조세특례제한법상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

개정된 조세특례제한법 시행령 부칙 제22조에서 종전 규정에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정법률 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과규정을 두고 있는바, 청구법인은 2016사업연도 매출액이 ◎◎◎억원으로 종전 시행령 및 개정 시행령을 적용하더라도 소기업에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 기계제조업을 영위하는 법인으로 2016사업연도 법인세 신고시 소기업이 아닌 중기업에 해당한다고 보아 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조의 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어서 15%의 감면율을 적용하였다가 2018.4.9. 청구법인이 소기업에 해당하므로 30% 감면율을 적용하여야 한다며 2016사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2018.6.4. 청구법인이 조특법 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 아니한다하여 중소기업특별세액감면 15% 적용대상이라고 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2018.6.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

개정규정 부칙에서 시행당시 종전규정에 의한 소기업에 대하여는 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 규정하고 있는바, 시행 당시인 2016.1.1. 현재의 매출액은 2015년말을 기준으로 산정하고, 유예기준에 따라 2016사업연도에 대하여 소기업으로 봄이 타당하다.

(1) 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용함에 있어 소기업의 범위가 종전에는 상시근로자 수 및 매출액을 기준으로 판단하다가 2016.2.5. 조특법 시행령 제6조 제5항을 개정하면서 매출액을 기준으로 단일화함과 동시에 그 부칙 제22조에서 개정된 개정법률 시행당시인 2016.1.1. 종전 규정에 의한 소기업에 해당되었던 기업이 개정법률 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 개정규정에도 불구하고 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 규정하고 있다.

(2) 2016년 매출액이나 종업원 수가 확정되지 아니한 2016.1.1. 당시에는 종전 규정에 의한 소기업 기준인 매출액과 종업원 수를 직전 사업연도인 2015년말을 기준으로 하여 산정하고 이에 따라 소기업 해당여부를 판단하는 것이 합리적이므로 처분청이 2016사업연도 매출액을 기준으로 2016사업연도에 소기업이 아닌 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

2016.1.1. 현재를 2016사업연도 매출액을 기준으로 소기업에 해당 하지 아니한 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다.

(1) 2016.2.5. 조특법 시행령 제6조 제5항 개정 전에 제조업의 소기업의 범위를 상시 종업원 수 100명 미만으로 규정하면서 매출액이 OOO원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니하던 것을 시행령 개정시 매출액 기준으로 일원화하여 소기업이 고용을 늘리더라도 세제지원이 유지될 수 있도록 개선하였는바, 청구법인과 같은 기계제조업의 경우 매출액 OOO원 이하인 경우 소기업에 해당하도록 하였다. 다만, 개정 시행령 부칙 제22조에서 종전 규정(매출액 OOO원 미만, 종업원 수 100명 미만)을 적용함에 있어서 소기업에 해당하는 기업이 개정으로 인한 불이익이 없도록 하기 위하여 개정규정에 따라 소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과조치를 둔 것이다.

(2) 청구법인은 2015사업연도 매출액이 OOO원이고, 상시근로자가 100명 미만이므로 소기업에 해당하였으나, 2016사업연도의 매출액은 OOO원이고, 이는 중소기업특별세액감면 적용시 종전 규정(매출액 OOO원 미만, 상시 종업원 100명 미만)이나 개정규정(매출액 OOO원 이하)에 의한 소기업의 범위에 해당하지 아니하므로 개정규정 부칙의 적용대상에 해당되지 아니한다.

(3) 또한, 청구법인은 개정규정 부칙에서 개정법률 시행 당시인 2016.1.1. 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 개정법률 시행 이후 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 개정규정에도 불구하고 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 규정하고 있고, 2016.1.1.에는 매출액이 확정되지 않았기 때문에 2015년말을 기준으로 판단하여야 한다고 주장하나, 이는 개정규정과 상관없이 2015사업연도에 소기업에 해당하면 2019.1.1.까지 소기업으로 보아야 한다는 확장·임의해석이라 할 것이다. 청구법인의 주장과 같이 판단하기 위해서는 “개정법률 시행 당시 종전의 소기업에 해당되었던 기업”이 아닌 “개정법률 시행일의 직전 사업연도에 종전의 소기업에 해당되었던 기업”이 “개정법률 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니한 경우 개정규정에도 불구하고 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”고 규정하여야 할 것이므로, 이와 같이 개정되지 아니한 이상 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조특법 상 소기업에 대한 중소기업특별세액 감면을 적용 하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 청구법인은 “그 밖의 기계 및 장비 제조업”을 영위하고 있고, 2015·2016사업연도 중 상시 사용하는 종업원의 수가 100명 미만(연말정산인원 2015년 11명, 2016년 24명)인 것에는 이견이 없으며, 사업연도별 매출액은 아래 <표1>과 같다. OOO

(2) 청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 소기업이 아닌 중기업에 해당한다고 보아 중소기업특별세액감면을 적용함에 있어서 15%의 감면율을 적용하였다가 2018.4.9. 청구법인은 소기업에 해당하므로 30% 감면율을 적용하여야 한다며 2016사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인 이 2016사업연도 매출액이 OOO원으로 종전 시행령 및 개정 시행령을 적용하더라도 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 경정청구를 거부하였다. OOO OOO

