1세대 3주택에서 제외되는 장기임대주택에 해당한다는 청구주장의 당부(기각)

기존사업자 기준일(2003.10.29.) 현재 임대사업자등록을 하지 아니하고 2004.6.30.까지 사업자등록을 이행하지 아니한 임대주택은 장기임대주택에 해당하지 않음

1. 처분개요

청구인은 주택임대업을 영위하고 있는 사업자로 2008.5.6. 청구인소유의 임대주택 중 OOOOO OOO OOO 239-12번지 2층 가호(벽돌조 다세대주택 54.57㎡, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 양도하고 쟁점주택을 1세대 3주택 이상에서 제외하는 장기임대주택으로 보아 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.처분청은 쟁점주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제와 일반세율의 적용을 배제하고 중과세세율(100분의 60)을 적용하여 2009.1.14. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 61,866,580원을 경정고지하였다.청구인은 이에 불복하여 2009.1.19. 이의신청을 거쳐 2009.2.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1992.11.13. 쟁점주택을 자(子) 임OO 명의로 취득하여임대하다가 1995.8.7. 청구인 가족이 쟁점주택으로 이사하여 살던중 임OO이 사기를 당하여 가압류 문제가 발생하자 1999.5.31. 청구인 앞으로 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 하였고, 2001.3.30. 청구인 가족이 다른 주택으로 이사하면서 쟁점주택을 2001.4.24.부터 2008.3.5.까지 임대한 것이며, 장기임대한 다른 임대주택과 함께 쟁점주택의 양도는 사업자등록 시기에 불구하고소득세법 시행령 제167조의 3에서 주택의 수를 계산함에 있어 산입하지 아니한다고 규정하고 있는 장기임대주택의 양도에 해당됨에도 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

쟁점주택이소득세법시행령 제167조의 3에서 규정하는 장기임대주택에 해당되기 위해서는임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록과 함께 적어도 2004.6.30.까지소득세법 제168조에 의한 사업자등록을 하여야 하나, 청구인은 기존사업자 기준일(2003.10.29.) 임대사업자등록 및 사업자등록을 이행하지 아니하다가 2004.11.15. 임대사업자등록을 하고소득세법 제168조에서 규정한 사업자등록은 2006.5.29.에야 이행한 이상, 쟁점주택은소득세법시행령 제167조의 3에서 규정하는 장기임대주택에 해당하지 아니하고, 따라서 쟁점주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하지 아니하는 주택으로 보아 당해주택의 양도에 대하여 중과세세율을 적용하여 과세한 처분은 적법·타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

기존사업자 기준일(2003.10.29.) 현재임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록을 하지 아니하고 2004.6.30.까지소득세법 제168조에서 규정한 사업자등록을 이행하지 아니한 국민주택 규모의 임대주택인 쟁점주택이소득세법시행령 제167조의 3에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에서 제외한다고 규정하고 있는 장기임대주택에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 소득세법제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산양도소득과세표준 세율1천만원 이하 과세표준의 100분의 91천만원 초과 4천만원 이하 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 금액의 100분의 184천만원 초과 8천만원 이하 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 금액의 100분의 278천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 362의

3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)양도소득과세표준의 100분의 60제168조【사업자등록 및 고유번호의 부여】

① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

②「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③「부가가치세법」제5조의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다.

(2) 소득세법 시행령제167조의 3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등" 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는「임대주택법」 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은「조세특례제한법 시행령」 제97조의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 주택임대업을 영위하고 있는 사업자이며임대주택 중 쟁점주택을 양도하고 당해주택을 1세대 3주택 이상에서 제외하는 장기임대주택으로 보아 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고·납부한 데 대하여, 처분청은쟁점주택의 양도가 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제를 부인하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 사실이 과세관련자료에 의하여 확인된다.

(2) 등기부등본 및 주민등록표에 의하면 청구인의 주택소유 현황은 아래와 같고 청구인은 4호의 국민주택을 임대하고 있다.

(3)청구인은2004.11.15. 4호를 임대주택으로 하여 임대사업자등록(OOOOOOOOOOOOO)을 하고 2006.5.29.소득세법 제168조에따라 사업자등록(OOOOOOOOOOOO)을 한 뒤, 아래와 같이 주택임대사업을 영위한 사실이 임대사업자등록증 및 사업자등록증에 의하여 확인된다.

(4) 살피건대,소득세법시행령 제167조의 3에서 장기임대주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한다고 규정하면서 그 범위를소득세법 제168조에 의한 사업자등록과임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록을 한 장기임대주택으로 하되, 다만, 2003.10.29.(기존사업자기준일) 현재임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나소득세법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004.6.30.까지 위 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는임대주택법 제6조의 규정에 의한 임대사업자등록일에소득세법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 2003.10.29.(기존사업자기준일) 이전부터 주택임대사업을 영위한 청구인은 기존사업자기준일 현재임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록을 하고 또한 적어도 2004.6.30.까지는소득세법 제168조에 의한 사업자등록까지 마쳤어야 함에도, 2004.11.15.에야임대주택법 제6조에 의한 임대사업자등록을 한 뒤 2006.5.29.소득세법 제168조에 의한 사업자등록을 한 이상, 쟁점주택은소득세법시행령 제167조의 3에서 규정하는 장기임대주택에 해당하지 아니한다.

(5) 그렇다면, 쟁점주택을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외하는 장기임대주택으로 인정하지 아니하고 당해 주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 중과세세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 적법·타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리한 결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.