소송 진행 중 신고기한으로부터 5년을 경과한 후에 본세를 직권취소하고 농어촌특별세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부

처분청이 양도소득세 부과처분과 관련한 소송 진행 중 당해 부과처분을 직권취소하는 경우에는 그 날을 「국세기본법」제26조의2 제2항의 판결이 확정된 날로 볼 수 있고, 그 날로부터 1년이 지나기 전까지는 직권취소에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 볼 수 있는 점, 「농어촌특별세법」제8조 제2항 제1호에서 농어촌특별세는 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다고 규정하고 있어 양도소득세의 감액경정에 부수한 농어촌특별세의 증액경정은 가능하다고 보는 것이 타당한 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO 취득한 OOO 단독주택(이하 “종전주택”이라 한다)이 재개발되어 OOO 임시사용승인을 받은 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 OOO 양도한 후 OOO 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였고, 그에 부수되는 농어촌특별세를 OOO 납부하였다.

나. 처분청은 종전주택 취득일부터 신축주택의 임시사용승인일(취득일)까지의 양도소득에 대하여 위 감면을 배제하여 OOO 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하고 이에 따라 농어촌특별세 OOO원을 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청과 심판청구를 거쳐 OOO법원에 행정소송을 제기하였고, 동 소송 계류 중OOO 대법원이 쟁점이 동일한 다른 행정소송 사건에 대하여 국가패소로 판결하자 처분청은 OOO 위 양도소득세 부과처분을 직권취소하면서 청구인에게 기 환급하였던 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

대법원이 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보아야 하고, 부과제척기간이 만료되었다는 이유 때문에 그러한 처분이 불가능하거나 위법하다고 해석할 것은 아니라고 판시(대법원 2002.9.4. 선고 2000두6657 판결, 참조)하였는 바, 청구인이 불복하였던 내용은 양도소득세 부과처분에 대한 것이므로 과세관청은 불복절차의 계속 중 양도소득세 부과처분을 취소하거나 감액경정하는 것만 가능할 뿐, 새로운 결정 또는 증액경정은 허용되지 않으므로 이 건 농어촌특별세 부과처분은 위법하고, 청구인이 OOO 행정소송을 제기한 후 쟁점이 동일한 다른 사건에 대하여 OOO 대법원이 국가패소 판결을 하자 처분청이 청구인에 대한 당초의 양도소득세 부과처분을 직권으로 취소하여 OOO 청구인이 OOO법원에 제기하였던 행정소송을 취하하였는바, 청구인에 대한 확정판결이 존재하지 아니함에도 처분청이 확정판결을 받은 당해 사건에 한정하여 적용할 수 있는 「국세기본법」제26조의2 제2항에 따른 부과제척기간의 특례를 적용하여 한 이 건 농어촌특별세 부과처분은 부과제척기간을 경과하여 이루어진 것이므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하므로, 당초의 양도소득세 부과처분은 부과제척기간이 경과한 후에도 직권취소를 할 수 있고, 그에 따른 농어촌특별세 부과처분은 「농어촌특별세법」제8조 에 따라 본세의 경정·징수의 예에 따라 이루어진 것인바, 이는 새로운 처분이 아니라 하자를 치유하는 절차상 필요한 처분에 불과하므로 이를 위법하다고 볼 수 없다. 또한, 「국세기본법」제26조의2 제2항에 따른 제척기간의 특례규정이 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거가 없으므로(대법원 1996.5.10. 선고 93누4885 판결, 같은 뜻임), 당초의 양도소득세 부과처분이 확정판결에 따라 취소되었다고 하더라도 그로부터 1년 이내에는 농어촌특별세 부과처분이 가능한 것이고, 청구인의 경우에는 확정판결 이전에 처분청이 직권으로 당초의 양도소득세 부과처분을 취소하여 사건이 조기에 종결됨으로써 오히려 기한의 이익을 보았음에도 이 건 농어촌특별세 부과처분이 위법·부당하다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

양도소득세 부과처분에 대한 소송 진행 중 신고기한으로부터 5년을 경과한 후에 본세(양도소득세)를 직권취소하고 농어촌특별세를 부과한 처분이 부과제척기간을 경과한 위법한 처분인지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제26조의2 [국세 부과의 제척기간]

① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다.(단서 생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(괄호 생략)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간(괄호 생략).(후단 생략)

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

② 제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정ㆍ판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우

(2) 소득세법 제110조 [양도소득과세표준 확정신고]

① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(괄호 생략) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

(3) 농어촌특별세법 제2조 [정의]

① 이 법에서 “감면”이란 「조세특례제한법」·「관세법」·「지방세법」 또는 「지방세특례제한법」에 따라 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제 제3조[납세의무자] 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자 제5조[과세표준과 세율]

