(1) 쟁점토지 양수자인 ○○이 ○○화물터미널 관리회사인 ○○에게 무상으로 대여한 화물터미널이전비용 11,000백만원을 청구법인이 쟁점토지를 양도함에 따른 매매금액으로 볼 수 있는지 여부 (2) 청구법인과 ○○이 2005.3.22. 쟁점토지의 매매금액에서 7,000백만원을 감액하는 변경계약서를 작성하였으나 계약일을 2004.12.31.로 소급하여 작성한 경우 2004사업연도 매매금액에서 감액한 7,000백만원을 차감할 수 있는지 여부(기각)

계약서상 매매대금에 화물터미널 이전부지자금으로 무이자로 대여한 금액이 포함된 것으로 기재되어 있으므로 동 대여금은 토지의 매매대금에서 차감할 수 없음

1. 처분개요

청구법인은 2004.3.29. 주식회사 OOOOO그룹(이하 ‘OO’이라 한다)에게 OOOOO OOO OOO 651-1번지, 651-3번지 및 652-1번지OO종합화물터미널 부지(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 용도변경 조건부로 135,065백만원에 매도하는 계약을 체결하면서 위 매매금액 135,065백만원과 별도로 매수자인 OO로 하여금 11,000백만원을 OO종합화물터미널의 관리회사인 유한회사 OOOOOOOO(이하 ‘OO’이라 한다)에게 무상으로 대여하게 하는 내용을 매매계약서에 기재하였고,청구법인은 2004.11.30. 위 매매계약서상 기준가격 146,065백만원(135,065백만원+11,000백만원)은 그대로 두되 쟁점토지의 용도변경 전의 매매가액을 110,000백만원으로 변경하고 2004.12.2. 변경된 금액을 수취한 후 쟁점토지를 OO에게 소유권이전등기를 하였으며,2005.3.22. 청구법인은 위 계약서상 매매대금을 110,000백만원에서 103,000백만원으로 7,000백만원 감액하는 변경계약을 체결하면서 변경계약일자를 2004.12.31.자로 소급하여 기재하였고, 이를 근거로 쟁점토지의 양도가액을 103,000백만원으로 하여 2005.3.31. 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.OO지방국세청장은 청구법인에 대해 2005.4.12.부터 2005.10.13.까지의 기간동안 세무조사를 실시하여 쟁점토지에 대한 매매금액이 2004.11.30.자 변경계약에 의한 매매금액 110,000백만원과 청구외 OO에게 무상으로 대여한 11,000백만원을 합한 121,000백만원이라는 사실을 적출하여 처분청에 통보하였고,처분청은 이에 따라 청구법인이 신고한 매매금액과의 차액 18,000백만원(121,000백만원-103,000백만원)에 대해법인세법시행령 제11조제2호에 의한

자산양도차익을 신고누락 한 것으로 보아 2006.3.9. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 6,906,429,860원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.1 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OO이 OO에게 무상으로 대여한 11,000백만원은 OO이 쟁점토지의 용도변경을 위하여 OO의 책임과 부담 하에 OO에게 직접 대여한 금액으로서 청구법인이 11,000백만원을 수령한 사실이 없음에도 쟁점토지의 매매금액으로 보아 익금에 산입한 처분청의 처분은 부당하다.

(2) 2004.12.28. 건설교통부에서 쟁점토지의 용도변경(안)을 부결하자 쟁점토지의 매수자인 OO의 요청에 따라 체결된 쟁점토지의 매매가액 110,000백만원 중 7,000백만원을 감액하기로 한 재변경계약은 계약의 일부 해제로 보아야 하는 만큼, 변경계약체결일인 2004.11.30.로 소급하여 효력이 있으므로 쟁점토지의 매매금액에서 제외하여야 함에도 불구하고 처분청이 2004사업연도의 익금에 산입한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) OO이 쟁점토지의 용도변경을 위하여 터미널이전비용 11,000백만원을 OO로부터 무상으로 차용하였으나, OO은 쟁점토지의 용도변경등 제한적인 목적을 위하여 설립한 법인으로 실제 발생비용의 110%를 수수료로 수취할 뿐 용도변경의 직접적인 수혜자라고 볼 수 없으며,최초 매매계약서(2004.3.29.) 제8조 제2항 및 제2차 변경계약서(2004.11.30.) 제6조 제2항에서 “청구법인의 귀책사유로 본 약정이 해제된 경우 청구법인은 OO에게 무이자로 대여한 터미널 이전부지대금 11,000백만원의 배액을 지급하여야 한다”라고 약정하고 있는 사실을 감안할 때 당해 거래는 계약자유의 원칙을 이용하여 OO이 OO에게 쟁점토지의 양수대가를 무상대여금의 형태로 지급하게 하여 과세를 면탈하고자 하는 행위에 해당하는 만큼, 당해 11,000백만원을 쟁점토지의 매매금액으로 보아 익금에 산입한 처분청의 처분은 정당하다.

