쟁점위탁비용을 「조세특례제한법」제10조 의 연구인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부

청구법인의 차세대시스템은 타 회사에 위탁하여 구축된 것으로 기술적인 측면에서 보다 향상되었으나 기업 전체적으로 그 인적ㆍ물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 것으로서 조특법상 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 또는 이와 유사한 것으로 보이는 점, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 금융업을 영위하는 법인으로, OOO 주식회사 등에 IT인프라 전산시스템 개발을 위탁하고 지급한 비용에 대하여 연구.인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하고 2011～2014사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 청구법인은 2018.6.20. 2011～2014사업연도에 발생된 전산시스템 위탁개발 관련 지출금액 OOO원(이하 “쟁점위탁비용”이라 한다)이 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제10조의 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상이나, 2015사업연도까지 법인세 과세표준이 결손이어서 세액공제를 적용하지 못하였고, 2016～2017사업연도에 법인세 과세표준이 발생하여 연구.인력개발비 세액공제액의 이월공제에 따라 법인세 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원을 환급하여야 한다는 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2018.10.10. 쟁점위탁비용이 조특법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것) [별표6] 제1호 나목 1)에서 연구.인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 위탁비용으로 정한 “전사적 기업자원 관리설비(이하 “ERP”라 한다) 등 시스템 개발을 위한 위탁비용”에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 조특법상 세액공제 대상에서 제외되는 ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템’은 전사적 기업자원 관리설비와 동종의 시스템만을 의미하고, 조세심판원 선결정례(조심 2009서3678, 2010.9.1.)에 의하면, ERP 등 시스템 개발비를 세액공제대상에서 제외하도록 조특법을 개정한 취지는 “기업의 ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 소프트웨어 구입비용의 일종으로서 단순 자산의 취득행위에 해당하는 것”이라고 판단하였는바, 청구법인의 차세대 전산시스템이 대중화.상용화된 단순 ERP시스템과 달리 기술적 진전을 위한 시스템 개발에 해당한다면, 세액공제 대상에 해당한다고 보아야 한다.

(2)조특법 제9조제5항에서 ‘연구개발’은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말한다고 규정하고 있고, 관련 대법원 및 하급심 판례에 의하면, 금융기관의 전산시스템 구축은 대형 금융업의 실현, 핵심 영업 및 서비스 경쟁력 제고, 정보통신기술 운영의 최적화 및 효율화를 달성하기 위한 체계적, 종합적 시스템으로서 기술적 진전을 이루기 위한 활동이라고 판시하고 있다(서울행정법원 2013.5.3. 선고 2012구합32949 판결 등 다수, 참고).

(3) 차세대시스템은 단순한 ‘IT시스템 구축’이 아닌 비즈니스 차별화를 위한 마케팅/세일즈 시스템 구축이므로 대용량 거래의 신속한 처리, 데이터 통합 및 공유, 고객에 대한 24시간 365일 무중단 서비스 등을 목적으로 80% 이상 비용(인건비)이 상품처리계 구축에 소요되고 있으며, 정보분석계 일부(10% 내외)만 ERP에 해당하므로 정보분석계 일부를 제외한 개발비용은 조특법상 연구개발비에 해당한다.

(4) 또한, 2013.2.15. 대통령령 제24368호로 개정된 조특법 시행령 [별표6] 제1호 나목 1)에서 전담부서 등에서 직접 수행한 부분에 한정하여 공제가능한 연구개발에 해당한다고 규정하고 있는바, 여기서 ‘전담부서 등에서 직접 수행한다’는 의미를 ‘전담부서 직원이 직접 수행’하는 것만을 의미하는 것으로 해석하는 것은 관련 법령(「기초진흥연구 및 기술개발지원에 관한 법률」제17조에서 전담부서 직원은 타사를 위한 연구개발 용역을 수행할 수 없는 것으로 규정)과 상충되고, 서울행정법원 판례(2013.5.3. 선고 2012구합37920 판결)에서도 “2013.2.15. 조특법 시행령 별표 개정과 관련하여 재위탁업체도 연구기관 또는 전담부서의 보유 요건을 충족해야 세액공제 대상임을 규정하였다”고 판시하여 해당 규정을 ‘전담부서 직원의 직접 수행’이 아닌 ‘전담부서 보유기업의 직접 수행’을 의미한다는 취지로 해석하였으므로 개정세법이 적용되는 2013.1.1. 이후 개시하는 사업연도 이후에도 전담부서를 보유한 기업에 위탁한 연구개발용역은 여전히 세액공제 대상으로 보는 것이 합리적이며, 다만 재위탁시 재수탁업체가 전담부서를 보유하지 않는 경우는 공제대상이 아닌 것으로 해석하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1)조특법 제9조제2항 제1호에서는 “연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용”을 “연구·인력개발비”라 정하였고, 같은 조 제5항은 “제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다”고 하였으며, 같은 법 시행령 제8조 제1항은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비용’이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다”고 정하고, [별표6]의 제1호 나목 1)은 “다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용”이라고 정하고 있는바, 전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 연구인력개발비 세액공제 대상에서 제외된다고 규정하고 있다.

