부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례를 적용하는 경우 「소득세법」제64조 제1항 제1호에 따른 종합소득 산출세액을 계산하면서 주택등매매차익의 장기보유특별공제액을 필요경비로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

부동산매매업자의 사업소득을 계산할 때에는 장기보유특별공제를 적용한다는 별도의 명문규정이 없으므로 처분청이 이를 반영하지 아니하고 종합소득 산출세액을 계산하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요

가. 부동산업(공장용지매매업)을 영위하는 청구인은 2003.10.20. OOO 외 6필지 73,790㎡(이하 “관계토지”라 한다)를 AAA 외 15명과 공동으로 취득하고 이를 ＜별지＞ 기재와 같이 분할(이하 “쟁점토지”라 한다)하여 보유하였다. 이후 청구인은 아래 ＜표1＞과 같이 2017년중 3차례에 걸쳐 쟁점토지를 양도한 후 이에 대한 토지등 매매차익예정신고를 하였고, 2018.5.29. 쟁점토지의 매매에 따른 소득금액을 계산함에 있어 쟁점토지 매매가액에 단순경비율을 적용하여 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 신고.납부하였다. ＜표1＞ 쟁점토지 양도 및 토지등 매매차익예정신고 내역 (단위 : 원) OOO 나. 처분청은 2019.6.20.부터 2019.7.9.까지 청구인에 대한 종합소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지가 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 단순경비율에 의한 소득금액을 부인하고 쟁점토지의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 개별공시지가로 평가한 OOO원을 취득가액으로 결정하여 2019.10.8. 청구인에게 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2019.10.10. 이의신청을 제기하였고, 이의신청 결과 처분청은 쟁점토지의 취득가액을 실지거래가액으로 하고 일부 필요경비를 인정하여 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액경정하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2020.3.19. 심판청구를 제기하였고, 우리 원이 2021.6.22. 쟁점토지의 자본적 지출액과 취득세 등의 필요경비를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하는 것으로 결정(조심 OOO, 2021.6.22.)하자, 처분청은 2021.8.13. 필요경비 OOO원을 추가로 공제하여 2017년 귀속 종합소득세 OOO원을 감액경정하였다. 한편 처분청은 부동산매매업자인 청구인의 종합소득세를 비교과세하면서 「소득세법」제64조 제1항 제1호에 따른 종합소득 산출세액 계산시 주택등매매차익의 장기보유특별공제액 OOO원을 필요경비에 반영하지 아니하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2021.8.28. 다시 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

부동산매매업자에 대하여 비교과세할 경우 「소득세법」제64조 제1항 제1호에 따른 종합소득산출세액 계산시 아래 ＜표2＞와 같이 주택등매매차익의 장기보유특별공제액을 필요경비에 산입하여야 하고, 이에 따라 청구인의 종합소득세 산출세액은 「소득세법」제64조 제1항 제2호에 따른 세액 OOO원으로 계산되어야 한다. ＜표2＞ 청구인이 산정한 종합소득 산출세액 (단위 : 원) OOO

나. 처분청 의견

「소득세법」제64조 및 같은 법 시행령 제122조에서 ‘부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례’를 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」제122조 제2항에서 정의한 주택등매매차익은 매매가액에서 양도자산의 필요경비, 양도소득기본공제 및 장기보유특별공제를 차감한 것으로 「소득세법」제64조 제1항 제2호에 적용되는 규정에 불과하다. 「소득세법 시행령」제122조 제2항에서 규정한 주택등매매차익이 「소득세법」제64조 제1항 제1호의 종합소득 산출세액 계산시에는 장기보유특별공제액을 적용하는 것이 아니고, 장기보유특별공제를 사업소득의 필요경비로 규정하는 법령이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례를 적용하는 경우 「소득세법」제64조 제1항 제1호에 따른 종합소득 산출세액을 계산하면서 주택등매매차익의 장기보유특별공제액을 필요경비로 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된 것) 제64조(부동산매매업자에 대한 세액 계산의 특례)

① 대통령령으로 정하는 부동산매매업(이하 “부동산매매업”이라 한다)을 경영하는 거주자(이하 “부동산매매업자”라 한다)로서 종합소득금액에 제104조 제1항 제8호 및 제10호의 어느 하나에 해당하는 주택 또는 토지의 매매차익(이하 이 조에서 “주택등매매차익”이라 한다)이 있는 자의 종합소득 산출세액은 다음 각 호의 세액 중 많은 것으로 한다.

1. 종합소득 산출세액

2. 다음 각 목에 따른 세액의 합계액 가. 주택등매매차익에 제104조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액의 합계액 나. 종합소득과세표준에서 주택등매매차익의 해당 과세기간 합계액을 공제한 금액을 과세표준으로 하고 이에 제55조에 따른 세율을 적용하여 산출한 세액

② 부동산매매업자에 대한 주택등매매차익의 계산과 그 밖에 종합소득 산출세액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 단서 생략.

(2) 소득세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 일부 개정된 것) 제122조(부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례)

① 법 제64조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 부동산매매업”이란 한국표준산업분류에 따른 비주거용 건물건설업(건물을 자영건설하여 판매하는 경우만 해당한다)과 부동산 개발 및 공급업을 말한다. 다만, 한국표준산업분류에 따른 주거용 건물 개발 및 공급업(구입한 주거용 건물을 재판매하는 경우는 제외한다. 이하 “주거용 건물 개발 및 공급업”이라 한다)은 제외한다.

② 법 제64조 제1항에 따른 주택등매매차익은 해당 주택 또는 토지의 매매가액에서 다음 각 호의 금액을 차감한 것으로 한다.

1. 제163조 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 양도자산의 필요경비

2. 법 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제금액

3. 법 제95조 제2항에 따른 장기보유 특별공제액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 우리 원의 재조사결정(조심 OOO, 2021.6.22.)으로 청구인의 종합소득세를 감액경정하면서 아래 ＜표3＞과 같이 「소득세법」제64조 에 따른 ‘부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례’규정을 적용하여 종합소득 산출세액을 산정하였다. ＜표3＞ 처분청이 산정한 종합소득 산출세액 (단위 : 원) OOO

(2) 청구인은 앞 ＜표2＞와 같이 부동산매매업자에 대하여 「소득세법」제64조 제1항 제1호에 따른 종합소득 산출세액 계산시 장기보유특별공제를 반영하여야 한다고 주장한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「소득세법」제95조 에서 규정한 장기보유특별공제액은 양도소득금액 계산시 양도차익에서 보유기간에 따라 공제율을 곱한 금액을 차감하는 금액을 말하는 것이고, 「소득세법」제64조 제1항에 따른 부동산매매업자에 대한 세액계산의 특례 규정에서 제1호에 “종합소득 산출세액”으로만 규정하고 있어 부동산매매업자의 사업소득을 계산할 때에는 장기보유특별공제를 적용한다는 별도의 명문규정이 없으므로 처분청이 이를 반영하지 아니하고 「소득세법」제64조 제1항 제1호에 따른 종합소득 산출세액을 계산하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 쟁점토지 상세내역 OOO