기납부한 농어촌특별세액을 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 납부불성실가산세를 산정해야 한다는 청구주장의 당부

청구인이 양도소득세를 신고하면서 그 부가세로서 농어촌특별세를 납부한 점 등을 고려할 때, 그 납부액을 양도소득세 기납부세액으로 인정하여 납부불성실가산세를 감액함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1990.2.22. OOO 및 대지권(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재건축으로 인해 OOOOO OOO OO OOO-O OO OOOOOO OOO OOOO OOOOO 및 대지권(이하 “신축주택”이라 한다)을 2002.8.13.사용승인받아보유하다가 2006.11.7. 양도하고, 2007.1.31.「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득금액 중 종전주택 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 기간에 대한 양도소득은 감면대상이 아니라고 보아 2012.4.26. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원(납부불성실가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2012.7.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)조특법 제99조의3제1항 본문에서 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득의 100분의80(2009년 12월 31일까지 양도분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면하도록 명시하고 있음에도, 처분청이 양도소득세 신고일 이후 관련예규를 변경하여 양도소득세 신고 후 5년 4개월이 지난 시점에서 발생하지도 아니한 종전주택 취득일부터 재건축 전일까지 발생한 양도소득을 감면제외된다고 해석한 것은 엄격해석 및 신의성실 원칙에 위배되어 부당하다.처분청의 산정방식대로 과세하더라도, 신축주택은 종전주택의 환지로 보아 본질이 변하지 아니하고 재산가치가 보전되어 신축주택의 가치에 반영되었다고 할 수 있으므로, 종전주택의 취득시 기준시가는 신축주택의 최초 공동주택고시가액 OOO원을 토지, 건물의 기준시가 비율(종전주택 취득시 기준시가 OOO원/신축주택취득시 기준시가 OOO원)로 환산한 OOO원으로 인정하여 감면대상 양도소득을 산정하는 것이 타당하다.

(2) 현행 소득세는 신고납부세목으로 연간 2회이상 양도하는 경우이외에는 예정신고로서 납세의무가 종결되고, 예정신고시 누락된 소득이나 과소신고한 소득이 있을시에는 가산세를 포함하여 즉시 추가징수를 할 수 있는바, 청구인은 2006년 단 1회의 양도거래만 있었고 그 양도거래에 기한 양도소득세 예정신고는 확정력이 있으므로 국세부과제척기한의 기산일을 예정신고 다음날부터 기산함이 타당하다.

(3) 청구인은 법이 정한 절차에 따라 양도소득세 신고를 성실히 이행하였고, 고의로 과소신고 및 납부지연 등을 해태할 의사가 없었음에도 불구하고, 과세관청에서는 과세예고통지나 사전설명도 없이 납세고지서만 교부하면서 지난 5년간의 고리의 납부불성실 가산세를 납세자에게 전가함은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)조특법 시행령 제99조의3제2항 및 같은 법 시행령 제40조 제1항을 보면 이는 미실현된 소득에 대하여 추정하여 계산하는 것이 아니라, 청구인이 양도시점에서 실현된 전체 소득에 대해 조특법에서 규정하고 있는 감면소득을 합리적으로 계산하기 위해 법령으로 규정하고 있어 미실현소득에 대한 과세라는 주장은 받아들일 수 없고,조특법 제99조의3법문에 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 양도한 양도소득금액만을 감면하도록 규정하고 있으며, 어떠한 예규 등에도 감면대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 바가 없어 신의칙 위반에 해당되지 않는다.

(2)「소득세법」 제105조제1항 및 제110조 제4항에서는 예정신고자에 대한 확정신고 신고의무만을 면제하였을 뿐, 예정신고가 확정신고의 효력을 가지는 것은 아니고,「국세기본법 시행령」 제12조의3제1항 제1호에서는 부과제척기간의 기산일은 과세표준신고기한의 다음날이며 이에는 예정신고는 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다고 규정하고 있으므로, 제척기간을 예정신고일 다음날부터 기산하여야 한다는 청구인의 주장은 인정할 수 없다.

