토지의 양도를 1세대1주택 부수토지의 양도로 보아 비과세하여야 하는지 여부(경정)

청구인이 3년이상 보유한 1·2주택을 동시에 매매계약 체결하였는 바, 주택중 1주택은 비과세대상인 1세대1주택과 그 부수토지에 해당됨에도 처분청이 그 부수토지 159㎡를 나대지의 양도로 보아 과세함은 부당함

1. 처분개요

청구인은 부천시 OO동 OOOOOO(환지전 지번은 같은동 OOOOOO) 대 159㎡, 주택 59.50㎡(건물은 미등기이나 가옥대장에 등재되어 있음, 이하 “쟁점1주택”이라 한다)를 67.10.19 취득하였고 같은동 OOOOOO(환지전 지번은 OOOOOO) 대 160.5㎡ 주택 29.75㎡(이하 “쟁점2주택”이라 한다)를 84.11.2 취득하여 95.10.4 쟁점1주택과 쟁점2주택(이하 쟁점1·2주택을 합하여 “쟁점주택”이라 한다)의 부수토지를 같은동 OOOOOO에 합병하였으며 96.7.17 주택을 멸실한 후 그 부수토지인 319.5㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 97.3.26 청구외 OOO에게 양도하고 양도소득세를 신고하지 아니하였는 바, 처분청은 청구인이 나대지를 양도하였다하여 기준시가로 양도차익을 산정하여 98.1.15 청구인에게 97년귀속분 양도소득세 54,104,720원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하고 98.3.9 심사청구를 거쳐 98.6.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 청구인은 84.11.2에 취득한 주택에서 계속 살다가 96.6.19에 연립주택 건설업자인 청구외 OOO와 매매계약을 체결하고 양도하였는 바, 계약내용은 매매총액은 3억5천만원이며 계약일인 96.6.19에 계약금 8천만원, 중도금은 96.8.20에 1억원을 잔금은 연립주택의 준공일에 지급하기로 하는 내용이었으며, 계약금 및 중도금은 계약서에 기재된 내용대로, 잔금은 연립주택 준공일전인 97.3월에 지급받아 쟁점주택 매매계약 체결당시에는 주택이 있었으므로 청구인은 1세대1주택에 해당하며 비과세되는 주택과 그 부수토지를 양도하였음에도 처분청이 토지만을 양도한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다. 심사청구에 대한 국세청장의 기각결정 이유는 토지의 양도등기전 청구인 및 청구외 OOO을 채무자로 하는 근저당이 각각 설정되어 있어 진실된 매매계약서라고 믿기 어렵다고 하였으나 청구인이 채무자로 된 근저당은 매수자 OOO가 건축비등의 자금압박을 예상하여 중도금을 OOO금고에서 조달하여 지급하겠다고 통사정을 하는 바람에 하는 수 없이 응한 것일 뿐 대출을 위한 제반교섭과 부대비용은 매수자 OOO가 부담하였고(동 중도금으로 받은 대출금은 그대로 청구인 명의의 OOO금고의 정기예탁금 통장으로 입금되었음) 또, 청구외 OOO은 OOO의 처남으로서 건물이 거의 완공되었을 때 토지잔금 및 건축비 지급등을 부탁하여 응한 것 뿐이다.

나. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지를 1세대1주택 부수토지로 비과세하여야 한다고 주장하나 매매당사자들이 작성하여 시장·군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약서의 내용대로 작성되었다고 추정되는 바(같은 뜻 : 대법원 91누 5938, 91.9.10), 쟁점토지의 등기부등본에 의하면 쟁점토지의 소유권이 청구인으로부터 OOO에게 이전(97.3.26)되기 전인 96.8.13 청구인을 채무자로 하는 근저당권이 설정(채권최고액 : 120,000,000원)되어 있고, 97.3.11 청구외 OOO을 채무자로 하는 근저당권이 설정(채권최고액 : 120,000,000)되어 있음에도 청구인이 제시한 매매계약서(계약일 : 96.6.19)에는 위와 같은 내용의 언급이 없어 거래당사자간에 작성된 진실된 매매계약서라 보기 어렵고 청구인이 제시한 예금통장에 입급된 금액이 쟁점주택의 매도대금이라 인정할 만한 근거가 없다. 그렇다면 쟁점토지는 쟁점주택의 건물이 멸실(96.7.17)된 후 나대지 상태로 매매계약이 체결(97.3.20)되어 양도(잔금지급약정일 : 97.3.25)되었다고 판단되므로 이 건 양도소득을 과세한 당초 처분은 정당하다 할 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지의 양도를 1세대1주택 부수토지의 양도로 보아 비과세하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관계법령 소득세법 제89조 제3호는 “대통령령이 정하는 1세대1주택(대통령령이 정하는 고급주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 양도소득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 같은법 시행령 제154조 제1항은 “법 제89조 제3호에서 ‘1세대1주택’이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해주택의 보유기간이 3년 이상인 것을 말한다(단서생략)”고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 67.10.19 취득한 쟁점1주택(대 159㎡, 주택 59.50㎡)과 84.11.2 취득한 쟁점2주택(대 160.5㎡, 주택 29.75㎡)의 부수토지를 95.10.4 쟁점2주택 부수토지의 지번인 부천시 OO동 OOOOOO으로 합병하였고, 96.7.16 주택을 멸실하고 그 부수토지인 쟁점토지를 97.3.26 청구외 OOO에게 양도하였고 같은동 OOOOOO에 대지 23.717㎡ 건물 55.266㎡인 연립주택을 97.10.10 취득하였음이 관련등기부등본에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점토지의 매매계약이 구주택을 멸실하기전인 96.6.19 성립되었으므로 1세대1주택의 부수토지로 비과세되어야 한다고 주장하면서 매매계약서와 금융자료 및 매수자의 확인서 등을 제시하고 있어 이에 대하여 본다. (가) 청구인이 제시한 검인계약서를 보면 계약체결일자는 96.6.19이고 매매대금 350,000,000원중 계약금 80,000,000원은 계약시 지불하고 중도금 100,000,000원은 96.8.20 지불하고 잔금 170,000,000원은 특약사항으로 하여 쟁점토지상에 건립하는 연립주택의 준공일로 한다고 되어 있고 실제로 쟁점토지상에 97.4.9 연립주택이 준공된 사실이 있으므로 청구인은 쟁점토지를 연립주택 신축부지로 매매하였음을 알 수 있다. (나) 청구인이 쟁점토지가 96.6.19 매매계약이 체결되었다는 거증서류로 제시한 OOOO우체국의 청구인 명의의 예금통장 거래내역에 96.6.19자로 80,000,000원이 입금된 사실이 나타나고 있고 OOOO동 OOO금고에 청구인 명의로 1년만기 세금우대예금 60,000,000원(20,000,000원짜리 3개)이 96.8.20 입금된 사실이 나타나 있다. (다) 또한 쟁점토지의 매수자인 OOO는 쟁점주택(쟁점토지와 그 지상건물 89.25㎡)을 350,000,000원에 매매하기로 96.6.19 계약을 체결하였고, 96.8.20에 중도금을 지급하고 잔금은 매매계약서에 기재된 특약사항에 의해 연립주택 신축후 97.3.25 지급하였으며, 쟁점토지상의 건물은 청구외 OOO의 비용으로 직접 멸실한 후 쟁점토지상에 연립주택 한 동을 지었다고 확인한 사실이 청구외 OOO가 작성한 거래사실확인서에 나타나 있다.

