실질적인 당사자를 법인으로 보아 부당행위계산부인을 적용할지 여부(경정)

외자도입을 위하여 자기주식을 양도하는 형식으로 자금을 차입하면서 대주주의 주식도 함께 양도한 것으로 보아 동 주식의 거래행위가 조세의 부담을 부당히 감소시킨다고 볼 수 없음

1. 처분개요

1997.6.12. 청구법인은 동 법인이 보유하고 있던 자기주식 310,000주를, 청구법인의 대표이사인 이OO은 동인이 보유하고 있던 청구법인의 발행주식 650,000주(청구법인의 자기주식을 포함하여 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOOOO에 소재하는 청구외 OOOO OOOOO OOO(이하 “OOOO”라 한다)에게 1주당 9,200원에 각각 양도하면서 3년 후에 쟁점주식을 다시 취득하기로 OOO OOOOOO 계약을 체결한 후 2000.6.15. 동 OOO OOOOOO 계약에 따라 쟁점주식중 청구법인이 440,000주, 이OO이 520,000주를 1주당 12,725원에 각각 취득한데 대하여, 처분청은 OOOO를 실체가 없는 청구법인의 OOOOO OOOOOOO로 보고 1997.6.12. 쟁점주식의 양도중 이OO의 양도분에 대하여는 청구법인이 시가보다 고가로 양수(1주당 시가 “0원”인 것을 “9,200원”에 취득)한 것으로 보아 특수관계자간의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점주식의 양도가액 59억8,000만원을 익금 및 손금에 산입한 후, 위 양도대금중 이OO이 양도소득으로 신고한 34억3,590만원을 차감한 잔액 2,544,100,000원을 동인에 대한 1997년 귀속 상여로 소득처분하여 2003.2.20. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하는 한편, 2000.6.15. 이OO이 취득한 분에 대하여는 청구법인이 이OO에게 1주당 취득가액이 “0원”인 자기주식을 12,725원에 양도한 것으로 보아 자기주식처분익 66억1,700만원을 익금산입하여 2003.2.20. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 318,482,360원을 경정하여 고지하였다.

또한, 청구법인은 OOO OOO OOO OOO OOO번지의 공장(이하 “종전사업장”이라 한다)에서 병유리·제조업을 영위하다가 1997.1월 현 사업장인 OOOO OOO OOO OOO OOO번지로 이전한 후 1997.10.1. 종전사업장(잡종지 29,182㎡)위에 지하1층, 지상3층의 골프연습장(4,690.18㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축한 후 1998.2.28.까지는 청구법인이 직접 골프연습장을 운영하고, 1998.3.1.부터 1999.4.9.까지는 청구법인이 일부를 사용하고 나머지는 청구외 (주)OOO 등에 임대하다가 1999.4.10. 쟁점부동산을 (주)OOO에 양도한데 대하여, 처분청은 쟁점부동산의 보유현황에 대하여 1997.1.1.부터 1998.2.28.까지는 비업무용부동산으로, 1998.3.1.부터 1999.4.9.까지는 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 차입금과다법인이 임대건물의 연면적의 10% 이상을 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 각각 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 2003.4.12. 청구법인에게 법인세 2000사업연도 653,588,050원, 2001사업연도 34,503,030원을 각각 경정하여 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.2.20.의 처분에 대하여는 2003.5.14. 이의신청을 거쳐 2003.4.12.의 처분과 함께 2003.7.8. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주식의 양도는 외국인투자 및 외자도입을 위하여 1997.6월 재정경제원장관에게 신고하여 수리된 사항으로, 청구법인의 재정상태의 악화(1996년말 현재 누적적자 50억)로 모회사인 OOO그룹의 외부신인도를 이용하여 외국에서 자금을 유치하기 위하여 쟁점주식을 OOOO에게 양도하였으며, OOOO는 OOOOO에서 설립된 법인으로 쟁점주식의 취득자금도 해외에서 보증변동금리부사채를 발행하여 일반투자자들로부터 조달한 자금임에도 불구하고, OOOO를 청구법인의OOOOO OOOOOOO로 보아 쟁점주식의 양도·양수를 특수관계있는 자간의부당행위로 보아 법인세 및 대표자 상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

(2) 2003.2.20. 대표이사 이OO에 대한 1997년 귀속 상여로 소득처분한2,544,100,000원은소득세법 제20조의 근로소득으로서 이에 대한부과제척기간의 만료일이 2003.2.10.이므로 소득금액변동통지는 취소되어야 한다.

