농지를 직접 자경하여 농지대토로 인한 양도세 비과세 요건을 충족하였는지 여부(기각)
심판청구를 기각합니다.
청구인이 실제 영농보상금을 받았는지 불분명하며, 사실확인서 만으로는 청구인이 쟁점토지를 자경하였다고 인정하기 어려움
결정문이 인용한 법령이 의결 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 의결 이후 개정 시행: 소득세법 시행령(2026.07.01 시행), 소득세법(2026.07.01 시행) 이 표시는 결정문에 인용된 법령의 법령 단위 변경 신호이며 결정의 효력이나 현재 사건의 결론을 판정하지 않는다.
탐색 분야
사건명·공식 주문·재결요지·관련 법령에 실제로 나온 문자열로 붙인 탐색용 분류다.
재결요지
청구인이 실제 영농보상금을 받았는지 불분명하며, 사실확인서 만으로는 청구인이 쟁점토지를 자경하였다고 인정하기 어려움
이유
1. 처분개요
가. 청구인은 경기도 OOO OOO OOO O O,OOOO(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2005.11.10. OOOOOO에 양도하고 2005.12.20. 경기도 OOO OOO OOOO O O,OOOO를 취득한 후 2006.6.30. 쟁점토지의 양도에 대하여 농지대토로 인한 비과세로 양도소득세신고를 하였다.
나. 처분청은 청구인의 위 농지대토로 인한 양도소득세 비과세 신청을 부인하여 2007.10.24. 양도소득세 과세예고통지를 하였고, 이에 청구인은 2007.11.21. 과세전적부심사청구를 제기하였으며 이 과세전적부심사는 2008.1.8. 재조사결정이 내려졌다.
다. 처분청은 과세전적부심사결정에 따라 재조사를 실시하였으나, 청구인이 쟁점토지를 자경하지 아니한 것으로 보아 농지대토의 양도소득세 비과세 적용을 배제하고 2008.3.15. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 183,550,490원을 결정고지하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2008.6.12. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
청구인은 2001.3.14.부터 양도일인 2005.11.10.까지 쟁점토지 소재지인 경기도 OOO에 거주하면서 쟁점토지를 자경하였고, 2005.12.20. 쟁점토지의 대체토지로서 경기도 OOO OOO OOOO OO O O,OOOO를 취득하였다. 또한 진OO가 OOOOOO로부터 영농보상금을 받은 것은 OOOOOO가 일정요건의 영농인에게는 영농보상과 상가분양권을 보장한다는 사실을 알고 평소 친한 진OO의 상가분양권을 보장하기 위하여 진OO가 영농보상금을 형식적으로 수령한 다음 청구인이 그 영농보상금을 되돌려 받은 것이고 이는 진OO의 예금계좌에서 출금된 것으로도 알 수 있다. 따라서 쟁점토지의 양도는 농지대토에 따른 비과세 양도소득에 해당하므로 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다.
나. 처분청 의견
청구인은 쟁점토지를 자경하였다고 주장하면서 농지원부, OOOO의 조합원증명서, 사실확인서 등을 제시하고 있다. 그러나 농지원부는 2000.8.14. 최초작성되었고, 쟁점토지를 취득하기 이전에 청구인 및 청구인의 어머니가 농지를 보유한 것으로 확인되며 농지원부 최초작성일에 청구인은 임신 중인 것으로 추정되어 농사를 직접 경작하였다는 실질적인 자경의 사실을 바탕으로 농지원부를 작성하였다고 판단하기 어렵고, 쟁점토지를 취득하여 보유한 기간동안 근로소득이 발생하였으며, 쟁점토지를 취득할 당시 어린 두 자녀를 두고 있는 점으로 미루어 정상적인 영농활동에 종사하기 어렵다고 판단되고 자경사실을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙이 없다.또한,청구인은 OOOOOO로부터 쟁점토지에 대한 영농보상금은 진OO의 상가분양권을 보장하기 위하여 진OO가 영농보상금을 형식적으로 수령하였다고 주장하나, 진OO가 OOOOOO로부터 영농보상금 5,698,360원을 지급받은 시기와 진OO의 예금계좌에서 6,000,000원이 인출된 시기는 시차가 많아 이 금액이 보상금 반환금으로 볼 수 없고, 설령 반환된 금액이라고 하더라도 영농보상금을 받은 후 4개월이 다되어 반환받았다는 것은 진OO의 실제 경작에 대한 반증의 구체적인 의사가 아닌 당사자간 사정에 의해 얼마든지 발생할 수 있는 것으로서 청구인의 농지대토 비과세 주장을 뒷받침하기 위하여 고의적이고 형식적적인 반환으로 보이며, 대체 취득한 농지도 비닐하우스의 설치규모나 동 장소에서 일하는 근로자에게 확인한 바, 실지 경작자는 청구인이 아닌 것으로 탐문되어 이 농지 역시 청구인이 직접 경작하지 않는 것으로 판단되므로청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점쟁점토지를 자경하여 농지대토로 인한 양도소득세 비과세 요건에 적합한지 여부
나. 관련 법령
(1)소득세법 제89조【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 양도소득세 라 한다)를 과세하지 아니한다.
