실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고를 한 다음, 확정신고기한이 도과한 이후에 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부(기각)

실지거래가액으로 양도소득 과세표준 신고를 한 다음 확정신고기한까지 기준시가에 의한 신고를 하지 않은 이상 실지거래가액에 따라 산정할 수 밖에 없음

1. 처분개요

청구인은 OOOO OOO OOO OOOOOOOO OO OOOOO, OO OOOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2001.10.17. 협의분할 재산상속을 원인으로 취득하였고, 쟁점부동산이 재해위험(자산)지구 정비사업으로 2006.7.24. OOO에 수용됨에 따라, 2007.5.31. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 29,132,320원을 신고·납부하였다. 처분청은 2007.10.18. 청구인이 취득일을 피상속인의 취득일로 신고하여 취득가액을 과다신고하고 장기보유특별공제를 과다공제하였다 하여 양도소득세 12,520,360원을 경정하겠다는 과세예고통지를 하였다. 청구인은 2007.11.8. 처분청에 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고 납부한 양도소득세액과의 차액 28,960,830원을 환급해달라는 경정청구와 과세전적부심사청구를 함께 하였다. 처분청은 2007.11.23. 실지거래가액으로 신고한 경우 확정신고기한이 경과한 후에는 기준시가로 경정할 수 없다는 이유로 불채택 결정을 하였고, 2007.12.7. 2006년 귀속 양도소득세 12,520,360원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2007.12.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

경정청구 기간 내에 적법하게 경정청구를 하였으나 확정신고기한이 경과하였다는 이유로 경정청구를 거부하는 것은 과세형평에 어긋나며 , 신고내용이 사실과 다르고 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 기준시가를 적용받을 수 있으나 신고내용이 사실과 같을 경우 기준시가를 적용받을 수 없다면 성실한 납세자가 불이익을 받는 경우가 발생할 수 있다.

나. 처분청 의견

청구인은 당초 조세특례제한법 제85조 에 따라 기준시가로 신고가 가능하였으나 확정신고시 소득세법 제96조 제2항 제6호에 따라 실지거래가액으로 신고·납부하였는 바, 당초 신고한 양도차익 산정방법을 확정신고기한 후 경정청구하여 변경할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세 신고를 한 다음, 확정신고기한이 도과한 이후에 기준시가로 양도차익을 산정하여 그 차액을 환급해 달라는 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】

① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제45조의 2【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

(2) 소득세법 제96조【양도가액】

① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다.

② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액 . 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가

(3) 조세특례제한법 제85조 【지정지역내 공익사업용 부동산에 대한 양도소득세 과세특례】(2006.12.30. 법률 제8146호로 삭제되기 전의 것) 거주자가 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내의 부동산을 다음 각호의 1에서 규정하고 있는 날(관계 행정기관의 장이 관보 또는 공보에 고시한 날을 말하며, 그 고시한 날이 사업인정고시일부터 소급하여 2년 이내인 경우에는 사업인정고시일부터 소급하여 2년이 되는 날, 그 고시한 날이 「소득세법」 제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 지정 후 도래하는 경우에는 지정지역을 지정한 날을 말한다) 전에 취득하여 2006년 12월 31일 이전에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 또는 그 밖의 법률에 의하여 당해 사업시행자에게 양도(수용되는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 「소득세법」 제104조의 2 제1항 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 불구하고 동법의 규정에 의한 양도가액 및 취득가액을 기준시가에 의할 수 있다. 다만, 「소득세법」 제96조 제2항 제6호 및 동법 제97조 제1항 제1호 가목 본문의 규정에 의하여 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2001.10.17. 쟁점부동산을 취득하였고, OOO가 쟁점부동산을 재해위험(자산)지구 정비사업을 위해 수용함에 따라, 2006.7.24. OOO에 쟁점부동산을 양도한 다음, 2007.5.31. 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 양도소득세를 신고·납부하였으나, 2007.11.8. 처분청에 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 위 신고·납부한 양도소득세액과의 차액 28,960,830원을 환급해달라는 경정청구를 하였다. 이에 대해 처분청은 청구인이 당초 조세특례제한법 제85조 에 따라 기준시가로 신고할 수 있었으나, 실지거래가액으로 양도소득세를 신고하였으므로 기준시가로 경정할 수 없다하여 이를 거부하였다.

(2) 청구인이 쟁점부동산 취득일을 피상속인의 취득일로 신고하여 취득가액을 과다신고하고 장기보유특별공제액을 과다공제한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 청구인은 경정청구 기간 내에 적법하게 경정청구를 하였으나 확정신고기한이 경과하였다는 이유로 경정청구를 거부하는 것은 부당하다고 주장한다.

(4) 살피건대, 지정지역 내에 소재하는 부동산을 양도한 경우에도 공익사업용으로 수용(양도)되었다면 조세특례제한법 제85조 본문 규정에 따라 기준시가로 양도가액 및 취득가액을 산정할 수 있다 할 것이나, 같은 법 단서에서는 ‘양도가액 및 취득가액을 실지거래가액으로 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다’라고 규정하여 부동산이 지정지역 내의 공익사업용으로 수용되었다 하더라도 실지거래가액으로 양도소득세를 신고한 경우에는 지정지역 내의 부동산과 같이 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 산정하여야 할 것인 바, 청구인이 지정지역 내에 소재하는 쟁점부동산을 양도하고 실지거래가액으로 양도가액 및 취득가액을 계산하여 양도소득 과세표준 신고를 한 다음, 확정신고기한까지 기준시가에 의한 신고를 하지 않은 이상 쟁점부동산의 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 따라 산정할 수 밖에 없다 할 것이다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO O).

(5) 따라서, 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가로 계산하여 당초 신고한 양도소득세액과의 차액을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 거부한 처분청의 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.