청구법인에 대한 법인세 경정조사시 적출(확인서)한 소득금액을 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 청구법인에게 갑종근로소득세를 과세한 처분의 당부(경정)

위 법인의 지점인 신설동지점에 성실신고 납부한 점으로 미루어 보아 본점에서도 성실신고한 것으로 보이는 한편, ○○통운(주) 대표이사 ○○는 ○○통운(주)의 본점에서 청구법인에게 동 기간중 000원(매입세액 00원)을 공급한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있어 위 법인의 총 매출액중에는 청구법인에게 매출한 위 금원이 포함된 것으로 판단됨

1. 사실 및 처분개요청구법인은 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 소재에서 OO토건(주) 이라는 상호로 건설업(토공사업)을 영위하는 법인으로 1996.6～12 서울지방국세청은 청구법인에 대한 1991～95사업년도분 법인세 경정조사시 청구법인이 위 사업년도의 결산서상 공사원가로 계상한 중기사용료 및 운반비계정의 매입세금계산서중 일부인 20,264,176,500원(공급대가는 부가가치세 2,026,417,648원 포함 22,290,594,148원)이 가공매입세금계산서인 사실을 적출(확인서징취)하고 결산과정에서 경비로 계상하지 아니한 부외경비 18,398,201,000원(노무비 17,376,007,000원, 사망배상금 195,000,000원, 공사비 827,194,000원)을 인정하여 위 가공매입(22,290,594,148원, 이하 “쟁점가공매입금액”이라 한다)에서 부외경비(18,398,201,000원)를 차감한 3,892,393,148원(매입부가가치세 2,026,417,648원, 순익금산입 1,865,975,500원)을 익금산입하는 등 하여 법인세 등을 과세하도록 아래 조사내용을 처분청에 통보하였다.아 래(단위 : 원)

년 도

가공매입세금계산서수취

(1)

부외원가추인

(2)

총익금산입

(3)

=(1)-

(2)

손금산입(매입VAT포함

(4)

순익금산입

(5)=(3)-

(4)

91

616,936,609

486,440,000

130,496,609

56,085,146

74,411,463

92

4,025,117,762

3,235,224,000

789,893,762

365,919,796

423,973,966

93

(쟁점)

7,107,282,025

5,434,896,000

1,672,386,025

646,116,547

1,026,269,478

94

(쟁점)

7,371,700,394

6,586,031,000

785,669,394

670,154,581

115,514,813

95

3,169,557,358

2,655,610,000

513,947,358

288,141,578

225,805,780

계

22,290,594,148

18,398,201,000

3,892,393,148

2,026,417,648

1,865,975,500

위 조사내용을 통보 받은 처분청은 1993사업년도 가공매입세금계산서 수취액 7,107,282,025원에서 부외원가 5,434,896,000원을 차감한 1,672,386,025원(이하 “쟁점소득금액(1)”이라 한다)과 1994사업년도 가공매입세금계산서 수취액 7,371,700,394원에서 부외원가 6,586,031,000원을 차감한 785,669,394원(이하 “쟁점소득금액(2)”라 한다)이 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보았는 바, 그 내용은 가공매입에 따른 각 사업년도의 매입부가가치세액(1993사업년도: 646,116,547원, 1994사업년도: 670,154,581원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)과 각 사업년도의 순익금산입액(1993사업년도 1,026,269,478원, 1994사업년도: 115,514,813원, 이하 “쟁점익금산입액”이라 한다)으로서 처분청은 쟁점소득금액(1), (2)가 청구법인의 대표이사 OOO에게 귀속된 것으로 보아 구소득세법 제21조제1항 제1호 (가)목에 의하여 1998.3.16 청구법인에게 1993년 귀속 갑종근로소득세 836,193,020원 및 1994년 귀속 갑종근로소득세 353,551,220원을 결정 고지하였다.청구법인은 이에 불복하여 1998.4.14 심사청구를 거쳐 1998.6.30 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견가. 청구법인 주장

