본안심리대상인지 여부 및 쟁점농지의 양도가 농지대토에 의한 양도소득세 감면요건을 충족하는지 여부 (경정)

증액경정처분의 원인 외의사유로 인한 당해 증액경정처분에 대한 불복청구도 인정되는 것이며, 처분청에서 청구인이 농지대토에 의한 양도소득세 감면대상인지 실태를 파악할 만한 충분한 조사를 실시하지 아니한 점을 고려하여 청구인이 농지대토의 감면요건을 충족하는지 여부를 재조사토록 함

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.12.14. 취득한 경기도 OOO 전 2,214㎡ 외 3필지를 2009.8.24. 양도하고 예정신고(취득가액 4억9,019만원, 양도가액 6억5,000만원, 납부세액 1,012만원)를 하였다.

나. 처분청은 2010년 9월 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 위 토지의 취득가액이 2억3,500만원임을 확인한 후 2010.12.13. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 111,102,950원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 위 농지를 2009.8.24. 양도하였으나 그 중 경기도 OOO 전 2,214㎡, 같은 곳 290-92 전 251㎡의 합계 2,465㎡(이하 “쟁점농지”라 한다) 위에 식재되어 있던 관상용 묘목을 기르기 위하여 2010.3.4. 경기도 OOO 전 1,386㎡(이하 “대체농지”라 한다)를 취득하였으므로 쟁점농지의 양도는 농지대토에 해당되기 때문에 이 건 처분을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구인이 농지대토에 대한 감면신청이 없이 양도소득세 예정신고를 한 후 과다계상한 취득가액으로 인하여 양도소득세가 추가로 고지되자 양도한 토지 중 쟁점농지가 대토요건을 충족한다고 주장하고 있으나, 당초 감면신청 및 그에 대한 거부처분이 없었음에도 농지대토에 의한 양도소득세 감면을 주장하는 것은 부당하며, 또한 농지대토를 입증할 만한 구체적인 증거자료가 없으므로 이 건 과세처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점이 건이 본안심리대상인지 여부 및 쟁점농지의 양도가 농지대토에 의한 양도소득세 감면요건을 충족하는지 여부

나. 관련법령

(1)국세기본법 제45조의 2【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 그 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청ㆍ심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

(2)소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

(3)조세특례제한법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역 등에 편입되거나「도시개발법」그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(4)조세특례제한법 시행령 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 경우” 라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건이 본안심리대상인지 여부에 대하여 본다.(가) 심리자료에 의하면, 청구인은 2004.12.14. 취득한 경기도 OOO 전 2,214㎡ 외 3필지를 2009.8.24. 양도한 뒤에 양도소득세 예정신고를 하였으나, 신고한 취득가액을 부인하고 처분청이 양도소득세를 과세하자, 청구인은 이 건 심판청구에서 양도 토지(4필지) 중 쟁점농지는 대토요건을 충족한다고 주장하고 있다.(나) 처분청은 청구인이 농지대토의 감면신청을 하지 아니하였고 이에 대한 거부처분도 없었으므로 증액경정처분에 포함되지 아니하는 농지대토에 의한 감면주장은 불복청구대상이 되지 못한다는 의견이다.(다) 살피건대, 재결대상으로 증액경정처분의 원인 이외의 사유로 인한 당해 증액경정처분에 대한 불복청구도 인정되는 것이며, 양도소득 과세표준 신고당시 포함하지 아니한 농지대토에 의한 감면주장도 고지세액의 범위 내에서는 청구할 수 있다 할 것이므로 이 건 심판청구는 결국 본안심리대상에 해당된다고 판단된다(조심 2010서16, 2011.1.6., 국심 2006전3351, 2007.6.14. 외 다수 같은 뜻).

(2) 쟁점농지의 양도가 농지대토에 의한 양도소득세의 감면요건을 충족하는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구인은 쟁점농지의 양도는 농지의 대토에 해당된다고 주장하며 주민등록표초본, 농지원부, 매매계약서, 토지대장 및 등기부등본, 새로 취득한 대체농지의 농지원부, 송OOO 외 4인의 자경사실확인서, 농지원부에의 등재신청에 따른 경기도 가평군 공무원(박OOO)의 출장복명서, 쟁점농지와 대체농지의 사진 등을 증빙자료로 제출하고 있다. (나) 청구인이 제시하는 증빙서류에 의하면, 청구인은 2004.12.9. 농지소재지에 주민등록을 전입한 이후인 2004.12.12. 쟁점농지를 취득하였고, 2009.8.24. 쟁점농지를 양도한 뒤에 2010.3.4. 대체농지를 취득(2009.9.29. 대체농지의 소재지에 전입)한 사실이 확인되고, 청구인은 쟁점농지를 취득하여 2005년 봄에 관상용의 소나무 500그루를 식재한 다음 이를 묘목으로 육성한 후에 배추 등의 채소도 재배하였고, 양도당시에는 다수의 묘목이 고사하여 150그루만 남았다고 주장하고 있는 바, 쟁점농지의 매매계약서 외에 별도로 작성한 약정서를 보면 밭에 남아 있는 소나무 150그루는 매도인이 가져간다는 내용이 나타난다. (다) 쟁점농지의 농지원부에 의하면 최초작성일자가 2005.7.20.이며 소유자는 청구인이고 경작구분은 자경으로 기재되어 있으며, 청구인이 2010.3.4. 취득한 대체농지의 면적(1,386㎡)은 쟁점농지면적(2,465㎡)의 2분의 1이상임이 등기부등본에 의하여 인정된다. (라) 처분청은 청구인이 농지대토에 대하여 구체적인 증거자료를 제시하지 아니한다는 의견이지만, 쟁점농지가 감면요건을 충족하는지 여부에 대하여 실태조사를 실시한 자료는 제출하지 아니하고 있다.

(마) 살피건대, 청구인은 쟁점농지를 양도하고 대체농지를 취득한 만큼 농지대토에 의한 감면요건을 충족하였다고 주장하지만, 이는 양도소득세 신고당시 제기하지 아니한 것인 점, 처분청이 실태를 파악할 만한 충분한 조사를 실시하지 아니한 점 등을 고려하면, 청구인이 농지대토에 의한 감면요건을 충족하는지의 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.