쟁점건물 임대 후 철거 및 신공장 개축 시 쟁점건물 취득비용과 철거비용의 매입세액 공제 가능 여부(기각)

부동산을 매입하여 6개월간 임대 후 건물을 철거하고 신공장을 개축한 경우 건물의 취득비용 및 그 철거비용은 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공한 것은 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO에서 전자제품 제조업을 영위하는 사업자로서, 2007.12.24. OOO 공장용지 2,436㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 건물 3,042.43㎡(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO산업(주)[이하 “OOO산업”이라 한다]로부터 매입하면서 쟁점토지는 2,746,045,920원, 쟁점건물은 1,458,140,773원(부가가치세 145,814,007원), 합계 43억5,000만원에 매입 후, 매출세액에서 쟁점건물분 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하였으며, OOO산업과 2008.5.31.까지 사용계약을 맺고 사용료를 63,075,000원으로 산정하여, 쟁점부동산 취득시 미지급액 21억750만원과 정산하여 154,425,000원을 OOO산업에 지급하였으며, 사용계약이 만료됨에 따라 2008.6.18. OOO구청에 건축허가를 신청하고 2008.8.18. 건축승인을 받아 쟁점건물을 철거하고 공장건물(이하 “신공장”이라 한다)을 신축하였으며, 철거비용에 대한 매입세액 1,058,000원을 매출세액에서 공제받았다.

나. 처분청은 청구법인이 쟁점건물을 직접 사용하지 아니한 상태에서 철거하였고, 공장신축을 위하여 철거한 경우, 쟁점건물의 취득가액과 그 철거비용은 토지의 자본적 지출에 해당한다고 보아 관련 매입세액을 불공제하고 2009.7.20. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제2기 176,230,800원, 2008년 제2기 1,190,140원을 각각 경정.고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점건물을 취득하고 부가가치세 매입세액을 공제받은 후, 다음 과세기간에 쟁점건물 취득당시에 예측할 수 없었던 경영환경의 변화로 쟁점건물을 개축하였음이 관할시청의 공문 등에 의하여 확인되는 바, 청구법인은 쟁점건물을 공장신축 목적으로 취득한 것이 아니라 개축한 것이며, 쟁점건물의 취득가액과 그 철거비용 관련 부가가치세 매입세액은 토지의 자본적 지출을 구성하지 아니하는 당기비용 또는 개축으로 인한 신공장의 자본적 지출에 해당하므로 처분청이 이를 매출세액에서 공제할 수 없는 토지관련 매입세액으로 보아 과세하는 것은 부당하다.일반적으로 경영자는 종전건물을 철거할 목적으로 공장건물과 토지를 취득하는 경우, 건물의 가치보다는 토지만의 가치를 중요시하여 토지만을 취득할 것이고, 철거목적으로 취득하는 경우는 건물관련 매입세액을 공제받지 못하는 불이익이 예상되는 바, 이와같은 상황에서 토지와 건물을 함께 취득할 이유가 없음에도 처분청이 경제적 사실관계를 간과하고, 청구법인이 철거목적으로 쟁점건물을 취득한 것으로 보는 것은 부당하며, 이 건의 논점은 청구법인이 쟁점부동산을 신축 목적으로 취득한 것인지 여부를 가리는 데 있으므로, 청구법인의 취득당시 자금상황, 취득목적 등을 근거로 종합적으로 판단하여야 하는 바, 전반적인 취득경위 등으로 볼 때, 청구법인이 쟁점건물을 철거목적으로 취득한 것으로 보고 처분청이 그 취득가액 등을 토지관련 매입세액으로 보아 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점건물을 개축한 것이므로 쟁점건물의 취득가액 및 철거비용 관련 매입세액이 토지관련 매입세액이 아님을 주장하나, 건축법상 개축과 신축 모두 기존 건물을 철거하는 경우에 적용되지만, 개축은 신축건물이 기존 건물과 동일한 규모내에서 축조되어야 하고, 이 건의 경우는 기존 건축물을 완전히 철거한 상태이므로 구분의 실익이 없으며, 청구법인은 쟁점건물을 취득한 후, 경제적 여건 변화에 따라 개축하였으며, 쟁점건물의 취득가액 등 관련 매입세액은 자본적지출에 해당되므로 처분청이 토지관련 매입세액으로 보는 것은 부당하다고 주장하나, 청구법인의 대표이사 이OOO은 OOO산업에게 신축건물 완공시까지 계속 사용하는 조건으로 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였음을 진술하였으며, 청구법인이 2007.12.13. OOO산업과 작성한 사용계약서에 의하면, 2008년 1월~5월 기간동안 OOO산업이 사용하되, 사용료 63,075,000원을 잔금 217,500,000원에서 정산토록 하였고, 청구법인은 위 사용계약서에 의하여 2008년 5월 OOO산업의 사용기간이 만료되자 2008.6.18. OOO구청에 건물 개축신청을 하였으며, 청구법인이 제출한 쟁점건물의 리모델링공사와 관련한 견적서를 보면 총액만 기재되어 있어 신빙성이 없는 점 등으로 볼 때, 청구법인이 신공장 신축 목적으로 쟁점부동산을 취득한 것으로 보고 쟁점건물의 취득가액과 그 철거비용을 토지에 대한 자본적 지출로 보아 매입세액 불공제하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 OOO산업으로부터 쟁점부동산을 매입하여 6개월간 OOO산업에게 임대 후, 쟁점건물을 철거하고 신공장을 개축한 경우, 쟁점건물의 취득비용 및 그 철거비용에 관련된 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1)부가가치세법 제17조【매입세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 (1993. 12. 31. 개정)(2)부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30. 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 (2002. 12. 30. 개정)(3)건축법 제11조【건축허가】

