국가에 기부채납 한 사용수익기부자산에 대한 감가상각(경정)

항만시설이용권은 선급사용료가 아닌 법인세법상 사용수익기부자산에 해당하며 상각방법은 취득가액을 사용수익기간으로 균등하게 안분한 금액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 강제상각방식에 의하여 하는 것이 타당함

1. 처분개요

가. 청구법인은「전력산업구조개편에 관한 법률」에 따라 2001.4.2 「OOO」에 의하여 OOO로부터 물적분할한 신 설법인 이다.

나. OOO는 분할 전인 1994.1.10. OOO 시설을 준공하였으며, 같은 날「항만법」등 법령에 근거하여 국가 (관 리청 : OOO)에 기부채납(32,968백만원)하고 국 가로 부터 당해시설 등을 무상으로 사용하는 항만시설사용권(이하 “쟁점자 산”이라함)을 취득하였다.

다. OOO는 쟁점자산을 취득하여 청구법인에게 인계한 1994.1.10.～2001.4.2. 기간 중 쟁점자산을 실제 사용한 항만시설사용료등이 16,586백만원이었지만 감가상각 방법(구축물, 내용연수 30년, 정액법)으로 비용처리한 금액 5,271백만원을 장부에 계상하였고, 2001.4.2 물적분할 당시 쟁점자산을 장부가액 27,697백만원(32,968백만 원-5,271백만원)으로 청구법인에게 인계하였다.

라. 청구법인은 쟁점자산을 인수한 이후에도 OOO와 같은 감가상각 방법으로 감가상각을 하다가 2003사업연도 중에는 무 형 자 산 으로 변경하고 추가 자본적 지출 54백만원을 쟁점자산의 취 득가 액 에 가산(27,751백만원=27,697백만원+54백만원)하였으며, 2004 사업 연도에 는 쟁점자산에 대한 항만시설사용료등의 누계액이 당해기 부자 산의 투 자비에 도달함으로써 쟁점자산을 무상으로 사용할 수 있는 기간이 종료 됨에 따라 쟁점자산에 대한 장부상의 미상각잔액 25,118백만원 전액 을 2004사업연도의 손금으로 계상하였다.

마. OOO은 2007.7.2.～9.11. 청구법인에 대한 정기세무조사를 실시하여 항만시설사용권은 여러 항만시설의 사용료를 현물로 선급한 것과 다를 바 없으므로 쟁점자산을 선급사용료에 해당하는 것 으로 판단하여 청구법인이 OOO로부터 쟁점자산을 11,315백만원만큼 고 가로 인 수〔11,315백만원= 청 구법인이 한전으로부터 인수한 장부가액 27,697백만원 - 한 전이 분할당시까지 쟁점자산을 실제 사용하고 남은 잔존가액 16,382백 만원(한전의 취득가액 32,968백만원 - 한전이 취득후 분할당시까 지 실제 사용하고 수익 한 사용누계액 16,586백만원)〕한 것으로 보았고, 각 사업연도에 청구법인이 계상한 쟁점자산의 감가상각비와 항만시설사용료등과의 차액분에 대 하여 익금 및 손금으로 소득조정하였으며, 또한 청구법인이 OOO로부터 위탁받아 2001.3.21.～2006.8.20. 기간 중 OOO 양수발전소 의 OOO(변전설비공사로 이하 “쟁점공사”라 함)를 하였으 나 위탁수수료 미수취에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 213백만원을 익 금에 산입하고 2006년 제2기 부가가치세를 경정 하는 등 다른 사항 과 함께 소득조정을 통하여 2007.10.8. 청구법인에 게 법인세 2002사업연도분 621,360,310원, 2003사업연도분 △2,253,736,100 원, 2004사업연도분 12,310,453,280원, 2005사업연도분 427,096,140원, 2006사업연도분 19,361,409원 및 2006년 제2기 부가가치세 25,711,520원을 경정·고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2007.12.20. 이의신청을 거쳐 2004 사 업연도 법인세 및 2006사업연도 법인세, 2006년 제2기 부가가치세 에 대하여 2008.6.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 1994.1.10. OOO가 항만시설을 준공하여 국가에 기부 한 쟁점자산은 1995.1.1.부터 시행된 구 법인세법 시행령 부칙 제7조(손 익의 귀속사업연도 등에 관한 경과조치) 제3항 및 구 법인세법 시행령 제40조 제2항 등의 규정에 따라 손금계산 등의 적법성 여부 가 검토되어야 하는 바, 사용수익기부자산은 선급비용 등과 같은 회계학상의 일반적인 용어가 아니라 그 선급비용 성격의 자산 중에서 세법이 정한 특별한 조건에 합당한 경우에만 해당되는 세법에 의하 여 규정된 특수한 자산개념으로서 그 사용수익기부자산에 해당되면 세 법이 정한 특별한 방법으로 비용화하도록 규정하고 있고, 구 법인세법시행령에 의하면 쟁점자산은 이연자산인 사용수익기부자산(1994.12.31. 개정부터 2001.12.31. 개정전까지) 또는 무형고정자산 (2002.1.1. 개정이후)인 사용수익기부자산으로 규정하고 있으므로 쟁 점 자산을 사용수익기부자산의 평가액인 장부가액(취득가액-상각누계 액)으로 승계받은 것은 적법한 것이며, 쟁점자산은 구 법인세법 시행령 제40조 제2항의 “금전외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 받을 경우에 당해자산”에 명백히 해당되어 사용수익기부자산에 해당하는데도 처분청이 잘못된 예규에 의하여 쟁점자산을 선급사용료로 보아 과세한 이 건 처분은 위법하고 부당하다.

