종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정하도록한 이 건 시행령 조항이 위법하다는 청구주장의 당부

‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하고 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 각 보유하고 있는 과세대상물건(주택, 종합합산 및 별도합산 과세대상토지)에 대하여「종합부동산세법」제16조제3항에 따라 2017～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 각각 신고하면서「종합부동산세법 시행령」제4조의2제1항 및 제5조의3 제1항.제2항(이하 “쟁점시행령 조항”이라 한다)에서 규정하는 산식에 따라 ‘종합부동산세액에서 공제하는 과세표준 금액에 대한 재산세로 부과된 세액’을 계산하였다.

나. 이후 청구법인은 “쟁점시행령 조항은 상위 법률인「종합부동산세법」제9조제3항, 제14조 제3항 및 제6항(이하 "쟁점법률 조항"이라 한다)에 위배되어 무효이므로 ‘공제할 재산세액’을 재계산하여야 한다”고 주장하면서 기 납부한 종합부동산세 합계 OOO 및 농어촌특별세 합계 OOO(세부내역은 ＜표1＞ 참조)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점시행령 조항에 따른 산식이 적법하다는 이유로 2019.10.25. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2020.1.10. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 2005.1.5 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준 금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있는바,재산세와 종합부동산세는 과세대상재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이므로 「종합부동산세법」은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였는데, 쟁점시행령 조항은 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준 초과금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세법상 공정시장가액비율)에 상응하는 재산세액부분만을 공제하도록 규정하고 있어 재산세로 부과된 세액의 일부만 공제받게 되어 실제 이중과세 문제가 해소되지 않는다.

＜예시＞

공정시장가액비율 70%, 별도합산토지로 가정

(2) 쟁점법률 조항은 종합부동산세액에서 ‘주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액‘을 공제하도록 규정하면서, 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고, 쟁점법률 조항은 과세기준을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 것이 기본취지임에도 불구하고(대법원 2015.6.23 선고 2012두2986 판결), 쟁점시행령 조항에서 규정된 계산식은 재산세 공정시장가액비율과 종합부동산세 공정시장가액비율을 중복으로 곱함으로써 입법취지 등과 다르게 재산세액이 과소공제되는 결과가 발생하게 된다.이와 관련하여, 공제하는 재산세액을 산정하는 계산식을 규정한 쟁점시행령 조항에 대하여 법원은 법률에 의한 위임의 범위를 넘어 규정된 것이므로 위법하고 효력이 없는 것으로 판시한바 있다(OOO고등법원 2019.4.3 선고 2018누47310 판결). 따라서 당초 입법취지 등을 고려하여 공제되는 재산세액은 “(공시가격 - 과세기준금액) × 재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율 × 재산세율”의 산식에 따라 산정되어야 하고, 정당세액을 초과하여 부과된 세액은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1)청구법인은 쟁점시행령 조항이 모법의 위임범위를 넘어 위법하다고 주장하나,「종합부동산세법」제9조제4항 및 제14조 제7항은 주택분 또는 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 또는 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정함으로써 ‘종합부동산세액에서 공제할 재산세액’에 관하여 구체적인 내용은 시행령에 규정할 수 있도록 위임한 바 있고,

(2) 토지의 경우「종합부동산세법」제13조제1항에서 과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동세의 과세표준으로,「지방세법」제187조제1항은 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으며, 2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된「종합부동산세법 시행령」제5조의3규정의 개정취지가 종합부동산세에서 공제되는 재산세 공제액 산식을 명확히 하여 종합부동산세 계산 시 기 납부한 재산세액의 과다공제를 방지하고자 함에 있는 점 등에 비추어 보면 쟁점시행령 조항은 모법인 「종합부동산세법」에서 위임한 범위를 벗어난 것으로 볼 수 없다.

(3)또한, 쟁점시행령 조항이 종합부동산세 공정시장가액 비율과 재산세 공정시장가액 비율을 모두 적용하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하도록 명확하게 규정하고 있음에도, 임의로 종합부동산세 공정시장가액 비율은 배제하고 재산세 공정시장가액 비율만을 적용하여 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합부동산세 계산시 공제되는 재산세액을 ‘재산세 공정시장가액비율’만을 적용하여 산정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법제8조(과세표준)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.제9조(세율 및 세액)

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조제3항에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다.

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제13조(과세표준)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.제14조(세율 및 세액)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」 제111조제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(「지방세법」제111조제3항에 따라 가감 조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제122조에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제16조(부과ㆍ징수 등) ①관할세무세정은 납부하여야 할 종합부동산세의 세액을 결정하여 당해연도 12월 1일부터 12월 15일(이하 "납부기간"이라 한다)까지 부과ㆍ징수한다.