1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득
2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득
3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득
4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득(2)소득세법시행령 제153조【농지의 비과세】
② 법 제89조제4호에서 대통령령이 정하는 경우 라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.1.3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우
2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우
다. 사실관계 및 판단
청구인은 쟁점토지의 양도는 농지대토로 인한 양도소득세 비과세 요건에 적합하므로 이 건 양도소득세는 취소되어야 한다고 주장하므로 이를 살펴본다.
(1) 처분청의 과세자료에 의하면, 청구인은 2002.3.19. 쟁점토지를 취득하여 2005.11.10. OOOOOO에OOOOOOOOOOOOO로 664,356,000원에 양도하고2005.12.20.경기도 OOO OOO OOOO O O,OOOO를새로이 취득한 다음2006.6.30. 쟁점토지의 양도에 대하여 농지대토로 인한 양도소득세 비과세로 신고하였고, 이에 처분청은 청구인의 비과세신청에 대하여 쟁점토지를 직접 경작한 것으로 볼 수 없다하여 청구인에게 농지대토로 인한 비과세 적용을 배제하고 이 건 양도소득세를 고지하였다.
(2) 처분청이 조사한 기록과농지원부사본에 의하면, 농지원부는 2000.8.14. 최초로 작성되었고, 쟁점토지 이외에 청구인 소유의 경기도 OOO OOO OOO O O,OOOOO OOOOOOOOOO 취득하여 2000.12.14. 양도하였고, 청구인의 어머니 김OO 소유인경기도 OOO OOO OOO O O,OOOO는 1999.7.1. 취득한 것으로 나타난다.또한 OOOOOOOO 조합원 증명서사본에 의하면, 청구인은 동 조합에 2005.6.14. 가입(출자좌수 800좌, 4,000천원)한 것으로 기재되어 있으며, 진OO 등 7명의 자경사실확인서에는 청구인이 2002년 5월부터 2005년 10월까지 쟁점토지를 실제 경작하였다는 취지로 기재되어 있다.
(3) OOOOOO 경기지역본부 OOOOOO의 실농보상내역에 의하면, 쟁점토지의 소유자는 청구인, 경작자(임차인)는 진OO로 확인되고, 청구인이 OOOOOO에 제출한 경작사실확인서 및 농업손실보상합의서에는 2001.1.1.부터 2006.8.18.까지 청구인이 진OO에게 쟁점토지를 임대하여 쟁점토지의 실제 경작자는 진OO로 확인하고 있으며, 진OO가 OOOOOO에 제출한 농업손실보상신청서 및 확약서 역시 진OO가 쟁점토지를 실제 경작한 것으로 기재되어 있고 진OO는 OOOOOO로부터 2006.9.12. 영농보상금 5,698,360원을 수령한 것으로 확인된다.또한 청구인은 진OO가 영농보상금을 수령한 것에 대하여, 진OO가 상가분양권을 받기 위해 형식적으로 그가 영농보상금을 받은 것이라고 주장하며 제시한 진OO의 OOOOOO(OOOOOOOOOOOOOOOO)에 의하면, 2007.1.3. 6,000천원이 수표로 출금되었고 처분청이 금융조회 결과 이 금액은 청구인의 배우자인 신OO가 대표이사로 있는 주식회사 OOOO으로 건너갔다.