(2) 청구법인과 OO이 2005.3.22. 쟁점토지의 매매금액을 110,000백만원에서 103,000백만원으로 7,000백만원을 감액하는 변경계약서를 작성하였으나 2004.12.31.자로 계약을 체결한 것으로 계약일을 소급하여 작성한 사실이 확인되는 만큼, 2004사업연도 납세의무가 성립된 이후에 감액된 7,000백만원을 쟁점토지의 매매금액에서 차감하지 아니하고 2004사업연도의 익금에 산입한 처분청의 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점토지 양수자인 OO이 OO화물터미널 관리회사인 OO에게 무상으로 대여한화물터미널이전비용11,000백만원을 청구법인이 쟁점토지를 양도함에 따른 매매금액으로 볼 수 있는지 여부

(2) 청구법인과 OO이 2005.3.22. 쟁점토지의 매매금액에서 7,000백만원을 감액하는 변경계약서를 작성하였으나 계약일을 2004.12.31.로 소급하여 작성한 경우 2004사업연도 매매금액에서 감액한 7,000백만원을 차감할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법제14조(실질과세)①과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

②세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법(가) 제14조(각 사업연도의 소득)①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.(나) 제40조(손익의 귀속사업연도)①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.(다) 제66조(결정 및 경정)②납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(3) 법인세법 시행령제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인, OO 및 OO이 2004.3.29. 작성하고 날인한 부동산 매매계약서(이하 “최초매매계약서”이라 한다)에 청구법인은쟁점토지를청구법인 및 OO이 공동으로 2004.8.31.까지 용도변경하는 조건으로OO에게135,065백만원에 매도하면서 위 매매금액 135,065백만원과는 별도로 매수자인 OO로 하여금 11,000백만원을 OO에게 무상으로 대여하게 한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(2) 청구법인, OO 및 OO은 2004.8.6. 최초매매계약서의 내용 중 쟁점토지의 용도변경 기한을 2004.12.31.까지로 연장하고 OO이 OO에게 대여하기로 약정한 금액을 당초 11,000백만원에서 7,400백만원을 추가한 18,400백만원으로 변경하는 것을 주된 내용으로 하는 계약(이하 “1차변경계약서”이라 한다)을 체결한 사실이 부동산매매 변경계약서에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인, OO 및 OO은 2004.11.30. 최초매매계약서 및 1차변경계약서상 기준가격 146,065백만원(135,065백만원+11,000백만원)은 그대로 두되, 용도변경 전의 매매금액을 110,000백만원으로 변경하고 당초 쟁점토지의 용도변경 완료후 매매금액을 지급하기로 약정한 것과 달리 용도변경전 매매금액인 110,000백만원을 우선지급하기로 조건을 변경하는 것을 주된 내용으로 하는 계약(이하 “2차변경계약서”이라 한다)을 체결한 사실이 부동산매매 변경계약서에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 2004.12.2. 쟁점토지의용도변경전 매매금액인 110,000백만원을 OO로부터수취한 후 쟁점토지를 OO에게 소유권이전등기한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(5) 청구법인과 OO은 2005.3.22. 2차변경계약서상 매매금액 110,000백만원에서 103,000백만원으로 7,000백만원을 감액하는 것으로 변경하는 것을 주된 내용으로 하는 계약(이하 “3차변경계약서”이라 한다)을 체결하면서 변경계약일자를 2004.12.31.자로 소급하여 기재한 사실이 OO지방법원 판결서(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO) 등에 나타난다.

(6) 청구법인은 2005.3.31. 쟁점토지의 양도가액을 103,000백만원으로 하여 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(7) OO지방국세청장은 청구법인에 대해 2005.4.12.부터2005.10.13.까지 세무조사를 실시하여 쟁점토지에 대한 양도가액이 2차변경계약서상 매매금액 110,000백만원과 OO이 OO에게 무상으로 대여한 11,000백만원을 합한 121,000백만원이라는 사실을 적출하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2006.3.9. 청구법인이 신고한 양도가액과의 차액 18,000백만원(121,000백만원-103,000백만원)에 대하여 경정고지를 한 사실이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(8) 쟁점(1)에 대하여 본다.(가) 청구법인은 OO이 OO에게 무상으로 대여한 11,000백만원은 OO이 쟁점토지의 용도변경을 위하여 OO의 책임과 부담 하에 OO에게 직접 대여한 금액으로서 청구법인이 11,000백만원을 수령한 사실이 없음에도 쟁점토지의 매매금액에 포함하는 것은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.1)국세기본법 제14조제1항에 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”라고 규정하고 있다.