③제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 종합부동산세를 신고납부방식으로 납부하고자 하는 납세의무자는 종합부동산세의 과세표준과 세액을 당해연도 12월 1일부터 12월 15일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제1항의 규정에 따른 결정은 없었던 것으로 본다.

(2) 종합부동산세법 시행령(2015.11.30. 대통령령 제26670호로 개정된 것)제2조의4(공정시장가액비율)

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.제4조의2(주택분 종합부동산에의 재산세 공제)

① 법 제9조 제1항에 따른 주택분 종합부동산세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 주택분 과세표준 금액에 대한 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제8조에 따른 주택의 공시가격을 합산한 금액 - 6억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제2호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제3호에 따른 표준세율

주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

＜ 개정전 ＞

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율( 「지방세법」제111조 제1항에 따른 표준세율을 말한다)로 계산한 재산세 상당액

주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

제5조의3(토지분 종합부동산에의 재산세 공제)

① 법 제14조 제1항에 따른 토지분 종합합산세액에서 같은 조 제3항에 따라 공제하는 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제13조 제1항에 따른 종합합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 5억원) × 제2조의4 제1항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 가목에 따른 표준세율

종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

＜ 개정전 ＞

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

종합합산과세대상인 토지를 합산하여

종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조 제4항에 따른 토지분 별도합산세액에서 같은 조 제6항에 따라 공제하는 별도합산과세대상인 토지에 대한 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

[(법 제13조 제1항에 따른 별도합산과세대상인 토지의 공시가격을 합산한 금액 - 80억원) × 제2조의4 제2항에 따른 공정시장가액비율 × 「지방세법 시행령」제109조 제1호에 따른 공정시장가액비율] × 「지방세법」제111조 제1항 제1호 나목에 따른 표준세율

별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

＜ 개정전 ＞

「지방세법」제112조 제1항 제1호에 따라 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액

×

별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

별도합산과세대상인 토지를 합산하여

별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

(3) 지방세법제110조(과세표준)

① 토지ㆍ건축물ㆍ주택에 대한 재산세의 과세표준은 제4조 제1항 및 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장 가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

(4) 지방세법 시행령제109조(공정시장가액비율) 법 제110조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물 : 시가표준액의 100분의 702. 주택 : 시가표준액의 100분의 60

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(매년 6월 1일) 현재 각 보유하고 있는 과세대상물건(주택, 종합합산 및 별도합산 과세대상토지)에 대하여「종합부동산세법」제16조제3항에 따라 아래 ＜표1＞과 같이 2017～2018년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 각각 신고하면서 ‘종합부동산세액에서 공제되는 재산세액’을 쟁점시행령 조항에 따라 계산하여 공제하였고, 이후 청구법인은 “쟁점시행령 조항은 상위 법률인 쟁점법률 조항에 위배되어 무효이므로 ‘공제할 재산세액’을 재계산하여야 한다”고 주장하면서 기 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점시행령 조항에 따른 산식이 적법하다는 이유로 이를 거부하였다.

＜표1＞

청구법인의 경정청구내역(가) 2017년 종합부동산세(단위 : 원)(나) 2018년 종합부동산세(단위 : 원)

(2) 기획재정부 발간 ‘2015 간추린 개정세법’에 따르면, 기획재정부는 대법원 2015.6.23. 선고 2012두2986 판결 이후 종합부동산세액에서 공제할 재산세액의 이중과세 논란 및 종합부동산세 계산시 기납부한 재산세액의 과다공제 방지를 위하여 2015.11.30. 「종합부동산세 시행령」제4조의2 및 제5조의3에 의한 계산식을 아래 ＜표2＞와 같이 개정하였다.

＜표2＞

「종합부동산세법 시행령」개정내용

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2017～2018년 귀속 종합부동산세 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 재산세 공정시장가액비율만을 적용하여 산정하여야 한다고 주장하나, 「종합부동산세법」상 재산세액 공제규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된 재산세를 ‘납부할 종합부동산세’에서 공제함으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바, 「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각 규정하고 있고, 2015.11.30. 「종합부동산세법 시행령」개정으로 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액을 규정한 같은 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 계산식에서 분자에 해당하는 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분에 대하여 재산세로 부과된 세액’이라 함은 ‘종합부동산세 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액’으로 규정하고 있는 점 등에 비추어 처분청이 종합부동산세액 계산시 ‘공제되는 재산세액’을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 종합부동산세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2018서2366, 2018.7.18. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.