(4) 처분청이 과세전적부심사청구의 재조사결정에 따라 현지 조사한 기록에 의하면, 청구인은 쟁점토지를 자경한 것으로 볼 수 있는 객관적인 증빙이 없고, 대체 취득한 농지인 경기도 OOO OOO OOOOOO O O,OOOO의 자경여부에 대해 현지 확인조사를 실시한 바, 비닐하우스가 설치되어 상추가 재배되고 있어 농지에는 해당되나 비닐하우스의 설치규모로 보나 일하는 근로자에게 탐문조사를 한 바에 의하여도 이 농지의 실지 경작자는 청구인이 아닌 것으로 추정되었다.
(5) 국세청 통합전산시스템에 의하면, 청구인은 주식회사 OOOO, 주식회사 OOOO, 주식회사 OOOO 등에서 2002년 15,000천원, 2003년 20,000천원, 2004년 18,000천원, 2005년 13,000천원의 근로소득이 발생한 것으로 확인되고, 쟁점토지 취득 당시 청구인은 만4세 및 만1세의 어린 두 자녀를 두고 있으며, 청구인의 배우자는 주식회사 OOOO의 대표자이다.
(6)소득세법 제89조제4호 및 소득세법시행령 제153조 제2항은 3년이상 종전의 농지소재지에서 거주하면서 경작한 자가 종전농지의 양도일부터 1년 이내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1이상인 경우 농지대토의 비과세 요건으로 규정하고 있다.
(7) 위의 사실과 소득세법의 법리를 종합하여 살펴 보건대, 청구인은 쟁점토지를 3년이상 자경하였다고 주장하나, 청구인 및 진OO는 OOOOOO에 쟁점토지의 실제 경작자는 진OO로 확인하여 그에 따라 쟁점토지의 영농보상금은 청구인이 아닌 진OO가 수령하였고, 청구인은 쟁점토지를 보유하고 있는 기간 동안 근로소득이 발생하였으며, 더욱이 새로이 취득한 농지도 청구인이 자경하고 있지 아니한 것으로 조사되었다.한편, 청구인은 진OO가 쟁점토지의 영농보상금을 수령한 것은 진OO의 상가분양권 취득을 돕기 위하여 진OO가 영농보상금을 형식적으로 수령한 다음 청구인이 그 영농보상금을 반환받았다고 주장하나, 진OO가 OOOOOO에서 영농보상금 5,698,360원을 수령한 시기는 2006.9.12.인데 비해, 진OO의 예금계좌에서 2007.1.3. 6,000천원이 수표로 출금되어 청구인의 배우자가 대표로 있는 법인으로 흘러간 것으로 조사되었는 바, 이 금액이 영농보상금의 반환금인지는 확인되지 아니하고, 그 시차도 약 4개월이 지난 점에 비추어 청구인이 영농보상금을 실제 받았는지는 불분명하다.이와 같은 상황에서 쟁점토지를 취득하기 전에 작성된 농지원부와 사인이 임의로 작성이 가능한 사실확인서 등이 제출된 사정만으로 청구인이 쟁점토지를 3년이상 자경하였다고 보기 어려워 청구인의 쟁점토지 양도는 농지대토에 대한 양도소득세 비과세요건을 충족하였다고 인정하기 어렵다고 할 것이다.
따라서 처분청이 쟁점토지의 양도를 농지의 대토로 보지 아니하고 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
근거 법령·조문
- 소득세법 제89조 (비과세 양도소득) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
- 소득세법 시행령 제153조 (농지의 비과세) 조문 원문 govbrief.kr 이 조문을 인용한 다른 해석
같은 법령·조문을 다룬 기관 회신
- 다세대주택을 다가구로 바꿔 팔면 비과세와 공제는?공통 근거 소득세법 제89조 · 회신 2025.06.18 · 검색 품질 기준 통과
- 계속 결손법인 주식은 할증평가에서 제외되나?공통 근거 소득세법 제89조 · 회신 2024.03.14 · 검색 품질 기준 통과
- 감면주택 보유자가 상속주택을 팔면 비과세되나?공통 근거 소득세법 제89조 · 회신 2023.06.22 · 검색 품질 기준 통과
- 혼인으로 주택과 종전 분양권을 보유하면 특례가 적용되나?공통 근거 소득세법 제89조 · 회신 2023.05.25 · 검색 품질 기준 통과
- 여러 농지 중 일부만 대토해도 비과세되나?공통 근거 소득세법 시행령 제153조 · 회신 2006.02.28 · 검색 품질 기준 통과
- 3년 미만 경작한 농지도 대토 비과세되나?공통 근거 소득세법 시행령 제153조 · 회신 2005.11.30 · 검색 품질 기준 통과
- 한 필지 일부 면적만 농지대토 비과세되나?공통 근거 소득세법 시행령 제153조 · 회신 2005.09.30 · 검색 품질 기준 통과
- 농지소재지와 연접한 지역은 어떻게 판단하는가?공통 근거 소득세법 시행령 제153조 · 회신 2005.09.21 · 검색 품질 기준 통과
공통 조문에 따른 탐색 연결이며 동일 질문·동일 사실관계를 뜻하지 않는다. 검색 품질 기준을 통과한 회신은 8건이다.
