농어촌주택과 입주권 보유 시 비과세되나요?

A주택을 가진 1세대가 농어촌주택을 취득한 뒤 조합원입주권을 승계 취득하였다. 입주권 취득일부터 1년 이내에 농어촌주택 취득 전부터 보유하던 A주택을 양도하는 경우이다.

1주택(A주택)을 소유한 1세대가 농어촌주택을 취득한 후 조합원입주권을 승계 취득한 상태에서 당해 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이내에 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(A주택)을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 비과세를 판정함

1. 1주택(A주택)을 소유한 1세대가「조세특례제한법」 제99조의 4의 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득한 후 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 조합원입주권을 승계 취득한 상태에서 당해 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이내에 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(A주택)을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정을 적용하는 것입니다.

2. 이 경우 상기 1.의 1세대1주택 비과세 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 「조세특례제한법시행령」 제99조의4 제6항의 규정에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 합니다.

3. 상기 2.의 1세대1주택 비과세 특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령이 정하는 「조합원입주권 소유자 1세대1주택 특례적용신고서」 및 「농어촌주택 취득자에 대한 과세특례적용신고서」를 「소득세법」 제105조 또는 동법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 합니다.

질의

농어촌주택 취득 후 조합원입주권을 승계 취득한 상태에서 기존 주택을 양도하는 경우 1세대1주택 비과세 특례.

회답

1. 1주택(A주택)을 소유한 1세대가「조세특례제한법」 제99조의 4의 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득한 후 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 조합원입주권을 승계 취득한 상태에서 당해 조합원입주권을 취득한 날부터 1년이내에 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(A주택)을 양도하는 경우 당해 농어촌주택은 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정을 적용하는 것입니다.

2. 이 경우 상기 1.의 1세대1주택 비과세 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 「조세특례제한법시행령」 제99조의4 제6항의 규정에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 합니다.

3. 상기 2.의 1세대1주택 비과세 특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령이 정하는 「조합원입주권 소유자 1세대1주택 특례적용신고서」 및 「농어촌주택 취득자에 대한 과세특례적용신고서」를 「소득세법」 제105조 또는 동법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 합니다.

국세청 법령해석 재산세과-1803 (2008.07.21 회신), "농어촌주택과 입주권 보유 시 비과세되나요?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000514985/