타법인 대표의 급여 인정 여부 및 법인 고정자산에 대한 고유목적사업 여부(기각)

공익법인(의료법인)의 대표자에 대하여 귀속이 불분명한 사외유출금액을 대표자에게 상여처분한 것은 타당함

1. 처분개요

청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOOO에 소재하는 의료법인으로서, 1994.2.1. 설립하여 같은 곳 소재 OOOOOO OOOOO OO OOOO을 운영하고 있다.처분청은 청구법인에 대하여 법인세 조사를 실시한 결과, 청구법인의 대표자 아들 이OO에게 2004～2006사업연도 중 지급한 것으로 계상된 급여 63,802,000원(이하 “쟁점급여”라 한다)을 가공급여로 보아 손금불산입하여 대표자에게 상여로 소득처분하고,2004～2006사업연도에 장부에 반영함이 없이 청구법인의 자금을 이OO 명의의 계좌로 이체한 160,635,350원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 익금산입하여 대표자에게 상여로 소득처분하는 한편,2006사업연도에 지점법인인 OOOO의 토지 및 건물을 매각하면서 발생한 유형자산처분이익 1,342,518,713원(이하 “쟁점유형자산처분이익”이라 한다)을 공익법인이 3년이상 고유목적사업에 사용한 재산으로 익금불산입한 것에 대하여 수익사업을 위한 재산이라 하여 익금산입하는 등,처분청은 2008.1.7. 청구법인에게 2006사업연도분 법인세 417,120,030원을 경정고지하는 한편, 2004～2006년 귀속 503,706,892원을 대표자에게 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2008.3.25. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인 대표자의 아들 이OO은 청구법인의 행정실장으로 근무하면서 쟁점급여를 수령하였으며, 2004～2006년 중 PC방 운영, 홈페이지 제작업 운영 및 컴퓨터유지업을 운영한 것으로 사업자등록하였으나, PC방은 동업자가 실제 운영하고 나머지 사업은 청구법인을 위한 홈페이지 제작 등 사업을 영위하지 않았으므로 단지 청구법인의 대표자 아들이라는 이유만으로 가공급여로 보아 손금부인한 것은 부당하다.

(2) 이OO의 통장에 계좌이체된 쟁점금액은 화의 진행중인 청구법인 또는 대표자 명의로 통장을 개설하게 되면 입금 즉시 청구법인의 채무 때문에 압류되어 불가피하게 이OO 명의로 통장을 개설하고 병원 운영에 사용하였다.이OO의 통장은 실질적으로 청구법인의 통장에 해당하고, 쟁점금액은 병원의 업무와 관련하여 사용하였으므로 쟁점금액을 가지급금으로 처리하지 않고 대표자 개인이 사적용도로 사용한 것으로 보아 익금산입하고 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 부당하다.

(3) 청구법인은 의료업을 영위하는 비영리법인으로 2006사업연도에 OOOOO OO OOOO을 분리하면서 토지 및 건물을 양도하고 그 처분이익을 결산서에 반영한 후 세무조정단계에서법인세법 제3조제2항 제5호 및같은법시행령 제2조제2항의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 자산에 해당하여 익금불산입하였는 바, 동 토지 및 건물은 고유목적사업을 수행하는데 필수불가결한 자산으로서 처분이익은 화의채무의 상환 등 청구법인의 업무와 관련하여 사용하였으므로 쟁점유형자산처분이익을 익금산입한 것은 부당하다.

(4) 공익법인의 재단이사장은 주식회사의 대표이사와는 달리 재단의 자금을 임의로 처분할 수 있는 위치에 있지 아니하므로 적출된 소득금액을 귀속이 불분명하다 하여 대표자에게 상여로 소득처분하기보다 유보나 기타로 소득처분함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 이OO은 2004년～2006사업연도 중 PC방 운영, 홈페이지 제작업 운영 및 컴퓨터유지업을 운영한 사실이 있고, 청구법인에서 근무한 직책 및 담당업무 등 근무내역이 객관적으로 확인되지 아니하므로 쟁점급여를 가공계상한 것으로 보아 손금불산입하고 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

(2) 쟁점금액은 청구법인의 장부에 계상되지 않은 자금으로서 매출누락 또는 가공경비를 계상하여 조성된 자금으로 볼 수 밖에 없고, 병원운영자금으로 사용하였다는 증빙자료도 없으므로 익금산입하고 사외유출된 것으로 보아 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

(3) 청구법인과 같이 의료법인이 행하는 의료업은 수익사업으로 분류되어 매각한 고정자산은 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 자산으로 볼 수 있으므로 OOOOO 소재 OOOO 토지 및 건물의 처분이익이법인세법 제3조제2항 제5호의 특례규정 적용대상에 해당되지 않는 것으로 보아 익금산입한 것은 정당하다.