② 시장.군수는 제1항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 건축을 허가하려면 미리 건축계획서와 국토해양부령으로 정하는 건축물의 용도, 규모 및 형태가 표시된 기본설계도서를 첨부하여 도시사의 승인을 받아야 한다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 청구법인이 쟁점건물을 직접 사용하지 아니한 상태로 철거하였고, 공장신축을 위하여 건물을 철거한 경우, 건물의 취득가액과 그 철거비용은 토지의 자본적 지출에 해당한다고 보아 관련 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 과세하였으며, 이에 대하여 청구법인은 처분청에서 철거목적으로 쟁점건물을 취득한 것으로 보는 것은 부당하며, 청구법인이 쟁점부동산을 신축 목적으로 취득한 것인지 여부를 가리기 위하여는 청구법인의 취득당시 자금상황, 취득목적 등을 근거로 종합적으로 판단하여야 하는 바, 전반적인 취득경위 등으로 볼 때, 청구법인이 쟁점건물을 철거목적으로 취득한 것으로 보고 처분청이 그 취득가액 등을 토지관련 매입세액으로 보아 과세하는 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 처분청의 조사내용에 의하면, 청구법인은 쟁점부동산 취득 후, OOO산업에게 쟁점건물을 6개월간 일시적으로 임대하고 OOO산업의 신공장(OOO소재)이 완공되어 이전하자 OOO구청으로부터 건축허가를 받아 쟁점부동산을 철거하였는 바,「부가가치세법」제17조제2항 제4호, 같은 법 시행령 제60조 제6항 제2호 규정에 의하면, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당하는 토지 관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정되어 있는 바, OOO산업이 신축하고 있던 신공장이 완공되지 않아 일정기간 사용하게 된 것이므로 청구법인이 처음부터 임대할 목적이 있었다고 보기 어렵고, 청구법인은 기존건물을 리모델링하여 사용할 계획이었다고 하나 쟁점건물은 직접 사용하지 아니한 상태로 철거하였고 공장 신축을 위해 기존건축물을 철거한 경우 ‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우’에 해당하여 기존건축물의 취득가액과 철거비용은 토지의 자본적지출에 해당되므로 매입세액 불공제하여야 하는 것으로 판단하였다.