(2)조특법 제5조의2제1호에서 “전사적 기업자원 관리설비(ERP)”란 구매.설계.건설.생산.재고.인력 및 경영정보 등 기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기.소프트웨어.통신설비, 그 밖의 유형.무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비”를 의미한다고 규정하고 있으므로 이는 기업의 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위한 포괄적인 전산시스템을 의미하는 것이고, 청구법인이 차세대시스템이라고 주장하는 전산시스템은 확장형 ERP로서 조특법상 전사적 기업자원 관리설비 및 이와 유사한 시스템과 기업의 인적.물적 자원을 전자적으로 관리한다는 측면에서 조특법상 전사적 기업자원 관리설비와 본질적인 속성에 차이가 없다.

(3) 전사적 기업자원 설비투자는조특법 제24조의 생산성향상시설투자 세액공제대상으로서, 청구법인도 같은 법 시행령 별표6 제1호 나목 1의 규정이 개정되기 전에는 해당 시스템 구축비용에 대해 연구인력개발비 세액공제를 받았고, 개정 후에는 생산성향상시설투자세액공제를 받았으며, 조특법상 전사적 기업자원 관리설비에 대해 명확하게 정의하고 있으므로 전산시스템의 명칭을 어떻게 정하느냐에 따라 세액공제 여부가 결정되는 것은 타당하지 아니하다.

(4) ERP를 청구법인의 주장대로 일반기업이 ERP라는 명칭으로 판매하는 소규모 소프트웨어 등으로 국한하여 해석한다면, 자금력이 부족한 중소기업 등에는 불이익을 주고, 대기업의 대규모 전산시스템을 개발할 수 있는 외국계 기업이나 대기업 등의 영업을 지원하게 되어 조특법상 중소기업 지원취지와도 맞지 아니하므로 쟁점위탁비용을조특법 제10조의 연구.인력개발비에 대한 세액공제 대상에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점위탁비용을「조세특례제한법」 제10조의 연구인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 일부개정되기 전)제5조의2[중소기업 정보화 지원사업에 대한 과세특례] 대통령령으로 정하는 중소사업자가「중소기업기술혁신 촉진법」 제18조,「산업기술혁신 촉진법」 제19조및「정보통신산업 진흥법」 제44조제1항에 따라 2012년 12월 31일까지 지급받는 중소기업 정보화 지원사업을 위한 출연금 등을 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 설비에 투자하는 경우에는 그 투자금액을「소득세법」 제32조및「법인세법」 제36조를 준용하여 손금에 산입할 수 있다.

1. 구매·설계·건설·생산·재고·인력 및 경영정보 등 기업의 인적·물적 자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전사적(全社的) 기업자원 관리설비”라 한다)

2. 전자적 형태로 수요예측·수주(受注)·용역제공·상품판매·배송·대금결제·고객관리 등을 하기 위하여 사용되는 컴퓨터와 그 주변기기, 소프트웨어, 통신설비, 그 밖의 유형·무형의 설비로서 감가상각 기간이 2년 이상인 설비(이하 “전자상거래설비”라 한다)

3. 제1호와 제2호 외에 기업의 정보화에 사용되는 설비로서 대통령령으로 정하는 설비제9조[연구·인력개발준비금의 손금산입]

① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 “연구·인력개발”이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 제10조에서 같다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 “연구·인력개발비”라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다.

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.제10조[연구·인력개발비에 대한 세액공제]

① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 “일반연구·인력개발비”라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액나. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액1) 중소기업인 경우: 100분의 252) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 103) 1)부터 2)까지의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우 : 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(2) 조세특례제한법 시행령제8조[연구 및 인력개발준비금의 범위 등]

① 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비용”이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 [별표6]의 비용을 말한다.[별표6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용(제8조 제1항 관련)

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

1) 다음의 기관에 과학기술 분야의 연구개발용역을 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용(2010.2.18. 신설)

마) 국내외 기업의 연구기관 또는 전담부서등(신성장동력산업연구개발업무 또는 원천기술연구개발업무의 경우 기획재정부령으로 정하는 전담부서등만 해당한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료 등을 보면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 법인세 신고시 차세대 전산시스템 개발과 관련한 쟁점위탁비용에 대해조특법 제10조에 따른 연구.인력개발비 세액공제를 적용하지 아니하였다는 사유로 쟁점위탁비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상금액에 추가하여 법인세 2016사업연도분 OOO원, 2017사업연도분 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6] 시행일 현재 ERP 등 시스템의 개발과 관련한 위탁비용에 대해서는 연구.인력개발비 세액공제를 적용할 수 없다는 이유로 2018.10.10. 이를 거부하였다.(나) 청구법인의 연구.인력개발비 세액공제금액 산정내역을 보면, 2011년부터 2014년까지 OOO 주식회사 등에게 전산시스템 구축 등과 관련한 용역대가 OOO원을 지급하였고, 이 중 청구법인은 정보비 등을 제외한 후 개발인건비 등 OOO원을 쟁점위탁비용으로 산정하였다.