2) 최초매매계약서 제2조 제1항에서 매매가격 산출표에 의한 용도지역 및 면적별 토지 평당단가에 의하여 쟁점토지의 매매금액으로 146,065백만원으로 산출하되, 같은 항에서OO은 청구법인에게 기준가격으로 산출된 금액인 135,065백만원을 지급하기로 한다고 약정하고 있고, 제2항에서 OO은 매매대금과는 별도로 OO에게 화물터미널 이전부지자금으로 11,000백만원을 무이자로 대여해 주기로 한다고 약정하고 있으며,제4조에서청구법인과 OO이2004.8.31.까지화물터미널 부지를 용도변경하는 조건으로 OO은 OO에게 11,000백만원을 무이자로 대여하고,OO이 동 금액을 다시 OO종합화물터미날 주식회사에 무이자로 대여해 주되,용도변경이 완료되는 경우 당해 금액에 대한 OO의 반환채무를 면제해주기로 약정하고 있으며, 제8조 제2항에서 청구법인의 귀책사유로 본 약정이 해제된 경우 청구법인은 OO에게화물터미널 이전부지자금인 11,000백만원의 배액을 지급하여야 한다고 약정하고 있다.

3) 1차변경계약서 제2조 제2항에서OO이 OO에게18,400백만원을 대여해 주기로 하되, 11,000백만원은 무이자로 대여하고 7,400백만원은 유이자로 대여하되 그 이자율은 10%로 한다고 약정하고 있고,제8조 제2항에서 청구법인의 귀책사유로 본 약정이 해제된 경우 청구법인은 OO에게화물터미널 이전부지자금인 11,000백만원의 배액을 지급하여야 한다고 약정하고 있다.

4) 2차변경계약서제11조 제2항에서 청구법인의 귀책사유로 본 약정이 해제된 경우청구법인은 OO에게화물터미널 이전부지자금인11,000백만원 중 1,100백만원의 배액을 지급하여야 한다고 약정하고 있다.

5) 살피건대,최초매매계약서 및 변경계약서상매매가격 산출표에 의한 용도지역 및 면적별 토지 평당단가에 의하여 쟁점토지의 매매금액이 146,065백만원으로 산출되어, OO이 OO에게화물터미널 이전부지자금으로 무이자로 대여한 11,000백만원이 포함되는 것으로 기재되어 있고,청구법인의 귀책사유로 본 약정이 해제된 경우 청구법인이 OO에게 무이자로 대여한 금액의 일정액을 배상하여야 하는 책임을 지는 것으로 약정하고 있는 점 등을 고려하면,청구법인이 쟁점토지의 매매금액으로 직접 수취하지는 아니하였으나 청구법인이 당해 11,000백만원을 매매금액으로 수취하여 화물터미널 이전비용으로 지출할 금액을 OO이 OO에게 무상 대여금의 형태로 지급하는 것으로 거래형태를 변경한 것으로 볼 수 있는 만큼, 당해 11,000백만원을 쟁점토지의 매매금액에서 차감하기는 어렵다.(나) 따라서,처분청이 당해 11,000백만원을 쟁점토지의 매매금액으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(9) 쟁점(2)에 대하여 본다.(가) 청구법인은 쟁점토지의 용도변경(안)이 무산됨에 따라 OO과 변경계약을 체결하여 쟁점토지의 매매금액을 7,000백만원 감액하기로 약정한 만큼, 당해 7,000백만원을 쟁점토지의 매매금액에서 차감하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

1) 3차변경계약서 제2조 제1항에 청구법인과 OO은 2차변경계약서상 매매금액인 110,000백만원을 103,000백만원으로 변경한다고 기재되어 있고, 3차변경계약서 작성일은 2004.12.31.로 기재되어 있다.

2) OO지방국세청장은 청구법인이 2005.3.22. 쟁점토지의 매매금액을 110,000백만원에서 103,000백만원으로 변경하는 계약서를 작성하였으나 2004사업연도 법인세를 포탈하기 위해 계약서를 2004.12.31.자로 소급하여 작성하였다고 하여 2006.2.23. 청구법인을 OO중앙지방검찰청에 고발한 사실이 고발서에 의하여 확인된다.

3) OO지방법원 판결서(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO)에 2005.3.22.경 비로소 협의가 완료되고 변경계약서가 작성되었는데, 이는 OO화물터미널 매매대금을 1,030억원으로 감액하고, 용도변경 기한을2005.12.2.까지로 연장한다는 내용으로서 그 작성일자는 2004.12.31.자로 소급하여 기재하기로 하였다라고 기재되어 있다.

4) 살피건대, 청구법인이 OO과 쟁점토지의 매매금액을 7,000백만원 감액하기로 변경계약을 체결한 날이 2004사업연도 과세소득이 확정된 2004.12.31. 이후인 2005.3.22.이고, 과세소득이 확정된 이후 특별한 사정이 발생하여 계약을 변경하고 변경계약일을 과세기간내로 소급하여 작성하였다고 하여도 이를 당해 확정된 과세연도 소득에서 차감할 수 없는 것인 만큼, 청구법인이 2005년에 OO과 감액하기로 한 쟁점토지의 매매금액 7,000백만원 또한 2004사업연도의 익금에서 제외하기는 어렵다.(나) 따라서, 처분청이 당해 7,000백만원을 쟁점토지의 매매금액으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.