양도소득세가 감면되는 8년 이상 자경농지에 해당한다고 볼 것인지 여부(취소)

실경작자 인적사항 등을 제시함이 없이 농업손실보상을 수령하지 아니하고 사업실적이 있다는 사유로 농지를 경작하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 부당함

1. 처분개요

가.청구인외 3인은 1989.5.27. OOO OOO OOO OOO OOO O O,OOOO를 공동취득하여분할 후, 청구인은 청구인 지분인 125-7 전 1,144㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)을 2008.2.13. OOO OOO에 양도하고 2008.3.4. 양도소득세 신고시 쟁점농지가 8년 이상 자경농지에 의한 양도소득세 감면대상에 해당된다고 하여 감면세액 100,000,000원, 납부세액 60,904,660원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2009년 3월 쟁점농지를 현지조사 한 결과, 청구인이 쟁점농지를 자경하지 아니한 것으로 보아양도소득세 감면적용을배제하고 감면신고세액 100,000,000원에 대하여 2009.6.4. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 100,000,000원을경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.8.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인 외 3명은 1989.5.27. OOO OOO OOO 전 2,548㎡를 공동지분 으로 취득한 후 자체측량으로 소유자 각 지분에 따라 경계를 명확히 하여 각각 경작하다가 공동소유자 중 OOO 지분이 경매로 인하여 소유권이 이전되었음에 따라 2001년 3월 공동소유자들의 각 지분에 따라 지번을 분할하였던 것으로, 청구인은 쟁점농지의 지분이 해당하는 OOO OOOOO 전 1,144㎡를 당초 취득시부터 단독으로 지배하여 왔음이 OOO OOO, OO OOOOO, OO OOOOO 등기부등본으로 구체적으로 확인 된다.청구인은1968년 당시 쟁점농지 소재지인 OOO OOOOOO으로 이주하여 현재까지 계속 거주하고 있고,쟁점농지를 양도할 당시에도 실제 경작상태에 있었음이 OO시의 경작현황 조사내역 등으로 구체적으로 확인되며,쟁점농지의 면적이약 300여평의 소규모로 타인에게 경작을 의뢰할 만한 규모도 아닐 뿐 아니라, 농촌출신인 청구인은농사일에 익숙하여 쟁점농지에 각종 농작물을 계속 경작하였음이 제출증빙으로 확인되므로 이 건 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점농지는 소유형태가 청구인 등의 공유지분이어서 공동소유자들의 토지경계구획이 분명하지 아니하고,OO시청이 쟁점농지에 대한 농업손실보상금을 청구인에게 지급한사실이 없으며, 청구인이 쟁점농지를자경하였다고 입증할 만한 농기계·비료·농약 등을 구입한 증빙을 제시하지 못하고 있다.또한, 청구인은 1978.7.4.부터 현재까지OOO OOO OO OO OOO에서사료판매업을 영위하면서 연 평균 1,600만원 상당의 수입금액이 있었던 것으로 보아 청구인이 쟁점농지 보유기간 중 농작물의경작에 상시 종사하거나 농작업에 2분의 1 이상을 자기의 노동력에의하여 경작 또는 재배한 자경요건에 해당되지 아니므로 이 건 처분은정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지에 대하여 양도소득세가 감면되는 8년 이상 자경농지에 해당한다고 볼 것인지 여부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서“농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2)조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다)또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함 한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙)

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는시(「지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복 합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를제외한다.

가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑫ 법 제69조 제1항에서 "직접 경작" 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 신설)

다. 사실관계 및 판단

처분청은 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하지 아니한 것으로보아 이 건을 처분한데 대하여 청구인은 실제 경작하였다는 주장과 함께 그 증빙으로OOOO 감정평가단 조사자료, 보상담당공무원의 확인서, 농약·비료 구입영수증 및 인우증명서 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 「조세특례제한법」제69조와 2006.2.9. 개정된 같은 법 시행령제66조를보면, 양도소득세가 감면되는 자경농지는 거주자가농지소재지나 그와연접한 시ㆍ군ㆍ구에서 8년 이상 거주하면서직접경작한 토지 로서, 양도당시 농지이며, 농지취득일로부터 양도일까지 8년 이상 자경요건을 갖추어야 함을 알 수 있고, 여기서 ‘직접 경작’이라 함은 ‘거주자가 그 소유농지에서농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시종사하거나농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여경작 또는재배하는 것을 말한다고 규정하고 있다.

