겸용주택의 근린생활시설이 양도 전 주택으로 용도변경되었다 하여 당해 면적 비율에 상당하는 양도차익에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표2가 아니라 표1의 장기보유특별공제율을 적용하여 과세한 처분의 당부

전체건물 중 주택부분이 상가에서 주택으로 용도변경된 면적 보다 큰 점, 양도일 현재 건물 전부가 주택에 해당하는 점, 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는 점 등을 종합할 때, 전체부동산에 대하여 소득세법 제95조 제2항 표2의 공제율을 적용함이 타당함

1. 처분개요

가. 청구인은 1988.8.18. 취득한 서울특별시 OOO외 2필지 토지 503㎡(이하 “전체토지”라 한다) 및 건물 401.27㎡(이하 “전체건물”이라 하며, 전체토지와 전체건물을 “전체부동산”이라 한다)을 2010.8.18. 양도하면서 전체부동산을 1세대 1주택을 주택으로 보아 총 양도가액 OOO원 중 OOO원에 대하여는 1세대 1주택 비과세규정을 적용하고, 나머지 양도가액에 대하여는 고가주택 양도에 따른 과세소득으로 하면서 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 2010.8.25. 양도소득세를 신고하였다.

나. 처분청은 청구인이 전체부동산의 1층 중 토지 169.41㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 건물 135.15㎡(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 쟁점건물을 “쟁점부동산”이라 한다)를 그린생활시설인 목욕탕으로 사용하다가 양도당시 주택으로 용도변경된 사실을 확인하고 양도소득금액 산정시 적용할 장기보유특별공제율로 10년 이상의 일반건축물(근린생활시설 등)에 대한 「표1」의 장기보유특별공제율 30%와 3년 미만의 주택에 대한 「표2」의 장기보유특별공제율 0% 중 큰 30%를 적용하여 2011.4.8. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 92,118,630원을 경정고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1988년부터 전체부동산에 전입하여 20여년간 거주한 사실이 있고, 목욕탕으로 사용하던 쟁점부동산의 경우 양도하기 몇 년 전부터 사실상 영업을 하지 않고 있다가 주택으로 사용하던 상태에서 양도한 것이므로 전체부동산을 1세대 1주택으로 보아 총 양도가액 OOO원 중 OOO원에 대해서는 1세대 1주택 비과세를, 나머지 양도가액에 대한 양도소득에 대하여는 과세를 하되 적용할 장기보유특별공제율은「소득세법」제95조제2항의「표1」에서 정한 공제율(근린생활시설에 대한 장기보유특별공제율인 30%)이 아닌 같은 항 단서에 따라「표2」에서 정한 공제율(1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제율인 80%)을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 1988.8.18. 전체부동산을 취득하여 이 중 쟁점부동산을 김OOO(청구인의 남편)이 OOO이라는 상호로 취득당시부터 2008년 6월까지 목욕탕업인 영업용으로 10년 이상 사용하다가 2008년 7월부터 양도시까지 3년 미만의 기간동안 사실상 주택으로 사용한 사실이 확인되고 있으므로 전체부동산을 1세대 1주택의 고가주택으로 보되 양도소득계산시 쟁점부동산의 양도차익에 대하여 적용할 장기보유특별공제율은 10년 이상의 일반건축물(근린생활시설 등)에 대한「표1」의 장기보유특별공제율 30%와 3년 미만의 주택에 대한「표2」의 장기보유특별공제율 0% 중 큰 공제율(30%)을 적용하여 양도소득세를 경정한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점1세대 1주택 중 근린생활시설로 사용하다가 양도직전 주택으로 용도변경한 면적부분에 대한 장기보유특별공제율을「소득세법」제95조제2항 단서의「표2」에서 정한 80%가 아닌 일반건축물에 적용하는「표1」에서 정한 30%를 적용하여 과세한 처분 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법제4조【소득의 구분】

① 거주자의 소득은 다음 각호와 같이 구분한다.3.양도소득자산의 양도로 인하여 발생하는 소득제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 「표1」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 「표2」에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.「표1」

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 10

4년 이상 5년 미만

100분의 12

5년 이상 6년 미만

100분의 15

6년 이상 7년 미만

100분의 18

7년 이상 8년 미만

100분의 21

8년 이상 9년 미만

100분의 24

9년 이상 10년 미만

100분의 27

10년 이상

100분의 30

「표2」

보유기간

공제율

3년 이상 4년 미만

100분의 24

4년 이상 5년 미만

100분의 32

5년 이상 6년 미만

100분의 40

6년 이상 7년 미만

100분의 48

7년 이상 8년 미만

100분의 56

8년 이상 9년 미만

100분의 64

9년 이상 10년 미만

100분의 72

10년 이상

100분의 80

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)한다.

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 소득세법 시행령제154조 【1세대 1주택의 범위】

① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및「택지개발촉진법」 제3조에 따라 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. ～3호 생략

② 생략

③ 법 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만，주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

④ 제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다.

⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다.제160조 【고가주택에 대한 양도차익 등의 계산】

① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익양도가액―9억원법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × ─────────양도가액

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액양도가액―9억원법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × ─────────양도가액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 전체부동산을 1988.8.18. 매매를 원인으로 취득(등기)한 후 2010.8.10.(2010.4.5. 매매계약) 김OOO에게 OOO원에 양도한 사실이 등기부등본 및 처분청이 제출한 매매계약서OOO에 나타나며, 2010.8.5. OOO이 발급한 청구인의 주민등록초본에 의하면, 청구인은 1988.8.25. 서울특별시 OOO로 전입한 후 2010.8.5. 서울특별시 OOO로 전출한 사실이 확인된다.