(2) 쟁점자산은 OOO가 1994.12.31 이전에 취득한 자산 이므로 구 법인세법 시행령(1994.12.31. 개정된 것) 부칙 제7조의 규정 에 따라 세법상 구 법인세법 시행령(1994.12.31 개정되기 전의 것) 제40 조 제2항의 “사용수익기부자산”에 해당하고, 구 법인세법 시행령 제38조 제1항에 열거된 “이연자산”이 아닌 것이어서, 처분청이 제시하는 “이 연자산”에 관련된 법령이나 해석은 이 건 쟁점자산의 손비처리 방 법과는 직접 관련이 없는 것으로 보인다. 쟁점자산은 구 법인세법 시 행령(1994.12.31 대통령령 제14468호 로 개정되기 전의 것) 제40조 제2항 및 동 시행규칙(1995.3.30 개정되기 전의 것) 제16조(사용수익기부자산의 손금계산)규정에 따라 손금계산 이 되어야 하는 세법상의 사용수익기부자산에 해당하므로 쟁점자 산의 손금을 임의상각방법에 의하여 계상할 수 있다. 따라서 OOO 및 청구법인이 쟁점자산에 대하여 각 사 업연도의 상각범위액에 미달하게 임의상각하 고 청구법인이 그 미달 한 금액들을 2004사업연도에 일시에 모두 손금처 리한 것에 대해 처분청 이 손금부인하였으나 임의상각방법에 의한 손금처리를 인정하여야 한 다.