(1) 처분청이 쟁점소득금액을 구법인세법 제32조제5항의 규정에 의하여 과세한 것이 아니라 구소득세법 제21조제1항 제1호 (가)목에 의한 근로소득으로 보고 귀속자인 OOO의 근로소득에 대한 원천징수의무자인 청구법인에게 1993년 및 1994년귀속 갑종근로소득세를 과세한 것이므로 당초 처분이 정당하다고 주장하나, 서울지방국세청에서 처분청에 하달한 제세결정결의서 통보공문에 첨부된 제세결정상황표에서도 기타 적출세액란에 이 건 관련세액이 인정상여갑근으로 분류되어 있으며, 처분청은 서울지방국세청 특조에서 하달한 지침에 따라 과세하였음을 기재하는 한편 과세근거를 명시하지 아니한 점을 볼 때 처분청은 구법인세법 제32조제5항의 규정에 의하여 과세한 것이 분명하고, 위 과세근거 규정은 헌법재판소가 위헌결정(94헌바14, 1995.11.30)을 내린 바 있으므로 이 건 처분은 근거법률의 효력이 상실된 위법한 처분이다.

(2) 특히, 처분청이 이 건 법인세경정조사시 청구법인의 대표이사 OOO에게 상여처분한 금액 3,892,393,148원 중 부가가치세상당액 2,026,417,648원(이 건은 1993년도분 부가가치세 646,116,547원 및 1994년도 부가가치세 670,154,581원)에 대하여는 그 실질귀속자는 국가인 사실을 확인할 수 있는 바, 현행 부가가치세법은 전단계세액공제방식을 취하고 있어 설령, 청구법인이 여러 사정으로 비록 가공매입계산서를 수취했다 하더라도, 동 매입세금계산서를 수취하면서 거래상대방에게 당해 세액을 지급한 사실(거래상대방 확인서)과 이를 수령한 상대거래처가 그 세액을 자기의 사업장관할 세무서에 매출세액으로 납부한 사실이 확인되는 이상, 그 소득의 최종 귀속자는 정부임이 분명하다 할 것이므로 이 건 소득처분과 관련된 위 쟁점매입세액은 상여처분에서 제외되어야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 쟁점(1)에 대하여(가) 법인세 과세표준 결정·경정 시 익금가산하는 금액의 귀속자와 소득의 종류를 정하는구법인세법 제32조제5항(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전)의 소득처분 규정의 위헌결정에 따라 위헌결정일(1995.11.30) 이후부터는 법인세법상의 소득처분절차에 의한 소득세 과세는 불가능하게 되는 것이나, 귀속자가 분명하고 소득세법에서 별도로 과세소득으로 열거되어 있는 경우에 당해 소득에 대하여는 소득세를 과세할 수 있는 것으로 보아야 할 것이며(같은 뜻: 대법원 97누2429, 1997.10.24외),(나) 서울지방국세청 특별조사반의 금융조사추적결과를 보면 청구법인은 가공거래처인 OO중기주식회사(OO은행 예금계좌OOOOOOOOOOOOO), OO상운(예금계좌 OOOOOOOOOOOOO), OO중기주식회사(예금계좌 OOOOOOOOOOOOO), OO통운(예금계좌 OOOOOOOOOOOOO)등 가공거래처별로 차명계좌를 개설하고 동 계좌에 쟁점가공매입금액을 입금한 후, OO은행 OO지점과 OOO지점 등에 대표이사 OOO, 부사장 OOO, 경리부장 OOO등 개인구좌로 다시 재입금한 후 수시로 출금하여 대표이사 OOO의 개인용도로 사용한 사실이 조사 확인된 바 있으며,(다) 1996.10월 조사공무원과 대표이사 OOO간에 작성된 문답서(진술서)를 보면, 쟁점가공매입금액에 상당하는 매입세금계산서를 수취하여 원가에 가공계산한 사실을 인정하고 있고, 쟁점가공매입금액에 대한 대표이사 OOO의 확인서를 보면, OO중기(주)외 13개 거래처로부터 쟁점가공매입금액에 대한 가공매입세금계산서 수취사실을 확인하였으며,(라) 소득의 귀속에 대한 대표이사 OOO의 확인서를 보면, “OOO 본인은 1991년도에서 1995년도까지 중기사용료 및 운반비 가공거래 22,290백만원(공급가액 20,