(3) 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 「납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율」로 과소납부분에 대하여 이자성격의 가산세를 부과함은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 신축주택 취득전 양도소득에 대한 세액감면을 배제한 처분이 소급과세 금지의 원칙에 위배되는지 여부

② 부과제척기간의 경과 여부

③ 납부불성실가산세 부과의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청이 제출한 종전주택 및 신축주택의 부동산등기등본, 신축주택의 공급계약서 등에 의하면, 청구인은 1990.2.22. 종전주택을 취득하였고, 재건축으로 인해 종전주택 멸실 후2002.8.13.사용검사승인을 얻어 신축주택을 취득하였으며,2006.11.7.신축주택을 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 신축주택 양도한 것에 대하여 신축주택 취득전 양도소득을 감면대상 소득에 포함하여 양도소득금액OOO,OOO,OOO원 전액을 감면대상 양도소득금액으로 하고, 감면세액을 OOO원으로 하여 양도소득세 신고를하고, 농어촌특별세OO,OOO,OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(3) 처분청은 신축주택 취득전 양도소득을 양도소득세 감면대상 소득에서 부인하여 감면대상 양도소득금액을 OOO원, 감면세액을 OOO원으로 재계산하고, 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 이 건 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 농어촌특별세 OOO원(이에 대한 국세환급가산금 OOO원)은 환급결정한 후 체납세액에 충당하였음이 양도소득세 결정결의서 등에 의하여 나타난다.

(4)조특법 제99조의3제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조의3 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.한편,「국세기본법」 제18조제3항에서는 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있다.

(5) 쟁점①에 대하여 본다.청구인은 신축주택을 양도하면조특법 제99조의3에 따라 양도소득 전체가 감면대상이 된다는 과세관청의 답변을 믿고 양도소득세 감면신청을 하였으므로, 처분청이 변경된 해석을 근거로 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 부당하고 주장하고 있으나,조특법 제99조의3에서 규정한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점,조특법 제99조의3제1항 및 같은 법 시행령 제99조의3 제2항에 의하면, 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 과세관청이 납세자에게 신축주택의 취득전 양도소득을 감면대상에 포함한다는 공적인 견해를 표명한 사실이 나타나지 아니하여, 처분청이 신의성실의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 보기 어려운 점OOO 등으로 볼 때, 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(6) 쟁점②에 대하여 본다.청구인은 예정신고한 금액이 확정신고 금액이 되었으므로 국세부과제척기간의 기산일은 예정신고 기일 다음날부터로서, 본 건 양도소득세의 부과제척기간은 만료되었다고 주장하나,「소득세법」 제105조제1항 및 제110조 제4항에서는 예정신고자에 대한 확정신고 신고의무만을 면제하였을 뿐, 예정신고가 확정신고의 효력을 가지는 것은 아닌 점,「국세기본법 시행령」 제12조의3제1항 제1호에서는 부과제척기간의 기산일은 과세표준신고기한의 다음날이며 이에는 예정신고는 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다고 규정한 점 등을 종합하면, 양도소득세 예정신고 기일 다음날부터 기산하여 부과제척기간이 만료되었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(7) 쟁점③에 대하여 본다.납세자의 고의ㆍ과실이나 법령의 무지 또는 오인은 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 않는바OOO 이 건 부과처분이 신의성실의원칙에 반하는 처분이 아닌 점, 관련 법령의 해석상 전체 양도소득금액이 아니라 신축주택 취득일부터 5년 이내에 발생한 양도소득금액만이 감면소득금액에 해당함에도 청구인은 전체 양도소득금액이 감면대상인 것으로 법령을 착오한 것으로 보이는 점 등으로 볼 때, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하였고 그 의무의 이행을 기대하는 것이무리라고 볼 수 있는 충분한 사정이 있는 경우에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.다만, 청구인은 양도소득세 신고시 양도소득금액 전액을 감면소득금액으로 봄으로 인하여 결과적으로 OOO원의 농어촌특별세를 과다하게 납부한 것으로 나타나는바, 양도소득세와 농어촌특별세가 별개의 세목이라 하더라도 농어촌특별세는 양도소득세의 부가세로서 청구인이 양도소득세를 과소하게 납부함으로 인하여 농어촌특별세가 과다하게 납부된 것이므로 서로 밀접한 관계가 있고, 이와 같은 경우납세자가 이미 국가에 납부한 세액은 세목을 달리하고 납부되었다 하더라도 처분청이 변경하여 과세하는 세목의 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세를 부과하지 않는 것이 합리적이므로(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO, OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO O OO) 처분청에서청구인이 과다납부한 농어촌특별세OO,OOO,OOO원을 환급하면서 가산하여지급한 국세환급가산금OOO,OOO원을 환수하는 것은 별론으로 하더라도 동 농어촌특별세 과다납부액을 양도소득세 기납부세액으로 보아 납부불성실가산세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과「국세기본법」 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.