(2) 청구법인의 세부주장은 다음과 같다.(가) 2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 조특법 시행령 [별표6]의 주요내용은 아래 ＜표1＞과 같은바, ERP의 경우 외국계 업체의 패키지소프트웨어로 한국에 도입되었으나, 초기 현지화의 어려움과 기존 시스템과의 충돌문제로 자체개발되거나 고도의 맞춤제작(커스터마이징)을 거치는 비중이 매우 높아 상용화된 범용소프트웨어 도입이 아니라고 인정되는 자체개발 부분에 대하여는 연구.인력개발비 세액공제를 인정하여 왔으나, 국내 ERP 산업의 성숙, 표준화된 전산시스템의 중요성, 패키지 도입의 경제성 등을 이유로 현재는 ERP가 대부분 패키지 소프트웨어 방식으로 도입되고 있고, 이에 2010.2.18. 조특법 시행령 [별표6]을 개정하면서, ‘전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다’는 문구를 넣은 것이다.

＜표1＞

개정 전

개정 후

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

연구·인력개발비 세액공제를 적용받는 비용

1. 연구개발

나. 위탁 및 공동연구개발

① 다음의 기관에게 연구개발용역 등을 위탁함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용

따라서, 전산개발비 중에서 패키지 소프트웨어 방식으로 도입된 것은 상용화된 범용소프트웨어로 보아 세액공제 대상에서 배제함이 타당하나, 기업이 자체적으로 자체개발(위탁개발 포함)한 것은 기술적 진전을 이루기 위한 활동으로 보아 세액공제를 적용하여야 한다.(나) 청구법인의 차세대시스템과 ERP의 차이점은 아래 ＜표2＞와 같은바,

① 다년에 걸쳐 수많은 인력이 투입되어 개발이 진행된 점,

② 상용 소프트웨어와 달리 개발된 프로그램 등의 저작권 및 모든 산출물 등의 소유권을 청구법인이 소유한다는 점,

③ 청구법인이 고객에게 제공하는 서비스나 환경 등을 고려하여 가장 적절한 전산시스템을 구축한 것으로 기술적 진전이라는 연구개발의 정의를 충족한다는 점에서 ERP와는 다르다.

＜표2＞

차세대시스템과 ERP와의 차이점

구분

차세대시스템

전사적 기업자원 관리설비

성격

. 전사 차원의 아키텍처 중심의 통합 시스템으로 각 금융기관별 도입목표에 따라 다양한 형태로 구축하고 각 업무영역에 따라 다양한 Vender 투입, 2～3년에 걸친 분석(컨설팅)→설계→개발→Test-Open의 단계를 거쳐 구축

. 경영관리(재무설계, 관리회계)를 위한 개별시스템으로 SAP/Oracle 등 기존 상용화된 패키지를 중심으로 고객 수요에 맞게 6개월내 구축하여 사용료를 지급

도입효과

. 기존 개별시스템상 프로세스 통합, 24시간 무중단 서비스 제공, 상품개발기간 단축, 복합상품 출시 등.

. 금융회사에서 저작권 보유

. 상용화된 패키지 단순 커스터마이징

. IT 업체에서 소유권 보유

조특법상 정의

. 별도 정의 없음. 단, 개별시스템이 아닌 금융기관의 상품처리계, 정보계, 채널계, 인터페이스 등을 포괄하는 전사적 차원의 시스템을 의미

. 구매, 설계, 생산, 인력 등 기업의 인적, 물적자원을 전자적 형태로 관리하기 위하여 사용되는 유.무형의 설비로서 조특법상 전자상거래설비, 공급망관리시스템 설비 등의 개별시스템과 동격

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점위탁비용을 연구.인력개발비 세액공제 대상으로 보아야 한다고 주장하나, 청구법인의 차세대시스템은 타 회사에 위탁하여 구축된 것으로 기술적인 측면에서 보다 향상되었으나 기업 전체적으로 그 인적.물적 자원을 전자적 형태로 관리하는 것으로서 조특법상 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 또는 이와 유사한 것으로 보이는 점, 2010.2.18. 개정된 조특법 시행령 별표에서 위탁 및 공동연구개발비용 중 “ERP 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다”고 규정(2010.1.1. 이후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용)하였는데, 이는 개정 당시 전산시스템 규모가 날로 확대되는 현실을 감안하여 연구.인력개발비 세액공제에서 제외되는 대상을 “ERP 등 시스템 개발 위탁비용”으로 규정한 것으로 보이고, 입법기술상 지속적인 과학기술의 발전에 따라 새로이 등장하는 전산시스템에 대하여 일일이 열거하는 방식을 택하기는 어려웠던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서4749, 2018.12.27. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.