264백만원, 세액 2,026백만원)을 노무비 17,376백만원, 사망배상금 195백만원, 공사비 827백만원으로 지급하고 차액인 3,892백만원은 OO빌딩 신축자금, OO토건(주) 유상증자, OO건업(주) 설립자금 등 개인용도로 사용하였음을 확인합니다.”라고 확인하고 있는 점등을 볼 때,(마) 이 건 과세처분은 처분청이 헌법재판소가 1995.11.30 위헌결정한 구법인세법 제32조제5항 및 같은 법 시행령 제94조의 2 제1항의 규정에 의하여 결정 고지한 것이 아니고, 쟁점가공매입금액을 구 소득세법(1994.12.22 법률 제4803호로 개정되기 전) 제21조 제1항 제1호 (가)목에서 규정하는 근로의 제공으로 인하여 받는 수당과 이와 유사한 성질의 급여 가운데 쟁점가공매입금액을 청구법인의 대표이사인 OOO이 개인적인 목적으로 사용한 사실이 확인되어 이를 대표이사 OOO의 근로소득으로 보아 결정 고지한 것이므로 당초처분은 정당하다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여(가) 부가가치세를 가공거래처에게 지급하였다고 주장하고 있지만, 대부분 중기 지입회사와 운수회사로서 가공거래 후 부가가치세를 지급하였다고 할 만한 아무런 증빙도 없이 단순히 조사종결 후 가공거래처로부터 “가공세금계산서를 발행한 사실은 있지만 가공세금계산서에 대한 부가가치세는 수령한 것”이라는 확인서를 사후에 작성하여 제출하면서 전혀 거래도 없었다는 가공거래처에 부가가치세를 지급하였다고 하는 주장은 신빙성이 없고,(나) 동 가공거래처는 가공세금계산서를 발행하고도 이에 대한 부가가치세를 대부분 신고·납부를 하지 아니한 것으로 조사당시 확인한 바 있어 청구법인은 쟁점가공매입금액(부가가치세 상당액 포함)을 가공거래처의 차명계좌에 입금한 후 다시 대표이사 OOO등의 개인구좌로 돌려 임의 인출하여 사용한 사실이 확인되고 있으므로 쟁점가공매입금액에서 부외경비를 차감한 금액을 대표이사 OOO에 대한 근로소득으로 보아 과세한 당초처분은 정당하다고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인에 대한 법인세 경정조사시 적출(확인서)한 쟁점소득금액(1), (2)를 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 구소득세법 제21조제1항 제1호 (가)목의 규정을 직접 적용하여 청구법인에게 갑종근로소득세를 과세한 처분의 당부와

(2) 쟁점매입세액이 청구법인의 대표이사에게 귀속되었는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

