조세특례제한법상재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용이 가능한지 여부(경정)

재활용폐자원가액을 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상으로 보아 매입세액공제를 적용하여 신고한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 청구인에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 타당하지 않음

1. 처분개요

가. 청구인은 ‘○○자원’이라는 상호로 폐자원을 수집하여 납품하는 사업자로 2005년 제1기부터 2006년 제2기까지의 과세기간 중 미등록사업자인 정○○, 김○○, 최○○, 김××, 이○○(이하 “정○○등”이라 한다)으로부터 고철 등 재활용폐자원 40,914,100원 상당을 매입하여조세특례제한법 제108조의 규정에 의한 관련 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 처분청은 정○○등이 사업자등록은 되어 있지 않으나 실질이 부가가치세 과세사업자에 해당된다 하여 위 매입세액을 불공제하여 2008.3.18. 청구인에게 부가가치세 2005년 제1기분 110,150원, 2005년 제2기분 477,120원, 2006년 제1기분 275,490원, 2006년 제2기분 3,643,540원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

정○○등은 고정된 사업장이 없고, 사업자등록도 없어 사업자가 아니며, 이들이 청구인에게 납품한 재활용폐자원은 연간 48,000천원에 미달하는 금액으로 청구인은 이들이 부가가치세 과세사업자인지 여부를 알 수 없는 바, 이들이 일반 과세사업자에 해당된다 하여 관련 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

재활용폐자원 매입세액공제는 부가가치세 과세사업을 영위하지 않는 자로부터 매입한 금액에 대하여 공제가능한 것으로 정○○등은 연간 공급대가가 48,000천원 이상으로 사업자등록은 되어 있지 않으나, 실질이 부가가치세 과세사업자에 해당하므로 관련 매입세액을 불공제한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점일반사업자 규모에 해당하는 미등록사업자로부터 간이과세자 규모에 해당하는 재활용폐자원을 공급받은 경우 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용이 가능한지 여부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법 제108조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을부가가치세법 제17조제1항의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

(2)조세특례제한법 시행령 제110조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와「부가가치세법」 제25조에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

5. 기타 재활용폐자원을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자(3)조세특례제한법 시행규칙 제50조【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례】

① 영 제110조 제3항 제5호에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

(4)부가가치세법 제25조【간이과세】

① 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 대가(부가가치세가 포함된 대가를 말한다. 이하 “공급대가”라 한다)가 4천800만원 이상 동 금액의 100분의 130에 해당하는 금액 이하의 범위내에서 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “간이과세자”라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다. (단서 생략)제22조【가산세】(2006.12.30., 법률 제8142호로 개정되기 전의 것)

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율(5)부가가치세법 시행령 제74조【간이과세의 범위】

① 법 제25조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 4천800만원을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 청구인이 정○○등으로부터 2006년 제2기에 매입한 재활용폐자원 거래내역은 아래「표」와 같고, 청구인의 매입액만으로 볼 때 1역년 공급대가가 모두 4천8백만원 미만인 것으로 나타난다.

(2) 한편, 정○○등은 재활용폐자원 공급을 위하여 부가가치세 사업자등록을 한 사실은 없는 것이 청구인과 처분청 양자의 심리자료에 의하여 확인되나, 처분청은 정○○등의 2006년 공급대가가 아래「표」와 같아 모두 4천8백만원이상으로 나타나 실질이 부가가치세 일반과세사업자에 해당하는 것으로 보아 이 건 과세처분을 하였다.

(3) 이상의 사실관계를 종합하면, 부가가치세법상 사업자라 함은 영리목적의 유무 또는 사업자등록 여부 및 부가가치세의 거래징수 여부에 불구하고 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자로서 이들에게는 부가가치세 신고ㆍ납부의무가 있다 할 것인 바, 정○○등이 청구인 등과 계속적ㆍ반복적으로 거래하고 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖춘 것으로 보이므로 이 건 거래는 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상인 거래에 해당하는 것으로 보기 어려운 것으로 판단되나(조심2008중604, 2008.5.1. 같은 뜻임),세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인 바(대법원 2002두10032, 2003.12.26.외 다수, 같은 뜻임),정○○등을 부가가치세 납세의무자(사업자)로 본다고 하더라도, 정○○등이 재활용폐자원 공급을 위하여 부가가치세 사업자등록을 한 사실이 없고, 처분청에서도 직권으로 등록한 사실이 없어서 청구인이 정○○등으로부터 정상적인 매입세금계산서를 받을 수 없었을 뿐 아니라, 정○○등과 청구인간의 1역년의 공급대가가 모두 4천8백만원 미만이어서 청구인으로서도 정○○등의 1역년 공급대가가 총 4천8백만원을 초과하는지를 알 수 없는 상황이었으므로 청구인이

정○○등으로부터 매입한 재활용폐자원가액을 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례 적용대상으로 보아 매입세액공제를 적용하여 신고한 것은 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이므로 처분청이 청구인에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 것은 타당하지 않은 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.