신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면소득금액 계산시 적용되는 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항 산식 중 분모의 취득당시 기준시가를 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 과세한 처분의 당부 등

「조세특례제한법」제99조 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니라고 할 것이므로 처분청이 같은 법 시행령 제40조의 제1항 산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택의 취득당시 기준시가”를 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단됨

1. 처분개요

가.청구인은 1997.3.18. OOO3-109(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던중, 종전주택이 재건축되어 2001.1.31. 사용승인을 받았으며,청구인은 재건축조합원 자격으로 같은 곳 OOO 102-1502(이하“쟁점신축주택”이라 한다)를 분양받아 2006.9.20. OOO원에양도하고, 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택 취득시까지에 대하여도「조세특례제한법」제99조신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정(이하 “쟁점감면규정”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점신축주택의 양도에 따른 양도소득세 감면소득은 쟁점신축주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도소득만 해당된다고 보아, 2012.4.17. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.6.19. 이의신청을 거쳐 2012.10.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 신축주택취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일까지의 양도소득을 포함하여 전액 감면하면서도 신축주택취득일로부터 5년 이후에 양도하는 경우에는「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식(이하 “쟁점산식”이라 한다)을 적용하여 종전주택의 취득일로부터 신축주택취득일까지의 양도소득에 대하여는 감면하지 않는 것은 과세형평성에 문제가 있으며, 쟁점산식은「소득세법 시행령」제166조제1항 제1호 청산금을 납부한 경우의 양도차익 산정방법과도 배치된다.청구인은 2006.12.19. 양도한 쟁점주택에 대하여 과세관청의 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 양도소득세를 적법하게 신고 납부하였음에도 처분청이 쟁점주택에 변경된 예규를 적용하여 양도소득세를 과세한 것은 신의성실의 원칙 및 소급과세금지의 원칙을 위배한 부당한 처분이다.

나. 처분청 의견

종전주택을 취득하여 보유하다가 주택재건축사업에 따라 신축주택을 취득하여 이를 양도한 경우, 쟁점감면규정에 “거주자가 해당 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감한다”라고 규정하고 있는바, 취득일로부터 5년이 경과한 후 신축주택을 양도하는 경우 과세대상금액에서 차감되는 금액은 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액이라고 명확하게 정하고 있음에 반해, 신축주택 취득일 이전에 발생한 양도소득금액이 과세대상금액에서 차감되는 금액이라고 해석할 여지가 없고, 신축주택의 수요를 촉진하여 침체된 주택건설경기를 부양하고자 한 위 과세감면 규정의 입법취지를 고려하면 신축주택 취득일부터 5년 이내에 이를 양도하는 경우 감면되는 세액 역시 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액으로 한정되는 것으로 보이므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 쟁점감면규정의 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

①「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의 기준시가로 보아 양도소득세 감면소득을 산출한 것이 적법한지 여부

② (직권심리) 처분청의 쟁점신축주택에 대한 양도소득세 산출방법이 정당한지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인은 1997.3.18. 종전주택을 취득하였고, 종전주택이 재건축되어 2001.1.31. 쟁점신축주택을 취득(사용승인일)하였으며, 2006.9.20. 쟁점신축주택을 양도하였다.(나) 쟁점감면규정의 신축주택취득기간(1998.5.22.～1999.6.30.)내인 1999.6.18. 일반분양자가 쟁점신축주택과 같은 곳 OOO을 재건축조합으로부터 취득하는 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 사실이 있다.(다) 쟁점신축주택 양도에 따른 양도소득금액은 OOO원이며, 종전주택과 쟁점신축주택의 기준시가 내역은 아래 <표>와 같다.OOOOOOOOO OOOO OO(OO : O)(라) 처분청은 쟁점감면규정의 감면소득금액 산정을 위한 쟁점산식 적용시에 분모의 “취득당시 기준시가”를 종전주택의 취득당시 기준시가를 산입하여 감면소득금액을 계산하였다.

(2)청구인은 쟁점감면규정의 감면소득금액 산정을 위한 쟁점산식 적용시에 분모의 “취득당시 기준시가”를 신축주택의 취득당시 기준시가를 산입하여, 종전주택취득일부터 신축주택취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대하여 감면하여야 한다고 주장하고 있다.

(3)「조세특례제한법」제99조제1항에서 같은 항 제1호 및 제2호에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제99조 제1항 및 제40조에는 “당해 부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한금액을 말한다고 규정하고 있다.{양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다.살피건대, 쟁점감면규정의 입법 취지가 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후 양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면하는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니라고 할 것이므로 이 건의 경우 종전주택 취득 시부터 쟁점신축주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 볼 수 있으므로, 처분청이 쟁점산식 중 분모의 “취득당시의 기준시가”를 “종전주택 취득당시의 기준시가”로 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.또한, 청구인은 과세관청이 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 일반적으로 해석하다가, 이에 반하는 과세처분을 하여 청구인의 신뢰가 침해되었다고 주장하나, 국세청 예규가 양도소득세 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액이라고 본다고 명확히 답변하고 있지 않았으며, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기도 어려우므로, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다고 하겠다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다.살피건대, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점,「조세특례제한법」제99조제1항은 신축주택을취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와그 이후에 양도하는 경우를구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고,후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로양도소득세를 감면하여야만「조세특례제한법」제99조의 입법 목적을달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 쟁점신축주택의 양도에 따른 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다(조심 2012서3421, 2012.12.31. 같은 뜻).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.