보조금으로 낸 부동산 사용료도 과세되는가?

지방자치단체가 「공유재산 및 물품관리법」에 따른 부동산을 비영리법인 또는 단체에 사용하게 한다. 비영리법인 또는 단체는 지방자치단체에서 받은 보조금을 재원으로 사용료를 지급한다.

지방자치단체가 「공유재산 및 물품관리법」 제4조의 규정에 의한 부동산을 비영리법인(단체)에게 사용하게 하고 비영리법인(단체)이 그 사용료를 당해 지방자치단체로부터 받은 보조금을 재원으로 지급하는 경우 당해 부동산의 임대용역에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것임

귀 질의의 내용이 불분명하여 명확한 답변을 드리기는 어려우나, 기존 해석사례(재경부 부가가치세제과-186, 2007.3.22, 서면3팀-2685, 2007.9.28.)을 보내드리니 참고하시기 바랍니다.

○ 재경부 부가가치세제과-186, 2007.3.22.

국가, 지방자치단체 등이 국ㆍ공유재산 중 부동산을 임대하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호의 규정에 의하여 2007.1.1. 이후 계약을 체결(최초 계약 및 수정, 변경, 갱신을 포함)하여 공급하는 분부터 부가가치세가 과세되는 것임.

○ 서면3팀-2685, 2007.9.28.

지방자치단체가 「공유재산 및 물품관리법」 제4조의 규정에 의한 부동산을 비영리법인(단체)에게 사용하게 하고 비영리법인(단체)이 그 사용료를 당해 지방자치단체로부터 받은 보조금을 재원으로 지급하는 경우 당해 부동산의 임대용역에 대하여는 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.

질의

지방자치단체가 비영리법인 또는 단체에 제공하는 부동산 임대용역의 부가가치세 과세 여부.

회답

질의 내용이 불분명하여 명확한 답변을 드리기 어려우므로 기존 해석사례를 참고하기 바람.

1. 국가, 지방자치단체 등이 국·공유재산 중 부동산을 임대하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호에 따라 2007.1.1. 이후 계약을 체결하여 공급하는 분부터 부가가치세가 과세되는 것임. 계약 체결에는 최초 계약 및 수정, 변경, 갱신을 포함함.

2. 지방자치단체가 「공유재산 및 물품관리법」 제4조의 부동산을 비영리법인 또는 단체에 사용하게 하고, 그 사용료를 지방자치단체에서 받은 보조금으로 지급하는 경우 해당 임대용역에는 부가가치세가 과세되는 것임.

국세청 법령해석 부가가치세과-1050 (2012.10.15 회신), "보조금으로 낸 부동산 사용료도 과세되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000149480/