(4)청구법인은 비영리법인에 해당하나 영위하는 의료업은 수익사업으로 분류되고, 법인의 대표자인 이OO은 당해 의료수익사업을 실질적으로 지배ㆍ운영하는 자이므로법인세법 제67조및같은법시행령 제106조제1항의 규정에 의거 귀속이 불분명한 사외유출금액에 대하여 사실상 경영을 지배하는 대표자에게 귀속된 것으로 보아 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인 대표자의 아들이 동 법인에서 2004～2006사업연도 중 근무한 사실이 있다고 보아 급여계상액을 손금산입할 수 있는지 여부

(2) 청구법인 대표자 아들 명의의 통장으로 입금된 자금이 병원 경영에 사용된 것으로 볼 수 있는지 여부

(3) 청구법인의 지점병원건물과 토지를 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아 동 유형자산매각에 따른 이익을 익금불산입 대상으로 볼 수 있는지 여부

(4) 공익법인의 대표자에 대하여는 귀속이 불분명한 사외유출금액을 대표자에게 상여로 소득처분하지 않고 달리 처분할 수 있는지 여부

나. 관련법령

이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

(1)법인세법 제66조【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때(2)법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3)법인세법시행령 제106조【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다.비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것.다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. (단서 생략)라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것(4)법인세법 제3조【과세소득의 범위】

② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것5.고정자산(고유목적사업에직접 사용하는 고정자산으로서대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입(5)법인세법시행령 제2조【수익사업의 범위】

① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류” 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다.

2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)

4. 보건 및 사회복지사업 중 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업

② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 대표이사의 아들 이OO에게 2004사업연도에 16,319천원, 2005사업연도에 23,483천원, 2006사업연도에 24,000천원 합계 63,802원의 쟁점급여를 지급한 것으로 장부에 계상하였으나, 처분청은 가공급여로 보아 손금불산입하고 대표자에게 상여로 소득처분하였다. (나) 처분청이 제시한 자료에 의하면, 이OO은 2001.5.11.～2005.12.12 기간 중 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOO이라는 상호로 PC방을 운영하고, 2004.10.12.～2007.10.28. 기간 중 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO OOOOOO이라는 상호로 홈페이지제작업을 운영하였으며, 2006.9.1.부터는 OOOOO OOOO OOOO OO OOOOO OOOOOO OOOOOO이라는 상호로 컴퓨터유지업을 운영하는 것으로 사업자등록하고, 이들 업체 중 “사이버넷”에서는 2004년에 84백만원, 2005년에 90백만원의 매출액이, 홈페이지제작업체 OOOOOO에서도 2004년에 2백만원, 2005년에 49백만원, 2006년에 56백만원의 매출액이 발생한 것으로 부가가치세를 신고한 사실이 확인된다. (다) 이OO의 원천징수영수증에 의하면, 2004～2005년도 중 주소지는 “OOOOO OOO OOO OO OOOOOOOO OOOOOOO”로, 2006년도에는 “OOOOO OOOO OOOO OOOOO OOOO”로 되어 있어 청구법인의 사업장인 OOOOO와는 출퇴근거리에 위치하고 있지 아니하다.

