한국장애인고용공단으로부터 지급받은 보조금이 구 「소득세법」제32조 에서 규정한 구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 보조금에 해당하는지 여부

쟁점보조금은 「장애인고용촉진법」제68조 에 따라 노동부가 직접 관리하여 관리주체가 국가에 해당하므로 구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 보조금으로 볼 수 있는 점, 기획재정부가「보조금의 관리에 관한 법률」이 개정된 2011.7.25. 전에 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금으로부터 수령한 지원금을 포함하여 위 기금으로 장애인 작업시설?편의시설 및 부대시설 등의 고정자산을 취득하는 경우 해당 금액은 「법인세법」제36조 에 따른 국고보조금에 해당하여 손금에 산입할 수 있다고 질의회신한 점 등을 종합하면, 처분청이 쟁점보조금을 구 「소득세법」제32조 에 규정된 보조금이 아니라고 본 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구인은 OOO를 상호로 하여 제조/섬유염색가공업을 영위하는 사업자로서 2009.5.29.～2009.12.18. OOO으로부터 총 4회에 걸쳐 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용촉진법”이라 한다) 제22조에 따라 장애인표준사업장 설립을 위해 보조금 OOO원(이하 “쟁점보조금”이라 한다)을 수령하고 그 금액으로 같은 연도에 사업용 고정자산을 취득한 후 구 「소득세법」(2009.12.31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다)제32조에 따라 사업용 고정자산 가액을 필요경비에 산입하였다.

나. 처분청은 2011.9.15. OOO지방국세청장으로부터 쟁점보조금이 구「소득세법」 제32조에 규정된 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」(2011.7.25. 법률 제10898호로 일부개정되기 전의 것,이하 같다)에 의한 보조금이 아니므로 필요경비에 산입할 수 없다는 감사지적을 받고 2013.3.15. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세OOO,OOO,OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.4.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

장애인고용촉진법에 의하여 OOO으로부터 2009년에 받은 국고보조금 OOO원은 구「소득세법」 제32조에 규정한 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 보조금에 해당하는바, 국세청 예규(법인46012-884호, 1997.03.29)를 적용하여 이를 부인하고 종합소득세를 부과한 처분은 부당하다.쟁점보조금 OOO원을 받은 연도의 소득금액 계산시 적용될 세율은 최고세율 35%일 수밖에 없으며, 보조금 외에 다른 소득금액이 없더라도 보조금으로 인하여 계산되는 산출세액은 주민세 포함 OOO원이 되어 OOO원을 보조받는 결과가 되어 부당함.

나. 처분청 의견

구「소득세법」 제32조의 규정에 따른 회계처리방법은 구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 의한 보조금만을 대상으로 하는 것이므로장애인고용촉진법 제2조, 제22조의 규정에 따라 장애인표준사업장 설립을 위해 OOO으로부터 받은 보조금은 일반적인 보조금의 회계처리방법을 준용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

OOO으로부터 2009년 지급받은 보조금이 구「소득세법」 제32조에서 규정한 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 보조금에 해당하여 필요경비에 산입할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 일부개정되기 전의 것)제32조 (국고보조금으로 취득한 사업용자산가액의 필요경비계산)①거주자가 사업용자산을 취득 또는 개량할 목적으로 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 의한 보조금(이하 "국고보조금"이라 한다)을 받아 당해 목적에 지출한 금액은 대통령령이 정하는 바에 의하여 그 국고보조금을 받은 날이 속하는 연도의 소득금액의 계산에 있어서 필요경비로 계상할 수 있다.

(2) 구 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률(2009.1.30, 법률 제9347호로 일부개정된 것)제2조 (용어의 정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. "보조금"이라 함은 국가외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금(지방자치단체에 대한 것과 기타 법인 또는 개인의 시설자금이나 운영자금에 대한 것에 한한다)·부담금(국제조약에 의한 부담금은 제외한다) 기타 상당한 반대급부를 받지 아니하고 교부하는 급부금으로서 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 ‘장애인 표준사업장 운영약정서’ 등에 의하면, OOO OOO지사장은 2009.3.6.장애인고용촉진법 제2조, 제22조, 제23조 등에 따라 장애인표준사업장 지원사업주로 선정된 청구인과 장애인 표준사업장 지원 및 운영에 관하여 운영약정을 체결한바, 이에 따라 청구인은 OOO으로부터 2009.5.29.～2009.12.18. 총 4회에 걸쳐 장애인표준사업장 설립을 위해 쟁점보조금을 수령하였고 그 금액으로 같은 연도에 사업용 고정자산(세탁장비, 모노레일, 사원복지시설 등)을 취득한 후「소득세법」 제32조에 따라 사업용 고정자산 가액을 필요경비에 산입한 것으로 나타난다.

