비사업용토지 및 장기보유특별공제(기각)

2006.12.31. 이전에 20년 이상 농지로 소유하였더라도 양도 당시에 그 토지가 농지가 아닌 경우에는 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1982.12.30. 취득한 OOO OOO OOO OO OOOOOO O OOO O OO OOOOOOO OO OOOOO,OOO(OO OOOOOOO OO)을 2003.12.9. 대지로 환지하였다가 2009.9.24. 양도한 후, 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 72,508,480원의 양도소득세를 신고·납부하였다가, 쟁점토지가 사업용으로서 장기보유특별공제 대상에 해당한다고 보아, 2010.6.9. 25,806,590원의 환급 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 장기보유특별공제는 취득일부터 양도일까지 농지인 경우에 적용되나, 쟁점토지는 양도 당시 농지가 아니므로 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아, 2010.9.12. 환급 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호에서는, 2006.12.31. 이전에 20년 이상을 소유한 농지·임야 및 목장용지로서 2009.12.31.까지 양도하는 경우에는 같은 법 제104조의3에 규정된 비사업용으로 보지 아니한다고 규정되었을 뿐, 관계법령 어디에도 그 농지가 재촌 자경한 농지이거나 양도 당시 농지여야 한다는 규정은 없으므로, 쟁점토지를 장기보유특별공제 대상이 아니라고 보아 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구인은 양도 당시 농지여야 한다는 규정이 없으므로 쟁점토지를 사업용 토지로 볼 수 있다고 주장하나 이는 법조문의 확장·유추해석이고, 상속 등으로 받은 토지의 경우 부득이한 사유가 있어 비사업용으로 보지 아니하는 토지의 판정기준은 상속개시일 또는 취득일부터 양도할 때까지 농지인 경우에 적용되는 것이며, 상속개시일의 지목과 양도일의 지목이 다르거나 보유기간 중 다른 지목으로 변경된 경우에는「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호를 적용할 수 없으므로, 쟁점토지에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

2006.12.31. 이전에 20년 이상을 농지로 소유하였다가 2009.12.31. 이전에 양도하였으나 양도 당시 지목이 대지로서 농지가 아니라고 하여 장기보유특별공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

⑴ 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액” 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (단서 및 표 생략)제104조의3【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지” 라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것가. 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조제4항의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 호에서 같다) 안의 농지. 다만, 대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가 농지소재지에 거주하여 자기가 경작하던 농지가 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 종료되지 아니한 농지를 제외한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

⑵소득세법 시행령 제168조의14【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

2. 2006년 12월 31일 이전에 20년 이상을 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009년 12월 31일까지 양도하는 토지

다. 사실관계 및 판단

⑴ 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 1982.12.30. 농지(전)로 취득한 쟁점토지를 농지 소재지에 거주하거나 직접 경작하지 아니하고 보유하였다가, 「토지구획정리사업법」에 의하여 토지구획정리지구로 지정되어 2003.12.9. 대지로 환지된 후인 2009.9.24. 쟁점토지를 양도한 것으로 나타난다.

⑵「소득세법 시행령」 제168조의14제3항 제2호에서 비사업용으로 보지 아니하는 토지는, 2006.12.31. 이전에 20년 이상 소유한 농지ㆍ임야 및 목장용지로서 2009.12.31.까지 양도하는 토지여야 하는바, 동 규정은 일반적으로 농지의 경우 사업용 토지는 소유자가 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하여야 하고, 최근 5년 중 3년 이상 사업용으로 사용하여야 하지만, 그러한 재촌자경 등의 요건에 적합하지 아니하나 20년 이상 보유한 경우에는 부득이한 사유로 보아 비사업용 토지로 보지 아니한다는 규정이라 할 것이므로, 2006.12.31. 이전에 20년 이상 농지로 소유하였더라도 양도 당시에 그 토지가 농지가 아닌 경우에는 비사업용 토지에 해당하는 것으로 판단된다.

⑶ 따라서 처분청이 쟁점토지가 양도 당시 농지가 아니라는 이유로 장기보유특별공제를 배제하고 청구인의 경정청구를 거부한 처분에 는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.