(2) 전체부동산의 양도당시 현황을 보면 전체부동산 중 전체토지는 토지이용계획확인서상 일반상업지역이고 전체건물의 주용도가 상업용으로 일반건축물대장에 기재되어 있으나, 청구인은 1988.8.18. 전체건물을 취득하여 이 중 1층인 쟁점건물을 김OOO(청구인의 남편)이 OOO이라는 상호로 2008년 6월까지 사업용(목욕탕업)으로 사용하다가 양도일까지 사실상 주택으로 사용하고, 나머지 건물면적은 10년 이상 주택으로 사용함으로써 양도당시인 2010.4.5. 현재 전체부동산이 고가주택(양도가액 20억원)인 1세대 1주택인 상태로 양도한 사실에 대하여 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

(3) 처분청은 청구인이 전체건물 401.27㎡ 중 쟁점건물을 제외한 나머지 부분(1층 111.99㎡ 주택부수창고와 2층 154.13㎡)을 10년 이상 주택으로 사용하였다 하여「소득세법」제59조제2항 단서「표2」에서 정한 80%의 장기보유공제율을 적용한 반면, 쟁점건물(1층 135.15㎡)에 대하여는 1988.8.18.부터 2008년 6월까지 10년 이상 영업용인 근린생활시설로, 2008년 7월부터 양도당시까지는 3년 미만의 기간동안 주택으로서 보유한 것이라 하여 양도소득금액 산정시 적용할 장기보유특별공제율로 10년 이상의 일반건축물(근린생활시설 등)에 대한「표1」에서 정한 장기보유특별공제율 30%와 3년 미만의 주택에 대한「표2」의 장기보유특별공제율 0% 중 큰 30%를 적용하여 과세한데 대하여, 청구인은 전체부동산의 양도가 1세대 1주택 중 고가주택의 양도에 해당하므로 1세대 1주택의 비과세대상면적을 제외한 나머지 면적(쟁점건물 면적)에 대한 양도소득 산정시 양도차익에 대하여 적용할 장기보유특별공제율은 같은 법 제95조 제2항「표1」에서 규정한 근린생활시설에 대한 장기보유특별공제율 30%가 아닌 동 규정의 단서에 근거하여 주택에 적용하는 같은 법 제95조 제2항「표2」에서 정한 80%를 적용하여야 한다고 주장하고 있다.OOO

(4) 같은 법 제95조 제1항 및 제2항에 의하면, 같은 법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(토지, 건물)(제104조 제1항 제4호부터 제10호까지의 규정에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에「표1」에서 정한 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 양도차익에서 공제하는 것으로 규정하면서, 같은 조 같은 항 단서에서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산[1세대 1주택 비과세요건을 갖추지 못하여 과세되는 1세대 1주택, 고가주택, 같은 법 시행령 제155조(일시적인 2주택, 상속, 동거봉양, 혼인, 농어촌주택, 장기저당담보주택), 제156조의2(주택과 조합원입주권을 소유)규정에 의하여 2주택이자만 1세대 1주택으로 보는 것]의 경우에는 그 자산의 양도차익에「표2」에서 정한 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 양도차익에서 공제하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 양도일 현재 1세대 1주택으로서 당초 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택에서 일부용도변경으로 인해 주택면적이 상가면적보다 큰 겸용주택이 된 경우 건물전체를 주택으로 의제된다는 점, 청구인이 전체부동산을 10년 이상 보유한 사실과 전체부동산 중 쟁점건물을 주택으로 보유한 기간이 3년 미만으로 1세대 1주택 비과세 판정시 주택부분이 다른 용도의 면적(사업용으로 사용하다가 주택으로 변경한 면적)보다 더 큼에 따라 쟁점건물도 주택으로 의제되어 전체부동산이 1세대 1주택 겸용주택임에 다툼이 없는 점,「소득세법」제95조제2항 단서에 따르면 해당 겸용주택이 같은 법 시행령 제159조의2에 따른 1세대 1주택인 경우(주택이외의 면적이 주택으로 보는 경우 포함)에는 비과세요건을 갖춘 고가주택 뿐만 아니라 거주요건 등 1세대 1주택 비과세요건을 갖추지 않은 경우에도 양도소득 계산시 적용할 장기보유특별공제율은 「표2」에서 정한 율을 적용하는 것으로 규정하고 있는 반면 겸용주택 중 주택으로 의제하는 주택이외의 건물부분(부수토지 포함)에 대하여 일반건축물의 보유기간에 따른「표1」에서 정한 공제율과 주택의 보유기간에 따른「표2」에서 정한 공제율 중 큰 공제율을 적용하도록 달리 규정하고 있지 않은 점과 과세관청도 해당 겸용주택이 1세대 1주택인 경우 비과세요건을 갖춘 고가주택 뿐만 아니라 거주요건 등 1세대 1주택 비과세요건을 갖추지 않은 경우에도 양도소득 계산시 적용할 장기보유특별공제율은「표2」에서 정한 율을 적용하는 것으로 행정해석(부동산거래-1309, 2010.11.2., 재산-544, 2009.2.17., 재산-1573, 2009.7.29.)하고 있는 점 등으로 볼 때, 처분청이 전체부동산에 대한 양도소득금액 산정시 쟁점건물의 주택사용기간이 3년

미만이라 하여 적용할 장기보유특별공제율로 10년 이상의 일반건축물(근린생활시설 등)에 대한「표1」에서 정한 장기보유특별공제율 30%와 3년 미만의 주택에 대한「표2」에서 정한 장기보유특별공제율 0% 중 큰 30%를 적용하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.