구 소득세법 (1994.12.22 법률 제4803호 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제1호 (가)목에서는 갑종근로소득의 하나로서 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급·급료·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여를 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는 “근로소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있으며, 이를 받은 같은 법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것) 제43조 제1항에서는 근로소득의 범위에 “기밀비·교제비·직무별봉 기타 이와 유사한 명목으로 지급한 것으로서 사업을 위하여 사용된 것임이 분명하지 아니한 급여”가 포함되는 것으로 규정하고 있다.한편, 구소득세법 제142조제1항 및 제143조에 의하면 국내에서 거주자나 비거주자에게 배당소득금액, 갑종에 속하는 근로소득금액, 기타소득금액을 지급하는 자는 그 자에 대한 소득세를 원천징수하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 납부하여야 한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여(가) 처분청은 청구법인의 1991～95사업년도에 대한 법인세경정조사시 가공경비계상으로 적출된 소득금액 3,892,393,148원중 1993사업년도분 1,672,386,025원과 1994사업년도분 785,669,394원에 대하여 청구법인의 대표이사인 OOO을 실질귀속자로 추정하여 이 건 과세하였는 바 이의 과세경위를 살펴보면, 서울지방국세청장이 1996.6～12월 기간OO 청구법인에 대한 법인세경정조사를 하는 과정에서 청구법인이 수취하여 결산서상 공사원가로 계상한 중기사용료 및 운반비계정의 매입세금계산서중 일부인 20,264,176,500원(공급대가 22,290,594,148원)이 가공세금계산서인 사실과, 결산과정에서 경비로 계상하지 아니한 부외경비 18,398,201,000원이 있는 사실을 각각 발견하고, 위 쟁점가공매입금액에서 부외경비를 차감한 1,865,975,500원을 각 사업년도 소득금액계산 시 익금산입하고, 여기에 위 매입세금계산서와 관련된 부가가치세 상당액 2,026,417,648원을 합한 3,892,393,148원을 청구법인의 대표이사인 OOO에게 귀속된 것으로 보아 OOO로부터 확인서를 징취하였고, 이 건 갑종근로소득세도 쟁점소득금액(1), (2)가 OOO에게 귀속된 것으로 보아 과세한 사실이 과세기록에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인은 이 건 갑종근로소득세 과세의 전제가 되는 구법인세법 제32조제5항에 대하여 헌법재판소가 위헌결정을 하여 이를 근거로 한 소득처분 자체가 무효이므로 이 건 갑종근로소득세의 부과처분 또한 당연히 무효라고 주장하고 있으나, 이 건 처분의 기록을 살펴보면 처분청은 헌법재판소가 1995.11.30 위헌결정(94헌바14 및 93헌바32)한 구법인세법 제32조제5항(1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 및 같은 법 시행령(1994.12.31 대통령령 제14468호로 개정되기 전의 것) 제94조의 2의 규정에 의하여 쟁점소득금액(1), (2)를 청구법인의 대표이사인 OOO에게 상여로 처분하고 구소득세법 제21조제1항 제1호 (다)목의 규정에 의하여 이를 청구법인의 대표이사인 OOO의 소득으로 보아 이 건 과세한 것이 아니라, 구소득세법 제21조제1항 제1호 (가)목 및 같은 법 시행령 제43조 제1호의 규정에 의하여 쟁점소득금액(1), (2)를 청구법인의 대표이사의 소득으로 보아 과세하였음을 알 수 있어 구법인세법 제32조제5항 및 같은 법 시행령 제94조의 2에 대한 헌법재판소의 위헌결정을 이유로 이 건 과세처분의 취소를 구하는 청구주장은 이유가 없다 할 것이다.