(3) OOO OOO OOO OOO번지에 있는 쟁점부동산은 사업장의 이전에 따라 유예기간(3년)중에 직접 운영하거나 임대하다가 양도하였고, 비업무용부동산 해당여부 판정시 주업의 기준이 수입금액기준에서 고유목적사업기준으로 변경되었음에도 불구하고 수입금액을 기준으로 쟁점부동산을 지급이자손금불산입 규정의 적용대상인 비업무용부동산 및 차입금과다법인의 보유자산에 해당되는지 여부를 판정하여 지급이자를 손금불산입한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 경영난으로 인하여 해외에서 자금을 조달할 목적으로 1997.5월에 OOOOO OOO이라는 조세회피지역에 OOOO를 설립한 사실을 인정하고 있고, OOOO의 설립목적이 자금조달목적이라면 쟁점주식의 양도대금이 청구법인으로 들어왔는지가 불분명할 뿐만 아니라 2000.6월 주식의 취득자금도 청구법인에서 지출되어야 함에도 불구하고 OOOOO 등의 차입금으로 지급된 사실 등으로 보아 OOOO는 단순한 청구법인의 OOOOO OOOOOOO에 불과하므로 쟁점주식의 실질취득자를 청구법인으로 보아 부당행위계산을 적용하여 법인세를 과세하고 대표자 상여로 소득처분한 당초 처분은 정당하다.

(2)대표이사 이OO에 대한 1997년 귀속 상여로 소득처분한 처분은종합소득세 신고를 하지 아니하였으므로 부과제척기간은 1998.6.1.부터 10년간으로 부과제척기간이 만료하지 아니하였고, 소득금액변동통지에 대하여 2003.3.10. 청구법인은 근로소득세로 원천징수하여 납부하였고, 2003.4.10. 청구인은 종합소득세로 신고한 사실이 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

(3) 청구법인이 쟁점부동산을 임대하면서 보유하고 있는 것은 부득이하게 일시적으로 보유하고 있는 것이 아니라 지가상승을 위하여 보유하고 있는 것이므로 쟁점부동산을 지급이자손금불산입 규정의 적용대상인 비업무용부동산 및 차입금과다법인의 보유자산으로 보는 것이 타당하며, 주업 판정기준도 차입금과다법인의 경우 종전과 같이 수입금액을 기준으로 하는 것이므로 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① OOOO를 청구법인의 OOOOO OOOOOOO로 보고 쟁점주식중 이OO과의 실질적 거래당사자를 청구법인으로 보아 특수관계자간 부당행위계산 부인규정을 적용할 수 있는지 여부와

② 대표자에 대한 상여로 소득처분한 근로소득세의 부과제척기간이 만료된 후에 소득금액변동통지를 한 것인지 여부와

③ 제조업을 영위하던 법인이 사업장 이전으로 종전사업장에 골프연습장을 신축하여 직접 경영하거나 임대하다가 양도한 경우 쟁점부동산을 지급이자손금불산입 규정의 적용대상인 비업무용부동산 및 차입금과다법인의 보유자산에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

1) 국세기본법(1997.12.13.법률 제5454호로 개정되기 전)제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.제26조의 2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 조세조약 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. (생 략)

② ～

③ (생 략)2) (구)법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)제3조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 다른 경우에는 그것이 실질상 귀속되는 법인에게 이 법을 적용하여 법인세를 부과한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 그 명칭여하에 불구하고 거래의 실질내용에 따라 이를 적용한다.제20조 【부당행위계산의 부인】정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

3) (구)법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것)제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】

① 생략

② 법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. ～

3. (생 략)

4. 출자자등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때

5. ～

9. (생 략)

③ ～

⑤ (생 략)4) (구)법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문개정되기 전의 것)제18조의 3 【지급이자의 손금불산입】

① 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것

2. ～

3. (생 략)

② 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우에 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 다른 법인의 주식 또는 출자지분(대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분을 제외한다)

2. 삭 제 (1993. 12.