같은 조문, 다른 주문 결과
소득세법 제89조를 함께 인용했지만 주문 분류가 다른 결정이다. 사실관계가 같다는 뜻은 아니다.
- 동거주택 상속공제 적용을 배제한 상속세 경정청구 거부처분의 당부조심 2026서2062 · · 주문 분류 경정 · 상속 · 탐색 분야 상속·증여세 · 현행 확인
- 이 건 심판청구가 적법한 청구인지 여부조심 2026서1504 · · 주문 분류 각하 · 상속 · 탐색 분야 국세기본·불복 · 역사 자료
- 쟁점부동산의 주택 연면적이 주택 외 부분 연면적보다 적거나 같지 않아 전체를 주택으로 보아 ‘고가주택에 대한 양도차익 등의 계산 규정’을 적용하여야 함에도 주택부분만 1세대1주택 비과세로 적용하여 청구인의 경정청구 일부를 거부한 이 건 처분의 당부조심 2026서0031 · · 주문 분류 경정 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 결정 후 개정
- ①조합원입주권만을 보유한 청구인 세대가 장모(쟁점거주주택)와 동거봉양 합가한 경우 장모를 별도의 세대로 보아 청구인의 입주권 양도에 대하여 1세대1주택 비과세특례를 적용할 수 있는지 여부 ②동거봉양 합가로 일시적으로 1주택 1입주권을 보유한 세대가 조합원입주권을 먼저 양도하더라도 비과세 특례가 적용될 수 있는지조심 2026인1369 · · 주문 분류 취소+경정 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 결정 후 개정
- 적법청구 여부조심 2026소2022 · · 주문 분류 각하 · 양도 · 탐색 분야 국세기본·불복 · 결정 후 개정
- ①이의신청 결정시 심리가 미진하므로 재결청의 기각결정을 취소해야 한다는 청구주장의 당부 (기각) ①청구인의 ‘미국 영주권 취득일’을 ‘출국일’로 보아 비거주자 특례를 배제하여 경정청구를 거부한 처분의 당부 (인용)조심 2026소1566 · · 주문 분류 취소+경정 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 결정 후 개정
- ① 쟁점주택의 양도에 대해 1세대1주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부(기각)② 쟁점임대주택에 대한 임대사업자등록을 임대의무기간의 2분의 1 이상 경과한 이후 말소한 경우에도 임대기간 특례를 적용할 수 있는지 여부(기각)③ 가산세를 감면할 정당할 정당한 사유가 있는지 여부(인용)조심 2026전0787 · · 주문 분류 기각+경정 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 결정 후 개정
- 장기보유특별공제 적용 여부 판단 시, 주택 보유기간의 기산일을 구축아파트의 취득일로 보아야 하는지 아니면 신축아파트의 사용승인일로 보아야 하는지조심 2026중0088 · · 주문 분류 취소 · 양도 · 탐색 분야 양도소득세 · 역사 자료
이 결정을 인용할 때
조세심판원 조심2008중2184 (<time datetime="2008-09-03">2008.09.03</time> 의결), "농지를 직접 자경하여 농지대토로 인한 양도세 비과세 요건을 충족하였는지 여부(기각)", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/decisions/tt/325462/
출처·분류
- 공식 원문
- 국가법령정보센터 조세심판원 결정 (식별자 325462)
- 게시 분류
- 국세 · 사건번호 규칙에 따른 결정적 분류
- 주문 분류
- 화면에 표시한 공식 주문에서 확인한 결과어: 기각
- 본문
- 공식 주문·재결요지·청구취지·이유를 새 문장 없이 표시