(3) 기획재정부에서 발간한 ‘2015년 개정세법 해설’ 책자에 조특법 시행령 제6조 의 개정취지 등에 대하여 아래와 같이 설명하고 있다. OOO

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 개정규정 및 관련 부칙에 의하면 2016.1.1. 현재의 매출액을 2015년말을 기준으로 산정하고, 유예기준에 따라 2016사업연도에 대하여 소기업으로 보아야 한다고 주장하나, 2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정된 조특법 시행령 부칙 제2조에서 2016.1.1. 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있어, ‘개정법률 시행 당시’를 2016사업연도로 해석함이 합리적인 점, 개정된 시행령 부칙 제22조에서 종전 규정(매출액 OOO원 미만, 종업원 수 100명 미만)에 따라 소기업에 해당하는 기업이 개정법률 시행 이후 개정규정(매출액 OOO원 이하)에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 2019.1.1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 보도록 경과규정을 두고 있는바, 청구법인은 2016사업연도 매출액이 OOO원으로 종전 시행령 및 개정 시행령을 적용하더라도 소기업에 해당하지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다. 따라서 처분청이 2016사업연도에 종전 시행령 및 개정 시행령에 따라 청구법인이 소기업에 해당하지 아니한다고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것) 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종 마. 제조업

2. 감면 비율 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10 나. 소기업이 수도권에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 20 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5 마. 중기업의 사업장으로서 수도권에서 대통령령으로 정하는 지식기반산업을 경영하는 사업장 : 100분의 10 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15

(2) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

(3) 조세특례제한법 시행규칙(2015.3.13. 기획재정부령 제478호로 일부개정된 것) 제5조【상시 사용하는 종업원 수】

① 영 제6조 제5항에서 "기획재정부령으로 정하는 자"란 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 다음 각 호에 해당하는 자를 제외한 자(이하 이 조에서 "상시 사용하는 종업원"이라 한다)를 말한다.

1. 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자 중 주주인 임원

2. 「소득세법 시행령」 제20조 에 따른 일용근로자

3. 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」 제14조 제1항 제2호에 따른 기업부설연구소 및 연구개발전담부서의 연구전담요원

4. 「근로기준법」 제2조 제1항 제8호에 따른 단시간근로자(이하 이 조에서 "단시간근로자"라 한다) 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 미만인 근로자

② 제1항에 따른 상시 사용하는 종업원의 수는 해당 과세연도의 매월 말일 현재 제1항 각 호에 해당하는 자의 수를 합하여 해당 과세연도의 월수로 나누어 계산한다. 이 경우 단시간근로자 중 1개월간의 소정근로시간이 60시간 이상인 근로자 1명은 0.5명으로 하여 계산한다.

(4) 조세특례제한법(2015.12.15. 법률 제13560호로 일부개정된 것) 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2017년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.

1. 감면 업종 마. 제조업

2. 감면 비율 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 "소기업"이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업(이하 이 조에서 "도매업등"이라 한다)을 경영하는 사업장 : 100분의 10 다. 소기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 30 라. 소기업을 제외한 중소기업(이하 이 조에서 "중기업"이라 한다)이 수도권 외의 지역에서 도매업등을 경영하는 사업장 : 100분의 5 바. 중기업이 수도권 외의 지역에서 제1호에 따른 감면 업종 중 도매업등을 제외한 업종을 경영하는 사업장 : 100분의 15 부 칙 <법률 제13560호, 2015.12.15.> 제1조(시행일) 이 법은 2016년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례)

① 이 법 중 소득세(양도소득세는 제외한다) 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

(5) 조세특례제한법 시행령(2016.2.5. 대통령령 제26959호로 일부개정된 것) 제6조【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다. 부 칙 <대통령령 제26959호, 2016.2.5.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례)

① 이 영 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. 제22조(소기업의 범위에 관한 경과조치) 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.

(6) 중소기업기본법 시행령 제8조【소기업과 중기업의 구분】

① 법 제2조 제2항에 따른 소기업(小企業)은 중소기업 중 해당 기업이 영위하는 주된 업종별 평균매출액등이 별표 3의 기준에 맞는 기업으로 한다. [별표3] 주된 업종별 평균매출액등의 소기업 규모 기준

해당 기업의 주된 업종

분류기호

규모 기준

1. 식료품 제조업

C10

평균매출액등

120억원 이하

2. 음료 제조업

C11

9. 1차 금속 제조업

C24

10. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구 제조업은 제외한다)

C25

11. 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업

C26

12. 전기장비 제조업

C28

13. 그 밖의 기계 및 장비 제조업

C29

14. 자동차 및 트레일러 제조업

C30

15. 가구 제조업

C32

16. 전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업

D

17. 수도업

E36

20. 담배 제조업

C12

평균매출액등

80억원 이하

21. 섬유제품 제조업(의복 제조업은 제외한다)

C13

22. 목재 및 나무제품 제조업(가구 제조업은 제외한다)

C16

23. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업

C17

25. 고무제품, 및 플라스틱제품 제조업

C22

26. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업

C27

27. 그 밖의 운송장비 제조업

C31

28. 그 밖의 제품 제조업

C33