31)

3. 임야 농경지 목장용부동산 등으로서 대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산(제1항 제1호의 규정을 적용받는 부동산의 부분을 제외한다)

③ ～

⑥ (생 략)5) (구)법인세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15970호로 전문개정되기 전의 것)제43조의 2 【지급이자의 손금불산입】

① ～

④ (생 략)

⑤ 법 제18조의 3 제2항에서 “대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인”이라 함은 차입금(제13항의 규정에 의하여 지급이자가 이미 부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배(소비성서비스업의 경우에는 자기자본상당액)를 초과하는 법인을 말한다. (이하 생략)

⑥ 법 제18조의 3 제2항에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 소비성서비스업을 영위하는 법인외의 법인의 경우지급이자×법 제18조의 3 제2항 제1호 및 제3호의 규정에 의한 자산합계액과 자기자본의 2배를 초과하는 차입금 상당액 중 적은 금액/총차입금

2. (생 략)

⑦ ～

⑩ (생 략)

⑪ 법 제18조의 3 제2항 제3호에서 “대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산”이라 함은 제5항의 규정에 의한 법인이 보유하는 임야·농경지·목장용 부동산·연수원용 또는 휴양소용 부동산등으로서 재정경제부령이 정하는 부동산을 말한다.

⑫ ～

⑮ (생 략)6) (구)법인세법시행규칙(1999.5.24. 재정경제부령 제86호로 전문개정되기 전의 것)제18조 【지급이자의 손금불산입】

① (생 략)

② 영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지의 경우에는 당해 토지를 취득한 후 5년(제2호에 해당하는 토지의 경우에는 공업배치 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우 당해 공장건설계획기간을 말한다) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.

1. ～

4. (생 략)

③ 제2항의 규정에 의한 법인의 고유업무는 다음 각호의 업무로 한다.

1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무

2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상 목적사업(행정관청의 인가 허가 등을 요하는 사업은 인가 허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무

④ ～

⑩ (생 략)

⑪ 제4항 및 제21항의 규정을 적용함에 있어서 주업의 판정은 다음 각호에 의한다.

1. ～

2. (생 략)

3. 기타 사업의 경우에는 수입금액이 큰 사업을 주업으로 한다. 이 경우 당해 법인이 생산한 축산물 또는지방세법 제197조제4호에 규정된 특수작물을 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 경우에는 축산업 또는 농업을 주업으로 하는 것으로 보아 제21항의 규정을 적용하되, 당해 법인이 생산한 축산물 또는 특수작물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농경지등의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농경지 또는 목장용지에 한하여 농업 또는 축산업을 주업으로 하는 것으로 본다.

4. (생 략)

⑫ ～

(20) (생 략)????영 제43조의 2 제11항에서 “재정경제부령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각호의 부동산을 말하며, 각호에 규정된 주업의 판정은 제4항 및 제11항의 규정에 의한다.

1. ～

7. (생 략)

8. 임대전용부동산(건물 기타 지상정착물을 임대한 경우로서 임대한 법인이 임대건물등의 연면적의 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 당해 건물등과 그 부속토지를 포함한다) 중 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한 부동산가. 임대업을 주업으로 하는 법인이 소유하고 있는 부동산나. ～ 아. (생 략)

9. ～

10. (생 략)????????(생 략)7) 조세특례제한법(1999.12.28. 법률 제6045호로 개정되기 전의 것)제135조【차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입】

① 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인이 다음 각호의 1에 해당하는 자산을 보유하는 경우 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. (생 략)

