비거주자의 1세대 1주택 양도에 대하여 소득세법 제95조 제2항 단서 표2의 장기보유특별공제율을 적용할 수 있는지 여부

소득세법 시행령 제159조의2 및 제154조 제1항에서 거주자를 전제로 1세대를 규정하고 있는 점 등을 종합할 때, 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 소득세법 제95조 제2항 단서 표2(최대 80%)의 장기보유특별공제율을 적용하기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 미국에서 거주하고 있는 비거주자로, OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 1999.6.15. 취득하여 2009.9.5. 양도한 후, 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제(80%)가 아닌 10년 이상 주택에 대한 장기보유특별공제(30%)를 적용하여 과세표준과 세액을 계산하여 2009.9.30. 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제의 특례가 적용된다는 취지로 2011.7.14. 대법원 2009두21147호 판결이 선고되자, 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제(80%)를 적용하여 청구인의 2009년 양도소득세 OOO원을 감액경정하여 환급하여야 한다는 취지로 20 11.11.1. 처분청에 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 2011.11.30. 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제가 적용되지 않는다며 위 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.12.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법」 제121조 제2항은 비거주자에 대하여 거주자와 동일한 방법으로 과세한다고 규정하고 있으므로 장기보유특별공제율도 거주자와 동일하게 적용되어야 하고, 장기보유특별공제란 물가상승으로 인한 보유이익의 과다분을 일정부분 공제하여 주는 제도이므로 그 취지나 성격면에서 거주자에게만 한정하여 적용할 이유가 없으며, 대법원 판결에서 양도소득금액 계산시 비거주자에게도 거주자와 동일한 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다고 판시하고 있으므로 청구인에게도 위 판례에 따라 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것으로 본 행정해석이 타당하고, 이와 같은 점을 반영하여 2009.12.31. 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하지 않는 것으로 소득세법을 개정하기도 하였으므로 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제의 특례(최대 공제율 80%)를 적용할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법(2009.05.21. 법률 제9672호로 개정된 것) 제89조 [비과세양도소득]

① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세“ 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택 (가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조 [양도소득금액]

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제1항제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <표1> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 30 <표2> 보유기간 공제율 10년 이상 100분의 80 제121조 (비거주자에 대한 과세방법)

② 제120조의 규정에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 제119조제1호부터 제7호까지 및 제11호부터 제13호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득을 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호 및 제9호의 규정에 따른 소득이 있는 비거주자에 대하여는 거주자와 동일한 방법으로 과세한다.

(2) 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 것) 제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득 제95조(양도소득금액)

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 제119조(비거주자의 국내원천소득) 비거주자의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산·권리의 양도소득. 다만, 그 소득을 발생하게 하는 자산·권리가 국내에 있는 경우만 해당한다.

가. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 같은 항 제4호 가목·나목에 따른 자산 또는 권리 제121조(비거주자에 대한 과세방법)

② 제120조에 따른 국내사업장이 있는 비거주자와 제119조 제3호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 제119조 제1호부터 제7호까지 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조 제1항 및 제156조의3부터 제156조의5까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조 제8호 및 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다.다만, 제119조 제9호에 따른 소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조 제1항 제3호 및 제95조 제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다. 부칙 제2조(일반적 적용례)

① 이 법은 이 법 시행 후 최초로 발생하는 소득분부터 적용한다. ②이 법 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심리자료에 의하면, 청구인이 쟁점주택을 양도하고 10년이상 주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다가, 비거주자에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제가 적용된다는 취지의 대법원 판결이 선고되자, 청구인에게도 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용하여야 한다며 경정청구를 하였으나 처분청은 비거주자에게는 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제를 적용할 수 없다며 청구인의 경정청구를 거부하였음이 나타난다.

(2) 1세대 1주택에 대한 양도소득세 비과세를 규정한 「소득세법 시행령」제154조 제1항에서 “거주자 및 그 배우자와 그들이 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족”을 “1세대”로 정의하고 있어 1세대는 거주자로 구성됨을 알 수 있고, 한편 장기보유특별공제에 관한 규정인 「소득세법」제95조 제2항 본문에서 “장기보유특별공제액” 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 <표1>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하면서, 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 <표2>에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다고 규정하였고, 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서의 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”에 대하여 「소득세법 시행령」제159조의2 에서는 “1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다”고 규정되어 있는 바, 위 규정의 “1세대”라 함은 거주자인 1세대를 의미하는 것으로 보여지고, 이는 「소득세법」제95조 제2항 표 외의 부분 단서를 적용하지 않도록 규정한 2009.12.31. 법률 제9897호로 개정된 「소득세법」제121조 제2항의 개정취지가 거주자의 주거생활 안정 목적에서 운영되는 1세대 1주택 장기보유특별공제가 비거주자에게는 적용되지 않음을 명확히 하기 위한 것이다.

(3) 따라서 처분청이 비거주자인 청구인에게 「소득세법」제95조 제2항 단서 규정에 의한 <표2>상의 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2010서3583, 2011.7.8. 같은 뜻임).

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.