(라) 따라서, 청구법인의 대표이사 아들 이OO에게 급여 지급한 것으로 계상한 기간 중 이OO은 다른 사업의 사업자등록을 하고 그 운영에 따른 수입금액이 발생하였으며, 청구법인은 이OO이 직원으로 실제 근무하였음을 입증하는 자료도 제시하지 못하고 있으므로 쟁점급여를 가공계상한 것으로 보아 손금불산입하고 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.(가) 청구법인은 장부에 계상함이 없이 이OO 개인통장(OOOO OOOOO OOOOOOOOOOOOOOOOO)에 2004사업연도에 30,650천원, 2005사업연도에 54,030천원, 2006사업연도에 75,955천원 합계 160,635천원의 쟁점금액을 35회에 걸쳐 입금한 사실이 있고, 처분청은 쟁점금액의 사용내역이 불분명하다고 하여 익금산입하고 대표자에게 상여로 소득처분하였다.(나) 쟁점금액은 청구법인의 장부에 계상함이 없이 이OO 통장에 입금된 점에 비추어 그 원천은 청구법인의 수입금액 누락 또는 가공경비 계상 등에 의하여 발생하였다고 볼 수 있으므로 익금산입 또는 손금불산입 대상으로 볼 수 있다.(다) 다만, 쟁점금액이 청구법인의 업무와 관련하여 사용할 목적으로 입금되어 실제 그와 같이 사용되었을 경우 가지급금으로 계상하거나 추가 손금산입할 수 있을 것이나, 청구법인은 이OO 명의의 통장에 입금된 금액이 청구법인의 경영에 사용되었다는 것을 통장 출금액별로 구체적 사용내역을 제시하지 못하고 있고, 이OO 명의의 통장은 청구법인의 업무와 관련하여서만 사용된 통장이 아니라 OOOO, 이OO의 신용카드 사용액 결제, OO OOOO, OOOOO OOO 소재 부동산 재산세 및 자동차세 납부 등 이OO의 개인적 용도로 사용한 금액도 있는 것으로 통장사용내역에 나타난다.(라) 따라서, 쟁점금액은 청구법인이 수입금액 누락 또는 가공경비 계상 등에 의하여 이OO의 통장에 입금된 금액으로서 그 출금액이 청구법인의 업무와 관련하여 사용하였는지 여부가 확인되지 아니하므로 처분청이 쟁점금액을 사외유출된 것으로 보아 익금산입하고 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 본다.(가) 청구법인은 OOOOO OO OOOO OOO OO OOOO 건물 및 토지를 2006.12.31. 매각하고 공익법인이 3년 이상 고유목적사업에 사용한 재산에 해당된다 하여 그에 따른 처분이익 1,342,519천원(감정가액 3,855,658천원 - 장부가액 2,513,139천원)을 결산서상(결산조정) 준비금 설정없이 익금불산입하는 것으로 세무조정하였으나, 처분청은 동 유형자산이 청구법인의 고유목적사업에 사용한 재산에 해당되지 않고, 수익사업을 영위하기 위한 재산으로 보아 익금산입하였다.(나) 처분청이 제시한 자료에 의하면,청구법인의 OOOOO 소재 병원 건물 및 토지는 청구법인의 정관 제3조의 사업 중 의료기관의 설치ㆍ운영에 따른 수익사업을 영위한 사실만 확인될 뿐 보건의료에 관한 연구ㆍ개발 등 나머지 사업을 위하여 동 고정자산을 직접 사용한 사실은 없는 것으로 나타난다.(다)법인세법 제3조제2항 및같은법시행령 제2조제1항에서는 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로서 한국표준산업분류에 의한 수익이 발생하는 사업에 직접 사용한 자산은 그 처분으로 인하여 생기는 수입은 익금산입하도록 규정하고 있다.(라) 청구법인의 경우, OOOOO OO OOOOOO OOOOOOOOO OO OOOOO OOO(OO OOOOO)을 영위하였을 뿐 다른 고유목적사업을 영위한 것은 나타나지 아니하므로 처분청이 동 병원건물 및 토지의 매각에 따른 처분이익을 익금산입한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(4) 쟁점(4)에 대하여 본다.(가) 처분청은 2004사업연도부터 2006사업연도까지 청구법인의 사외유출금액 중 귀속이 불분명한 금액에 대하여 대표자에게 상여로 소득처분하였으나, 청구법인은 공익법인 재단이사장의 경우 일반 주식회사의 대표이사와는 달리 재단의 자금을 임의로 처분할 수 있는 위치에 있지 아니하므로 귀속이 불분명한 금액은 유보 또는 기타로 소득처분함이 타당하다고 주장한다.(나)법인세법 제67조및같은법시행령 제106조제1항에 의하면, 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등으로 처분하도록 되어 있고, 비영리내국법인에 대하여도 영리법인과 동일하게 소득처분하도록 명시하고 있다.(다) 처분청이 청구법인의 대표자에게 상여로 소득처분한 금액은 모두 청구법인이 수입금액누락하거나 가공경비를 계상한 금액으로서 사외유출된 것은 분명하고, 그 귀속은 불분명한 것으로 처분청 제시자료에 나타난다.(라) 살피건대, 익금에 산입한 금액이 사외유출되어 귀속이 불분명한 경우 대표자에게 귀속된 것으로 보는 취지는, 일반적인 경험칙상 사외유출금액이 당해 법인의 대표자에게 귀속되었을 개연성이 높을 뿐만 아니라, 대표자가 귀속자를 밝히지 못한데 대한 제재로서 대표자에게 소득세를 부과하기 위한 것인 바, 청구법인이 공익법인이라 하여 사외유출된 금액을 달리 볼 것은 아니라고 할 것이므로 처분청이 사외유출된 금액 중 귀속이 불분명한 금액에 대하여 청구법인의 대표자에게 상여로 소득처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.