2. 임야 농경지 목장용부동산 등으로서 대통령령이 정하는 용도에 사용하는 부동산(법인세법 제28조제1항 제4호 가목의 규정을 적용받는 부동산을 제외한다)

② (생 략)8) 조세특례제한법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16669호로 개정되기 전의 것)제129조【차입금과다법인의 지급이자 손금불산입】

① 법 제135조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 법인”이라 함은 차입금(법인세법시행령 제53조의 규정에 의하여 지급이자가 이미 손금부인된 차입금을 제외한다)이 자기자본의 2배(법 제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업의 경우에는 자기자본 상당액)를 초과하는 법인을 말한다. 다만, 여신전문금융업법에 의한 여신전문금융회사(이하 이 조에서 여신전문금융회사 라 한다)에 대하여는 법 제135조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 차입금이 자기자본의 15배를 초과하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

② (생 략)

③ 법 제135조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액”이라 함은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 소비성서비스업을 영위하는 법인 외의 법인(여신전문금융회사를 제외한다)의 경우지급이자×제4항 제1호의 규정에 의한 지급이자 손금불산입 대상금액/총차입금

2. ～

3. (생 략)

④ 제3항 각호의 산식의 지급이자 손금불산입 대상금액은 다음 각호와 같다.

1. 소비성서비스업 외(여신전문금융업을 제외한다)의 사업부분의 지급이자 손금불산입 대상금액 : 법 제135조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산합계액과 자기자본의 2배를 초과하는 차입금상당액 중 적은 금액. 이 경우 자산자기자본 및 차입금은 소비성서비스업 외(여신전문금융업을 제외한다)의 사업부분에 해당하는 것에 한한다.

2. ～

3. (생 략)

⑤ ～

⑧ (생 략)9) 조세특례제한법시행규칙(1999. 4. 26. 재정경제부령 제76호로 개정된 것)제56조 【차입금과다법인의 지급이자 손금불산입 특례】

① (생 략)

② 영 제129조 제7항에서 “재정경제부령이 정하는 부동산”이라 함은 다음 각 호의 부동산을 말한다.

1. ～

6. (생 략)

7. 임대전용부동산(건물 기타 지상정착물을 임대한 경우로서 임대한 법인이 임대건물 등의 연면적의 100분의 10 이상을 직접 사용하지 아니하는 경우 당해 건물 등과 그 부속토지를 포함한다) 중 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외한 부동산가. 임대업을 주업으로 하는 법인이 소유하고 있는 부동산나. ～ 아. (생 략)

8. ～

9. (생 략)

③ (생 략)

다. 사실관계 및 판단

1) 쟁점 ①에 대하여 살펴본다.