(2) OOO OOO OOO OOO OOO, OO OOOOO, OO OOOOO, OO OOOOO의 등기부등본을 보면,청구인외 3명은1989.5.27.OOO OOO OOO OOO OOO O O,OOOO를공유지분(청구인 2,514분의 1,180.2, OOO 2,514분의 664.5, OOO 2,514분의 400.3, OOO 2,514분의 269)으로 취득하였고,위의 토지가 부정형이므로 1995.12.12. 77㎡를125-3로분할하여 OO시로 소유권을 이전하여 OOO OOO의 면적은2,437㎡로 축소되었으며,공동소유자들은 OOO OOO 전 2,437㎡를 2001.3.7.과 2001.4.3. 각 지분에 따라 아래 <표1>과 같이 지번을 분할 하였는 바,<표1> OOO OOO OOO OOOOO 2,437㎡ 분할 현황 등2000.12.29. 당초 공유소유자인 OOO 지분(644㎡)을 임의공매를 통해 취득한 OOO는 2001.3.7. OOO 지분(261㎡)을 합한905㎡를 OOO OOOOO로 분할하여 단독소유권으로 변경하는 등 OOOOOO 전 2,437㎡가 공동소유자들의 각 지분에 맞게 3필지(OOO: 오정동125 388㎡,OOO: 오정동 126-6 905㎡, 청구인: OOO OOOOO 1,144㎡)로분할된것으로보아 OOO OOO 공동소유자들은 위 토지를 취득(1989.5.27.)한 후자체측량을 통해 각 지분에 맞게 구획하여 별도 경작하였다가2001년 3월에 분할·등기하였고,오정동125와 125-7의 공유소유자인청구인과OOOOOOO(이상 당초 소유자인 OOO의상속자)이 등기부등본상 소유형태(공유지분)와 다르게 청구인은 OOOOOOOO 전 1,144㎡, OOOOOOOO OOO OOO 전 388㎡을 취득 시부터 각각 구분하여 경작하였다는 청구인의 주장을 신뢰할 수 있어 보인다.

(3) 청구인의 주민등록초본에 의하면,청구인은 1974.6.23.부터 현재까지 쟁점농지 소재지 연접지역인OOOOOO OOO OOOO OOOOOO에서 거주하고 있는 것으로나타나고, 쟁점농지가 소재한 OOOO OOO OOOO OOO는연접 시·군·구에 해당하나, 청구인이쟁점농지를 취득당시(1989.5.27.)에는 동일한 행정구역인중구에 속하였으므로 청구인이 거주요건을 충족하였음이 확인된다.

(4) 처분청 직원이 2009.3.5. OOOO에 현지출장하여 수보한 자료를 보면, OOOO 감정평가단이 2007년 6월 쟁점농지에 대한보상가격을 산정하기 위해 조사한 서류와 사진상 쟁점농지에 옥수수·감자·호박·콩·마늘 등이 경작되고 있었던 것으로 확인하고 있는것으로 보아 청구인이 쟁점농지를 양도할 당시 농지임을 알수 있다.

(5)한편, 처분청은 청구인이쟁점농지에 대한 농업손실보상금을 수령하지 아니하였고, 쟁점농지 보유기간 동안사료판매업을 영위한 것으로 보아청구인이 쟁점농지를 직접 경작한 것으로 볼 수 없다는 의견이다.

