귀속된다’고 규정하였고, 쟁점학교시설은 2007.5.31. 준공되었으며, 2007.6.20. 청구법인이 OOOOO에 시설관리운영권 등록 신청(존속기간 2007.6.1.～2007.5.31, 설정가액 9,543백만원, 정부지급 총액 16,806백만원)하고, 2007.6.26. OOOOO이 청구법인에게 2007년 6월분 쟁점학교시설에 대한 임대료 68백만원을 지급하였을 뿐 아니라, 2007.12.31. 추가 실시협약은 단지 건설자금이자를정산한 것에 불과하여 그에 따라 기부채납가액이나 시설관리운영권의 사용기간 등에 변경이 있었다고 인정하기는 어려운 점에 비추어 볼 때, 쟁점학교시설의 공급시기는 2007년 1기라 할 것이므로 처분청의 이 건 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.