(1) 1997.6.12. 청구법인과 동 법인의 대표이사 이OO은 쟁점주식(청구법인이 보유하고 있던 자기주식 310,000주와 이OO이 보유하고 있던 청구법인의 발행주식 650,000주)을 OOOO에게 1주당 9,200원에 각각 양도하면서 3년 후에 쟁점주식을 다시 취득하기로 OOO OOOOOO 계약을 체결한 후, 동 OOO OOOOOO 계약에 따라 2000.6.15. 쟁점주식중 청구법인이 440,000주, 이OO이 520,000주를 1주당 12,725원에 각각 취득한 사실이 청구법인이 제출한 쟁점주식 양도·양수계약서 등에 의하여 확인된다.처분청은 OOOO를 실체가 없는 청구법인의 OOOOO OOOOOOO로 보고 1997.6.12. 쟁점주식의 양도중 이OO의 양도분에 대하여는 청구법인이 시가보다 고가로 양수(1주당 시가 “0원”인 것을 “9,200원”에 취득)한 것으로 보아 특수관계자간의 부당행위계산 부인규정을 적용하여 쟁점주식의 양도가액 59억8,000만원을 익금 및 손금에 산입한 후, 위 양도대금중 이OO이 양도소득으로 신고한 34억3,590만원을 차감한 잔액 2,544,100,000원을 동인에 대한 1997년 귀속 상여로 소득처분하여 2003.2.20. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하는 한편, 2000.6.15. 이OO이 취득한 분에 대하여는 청구법인이 이OO에게 1주당 취득가액이 “0원”인 자기주식을 12,725원에 양도한 것으로 보아 자기주식처분익 66억1,700만원을 익금산입하여 2003.2.20. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 318,482,360원을 경정하여 고지한 사실이 법인세경정결의서 및 소득금액변동통지서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점주식의 양도는 외국인투자 및 외자도입을 위하여 1997.6월 재정경제원장관에게 신고하여 수리된 사항으로 외국에서 자금을 유치하기 위한 것이며, OOOO는 OOOOO에서 설립된 법인이고, 쟁점주식의 취득자금도 해외에서 보증변동금리부사채를 발행하여 일반투자자들로부터 조달한 자금임에도 불구하고, OOOO를 청구법인의 OOOOO OOOOOOO로 보아 쟁점주식의 양도·양수에 대하여 특수관계있는 자간의 조세회피를 위한 부당행위로 보아 법인세를 과세하고 대표자 상여로 소득처분하는 것은 부당하다고 주장하면서, 기존주식 등 취득신고서, 보증변동금리부사채 발행관련 서류, 주식대금의 입출금증명서 등을 증빙서류로 제출하고 있다. 우선, OOOO의 설립현황 및 주식소유현황을 살펴보면, OOOO는 1997.5월 OOOOO OOO에 OOOO(OOOOOO OOOOO OOO OOOOOOOOOOOOOOOOO)라는 OOOOO 법인에 의해서 A형주식 1천만주, 1주당US$ 0.01불, 자본금 US$100,000로 설립된 후 1997.6월 OO OOOOOO이 인수한 사실이 확인되며, 1997.6.18. 증자시 OOOOOO이 A형 주식 1만주(주당 US$ 1), US$ 10,000, 청구법인이 B형 주식 1만주(주당 US$ 100), US$ 1,000,000을 각각 출자하여 증자 후 주식 소유지분이 OOOOOO 99.9%(10,010,000주, 투자액 US$ 110,000), 청구법인 0.1%(10,000주, 투자액 US$ 1,000,000)로 되어 있다.

그리고, OOOO는 쟁점주식의 취득자금을 조달하기 위하여 주간사를 OO OOOOOOOO로 정한 후 보증변동금리부사채(20년 만기, US$ 9,000,000)를 발행하기로 계약을 체결한 후 OO회사인 OOOOOOOOO O OOOOO OOOO가 투자자를 모집하였으며, 보증변동금리부사채 발행에 대하여 청구외 구 OOOOOOOO이 만기상환에 대한 지급보증을 하였고, 청구외 OOO(주)가 다시 구 OOOOOOOO에 만기상환에 대하여 지급보증을 한 사실이 확인된다. 또한, 1997.6.24. 재정경제원장관에 의하여 수리된 기존주식등 취득 신고서 내용을 살펴보면, OOOO가 투자수익을 목적으로 청구법인과 이OO이 보유하고 있는 청구법인의 주식 960,000주를 1주당 9,200원에 취득하기 위하여 외국인투자및외자도입에관한법률에 의하여 신고하여 수리된 사실이 확인된다.

(3) 한편, 청구법인과 이OO의 쟁점주식의 양도·양수에 대한 거래대금의 수수내역 등을 살펴보면, 청구법인은 쟁점주식중 31만주를 OOOO에게 양도한 후 1997.6.24. 양도대금 28억5,200만원을 청구법인의 예금계좌(OOOO OOOOOOOOOOOOO)로 입금받은 사실이 확인되며, 이OOOOO OOOOO OOOOO OOOOOO OOO O OOOO OOOO,OOOOOOOOOO,OOOOOO OOOOOO OO OOOOO OOO OOOO, OOOOOOOOOO OOOOO OOOO OOOOOO(OOOO OOOOOOOOOOOOO)로 입금받은 사실이 확인되며, 2000.6.15. 쟁점주식을 재취득할 때 취득자금 66억1,700만원은 OOOOO에서 28억2,432만원, OOOOO에서 28억원을 각각 차입하고, 9억5,959만원은 예금에서 인출하여 취득한 사실이 확인된다.

