장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지인지 여부(경정)

공부상 지목이 임야이고 사실상은 농지로서 나대지이거나 건축물의 부수토지가 아니므로 장기보유특별공제 대상에 해당되므로 장기보유특별공제를 하지 아니한 처분은 위법함

1. 처분 개요

청구인은 대구시 남구 OO동 OOOOO 소재 임야 1,060㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1978.6.3 청구외 OOO와 함께 공유로 취득한 후 1979. 8.10 청구외 OOO의 공유지분을 취득하여 쟁점토지 전체를 소유하다가 1995.9.5 양도하고 1995.11.28 자산양도차익 예정신고 양도소득세 83,821,000원을 자진 납부하였다가 그후 1995.12.16 당초 신고시에는 적용하지 않았던 장기보유특별공제액을 공제하여 기 납부한 양도소득세 중 44,359,660원을 환급하여 달라고 경정 청구하였다. 처분청은 위 경정 청구에 대하여 쟁점토지의 경우 지적공부상의 지목이 전·답이 아니며 직접 경작한 사실이 확인되지 않으므로 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지라는 이유로 동 공제를 하지 아니하고 당초 신고내용대로 결정하여 1996.5.4 양도소득세 결정내용을 통지하였다가 1997.1.3 당초 결정시 취득등급을 잘못 적용하므로서 과소 결정되었다는 이유로 1995년도 귀속분 양도소득세 52,632,330원을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1997.2.18 심사청구를 하고 1997.3.28 심사결정서를 받은 후 1997.5.10 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 쟁점토지는 공부상 임야이나 처분청의 조사에서도 채소 등을 경작하였음을 인정하였듯이 사실상의 농지이므로 구 소득세법 시행령 제46조의 3 의 단서 규정의 적용대상이 아니며, 따라서 양도소득세 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

나. 국세청장 의견

(1) 주거지역이었던 쟁점토지는 1965.2.2 건설부 고시 제1387호에 의거 일반주거지역으로 변경, 양도일 현재 3년이 경과하였으며 대도시내의 토지로서 대지 등으로 구획정리된 토지에 연접하여 있는 것 등을 보아 공부상으로는 임야이지만 형식적인 지목변경을 아니하였을 뿐 건축이 가능한 실질적인 대지로 인정되고

(2) 청구인은 쟁점토지의 일부를 농지로 이용하였다고 주장하면서 청구외 OOO 및 OOO의 경작사실확인서를 제시하고 있으나 농작물의 생산 등에 관한 구체적인 입증자료가 없어 이것만으로는 청구사실을 받아들이기 어려울 뿐 아니라 농지로서 이용여부에 불구하고 청구인이 직접 경작한 사실이 없어 토지초과이득세법상 유휴토지로 인정되는 바, 쟁점토지는 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제액 대상이 될 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 이 건의 다툼은 쟁점토지가 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지인지 여부를 가리는 데 있다 하겠다.

나. 관련법령

(1) 양도당시 시행되던 구 소득세법(1994.12.22 전면 개정 전의 것) 제23조 제2항 제2호 규정에 의하면 동법 동조 제1항 제1호에 규정하는 자산(대통령령이 정하는 것을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 5년이상인 것에 대하여는 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 양도차익에서 공제하도록 규정되어 있다.

가. 당해 자산의 보유기간이 5년이상 10년미만인 것 : 양도차익의 100분의10 나. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 : 양도차익의 100분의 30

(2) 같은 법 시행령(1994.12.31 전면 개정 전의 것) 제46조의 3(장기보유특별공제에서 제외되는 토지)의 규정에 의하면 「법 제23조 제2호에서 대통령령이 정하는 토지라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건물이 정착되어 있는 것을 제외한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적(당해 건축물의 연면적을 건축법에 의한 당해 지역의 용적율로 나눈 면적의 100분의 120에 해당하는 면적이 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적보다 클 때에는 이를 기준으로 한다)을 초과하는 부분의 토지를 말한다. 다만, 양도일 현재 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴지토지등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니한다」라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세기록에 의하면 쟁점토지의 경우 지적공부상의 지목이 전·답이 아니고, 또한 청구인이 직접 경작하는 토지도 아니므로 토지초과이득세법상의 유휴토지에 해당되어 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 토지라는 이유로 장기보유특별공제를 하지 아니하였음이 확인된다.

(2) 쟁점토지는 양도일 현재 공부상 지목이 임야이고 사실상은 인근주민이 채소류를 경작하고 있던 농지이었음이 확인되는 반면, 나대지이거나 건축물의 부수토지가 아니었음이 처분청의 조사기록(조사복명서)에 의하여 확인된다.

(3) 구 소득세법 시행령 제46조의 3 규정에 의하면, 동 규정은 당해 토지가 나대지 또는 건축물의 부수토지로서 기준면적을 초과하는 부분의 토지인지 여부를 먼저 가리어 이에 해당되지 아니하는 경우에는 장기보유특별공제를 하는 것이고, 만약 이에 해당되는 경우에도 토지초과이득세법 제8조 의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당되지 아니하면 장기보유특별공제를 하는 것으로 해석되는 반면, 당해 토지가 농지이어서 위 나대지 또는 건축물의 부수토지로서 기준면적을 초과하는 토지가 아닌 경우에도 토지초과이득세법상의 유휴토지 등에 해당되는지를 가리어 그 결과에 따라 장기보유특별공제 여부가 결정되는 것은 아닌 것으로 해석된다.

(4) 따라서, 이 건의 경우 쟁점토지는 공부상 지목이 임야이고 사실상은 농지로서 나대지이거나 건축물의 부수토지가 아니므로 장기보유특별공제 대상에 해당되며, 본원적으로 구 소득세법시행령 제46조의 3 단서규정의 적용대상이 아니라 하겠다. 그러므로 이와 다른 이유로 본 건 장기보유특별공제를 하지 아니한 처분은 위법한 반면, 이 건 장기보유특별공제를 구하는 청구주장은 이유있는 것으로 판단된다.

(5) 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.