장기보유특별공제 45% 적용범위에 주택정착면적 5배 초과 토지면적이 포함되는지(기각)

고가주택 등에 대하여 그 장기보유로 인한 세부담의 증가를 완화하기 위하여 종전의 기준면적 미만의 고가주택에 대한 장기보유특별공제규정과 같은 연장선에서 동 규정이 제정된 것으로 보아 기준면적을 초과하는 토지까지 이러한 규정이 해당되는 것은 아닌 것으로 판단됨

1. 처분개요

청구인은 2006.5.30. OOO OOO OOO OO OOOO 소재 주택 54.4㎡ 및 토지 945㎡(이하 쟁점부동산 이라 하다)를 양도하고 양도소득세 과세표준 예정신고시 주택의 부수토지 중 건물이 정착된 면적의 5배수이내의 토지(이하 “기준면적”이라 한다)는 양도차익의 45%를 장기보유특별공제액으로 계산하고, 주택의 부수토지 중 건물이 정착된 면적의 5배수를 초과하는 토지(이하 “기준면적 초과토지”라 한다)는 양도차익의 30%를 장기보유특별공제액으로 계산하여 2006.7.25. 양도소득세를 신고·납부하였으나, 2007.1.26. 주택의 부수토지 중 기준면적 초과토지에 대하여도 45%의 장기보유특별공제를 적용하여 달라는 내용으로 처분청에 경정청구를 제기하였다. 처분청은 2007.2.11. 주택의 부수토지 중 기준면적 초과토지에 대하여는 15년이상을 보유하였다 하더라도 30%의 장기보유특별공제가 적용된다 하여 청구인의 경정청구를 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.5.7. 이의신청을 거쳐 2007.9.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

당초 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 양도차익에 대한 장기보유특별공제를 주택의 부수토지 중 기준면적이내 토지에 대하여만 45%를 적용하고 나머지 기준면적 초과토지에 대하여는 30%를 적용하여 신고하였으나, 소득세법 제89조 는 비과세되는 1세대 1주택의 범위를 정한 것이며 장기보유특별공제도 동 조항을 적용한다고 규정되어 있지 아니하므로 전체 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 45%를 적용함이 타당하므로 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

소득세법 제95조 제2항 제3호 단서의 규정에 의하여 장기보유특별공제액을 양도차익의 45%로 하는 1세대 1주택에는 동법 제89조 제1항 제3호의 규정에 준용하여 1세대 1주택 및 그에 부수되는 토지 만 해당한다고 판단되므로 경정불가를 통지한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 장기보유특별공제액을 양도차익의 100분의 45로 하는 1세대 1주택의 범위를 1세대 1주택과 그 주택의 부수토지 중 건물이 정착된 면적의 5배수만 해당된다고 보아 청구인의 경정청구를 거분한 처분의 당부

나. 관련법령

소득세법 제89조 【비과세양도소득】

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 주택부수토지 라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 소득세법 제95조 【양도소득금액】

② 제1항에서 장기보유특별공제액 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의

30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택 이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 1세대 라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(괄호생략)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

⑦ 법 제89조 제1항 제3호에서 지역별로 대통령령이 정하는 배율 이라 함은 다음의 배율을 말한다.

1. 도시지역안의 토지 5배

2. 도시지역밖의 토지 10배 소득세법 시행령 제159조의 2 (2005.12.31 대통령령 제19254호로 개정된 것)【15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택】법 제95조 제2항 제3호 단서에서 대통령령이 정하는 1세대 1주택 이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조 제155조의 2 제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 장기보유특별공제액을 양도차익의 100분의 45로 하는 1세대 1주택의 범위를 주택의 부수토지 중 기준면적 초과토지에 대하여도 해당된다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(2) 청구인은 쟁점부동산을 1988년 취득하여 15년이상 보유한 1세대 1주택이나 쟁점부동산의 양도가액이 6억원이상 고가주택에 해당되고 쟁점부동산의 주택부수토지가 945㎡로서 기준면적은 272㎡(건물이 정착된 면적 54.4㎡의 5배수)이고 이를 초과하는 면적은 673㎡라는 사실에 다툼이 없다.

(3) 소득세법 제89조 제1항 제3호에는 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 기준면적이내의 토지에 대하여 양도소득세를 비과세한다고 규정되어 있고, 소득세법 제95조 제2항 제 3호에 의하면 자산의 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 30이고 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45에 해당하는 장기보유특별공제액을 양도차익에서 공제한다고 규정되어 있다.

(4) 2005년 12월 31일 개정된 소득세법시행령 제159조의 2 (15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세대 1주택)에 의하면 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택에 대하여 45％의 장기보유특별공제가 적용되는 것으로, 여기에는 일시적으로 2주택이 되는 경우의 1세대 1주택의 특례 규정(영 제155조), 장기저당담보주택에 대한 1세대 1주택 특례 규정(영 제155조의 2), 주택과 조합원입주권을 소유한 경우의 1세대 1주택 특례 규정(영 제156조의

2) 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대가 1주택을 보유한 것으로 보는 주택을 포함한다고 규정되어 있어 1세대 1주택 및 그 부수토지와 관련되어 이러한 장기보유특별공제가 적용되는 사실이 확인된다.

(5) 동 규정은 기존에 기준면적 미만 장기보유특별공제에 대한 우대규정(5년～10년이상 보유시 양도차익의 25%, 10년이상 보유시 양도차익의 50%)을 삭제하면서 15년 이상 보유시 1세대 1주택에 해당함에도 비과세 요건을 충족하지 못함에 따라 과세되는 주택에 대하여 규정된 것이다.

(6) 위 관련법령 등을 종합하여 보면, 소득세법 제95조 제2항 제3호 단서의 규정에 의하여 장기보유특별공제액을 양도차익의 45%로 하는 1세대 1주택에 대한 적용요건은 1세대 1주택에 해당함에도 거주요건 등 비과세 요건을 충족하지 못함에 따라 과세되는 주택 또는 1세대 1주택의 비과세 요건을 충족하는 고가주택 등에 대하여 그 장기보유로 인한 세부담의 증가를 완화하기 위하여 종전의 기준면적 미만의 고가주택에 대한 장기보유특별공제규정과 같은 연장선에서 동 규정이 제정된 것으로 보아 기준면적을 초과하는 토지까지 이러한 규정이 해당되는 것은 아닌 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.