(4) 한편,법인세법 제20조(부당행위계산의 부인)에서 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하면서, 같은 법시행령 제46조(법인의 부당한 행위 또는 계산)에서 출자자 등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때에는 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”로 규정하고 있다.

(5) 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위 계산을 말하고,법인세법 제20조에서 부당행위계산부인 규정을 둔 취지는 특수관계에 있는 자간의 거래가동법 시행령 제46조제2항 각호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써, 그 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인 바, 그 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것이다(OOO OOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO O OO OO OO).

(6) 이 건의 경우 위에서 본 바와 같이, 쟁점주식의 양도 및 재취득 경위, OOOO의 설립 및 주주구성 현황, OOOO의 쟁점주식 취득자금의 조성경위 등의 사실관계, 쟁점주식의 양도당시인 1997.6월경은 IMF 금융위기의 바로 직전의 어려운 상황으로 대다수의 기업들이 유동성을 확보하기 위하여 외국으로부터 자금을 차입하던 시기로 청구법인의 경우에도 외자도입을 위하여 자기주식을 양도하는 형식으로 자금을 차입하면서 대주주인 이OO의 주식도 함께 양도한 것으로 볼 수 있는 점과 법인세법상 부당행위계산 부인규정을 둔 취지 등을 종합적으로 감안하여 볼 때, 쟁점주식의 거래행위가 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것에 해당한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 처분청이 OOOO가 취득한 쟁점주식의 취득자금의 원천이 청구법인으로부터 나왔다거나 OOOO가 청구법인의 OOOOO OOOOOOO에 불과하다고 볼 만한 명확한 입증도 하지 못하고 있으므로 처분청이 쟁점주식의 양도·양수에 대하여 특수관계에 있는 자간에 조세회피를 위한 부당행위로 보아 법인세를 과세하고 대표자 상여로 소득처분한 것은 잘못된 것으로 판단된다.

2) 쟁점 ②는 쟁점 ①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다.

3) 쟁점 ③에 대하여 살펴본다.

(1) 청구법인은 종전 사업장인 OOO OOO OOO OOO OOO번지에서 병유리·제조업을 영위하다가 1997.1월 현 사업장인 OOOO OOO OOO OOO OOO번지로 이전한 후 1997.10.1. 종전사업장(잡종지 29,182㎡)위에 쟁점부동산인 지하1층, 지상3층의 골프연습장(4,690.18㎡)을 신축한 후 1998.2.28.까지는 청구법인이 직접 골프연습장을 운영하였으며, 1998.3.1.부터 1999.4.9.까지는 청구법인이 일부를 사용하고 나머지는 청구외 (주)OOO 등에 임대하다가 1999.4.10. 쟁점부동산을 (주)OOO에 양도하였다.처분청은 청구법인의 쟁점부동산 보유에 대하여 1997.1.1.부터 1998.2.28.까지는 비업무용부동산으로, 1998.3.1.부터 1999.4.9.까지는 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 차입금과다법인이 임대건물의 연면적이 10% 이상 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 각각 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 2003.4.12. 청구법인에게 법인세 2000사업연도 653,588,050원, 2001사업연도 34,503,030원을 각각 경정하여 고지한 사실이 처분청이 제출한 법인세경정결의서 등에 의하여 확인되며, 청구법인의 자본금 및 차입금 내역과 쟁점부동산의 임대현황은 다음과 같다.

