비거주자에 대하여 표2(1세대 1주택, 최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

관련법령의 해석상 비거주자에게는 표2의 장기보유특별공제율을 적용하기 어렵고, 이와 같은 해석이 거주자의 주거안정을 위하여 당해 규정을 제정한 입법취지에도 부합함

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO(이하 “쟁점아파트”라 한다)을 1989.8.8. 취득한 후 보유하다가 1996.7.5.부터 미국으로 이주하여 영주권을 취득하였으며 2008.4.18. 쟁점아파트를 양도하고 「소득세법」 제95조 제2항 본문 <표1>의 장기보유특별공제율 30%를 적용하여 양도소득세를 신고하고 양도소득세 OOO을 납부하였다.

나. 청구인은 최근 대법원 판결(대법원 2009두21147, 2011.7.14.)에 따라 2011.11.28. 1세대 1주택 양도에 대하여 거주자와 동일하게 「소득세법」 제95조 제2항 단서 규정의 <표2>에 따라 18년 이상 19년 미만 보유에 대하여 72%의 비율로 장기보유특별공제율을 적용하여 납부할 세액을 OOO원으로 하여 과다납부한 2008년 귀속 양도소득세 OOO에 대하여 처분청에 경정청구를 신청하였으나, 처분청은 비거주자인 경우 1세대 1주택에 해당되더라도 「소득세법」 제95조 제2항 단서 <표2>의 규정에 따른 80% 한도의 장기보유특별공제율을 적용할 수 없으며, 같은 항 본문 <표1>의 30% 한도의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다며 2012.1.27. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.2.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

ㅇ 「소득세법」 제95조 제2항 단서 규정에 의하면, 1세대 1주택의 양도에 대하여 <표2>에 따른 장기보유특별공제율을 적용한다고 규정하고 있는 바, 청구인은 쟁점아파트 양도 당시 청구인 세대 소유의 주택이 1채로 양도일 현재 1세대 1주택의 요건을 갖추었고, 1989.8.8. 쟁점아파트를 취득하여 2008.4.18. 양도할 때까지 약OOO 동안 보유하여 72%의 장기보유특별공제를 적용받을 요건을 갖추었다. 「소득세법」 제121조 는 양도소득세가 과세되는 1세대 1주택에 대해서는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하여 소득금액과 과세표준 및 세액 등을 산정함에 있어 거주자와 동일한 방법을 적용해야 하며, 서울고등법원 판례(OOO, 2009.11.3.)에서 장기보유특별공제는 보유기간 동안의 물가상승분을 공제해 주겠다는 취지로 거주자에 한정할 특별한 이유가 없는 것으로 1세대를 거주자에 한정된 개념으로 본다면 「소득세법」 제104조 에 따라 비거주자에게 중과세율을 적용할 수 없는 것이므로 「소득세법」 제95조 제2항의 단서 규정에 따른 장기보유특별공제율을 비거주자에게 적용하여야 하고, 대법원 판례(대법원 2009두21147, 2011.7.14.)에서도 「소득세법」 제95조 제2항의 단서 규정은 양도소득금액의 산정시 공제되는 항목에 관한 규정이고, 비거주자도 그 요건을 갖출 수 있는 규정으로 비거주자도 거주자와 동일하게 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 판결하고 있으므로 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점아파트 양도일 현재 청구인이 비거주자에 해당하는 경우에는 1세대 1주택에 해당되더라도 「소득세법」 제95조 제2항 단서 규정 <표2>의 장기보유특별공제율(80% 한도)을 적용할 수 없고, 같은 항 본문 <표1>의 장기보유특별공제율(30% 한도)을 적용하도록 기획재정부 예규(재산세제과OOO 2008.12.10.)와 국세청 예규(부동산거래관리과-1064, 2011.12.21.)로 해석하고 있으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 비거주자인 청구인이 국내에 보유한 1주택인 쟁점아파트를 양도할 당시 1세대 1주택 요건을 충족한 것으로 보아 「소득세법」 제95조 제2항 단서 규정 <표2>의 장기보유특별공제율을 적용받을 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 경정청구 검토조서에 의하면, 청구인은 1989.8.8. 쟁점아파트를OOO에 취득하여 2008.4.18. OOO만원에 양도하였고, 재외국민등록부등본에는 1997.10.16. 재외국민으로 등록된 것으로 나타난다.

(2) 청구인은 대법원 판례(2009두21147, 2011.07.14.)를 근거로 비거주자이지만 1세대 1주택의 요건을 충족하므로 「소득세법」 제95조 제2항 단서 <표2>의 보유기간별 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 주장하고 있다.

(3) 「소득세법」 제95조 제1항에서 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 장기보유특별공제액은 토지 또는 건물의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 <표1>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고, 단서에서 ‘양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 <표2>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하고 있으며, 그 위임을 받은 「소득세법 시행령」 제159조의2 는 법 제95조 제2항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조, 제155조의2, 제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함)을 말한다고 규정하고 있는바, 같은 영 제154조 제1항에서 1세대를 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 세대로 하고, 이하 “1세대”라 한다고 규정하고 있어 같은 영 제159조의2에서 규정하는 1세대는 같은 영 제154조 제1항에서 규정하는 1세대의 개념임을 알 수 있다.

(4) 기획재정부 예규(재산세제과-OOO 2008.12.10.)는 「소득세법」 제95조 제2항의 규정에 의한 장기보유특별공제액을 계산함에 있어서 비거주자는 같은 항 단서 규정이 적용되지 아니하는 것으로 해석하고 있고, 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 「소득세법」 제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활의 안정목적에서 운영되는 1세대 1주택의 장기보유특별공제율이 비거주자에게는 적용되지 아니 함을 명백히 하기 위한 것으로 보인다 .

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 「소득세법」의 1세대 1주택자의 비과세 및 장기보유 특례규정의 입법취지는 거주자의 주거안정을 위한 국가 정책적 목적을 세제측면에서 지원하기 위한 것으로 보여지는 점, 「소득세법」 제95조 제2항 단서는 장기보유특별공제액의 적용에 있어 ‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’ 해당하는 경우에 <표2>의 공제율을 적용하도록 하고 있는 바, 여기서 ‘1세대’는 앞서 검토한 바와 같이 「소득세법 시행령」 제159조의2 및 제154조 제1항에 따라 ‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대’를 의미하는 것으로 거주자에 한하여 1세대에 해당한다고 볼 수 있는 점 등으로 볼 때, 청구인이 1주택인 쟁점아파트를 소유하다가 양도하였더라도 양도할 당시에는 비거주자에 해당하여 청구인의 쟁점아파트는 「소득세법」 제95조 제2항 단서에서 규정하는 1세대 1주택에 해당하지 아니하므로 같은 항 단서 <표2>의 장기보유특별공제율이 아닌 같은 항 본문 <표1>의 장기보유특별공제율이 적용되는 것이 타당하다 할 것이다 (조심 2012서736, 2012.5.31. 같은 뜻임). 따라서, 처분청이 「소득세법 」 제95조 제2항 단서의 < 표2>의 장기보유특별공제율을 적용하여 달라는 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못 이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.