(라) 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인은 80.2.11부터 쟁점1주택인 부천시 소사구 OOO동 OOOOOO(당초 지번은 OO동 OOOOOO 이었음)에서 97.9.27까지 거주한 것으로 나타나고 있고 청구인이 가입한 전화번호(OOOOOOOOOOOO)가 96.7.11부터 97.3.18까지 부천시 소사구 OOO동 OOOOO에 설치되었다가 같은동 OOOOOO OOOO OOOO로 이전된 점을 보면 청구인은 쟁점1주택에서 80.2.11부터 거주하다가 쟁점2주택을 취득하여 95.10.4 쟁점 1·2주택의 부수토지를 합병하고 구주택 멸실(96.7.16)직전인 96.7.11 퇴거하였다가 연립주택 신축(준공일 97.4.9)후 다시 OOOO에 입주한 것으로 인정된다. (마) 위 사실관계를 종합해 보면 청구인은 쟁점주택 매매계약당시 71세(1925년생)가 넘은 고령으로 특별한 다른 소득이 없었던 점으로 보아 96.6.19 청구인 명의의 통장에 입금된 80,000,000원이 쟁점주택 매매계약금을 받아 입금한 것이고 OOOO동 OOO금고에 96.8.20 예금된 60,000,000원은 중도금을 받아 예금한 것이라는 청구주장은 신빙성이 있다 할 것이다.

또한 청구인이 가입한 전화번호가 96.7.11부터 97.3.18까지 OOO동 OOOOO에 설치되었다가 같은동 OOOOOO OOOO OOOO로 다시 이전되었으며, 매수자인 청구외 OOO의 거래사실 확인서와 청구인의 주장이 일치하고 있어 청구외 OOO가 연립주택을 건축하기 위하여 매매계약체결후 쟁점주택의 건물을 멸실하고 주택신축후 잔금을 지급하였다는 내용도 신빙성이 있다 할 것이므로 쟁점주택의 건축물이 멸실되기 전인 96.6.19 쟁점주택의 매매계약이 체결된 후 연립주택 신축후 잔금을 지급받고(97.3.25) 97.3.26 소유권을 이전하였다는 청구주장은 사실로 인정된다. 이와 같이 매매계약 성립후 양도일 이전에 매매특약에 따라 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 주택인지 여부를 가려야 할 것(국심 92서3324, 92.10.31)이므로 쟁점토지상의 건물이 96.7.16 멸실되었으므로 쟁점토지상에는 매매계약 체결당시(96.6.19)에는 주택 89.25㎡(쟁점1주택과 쟁점2주택)이 있었던 것으로 인정되므로 쟁점토지는 매매계약당시 주택의 부수토지였다고 판단된다.

(3) 다음으로 쟁점토지가 1세대1주택의 부수토지로 비과세대상인지에 대하여 본다. (가) 위 사실관계에 나타난 바와 같이 청구인은 쟁점1주택을 67.10.19 취득하여 80.2.11부터 거주하고 84.11.2 쟁점2주택을 취득하였는 바, 청구인은 쟁점2주택을 취득한 후 쟁점1·2주택을 한 울타리내의 주택으로 개조하였다거나 청구인세대원이 실제로 거주용으로 사용하였다고 인정할 만한 거증의 제시가 없으며 청구인은 쟁점1주택에서만 쟁점주택양도 당시까지 계속 거주한 것으로 주민등록상에 나타나 있는점 등(97.3.26까지 쟁점1주택지번인 OOOOOO호로 되어 있음)을 보면 비록 쟁점1·2주택의 부수토지가 매매계약체결전에 지적공부상으로는 합필되었다고 하더라도 청구인은 쟁점주택 매매계약당시 사실상 2주택을 소유하였다고 인정된다 할 것이다. (나) 청구인이 3년이상 보유한 쟁점1·2주택을 동시에 매매계약 체결하였는 바, 양도소득세가 비과세되는 3년이상 보유한 2개 이상의 주택을 동시에 양도할 경우 1세대1주택으로 비과세되는 주택은 양도한 주택중에서 보유기간이 가장 오래된 주택에 대하여 비과세하는 것이 합리적(소득세법 기본통칙 89-20 같은뜻)이므로 67.10.19 취득한 쟁점1주택은 1세대1주택에 해당되어 비과세되어야 할 것이고 84.11.2 취득한 쟁점2주택은 1세대2주택에 해당되어 양도소득세 과세대상이라고 인정된다. (다) 따라서 쟁점주택중 이 건 쟁점1주택(OO동 OOOOOO 대 159㎡, 건물 59.50㎡)은 비과세대상인 1세대1주택과 그 부수토지에 해당됨에도 처분청이 그 부수토지 159㎡를 나대지의 양도로 보아 과세함은 부당하다고 판단된다.

라. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.