ㅇ 청구법인의 자본금과 차입금 내역(단위 : 백만원)

(2) 청구법인은 쟁점부동산의 보유는 일시적인 것으로 종전 사업장의 이전에 따라 비업무용부동산으로 보지 아니하는 유예기간(3년)중에 양도하였고, 주업의 판정기준이 수입금액기준에서 고유목적사업기준으로 변경되었음에도 불구하고 수입금액기준으로 비업무용부동산 등을 판정한 후 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 법인세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 구 법인세법(1998. 12. 28. 전문개정 전)제18조의 3(지급이자의 손금불산입), 같은 법 시행령 제43조의 2 및 같은 법 시행규칙 제18조에서 법인이 부동산을 취득한 후 일정기간(1년～5년) 이내에 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 기준면적을 초과하는 부동산 등은 비업무용부동산으로 보도록 규정하면서, 법인이 사업의 일부 또는 전부를 휴업·폐업 또는 이전함에 따라 업무용부동산에 해당되지 아니하게 된 부동산의 경우 휴업·폐업 또는 이전일로부터 3년(1997.12.31. 개정전은 2년)내에 기존의 사업시설을 변경하지 아니하고 일시적으로 다른 용도에 사용하는 경우에는 비업무용부동산에서 제외(다만, 유예기간 중에 주업에 해당하지 아니하는 다른 사업으로 시설을 변경하거나 새로운 시설을 설치하여 다른 용도로 사용하는 경우에는 변경일로부터 비업무용부동산으로 봄)하도록 규정하고 있으며,주업 판정기준은 1997년 말까지는 수입금액을 기준으로 하였으나,1998년부터는 고유목적사업을 기준으로 하도록 규정하고 있다.또한, 조세특례제한법(1999.12.28. 개정 전) 제135조(차입금 과다법인의 지급이자 손금불산입), 같은 법 시행령 제129조 및 같은 법 시행규칙 제56조에서 차입금이 자기자본의 2배를 초과하는 법인이 임대건물의 연면적의 10%이상을 직접 사용하지 아니한 임대전용부동산을 보유하고 있는 경우 지급이자 손금불산입 규정을 적용하도록 규정하면서 주업의 판정기준은 수입금액을 기준으로 하도록 규정하고 있다.

(4) 이 건의 경우, 쟁점부동산의 보유가 비업무용부동산 등에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, 1997.1.1.부터 1997.12.31.까지는 종전사업장을 이전한 후 2년 이내의 기간으로 비업무용부동산 판정의 유예기간 중에 해당되나, 종전사업장 이전 후 주업인 병유리·제조업을 영위하지 아니하고 다른 사업인 골프연습장을 새로이 설치하여 운영하였으므로 비업무용부동산에 해당되고,1998.1.1.부터 1998.2.28.까지는 비업무용부동산 판정에 있어서, 주업의 기준이 종전의 수입금액기준에서 1998년부터는고유목적사업 기준으로변경되었는바, 청구법인의 법인등기부를 보면 운동설비 운영업이 목적사업으로 등재되어 있는 사실이 확인되므로 쟁점부동산인 골프연습장 운영도 주업에 해당하는 것으로 보아 비업무용부동산에서 제외하는 것이 타당하며,1998.3.1.부터 1999.4.9.까지는 차입금과다법인에 대하여 주업의 기준이 비업무용부동산 판정시의 주업 기준과는 달리 수입금액을 기준으로 하고 있어 청구법인의 수입금액중 병유리 제조업 수입금액이 가장 많으므로 골프운영업 및 임대업을 주업으로 볼 수 없고, 쟁점부동산의 임대면적중 지하보일러실(113.05㎡)은 공동시설물로 이를 직접 사용한 면적과 임대한 면적을 기준으로 안분계산하면 쟁점부동산중 직접 사용한 부분이 7.8%에 불과하므로 쟁점부동산을 차입금과다법인에 대한 지급이자손금불산입 규정의 적용대상인 임대전용부동산에 해당되는 것으로 판단된다.

따라서, 1997.1.1.부터 1999.4.9.까지의 쟁점부동산 운영 및 임대기간중 1998.1.1.부터 1998.2.28.까지의 기간에 대하여는 쟁점부동산을 비업무용부동산으로 본 처분은 부당하고, 나머지 기간에 대하여 비업무용부동산 등으로 보아 지급이자 손금불산입 규정을 적용하여 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유 있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.