① 농어촌특별세는 다음 각 호의 과세표준에 대한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

호별

과세표준

세율

1

「조세특례제한법」·「관세법」·「지방세법」 및 「지방세특례제한법」에 따라 감면을 받는 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면세액(괄호 생략)

100분의 20

(이하 생략)

제7조[신고·납부 등]

① 제5조 제1항 제1호에 따른 농어촌특별세는 해당 본세를 신고·납부(중간예납은 제외한다)하는 때에 그에 대한 농어촌특별세도 함께 신고·납부하여야 하며, 신고·납부할 본세가 없는 경우에는 해당 본세의 신고·납부의 예에 따라 신고·납부하여야 한다.(단서 생략) 제8조[부과·징수]

② 제7조에 따라 농어촌특별세의 신고·납부 및 원천징수 등을 하여야 할 자가 신고를 하지 아니하거나 신고내용에 오류 또는 누락이 있는 경우와 납부하여야 할 세액을 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 다음 각 호에 따른다.

1. 제3조 제1호의 납세의무자 중 소득세 또는 법인세의 감면을 받는 자와 제3조 제3호·제4호 및 제6호의 납세의무자(괄호 생략)에 대하여는 세무서장이 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 확인된다. (가) 청구인은 OOO 취득한 종전주택이 재개발되어 OOO 임시사용승인을 받은 신축주택을 OOO 양도한 후, OOO 「조세특례제한법」제99조의3 에 따른 신축주택 취득자에 대한 감면을 적용하여 양도소득세 신고를 하였고, 그에 부수되는 농어촌특별세를 OOO 납부하였다. (나) 처분청은 신축주택의 임시사용승인일(취득일) 이전의 양도소득에 대하여 위 감면을 배제하여 OOO 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하고 이에 따라 농어촌특별세 OOO원을 환급하였다. (다) 청구인은 위 양도소득세 부과처분에 불복하여 이의신청과 심판청구를 거쳐 OOO법원에 행정소송을 제기하였고, 동 소송 계류 중에 OOO 대법원이 쟁점이 동일한 다른 행정소송 사건에 대하여 국가패소로 판결하자, 처분청은 OOO 위 양도소득세 부과처분을 직권취소하면서 청구인에게 기 환급하였던 농어촌특별세 OOO원을 경정·고지하였으며, 청구인의 위 행정소송은 OOO 청구인이 소 취하서를 제출하여 종결되었다. (라) 청구인의 대리인은 OOO 조세심판관회의에 출석하여 처분청이 양도소득세 부과처분을 직권취소한 날을 「국세기본법」제26조의2 제2항에 따른 확정판결일로 보아 부과제척기간의 특례를 적용할 경우, 청구인이 당초 감면신청을 하지 아니한 신축주택의 부속토지에 대하여 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장을 추가하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 처분청의 농어촌특별세 부과처분이 5년의 국세부과제척기간을 경과하여 위법·부당하다고 주장하나, 납세자가 항고소송 등 불복절차를 통하여 당초의 과세처분을 다투고 있는 경우에 과세관청이 납세자의 불복내용의 전부 또는 일부를 받아들여 당초의 과세처분을 감액경정하거나 취소하는 것은 그 불복절차의 계속 중 언제든지 가능하다고 보는 것이 타당한 점, 처분청이 양도소득세 부과처분과 관련한 소송 진행중 당해 부과처분을 직권취소하는 경우에는 그 날을 「국세기본법」제26조의2 제2항의 판결이 확정된 날로 볼 수 있고, 그 날로부터 1년이 지나기 전까지는 직권취소에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 볼 수 있는 점, 「농어촌특별세법」제8조 제2항 제1호에서 농어촌특별세는 해당 본세의 결정·경정 및 징수의 예에 따라 결정·경정 및 징수한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어 「국세기본법」제26조의2 제2항에 따른 국세부과제척기간의 특례를 적용하여 양도소득세의 감액경정에 부수한 농어촌특별세의 증액경정은 가능하다고 보는 것이 타당하다(조심 2015서1610, 2015.6.22. 같은 뜻임) 할 것이다. 또한, 청구인이 당초 양도소득세 감면을 신청하지 아니하여 쟁송으로 다투지 아니한 신축주택의 부속토지에 대한 감면은 「국세기본법」제26조의2 제2항에 따른 국세부과제척기간의 특례를 적용하여 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 범위를 넘어서는 것으로 보이고, 이 건 농어촌특별세 부과처분이 아니라 신축주택의 부속토지에 대한 양도소득세를 감면하여야 한다는 청구주장은 이 건 심판청구의 대상으로 보기도 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구인에게 농어촌특별세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.