(2) 국세청 예규(법인 46012-884, 1997.3.29.)에서는 법인이 「장애인 고용촉진 등에 관한 법률」 제12조에 의거 설립된 OOO으로부터 장애인고용시설을 설치한 목적으로 장애인고용시설자금을 무상으로 지원받아 설치하는 장애인용시설은 당시 시행 중이던「법인세법」 제14조의4규정이 적용되지 아니한다는 내용인바, 처분청은 2011.9.15. OOO지방국세청장으로부터 쟁점보조금이 구「소득세법」 제32조에 따른 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 의한 보조금이 아니므로 필요경비에 산입할 수 없다는 감사지적을 받고 2013.3.15. 청구인에게 본 건 종합소득세를 부과하였다.

(3) 쟁점보조금의 지급근거에 관하여 보면, 노동부장관은 공단의 운영, 고용장려금의 지급 등 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 위한 사업을 수행하기 위하여 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활 기금’을 설치하는바(장애인고용촉진법 제68조), 위 기금은 ‘고용장려금’, ‘장애인 표준사업장을 설립하여 운영하거나 설립ㆍ운영하려는 사업주에 대한 비용의 융자ㆍ지원’ 등의 비용의 지급에 사용되고(장애인고용촉진법 제71조제2호, 제6호), 노동부장관은장애인고용촉진법 제71조제2호, 제6호에 따른 기금의 융자·지원·출자 및 보조에 관한 권한을 OOO에 위탁하였으며(장애인고용촉진법 제82조, 같은 법 시행령 제82조 제26항),「국가재정법」 제5조제1항 별표2에서는 장애인고용촉진법에 따른 기금의 설치를 허용하고 있다.

(4) 청구법인이 OOO으로부터 쟁점보조금을 지원받은 후인 2011.7.25.구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」 은 법률 제10898호로 일부 개정되면서 「보조금의 관리에 관한 법률」로 법명이 변경되는 한편, 같은 법 제2조 제1항은 보조금의 교부주체에 「국가재정법」 별표2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금을 관리·운용하는 자를 포함하도록 명문화된바,국회 심사보고서(2011.6.) 등에 의하면 위 개정이유는 당시 시행 중이던구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」 제2조는 보조금을 ‘국가의 재정상 원조’로 규정하고 있어 전체 63개 기금 중 24개 민간관리 기금(OOO 등)에 대한 해당 법의 적용 여부가 논란이 있어 이를 포함하도록 명확화하였다는 내용으로서, 24개 민간 관리기금에 장애인고용촉진법에 따른 장애인 고용촉진 및 직업재활 기금은 포함되지 아니한 것으로 나타난다.

(5) 기획재정부는 2013.4.3. 내국법인이 장애인고용촉진법에 따라 설치된 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활기금’을 재원으로 하여 OOO으로부터 수령한 지원금(2011.7.25 전에 동 기금으로부터 수령한 해당 지원금을 포함)으로 장애인 작업시설·편의시설 및 부대시설 등의 고정자산을 취득하는 경우 해당 금액은「법인세법」 제36조에 따른 국고보조금에 해당하여 손금에 산입할 수 있다고 회신한바,「법인세법」 제36조는「소득세법」 제32조와 동일하게 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」 및 「보조금 관리에 관한 법률」및 에 따른 국고보조금에 대하여 손금산입을 인정하고 있다.

(6) 살피건대, 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」 제2조에 서는 보조금이란 국가외의 자가 행하는 사무 또는 사업에 대하여 국가가 이를 조성하거나 재정상의 원조를 하기 위하여 교부하는 보조금으로 규정하고 있는바, 쟁점보조금이 지급된 고용촉진 및 직업재활 기금은장애인고용촉진법 제68조에 따라 노동부가 직접 관리하여 관리주체가 국가에 해당하므로 구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 보조금으로 볼 수 있는 점, 「보조금의 관리에 관한 법률」의 개정이유에서도 보조금에 포함되는 것으로 명확화된 것은 24개 민간관리 기금으로서, 국가가 관리하던장애인 고용촉진 및 직업재활 기금이구「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 보조금에 해당하는 성격에는 변동이 없었던 것으로 보이는 점,기획재정부는 「보조금의 관리에 관한 법률」이 개정된 2011.7.25 전에장애인 고용촉진 및 직업재활 기금으로부터 수령한 지원금을 포함하여 위 기금으로 장애인 작업시설·편의시설 및 부대시설 등의 고정자산을 취득하는 경우 해당 금액은「법인세법」 제36조에 따른 국고보조금에 해당하여 손금에 산입할 수 있다고 질의회신(법인세제과-255, 2013.4.3.)한 점 등을 종합하면, 처분청이 쟁점보조금에 대하여 구「소득세법」 제32조에 규정된 구 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」에 따른 보조금이 아니라고 보아 본 건 종합소득세를 부과한 처분에는 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.