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특수관계 법인 간 불공정합병은 어떻게 과세되는가?

국세청 공식 회신문서번호 서면-2016-법인-4217회신일 2016.09.12세목 법인세회신 후 개정
1. 질문특수관계 법인 간 불공정합병은 어떻게 과세되는가?2. 공식 회신국세청 · 2016.09.123. 다툰 결과0건 직접 · 62건 조문 연결4. 현행 조문6개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신 2016.09.12

불공정합병으로 분여한 이익은 익금산입하며 합병매수차익은 5년간 균등하게 익금산입한다.

특수관계 법인 간 합병비율과 합병매수차익 및 부당행위계산 규정의 적용을 물었다. 불공정합병으로 분여한 이익은 익금산입하며 합병매수차익은 5년간 균등하게 익금산입한다. 동일한 법인이 합병 당사자의 1인 주주인 경우 외에는 불공정합병 규정이 적용된다.

근거 조문 법인세법 제52조 법인세법 제88조제1항제8호 법인세법 제106조제1항 법인세법 제44의2조

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

사실관계

특수관계에 있는 법인 간 합병에서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가해 불공정한 비율로 합병하는 경우가 전제되었다. 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 법인인 경우도 질의되었다.

질의요지

정관상 존속기간 범위내에서 수익성 제고 등을 위해 신축된 물류센터를 일시 임대한 후 양도하는 경우에는 같은 호 가목에서 규정하고 있는 특정사업의 운용요건을 갖춘 것으로 보는 것임

회답

법인세과-2397

본문(원문)

1. (질의1ㆍ5관련)「법인세법」제52조 및 같은법시행령 제88조 제1항 제8호 가목의 규정에 의하여 특수관계있는 법인간의 합병에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우 당해 법인의 주주 등인 법인이 특수관계에 있는 다른 주주 등에게 분여한 이익은 그 이익을 분여한 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하고 같은법시행령 제106조 제1항 각호의 규정에 따라 소득처분하는 것임

2. (질의2ㆍ4관련)「법인세법」제44조의2의 규정에 의하여 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액("순자산시가")보다 적은 경우에는 그 차액(“합병매수차익”)을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입하는 것이며, 이 경우 양도가액은 같은법시행령제80조제1항제2호에 따라 계산한 금액으로 하는 것임

3. (질의3관련) 특수관계자인 비상장법인간에 불공정한 비율로 합병한 경우로서 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 법인으로 1인 주주인 경우 외에는「법인세법시행령」제88조제1항제8호가목의 규정이 적용되는 것임

정제 정리

질의

1. 특수관계있는 법인간 불공정한 비율의 합병에 따른 분여이익의 처리

2. 합병법인이 지급한 양도가액이 순자산시가보다 적은 경우 합병매수차익의 처리

3. 특수관계자인 비상장법인간 불공정합병에 대한 규정 적용 여부

회답

1. (질의1ㆍ5관련)「법인세법」제52조 및 같은법시행령 제88조 제1항 제8호 가목의 규정에 의하여 특수관계있는 법인간의 합병에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우 당해 법인의 주주 등인 법인이 특수관계에 있는 다른 주주 등에게 분여한 이익은 그 이익을 분여한 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하고 같은법시행령 제106조 제1항 각호의 규정에 따라 소득처분하는 것임

2. (질의2ㆍ4관련)「법인세법」제44조의2의 규정에 의하여 합병법인이 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액("순자산시가")보다 적은 경우에는 그 차액(“합병매수차익”)을 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입하는 것이며, 이 경우 양도가액은 같은법시행령제80조제1항제2호에 따라 계산한 금액으로 하는 것임

3. (질의3관련) 특수관계자인 비상장법인간에 불공정한 비율로 합병한 경우로서 합병법인의 주주와 피합병법인의 주주가 동일한 법인으로 1인 주주인 경우 외에는「법인세법시행령」제88조제1항제8호가목의 규정이 적용되는 것임

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다. 전체 62건 중 최신 12건을 표시한다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면-2016-법인-4217 (2016.09.12 회신), "특수관계 법인 간 불공정합병은 어떻게 과세되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000205510/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000205510)
원 제목
합병비율을 상증법상 보충적 평가방법에 의해 산정해야 하는지 여부
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-09
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap
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