(다) 또한 법인의 수익이 사외로 유출되어 대표자의 소득으로 귀속된 경우 그 소득이 소득세법상 어떠한 종류의 소득에 해당하는가의 문제는 원칙적으로 지급자 및 귀속자의 의사, 귀속자와 법인 사이의 기본적 법률관계, 소득금액, 소득의 귀속경위 등을 종합하여 판단될 문제로서 간접사실에 의한 추인의 여지를 배제하는 것은 아니라 할 것인 바(대법원 97누4456, 1997.12.26 같은 뜻),(라) 청구외 OOO은 청구법인의 대표이사의 지위에서 청구법인의 수익을 사외유출시켜 대표이사 자신에게 확정적으로 귀속시켰다면, 특별한 사정이 없는 한 이러한 소득은 대표이사에 대한 상여 내지 이와 유사한 임시적 급여로서 근로소득에 해당하는 것으로 추인 할 수 있다 할 것이므로 처분청이 쟁점소득금액 중(쟁점매입세액에 대하여는 쟁점(2)에서 심리) 쟁점익금산입액에 대하여 청구법인의 대표이사 OOO의 근로소득으로 보아 그 원천징수의무자인 청구법인에게 이 건 근로소득세를 부과한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여처분청이 인정상여처분한 쟁점소득금액(1), (2)중에는 가공매입세금계산서 수취에 따른 쟁점매입세액이 포함된 것으로 보고 위 쟁점매입세액이 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 소득처분한데 대하여 청구법인은 위 매입에 따른 부가가치세는 거래상대방[OO상운, OO중기(주), OO중기(주), OO건기(주), OO기영(주), (주)OO상운, OO중기(주), (주)OO통운(주), OO통운(주) 신설동지점, OO중기(주)]이 청구법인으로부터 거래징수하여 그들의 관할세무서에 쟁점매입과 관련된 부가가치세를 납부한 바 있음에도 불구하고 청구법인의 대표이사인 OOO에게 귀속된 것으로 보아 이 건 갑종근로소득세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하며 각 거래상대방의 확인서 등을 증빙자료로 제시하고 있는 바, 이를 확인하기 위하여 당심판소에서 거래상대방(공급자)의 관할세무서(성북, 강동, 서초, 중랑, 강서, 의정부, 동대문, 광진세무서)에 조회하여 본 바,(가) 1993년 1～2기중 청구법인의 매입세액 지급내역에 대하여 보면,

① 청구외 OO상운의 관할 성북세무서로부터 송부된 부가가치세 결정결의서에 의하면 위 기간중 위 OO상운이 청구법인에게 공급가액 1,244,803,670원을 공급함에 따라 부가가치세 124,480,367원을 OO상운에게 결정 고지한 사실이 확인되고,

② 청구외 OO중기(주) 관할 강동세무서장은 위 기간중 위 법인이 청구법인에게 518,283,507원을 매출하고 부가가치세 51,828,325원을 신고한 사실을 세금계산서합계표내역을 첨부하여 확인(강동세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.16)하고 있고,

③ 청구외 OO중기(주) 관할 강동세무서장에게 조회하여본 바, 위 법인은 동 기간중 49건에 360,426,332원을 청구법인에게 매출신고한 사실을 세금계산서합계표내역을 첨부하여 확인(강동세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.16)하고 있으나, 청구법인의 주장에 의하면 위 OO중기(주)로부터 동 기간중 23건에 150,214,044원을 공급받고 그 매입부가가치세 15,021,399원을 지급하였다는 주장이며 이에 대하여 위 법인의 대표이사 OOO이 법인인감증명서를 첨부하여 확인한 내용에 의하면 동 기간중 위 법인은 청구법인에게 150,214,044원을 공급하고 부가가치세 15,021,399원을 청구법인으로부터 수령한 것으로 확인하고 있어 위 법인이 관할세무서에 신고한 청구법인에 대한 매출은 착오에 의한 신고로 볼 수 있고 적어도 청구법인이 위 법인에게 지급한 부가가치세액은 15,021,399원이 확인되고,

④ 청구외 OO건기(주) 관할 강동세무서장은 위 기간중 위 법인이 청구법인에게 269,131,004원(부가가치세 26,913,100원)을 매출신고한 사실을 세금계산서합계표(전산) 및 세적카드를 송부확인(강동세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.16)하고 있고,

⑤ 청구외 OO기영(주) 관할 서초세무서장으로부터 송부된 세대장에 의하면 위 법인은 1993년 2기중 총 매출건수 121건에 232,664,000원을 매출한 사실을 확인하고 있어 위 법인은 실지사업자인 사실이 확인되나 위 매출액중에는 청구법인이 매입한 30건 177,787,582원(부가가치세 17,778,753원)이 포함되어 있는지에 대하여는 이를 확인할 수 있는 위 OO기영(주)의 확인서 등의 입증자료가 없어 이를 받아들이기는 어렵고,

