피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 과다하게 공제 하였는지 여부

청구법인은 승계한 이월결손금을 피합병법인의 사업부분에서 발생한 소득금액에서만 공제하였다고 주장하나, 청구법인이 2009ㆍ2010사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 각

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ㅇ백만원,

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ㅇ백만원 과다공제한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 과다공제 받은 이월결손금에 대해 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 1993.3.10.부터 현재까지 서울특별시 OOO(이하 “본점”이라 한다) 등에서 OOO을 영위하는 법인사업자로, 2006.10.9. 서울특별시 OOO 주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)와 「법인세법」제45조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병(이하 “적격합병”이라 한다)을 하였고, 2010.6.1. 경기도 OOO이라 한다)을 설치하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2009·2010사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 각각 OOO 과다공제한 것으로 보아 2012.11.12. 청구법인에게 2009사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.2.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 본점, 피합병법인, OOO별로 구분경리하면서 법인세법령에서 규정한 바와 같이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 청구법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하여 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청 의견

합병으로 승계한 이월결손금은 피합병법인의 사업부문 소득금액을 한도로 공제하여야 함에도 청구법인은 아래 <표1>과 같이 법인세 신고시 이월결손금을 과다공제한 것으로 나타난다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 과다공제 하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제44조【합병평가차익상당액의 손금산입】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액 중 주식 등의 가액이 100분의 95 이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 계속 영위할 것 제45조【합병에 따른 이월결손금의 승계】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계하는 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금은 이를 합병법인의 결손금으로 보아 그 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제3호 단서의 규정에 해당되어 구분경리하지 아니한 합병법인의 경우에는 그 소득금액을 대통령령이 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 이를 공제한다.

1. 제44조 제1항 각호에 해당할 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

3. 합병법인이 제113조 제3항의 규정에 의하여 구분경리할 것. 다만, 제25조 제1항 제1호의 규정에 따른 중소기업간 또는 동일사업을 영위하는 법인간 합병하는 경우에는 구분경리하지 아니할 수 있다.

(2) 법인세법 시행령 제81조 【합병에 따른 이월결손금의 승계】

① 법 제45조 제1항의 규정에 의하여 합병법인이 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 경과한 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 “승계결손금의 범위액”이라 한다)으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2006.10.9. 본점과 피합병법인 간의 합병이 적격합병에 해당한다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (2)본점, 피합병법인, OOO의 각 사업연도별 소득금액 발생내역은 아래 <표2>와 같다.

(3) 위 관련법령에 따라 계산한 청구법인의 각 사업연도별 이월결손금 공제가능액 및 과다공제액은 아래 <표3>과 같다.

(4) 청구법인은 법인세법령에서 규정한대로 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 적정하게 공제하여 법인세를 신고하였다고 주장하며, 본점 등의 2003～2011사업연도 법인세 과세표준 및 세액신고서를 제출하였다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2009·2010사업연도 법인세 신고시 법인세법령에서 규정한 대로 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 적정하게 공제하였다고 주장하나, 위 <표3>과 같이 청구법인이 2009·2010사업연도 법인세 신고시 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금을 각각 OOO 과다공제한 것으로 보이므로 청구법인에게 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법 」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다 .