종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에서 규정한 감면대상에 해당되지 않는다고 보아 양도소득세를 과세한 처분의 당부

종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3 에서 규정하는 감면대상이 아님

1. 처분개요

가.청구인은 OOO호(이하 “종전주택”이라 한다)를 재건축한OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를2003.5.30.취득하여 소유하다가 2008.4.28. 쟁점주택을 OOO원에양도한 후,「조세특례제한법」제99조의3제1항의 규정에 따라 쟁점주택의 양도소득세를 전액감면대상이라고 보아 납부할 양도소득세를 OOO원으로신고하였다.

나. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(1988.8.31.)부터 쟁점주택의 취득일(2003.5.30.) 전일까지 발생한 양도소득금액은「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 규정한 감면 대상소득금액에 해당되지 않는다고 보아 2013.6.15. 청구인에게 쟁점주택의양도에 따른 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.9.10. 이의신청을 거쳐 2014.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 쟁점주택과 같은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 전액 감면하되 그취득일로부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록규정하고 있음에도 처분청은 취득일부터 5년 이내에 양도한 쟁점주택에대하여 양도소득세를 전액 감면하지 아니하고, 마치 쟁점주택을 신축한지 5년이 경과한 후 양도하는 것으로 보아「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에 산출한 감면대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 차감하여 양도소득세를 부과한 것은 법령에 근거하지 않은 위법한 처분이다.

(2)「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식에 분모와 분자 모두 “취득당시의 기준시가”로 되어 있음에도 처분청이 분자의 경우에는 쟁점주택의 취득당시 기준시가로, 분모의 경우에는 종전주택의취득당시 기준시가로 하여 양도소득세를 부과한 것은 처분청의 자의적해석에 의한 것일 뿐 아니라,「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의산식에 분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의 취득 당시 기준시가로 하여야 한다고 하더라도 청구인은 종전주택의 가격에 청산금을 더한 금액으로 쟁점주택을 취득하였으므로 위 산식 분모의 “취득당시의 기준시가”에는 종전주택 본래의 기준시가 뿐 아니라 청구인이 쟁점주택을 신축할 당시 납부한 청산금도 포함되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주택 취득일로부터 5년 이내에 신축주택을 양도하였음에도 처분청이 신축 후 5년 이후에 양도한 것으로 보아「조세특례제한법 시행령」제40조제1항의 산식을 준용하여 감면대상 소득금액을 계산한 후 양도소득세를 과세한처분은 부당하고 주장하고 있으나,「조세특례제한법」제99조의3제1항에 따른 양도소득세를 감면함에 있어 그 감면대상소득은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 한정하여야 할 것으로서 그 감면대상 소득금액을 산출하기 위하여 이 건 계산식을 준용한 것이고, 청구인의 주장과 같이 쟁점주택의 양도소득세를 전부감면하는 경우 종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 취득할 때까지발생한 양도소득도 감면대상에 포함되는바, 이는 감면대상 소득을 지나치게 확대한 것으로 받아들일 수 없다.

(2) 감면대상 소득금액을 계산함에 있어서「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항을 준용한 것은「조세특례제한법」제99조의3제1항과 그 수임규정인「조세특례제한법 시행령」제99조의3제2항의 입법 취지를 감안하여 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한 것이므로「조세특례제한법 시행령」제40조제1항이 적용될 것으로 당연히 예정된 영역이 아니라는 이유로 같은 법 시행령을 준용하지 않아야 한다는 신청인의 주장은 받아들일 수 없으므로「조세특례제한법 시행령」제40조제1항을 준용하여 양도소득금액에서 감면소득금액을 차감하는 방식으로 양도소득세를 경정한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득금액이「조세특례제한법」제99조의3제1항에서 규정한 감면 대상에해당되지 않는다고 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1988.8.31. 종전주택인OOO호를취득하였으며, OOO시장이 종전주택의 재건축 사업계획을 승인함에 따라 재건축 조합원으로 재건축사업에 참여하여 청산금 OOO원을 납부하고 2003.5.30. 쟁점주택을 취득하였다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 취득일부터 5년 이내인 2008.4.28.에 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 2008.4.30. 쟁점주택의 양도에 따른양도소득금액을 OOO원으로, 양도소득세 과세표준을 OOO원으로, 산출세액을 OOO원으로 각각 산출한 후,「조세특례제한법」제99조의3 제1항의 규정에 따라 산출한 양도소득세가 전액 감면되는것으로 보아 납부할 양도소득세를 0원으로 하여 처분청에 신고하였다.

(3)처분청은 신축주택이라고 하더라도 종전주택의 보유기간 동안발생한 양도소득금액은 감면대상에서 제외된다는 OOO지방국세청장의 지침에따라 쟁점주택의 감면대상 소득금액을산출하기 위하여 쟁점주택과 종전주택의 기준시가를 아래와 같이 결정하였다.한편「조세특례제한법시행령」제40조 제1항에서 규정한 감면대상 양도소득금액 산식은 아래와 같다.

양도소득금액

×

(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)

(4) 처분청은 위 산식에서 분모의 “취득 당시의 기준시가”를 종전주택의 취득(1988.8.31.) 당시 기준시가인 OOO원으로, 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택 신축(2003.5.30.) 당시 기준시가인OOO원으로, 분모의 “양도 당시 기준시가”는 OOO원으로, 분자의 “취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가”는 OOO원으로 보아 감면대상소득의 비율을 52.82%로 결정하고 이를 양도소득금액 OOO원에 적용하여 감면대상소득 OOO원을 구한 후 산출세액을 감면대상소득으로 안분하여 양도소득세 OOO원을 청구인에게 경정·고지하였다.

(5)「조세특례제한법」제99조의3제1항 본문 및 제2호에서 거주자가 자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득 중 2009년 12월31일까지의 양도분에 대하여는 100분의 100에상당하는 세액을 감면하되 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고있고, 같은 법시행령 제40조제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한금액을 말한다고 규정하고 있다.

(6) 위 법령과 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 위와 같은「조세특례제한법」제99조의3제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내에 양도하는 경우 5년간 발생한양도소득금액만이 감면대상인 것이 명확하므로 종전주택 취득시점부터쟁점주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액 등은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것인바,「조세특례제한법」제99조의3제4항의 위임에따라 감면대상 소득금액을 계산하는 같은 법 시행령 제40조 제1항 산식에서 분자의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 신축당시 기준시가이고, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가를말하는 것으로 보는 것이 신축주택의 감면되는 양도소득세를 합리적으로 산정하기 위한「조세특례제한법」제99조의3의 입법취지에 부합된다고 볼 때, 처분청이 이와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22. 외 다수 같은 뜻).

따라서, 처분청이 종전주택의 보유기간 중 발생한 양도소득금액을 감면대상 소득에서 제외하기 위하여「조세특례제한법 시행령」제40조제1항에 따른 산식을 적용한 것은 적법하다고 할 것이고, 같은 산식은 종전주택을 포함한 쟁점주택의 양도소득 중 종전주택 보유기간 중 발생한 양도소득의 비율을 산출하기 위한 것으로서 청구인이 납부한 청산금은 쟁점주택의 양도차익 산정 시 필요경비로 보아 이미 공제되었는바, 청구인이 납부한 청산금을 같은 산식의 분모의 “취득당시의 기준시가”에 더하는 것은 사실상 이중공제에 해당된다고 할 것이므로 이에 대한 청구주장 또한 받아들이기 어렵다고 판단된다 (조심 2013서4944, 2014.1.17. 같은 뜻임).

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.