⑥ 청구외 (주)OO상운 관할 중랑세무서로부터 송부된 위 법인의 세대장에 의하면 위 법인은 1993년 1～2기중 총 660건에 2,964,787,735원을 매출한 사실이 확인되어 위 법인은 실질사업자임이 확인되고, 위 법인의 대표이사 OOO는 동 기간중 청구법인에게 68건에 340,140,907원을 공급하고 부가가치세 34,014,069원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 이를 확인하고 있고,

⑦ 청구외 OO중기(주) 관할 강서세무서로부터 송부된 위 법인의 세대장에 의하면 위 법인은 동 기간중 1,023건에 6,436,497,162원을 매출하고 부가가치세를 일부는 신고납부하고 일부는 체납된 실질사업자임을 확인(강서세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.14)되고, 위 법인의 대표이사 OOO는 동 기간중 청구법인에게 154건에 881,539,061원을 공급하고 부가가치세 88,153,854원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 확인하고 있고,

⑧ 청구외 OO통운(주) 신설동지점 관할 동대문세무서장은 동 기간중 위 법인이 청구법인에게 공급가액 1,613,345,166원을 공급하고 부가가치세 161,334,516원을 징수한 사실을 확인(동대문세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.16)하고 있고,

⑨ 청구외 OO통운(주) 본사 관할 의정부세무서로부터 송부된 세대장에 의하면 위 법인은 동 기간중 1,742건에 10,932,021,794원을 매출한 사실이 확인(의정부세무서 법인 OOOOOOOOOO, 1999.8.16)되고, 위 법인의 지점인 신설동지점에 성실신고 납부한 점으로 미루어 보아 본점에서도 성실신고한 것으로 보이는 한편, OO통운(주) 대표이사 OOO는 OO통운(주)의 본점에서 청구법인에게 동 기간중 1,265,920,537원(매입세액 126,591,997원)을 공급한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있어 위 법인의 총 매출액중에는 청구법인에게 매출한 위 금원이 포함된 것으로 판단된다.

따라서 청구외 OO기영(주)를 제외하고는 관할세무서장으로부터 송부된 자료에 의거 거래상대방이 실지사업자이고 쟁점매입세액 관련 부가가치세가 신고된 것으로 확인되며 거래상대방이 법인인감증명을 첨부하여 청구법인으로부터 수령한 것으로 확인하는 1993년도 매입세액 628,337,627원을 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보는 것은 잘못이 있다 하겠다.(나) 1994년 1～2기중 청구법인의 매입세액지급 내역을 보면,

① 청구외 OO중기(주) 관할 강동세무서장은 위 법인이 동 기간중 581,644,862원을 청구법인에게 매출신고한 사실을 확인(강동세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.25)하고 있는 한편 위 법인의 대표이사 OOO는 동 기간중 1,025,144,563원을 청구법인에게 공급한 것으로 하여 부가가치세액 102,514,440원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있는 바, 관할세무서장의 공문에 의거 매출신고된 것으로 확인되고 있는 매입세액 58,164,486원에 대하여는 청구법인이 위 법인에게 지급한 것으로 보아야 할 것이다.

② 청구외 OO중기(주) 관할 강동세무서장은 위 법인이 동 기간중 577,971,430원을 청구법인에게 매출하고 이를 강동세무서에 신고한 사실을 확인(강동세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.25)하고 있는 한편, 위 법인의 대표이사 OOO은 동 기간중 944,874,723원을 청구법인에게 공급하고 부가가치세 94,487,466원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있는바 관할세무서장의 공문에 의거 매출신고된 것으로 확인되고 있는 매입세액 57,797,143원에 대하여는 청구법인이 위 법인에게 지급한 것으로 보아야 할 것이다.

③ 청구외 OO건기(주) 관할 강동세무서장은 위 법인이 동 기간중 590,628,230원(부가가치세 59,062,823원)을 청구법인에게 매출한 것으로 하여 강동세무서에 신고한 사실을 확인(강동세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.25)하고 있는 한편, 위 법인의 대표이사 OOO은 동 기간중 1,035,817,676원을 청구법인에게 공급하고 부가가치세 103,581,760원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있는 바, 관할세무서장의 공문에 의거 매출신고된 것으로 확인되고 있는 매입세액 59,062,823원에 대하여는 청구법인이 위 법인에게 지급한 것으로 보아야 할 것이다.