(6) 그러나, 경기도 OOO의 쟁점농지에 대한토지수용확인서에 의하면, 청구인이 쟁점농지의 보상금(801,680,180원)을 2008년 2월에수령한 것으로 기재되어 있고, OOOO OOOOO OOO(OOOOOOOOOOO OOOOOO)이 2009.4.2. 처분청에 제출한 쟁점농지의농업손실보상금 지급관련 경위서에 의하면,청구인과 2007.12.21. 보상협의를 함에 있어 농업손실보상금도 동시에 청구하였어야 하나 구비서류를 갖추려면 시간이 필요한데 그 당시 긴급자금이 필요하다며 농업손실보상금에 대하여 포기의사를 밝혔기에 토지보상금만 지급한 사실이있다고 확인하고 있으며,2008.2.21.자 OOOOOO OOOOO OOOOOO OOOO, OOOOO OOOOO OOOOO OOO호에 대한 예비당첨자(청구인)동·호수확인서에 의하면, 예비당첨자 계약은2008.2.22. 16:30분까지이고 계약 종료시까지 구비서류 및 계약금(31,290천원)을완납하도록 기재되어 있고, 2008.2.21.자 아파트 계약금 수납영수증에 의하면위 아파트 계약금 31,290천원을 청구인이 납입한 것으로 되어있는 점에비추어 쟁점농지의 보상금을 조기에 수령하기 위하여 농업손실보상금을신청하지 못하였다는 청구주장에 신빙성이 있다고 보여진다.

(7) 또한, 청구인이 쟁점농지를 보유한 기간동안 OO시 소사구심곡본동 553에서 OO사료(개사료) 판매업을 영위한 실적은 아래 <표2>와 같은 바,<표2>청구인 수입금액과 소득금액 내역(단위: 천원)

귀속년도

수입금액

소득금액

귀속년도

수입금액

소득금액

1998

27,399

1,561

2003

15,260

1,052

1999

21,932

1,250

2004

14,935

1,789

2000

-

-

2005

14,745

1,325

2001

16,959

966

2006

16,255

3,070

2002

16,887

1,165

2007

10,661

703

수입금액과 소득금액은 연 10,661천원～27,399천원이고, 청구인의 처 이근자의경우 1998년 이후 현재까지 소득금액이 발생하지 아니하였음이국세통합 전산망에 의하여 확인되는 점에 비추어 취급품목(개 사료)의특성(고객이 주로 여성임)상 이근자가 주로 영위하였다는 청구주장이 신빙성이 없는 것으로 보기는 어렵다.

(8) 위의 내용을 종합하면, 청구인 외 3명은 OOO OOO 전 2,514㎡를공유소유지분으로 취득한 후 자체측량으로 소유자들의 각 지분에따라 경계를 구획하여 관리하다가 공동지분소유자 중 OOO의 소유권이 변경된 2001년도각 지분에 따라분할·등기하였다고 보여지고,OOOOOO O OOOO 및동소 125-7 전 1,144㎡가청구인 및 OOOO OOO(이상 당초 소유자인 OOO의 상속자)의 공동지분소유로 등기 되어 있다고 하나, 실제는 청구인이 OOO OOOOO 전 1,144㎡,OOOO OOOO OOO OOO 전 388㎡를 각각 나누어서 경작하였다고 보여 지며, 청구인이 쟁점농지 보유기간(약 19년) 동안 쟁점농지 소재지에서계속 거주한 점, 위의OO시청 감정평가단조사자료, OO시청 토지보상담당공무원의 확인서,청구인의 수입금액이 연간 2,730만원～1,066만원 정도인점, 쟁점농지가 1,144㎡로 비교적 소규모인 점을 감안할 때, 청구인이 쟁점농지 소재지에서 거주하면서 8년 이상 자경하다가 OOO에 협의이전한 것으로 봄이 타당하다고 판단된다.

따라서, 처분청은 쟁점농지의 실제 경작자가 청구인이 아니라고 입증할 만한 객관적인 증빙(실경작자 인적사항 등)을 제시함이 없이청구인이 농업손실보상을 수령하지 아니하고 사업실적이 있다는사유로쟁점농지를 경작하지 아니한 것으로 보아과세한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.