신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 청구주장의 당부 (쟁점2 관련)

신축주택 취득하고 5년이 경과한 후 양도하는 경우, 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득을 과세소득에서 차감하여 과세표준 및 세액을 계산함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1989.4.19. 취득한 서울특별시 OOO 토지 159.0㎡(이하 “종전토지”라 한다)가 재개발(관리처분일 1997.4.8., 사용승인일 : 1999.4.16.)됨으로써 취득한 서울특별시OOO 176.167㎡(이하 “신축주택”이라 한다)를 2006.4.28. 김OOO에게OOO원에 양도하고 2006.7. 「조세특례제한법」제99조 의 규정을 적용하여 산출세액 OOO원 중 OOO원을 감면하는 것으로 하여 양도소득세를 예정 신고한 후 계산방법의 오류를 바로 잡아 감면세액 OOO원으로 하여 OOO원을 추가 납부하였다.

나. 처분청은 청구인의 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 대하여는 「조세특례제한법」제99조 에 의한 양도소득세 과세특례의 적용대상에 해당되지 아니한다 하여 청구인이 감면 신고한 OOO원을 부인하고 납부불성실가산세 OOO원을 가산하여 2012.4.30. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.25. 이의신청을 거쳐 2012.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제99조 에서 신축주택의 수요 진작을 위하여 취득일로부터 5년 내에 양도하는 경우에는 양도소득금액 전액을, 5년을 초과하여 양도하는 경우에는 5년이 초과한 이후의 양도소득금액에 대하여만 과세특례를 배제하는 것으로 명확히 규정하고 있고, 국세청의 종전 예규 등에서도 동일하게 해석하고 있음에도 변경된 예규를 소급적용하여 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액을 과세특례적용대상에서 제외하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 반하는 위법한 처분이며, 또한, 「조세특례제한법」제99조 의 경우 감면세액을 산출함에 있어 이를 계산하는 방법은 같은 법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 아래와 같이 규정하고 있는바, 이 규정의 어디에도 분자와 분모의 취득당시 기준시가가 다른 것이라는 법의 근거가 없음에도 불구하고 처분청이 자의적으로 유추 해석하여 비롯된 것으로 납세자의 부당한 권리침해에 해당한다.

신축주택 양도소득금액 × [(신축 주택 취득일부터 5년이 되 는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가) / (신축주택 양도당시의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가)]

(2) 예비적 청구로 신축주택 취득일로부터 5년경과 후 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 한다는 대법원 판례(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참조)에 따라 안분계산방식이 아닌 소득금액에서 직접 차감하여 산정하여야 함에도 불구하고, 양도소득세가 감면되는 신축주택의 과세표준 및 세액의 산정방법에 관한 법리를 오해하여 계산한 당초 처분은 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의칙에 위배되지 않으며, 납세지 관할 세무서장은 “예정신고를 한 자 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다”고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정 가능하여 소급과세에 해당하지 아니하며, 「조세특례제한법」제99조 의 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로, 구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 「조세특례제한법」제99조 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택(종전토지)의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 「소득세법」제90조 는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 것으로 규정하고 있는 점 등으로 보아 이와 다른 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례( 「조세특례제한법」제99조 ) 규정에서 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전까지의 양도소득금액이 감면대상 양도소득금액에 해당하는지 여부

② 신축주택 취득하여 5년이 경과한 이후 양도에 대한 감면세액 계산시 산출세액은 전체 양도소득금액에서 감면소득을 차감하는 방식으로 산정하여야 한다는 청구주장 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 처분청은 「조세특례제한법」제99조 및 같은 법 시행령 제40조 제1항의 산식을 적용함에 있어 분모의 “취득당시의 기준시가”는 쟁점주택의 최초 취득당시의 기준시가로 해석함이 타당하고, 소급과세금지의 원칙에 위배되지 아니하며, 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세를 부과한 처부분이 정당하다면서, 양도소득세 결정결의서 등을 제시하였다. (나) 「조세특례제한법」제99조 제1항, 같은 법 시행령 제40조 제1항 및 제99조 제2항에 의하면 “신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 {양도소득금액 × (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가) / (양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}로 계산한 금액”이라고 규정되어 있다.

(다) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17. 같은 뜻), 처분청이 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조 에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2010중3160, 2010.11.30., 같은 뜻임).

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 처분청은 「소득세법」제90조 에서 규정하는 바에 따라 양도소득금액에 대한 세액을 감면하여 이 건 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. (나) 살피건대,「조세특례제한법」 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 「조세특례제한법」제99조 는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조 의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」제99조 에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2012서3421, 2012.12.31., 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 참조). (다) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.