(2) 청구법인의 대표자 이OOO이 2008.11.19. 처분청에서 진술한 내용을 보면, 쟁점건물에는 경비실, 공장 2동과 기숙사 건물이 있었으며, 공장 등을 43억5,000만원에 매입하면서 각 자산별로 구분해서 가액을 산정하지 않았으며, 차후에 구분했어야 한다는 생각을 하였고, OOO산업에서 OOO에 신축중인 건물이 완공될 때까지 계속 사용하는 조건으로 쟁점부동산을 매각하겠다고 하여 임대를 주게 되었으며, 임대기간은 취득일로부터 6개월 후인 2008.5.29.까지로 되어 있었는 바, 매입시에는 리모델링 비용이 3억 정도이면 가능할 것으로 판단하였으나, 견적을 내어 보니 건물골조를 제외하고는 전부 교체해야 하기 때문에 그 비용이 6, 7억원 이상 소요될 것으로 추산되어 신축하기로 결정하였음을 진술한 것으로 나타난다.

(3) 쟁점부동산의 취득 및 건축 추진현황을 보면, 청구법인과 OOO산업은 2007.11.28. 쟁점부동산에 대한 가계약을 체결하면서 가계약금 4억3,500만원을 지급하였고, OOO산업이 OOO에 신축중인 건물 완공시까지 쟁점건물을 사용하는 조건으로 2007.12.11. 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결하였으며, 2007.12.13 사용계약서를 작성하고, 청구법인은 2007.12.24 OOO산업으로부터 쟁점부동산 매입시, 쟁점토지는 2,746,045,920원, 쟁점건물은 1,458,140,773원, 부가가치세 145,814,007원, 합계 43억5,000만원에 매입한 것으로 나타난다.

(4)「건축법 시행령」 제2조에서 신축이라 함은 건축물이 없는 대지(기존 건축물이 철거 또는 멸실된 대지를 포함한다)에 새로이 건축물을 축조하는 것(부속 건축물만 있는 대지에 새로이 주된 건축물을 축조하는 것을 포함하되, 개축 또는 재축에 해당하는 것을 제외한다)을 말하고, 개축이라 함은 기존 건축물의 전부 또는 일부(내력벽·기둥·보·지붕틀 중 3이상이 포함되는 경우를 말한다)를 철거하고 그 대지안에 종전과 동일한 규모의 범위안에서 건축물을 다시 축조하는 것을 말한다고 규정하고 있으며, OOO구청장의 2008.8.18.자 건축허가서에 의한 신공장 건축허가 내역을 보면, 아래 ＜표1＞과 같이 쟁점건물 연면적 3,042.43㎡보다 신공장 연면적(1,666㎡)이 작은 것으로 나타난다.OOO(5)「부가가치세법」제17조제2항 규정에 의하면, 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서, 제4호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액을 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제60조 제6항에서 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다고 규정하면서, 제2호에서 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액을 토지관련 매입세액으로 규정하고 있다.

(6) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합해 볼 때, 「건축법」에서 신축과 개축에 대한 개념의 정의를 규정하고 있는 데, 개축은 완전개축과 부분개축으로 구분되며, 완전개축의 경우는 신축과 다름이 없는 바, 이 건의 경우는 쟁점건물은 일부를 철거한 것이 아닌, 전체를 철거한 후, 건축허가를 받아 새로운 건물을 건축한 것이므로 실질적인 신축에 해당하는 것으로 보이며, 쟁점부동산의 취득경위 등으로 볼 때, 청구법인이 신공장을 신축하여 사용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하여 건축한 것으로 판단된다.

따라서 쟁점건물의 매입 및 철거비용 등은 기존 건축물을 매입하여 철거하는 일련의 비용으로서 궁극적으로는 신공장을 건축하기 위한 토지를 사용하기 위하여 지출한 비용으로서「부가가치세법 시행령」제60조제6항 제2호의 규정에 의한 토지관련 매입세액으로 판단되므로 처분청이 관련 매입세액을 불공제하고 청구법인에게 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.