신축주택 취득자에 대한 양도소득세 특례의 적용범위 등

관련법령은 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있고, 동 특례규정은 입법 당시 침체된 주택건설경기의 활성화에 그 취지가 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 1997.4.30. 서울특별시 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하다가 재건축으로 2003.6.28. 같은 동 573 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)을 취득한 후 2006.12.27. 양도하고,「조세특례제한법」제99조의3을 적용하여 세액 OOO원 전액을 감면대상으로 하여서 2007.2.26. 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 서울지방국세청장이 처분청에 대하여 감면신고내용 특정감사를 실시한 결과, 청구인이「조세특례제한법」제99조의3에 의한 신축주택 감면을 적용할 때 종전주택 취득일부터 신축주택 양도일까지의 양도소득을 대상으로 하였으나, 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득은감면대상이 아니라는 과세자료를 통보하자, 처분청은 2012.4.19. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.5.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2009년 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)가 발표되어 감면세액계산에 대한 해석이 변경되었는데, 그 전에 양도한 신축주택에 당해 예규를 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙에 위배되므로 감면세액의 일부를 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

국세청의 2009년 이전 유권해석은 종전주택의 보유로 인한 양도소득을 감면대상으로 명시하고 있지 아니하고,「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득으로 인하여 발생하는소득만 감면한다는 것이지 종전주택의 보유로 인한 것까지 적용한다는 취지는 아니므로 새로운 예규를 소급하여 적용하였다고 인정할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점신축주택의 취득으로 인하여 발생하는 양도소득만 세액을 감면한 처분이 소급과세금지원칙에 위배되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1)「조세특례제한법」제99조의3제1항에 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간에 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상에서 차감하며, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항은 같은 법 제99조의3에서 규정하는양도소득세 감면대상인 ‘당해 신축주택 취득일부터 5년간 발생한양도소득금액’을 같은 법 시행령 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로규정하고 있다.

(2) 처분청이 작성한 ‘신축주택 감면세액 적정 여부 검토서’를 보면 아래와 같은 사실관계가 나타난다.(가) 청구인이 1997.4.30. 종전주택을 취득한 후 멸실하고 재개발에 의하여 2003.6.28. 신축주택을 취득하여 2006.12.27. 양도하였고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 완공일 전일까지의 소득금액은 감면을 배제하여야 함에도 부당하게 전체소득금액에 감면을 적용하였다.(나) 감면 소득금액의 적정 여부를 검토한 결과,

① 양도소득금액 162,322,800원,

② 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가(취득일부터 5년이 경과되지 아니한 경우 양도일 현재 기준시가)OOO원,

③ 신축주택 취득당시의 기준시가 OOO원,

④ 양도당시 기준시가 OOO원

⑤ 종전주택 또는 나대지 취득당시 기준시가 OOO원으로 적정한 감면소득금액〔①×(②-③)/④-⑤)〕은 OOO원임에도 OOO원을 신고하여 OOO원이 과다하다.(다) 감면세액의 적정 여부를 검토한바,

① 산출세액 OOO원,

② 감면대상 양도소득금액OOO원,

③ 기본공제(과세대상인 양도소득의공제 후 남은 금액) OOO원, 과세표준 OOO원으로적정한 감면세액〔①×(②-③)/④〕은 OOO원임에도 OOO원으로 신고하여 OOO원이 과다하다.(라) 신축주택은「조세특례제한법」제99조의3에 의한 감면요건에해당하며 신축주택 취득일인 2003.6.28.부터 양도일인 2006.12.27.까지의 양도소득금액만 대상이나 전체소득금액에 대하여 적용한 만큼, 종전주택의 취득일인 1997.4.30.부터 신축주택의 완공일 전일인 2003.6.27.까지 발생한 소득금액은 감면을 배제하여 경정·고지하였다.

(3) 처분청 답변서 등의 심리자료에 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구인은「조세특례제한법 시행령」제40조에 의한 양도소득금액을 계산할 때 취득당시의 기준시가를 분모, 분자 모두 같은 내용으로 보아 적용하다가, 새로운 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에 따라분모의 ‘취득당시 기준시가’는 종전주택 취득시의 것이며, 분자의‘취득당시 기준시가’는 신축주택 준공일의 것을 적용하여야 하는 이상, 2006년에 양도한 종전주택에 소급하여 적용하는 것은 부당하다고 주장한다.(나) 국세청의 2009년 이전 유권해석은 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면대상으로 한다고 적시하고 있지 아니하며, 또한「조세특례제한법」제99조의3제1항의 감면대상은 신축주택 취득으로 인하여 발생하는 소득이지 종전주택의 보유로 인하여 발생되는 소득까지는 아니므로 새로운 예규를 소급하여 적용하였다고 할 수 없다.

(4) 위의 사실관계를 종합하면,「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 종전주택의 보유에 인한 양도소득을 감면대상으로 한다고 규정하고 있지는 아니하며, 신축주택의 취득으로 인하여 발생하는 소득만 감면대상이지 종전주택의 보유로 인하여 발생되는 것까지 포함한다는취지는 아니라 처분청이 새로운 예규를 소급적용한 것으로 인정되지는 아니하는 점, 종전주택 취득일은 1997.4.30.이고 신축주택의 취득일은 2003.6.28.이며 양도일은 2006.12.27.이므로 신축주택의 취득일부터 5년 내에 양도하여 발생하는 소득은 2003.6.28.부터 2006.12.27.까지의 것을 의미(조심 2010부415, 2010.9.17./조심 2011서1349, 2011.6.30. 등 다수 같은 뜻임)한다고 해석되는 점 등을 감안할 때, 처분청이 동일한 입장에서 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.