④ 청구외 OO중기(주) 관할 강서세무서장은 위 법인이 동 기간중 502건, 총 6,914,198,766원을 매출하고 동 부가가치세를 신고한 사실에 대하여 확인(강서세무서 법인 OOOOOOOO, 99.6.21)하고 있으며, 청구법인에게 얼마를 매출하였는지에 대하여는 확인되지 아니하나 위 법인의 대표이사 OOO는 동 기간중에 121건 1,301,333,092원을 청구법인에게 공급하고 부가가치세 130,133,296원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있어 위 법인의 총매출액중에는 청구법인에게 매출한 위 금원이 포함된 것으로 판단된다.

⑤ 청구외 OO중기(주) 관할 광진세무서장은 위 법인이 동 기간중 384건, 총 3,012,720,900원을 매출하고 동 부가가치세를 신고한 사실에 대하여 확인(광진세무서 총무 OOOOOOOOOO, 1999.6.11)하고 있으며 청구법인에게 얼마를 매출하였는지에 대하여는 확인하지 못하고 있으나 위 법인의 대표이사 OOO은 동 기간중 청구법인에게 799,240,120원을 공급하고 부가가치세 79,924,012원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서룰 첨부하여 확인하고 있어 위 법인의 총매출액중에는 청구법인에게 매출한 위 금원이 포함된 것으로 판단된다.

⑥ 청구외 OO통운(주) 신설동지점 관할 동대문세무서장은 동 기간중 위 법인이 청구법인에게 공급가액 539,502,550원을 공급한데 대하여 부가가치세 53,950,255원을 징수한 사실을 확인(동대문세무서 법인 OOOOOOOOO, 1999.6.21)하고 있고,

⑦ 청구외 OO통운(주) 본사 관할 의정부세무서로부터 송부된 세대장에 의하면 위 법인은 동 기간중 989건에 10,167,614,680원을 매출한 사실이 확인(의정부세무서 법인 OOOOOOOOOO, 1999.8.16)되고 위 법인의 대표이사 OOO는 동 기간중 청구법인에게 104건에 1,055,633,089원을 매출하고 부가가치세 105,563,301원을 청구법인으로부터 수령한 사실을 법인인감증명서를 첨부하여 확인하고 있어 위 법인의 총 매출액중에는 청구법인에게 매출한 위 금원이 포함된 것으로 판단된다.

따라서 관할세무서장으로부터 송부된 자료에 의거 거래상대방이 실지사업자이고 쟁점매입세액 관련 부가가치세가 신고된 것으로 확인되며 거래상대방이 법인인감증명 등을 첨부하여 청구법인으로부터 수령한 것으로 확인하는 1994년도 매입세액 544,595,316원을 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보는 것은 잘못이 있다 하겠다.위 사실 등을 모아 볼 때 청구법인의 거래상대방은 적어도 실질사업자인 사실이 확인되고 위와 같이 실질사업자인 거래상대방이 건설용역을 공급하고 부가가치세를 거래징수를 하지 아니할 경우 그 거래상대방은 부가가치세 상당액을 손해를 보게 된다 할 것이므로 쟁점매입세액중 1993년도 매입세액 628,337,627원 및 1994년도 매입세액 544,595,316원에 대하여 청구법인이 거래상대방에게 지급하지 아니하였다고 볼 근거를 발견할 수 없고 설령, 이 건 가공거래라 하더라도 그 세액을 거래상대방에게 지급하고 이를 거래상대방의 관할세무서장이 거래상대방에게 부과한 사실을 미루어 보더라도 이를 청구법인의 대표이사에게 귀속된 것으로 보아 이 건 근로소득세를 과세한 당초 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

라. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.