쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

처분청이 20XX.X.X. 청구법인을 최초 방문하였을 때 청구법인은 쟁점물품을 대부분 보관하고 있었고, 처분청은 20XX.X.XX. 청구법인을 재차 방문하였을 때 미러링시스템의 실지재고수량이 장부상 재고수량보다 많았다는 의견이나 추정의 근거만 제시할 뿐 이를 객관적으로 확인할 수 있는 직접적인 증거를 제시하지 못하고 있으며,청구법인이 20XX년말 쟁점물품을 재고자산으로 반영하고 상대계정으로 외상매입금으로 계상하고 있고, 청구법인은 이 건 거래 이전에도 매입거래를 지속적으로 해 왔으며, 이전의 거래를 통해 형성된 신뢰관계를 바탕으로 쟁점매입처와 외상거래를 하게 되었다는 청구법인의 진술에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있음

1. 처분개요

가.청구인은 1988.4.29. 취득한OOO 토지상에1994.7.29. 신축·취득한주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2013.7.5.양도한 후, 2014.9.17. 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

나.처분청은 쟁점주택의 양도가액이 OOO으로 고가주택에해당하고, 청구인이 쟁점주택의 양도일 현재OOO 소재 주택(이하 “쟁점외1주택”이라 한다)및 같은 동 633-67 소재OOO(이하 “쟁점외2주택”이라 한다)를 보유하고 있는사실을 확인하여,2015.3.16. 청구인에게쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 및 장기보유특별공제 규정을 적용하지 아니하고 산출한 2013년 귀속 양도소득세 OOO을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2015.6.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 노후대책을 위하여 쟁점주택을 양도한 후에 대체주택을 취득하려 하였으나, 쟁점외1주택 소유자의 부탁으로 인하여 쟁점주택 양도전에 쟁점외1주택을 취득하였고, 쟁점외2주택은 거주목적으로 전세를 안고 적은 금액을 지불하고 취득한 것인바, 청구인이 쟁점외1·2주택을취득한 것은 투기목적이 아닌 단순한 법률의 무지로 인한 것이며, 쟁점주택 양도 당시 1세대 3주택에대하여 전혀 알지 못하였음에도 처분청이 이러한 점을 고려하지 아니하고, 쟁점주택의 양도에 대하여1세대1주택 규정의 적용을 부인하여 이 건양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

1세대 1주택에 대한 비과세는 국민주거생활의 안정과 거주이전의자유보장에 따른 예외적 조항으로 세법에서 정하고 있는 명확한 요건에부합되지 아니하는 경우 일반세율로 과세하는 것을 징벌적이라거나 비례의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없으므로 쟁점주택에 대하여 1세대 1주택 규정의 적용을 부인하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점청구인이 쟁점주택의 양도 당시 3주택을 보유한 것으로 보아 1세대1주택 적용을 배제하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구인은1988.4.29.OOO에 대한 소유권이전등기를 한 후,1994.7.29.위 토지상에 다가구주택 329.78㎡에 대한소유권보존등기를 하였고, 2013.6.14. 쟁점외1주택에 대한 소유권이전등기를 하였으며, 2013.6.24. 쟁점외2주택에대한 소유권이전등기를 하였고, 학교법인OOO은 2013.7.5. 쟁점주택에 대한 소유권이전등기를 한 사실을 알 수 있다.

(2)「소득세법」 제98조에서 자산의 양도차익을 계산할 때그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우등대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한날로한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령제162조 제1항 제1호에서대금을청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 규정하고 있다.

(3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」 제98조및 같은 법시행령제162조 제1항에 따르면, 부동산의양도시기를 원칙적으로 잔금청산일로 규정하면서 잔금청산일이 분명하지 아니한경우 등기접수일로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점주택 및 쟁점외1·2주택의등기사항전부증명서 등에 따르면 청구인은쟁점주택 양도 당시 1세대 3주택자에 해당한다 할 것이므로 처분청이 1세대1주택비과세 규정 등의 적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이없는 것으로판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에의하여주문과 같이결정한다.

<별지>

관련 법령

(1) 소득세법제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득2.대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합(分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득가. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택제95조(양도소득금액)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지)

① 납세지관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를하여야할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를하지아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

(2) 소득세법시행령제156조(고가주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의부분에서 "가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택"이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액{1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한금액을 말한다}이 9억원을 초과하는 것을 말한다.제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산)

① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

법 제95조 제1항에 따른 양도차익 X

양도가액 - 9억원

양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 X

양도가액 - 9억원

양도가액

제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조 전단에서 "대금을청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일