(3) 쟁점공사는 청구법인이 OOO에서 법적으로 분할 (2001.4.2) 되기 이전인 2001.3.21. OOO의 내부조직인 송변전사업단 과 중 부발전사 업단 간에 체결된 ‘OOO 건설업무위탁협약 서’ 에 의거하여 수행된 것으로 당초 약정은 내부 조직간의 내부거래이어 서 “위탁수수료”가 발생할 여지가 없는 것이었고, 분할 이후에는 동 협약 서 제2조 제2항 규정에 따라 OOO의 승계인인 청구법인이 동 협약상 의 권리·의무를 수행한 것이며 ‘발전회사분할계획서’에 의하여 도 분할신설회사인 청구법인이 이를 승계하여 수행하여야 하는 것이어서 쟁점 공사는 내부거래 또는 계약의무 이행을 위한 거래이므로 부당행 위계 산 부인대상이 되지 아니한다. 청구법인의 이 건 OOO 시설의 건설·제공은 정유사업자 가 주유소사업자에게 주유시설을 설 치 ·제공하거나 음료나 식품제조업자 가 그 판매업자에게 냉장·판매시 설을 제작·제공하는 것과 같은 성격으로 이는 매출거래가 아니고 판매정책 내지 판매기술상의 판매 지원거래인 것이어서 “건전한 사회통념 및 상관행”으로는 그 주유시 설이나 냉장시설에 대하여 원가외에 이윤을 붙여 제공하는 일은 없는 것이 고, OOO시설은 그 소유자는 OOO이지만 그 건설비용은 그 시설을 이용하는 청구법인이 공사부담금으로써 전액 부담하는 것이어 서 실질적으로는 청구법인이 자기시설의 공사를 한 것이며, 분할시 이 건 OOO와 같은 송전접속설비는 판매사업자인 OOO의 소유 로 한다 는 분할계획에 따라 OOO의 자산으로 남게 되었지만, 이 건 시설 등은 그 건설비 뿐만아니라 시 설의 운전유지비와 철거비(철거사유 발생 시)까지도 그 시설의 이용 자인 청구법인이 부담하도록 되어있다.

따라서 쟁점공사는 청구법인 이 자기시설의 공사를 한 것과 같 은 것이어서 쟁점공사에 위탁수수료를 붙여야 한다는 처분청의 논리는 사리 에 맞지 않는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) OOO는 쟁점자산을 구축물로 계상하여 감가상각 (정 액 법, 30년)을 하다가 2001.4.2. 물적분할로 청구법인에게 인계하였 고, 청구법인은 쟁점자산을 OOO와 같은 방법으로 감가상각하다 가 쟁점자산이 법인세법상 선급비용에 해당하는지 아니면 이연비용에 해 당하는지 여부 등을 2003.11.26. 국세청에 질의하여 “법인이 자체자 금으로 전용부두를 건설하여 국가에 소유권을 이전하고 전용부두를 당해 법인이 전용사용하면서 당해 시설의 총사업비 평가금액을 당해 시설사용에 대한 선급사용료로 보아 매년 사용료 상당액을 손금에 산 입 하는 것이며 ...”라는 회신(OOO 2004.8.18.)을 받았음에 도 2004사업연도에 쟁점자산에 대한 무상사용할 수 있는 권리의 잔액 이 모 두 소진되었다 하여 쟁점자산의 미상각잔액 모두를 비용화하였다. 따라 서 청구법인은 쟁점자산을 선급사용료로 계상하고 매년 발 생하는 항만시 설사용료등을 손금에 산입한 금액을 차감한 금액으로 한국전력으로부 터 쟁점자산을 승계받아야 함에도 쟁점자산에 대한 감가상각 누계액을 차감한 금액으로 쟁점자산을 고가로 인수하여 감 가상각을 하였으므로 처분청이 쟁점자산을 선급사용료로 보아 청구법인에게 법인세를 부과한 이 건 처분은 정당하다.

(2) 청구법인의 주장대로 쟁점자산을 사용수익기부자산으로 인정 하는 경우에도, 사용수익기부자산은 이연자산에 속하는 것이어서 약 정된 사용 ·수익기간(쟁점자산은 20년)으로 균등하게 안분한 금액을 강제 상각방법으 로 손금처리하여야 하는 것인데, 청구법인이 쟁점자산 에 대 하여 각 사업연도에 그 상각범위액에 미달하게 임의상각하고 그 미 달하는 금액들을 2004사업연도에 일시에 모두 손금처리한 것은 위법한 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점공사가 2001.3.21. OOO의 내부조직인 송변전사업단과 OOO에 체결된 ‘OOO 건 설업무위탁협약서’에 의거하여 수행된 것으로 당초 약정이 분할되 기 이전 내부 조직간의 내부거래이어서 위탁수수료가 발생될 여지가 없 고, 분할이후에는 ‘발전회사 분할계약서’에 의하여 청구법인이 승계하였으므로 부당행위 계산부인 대상이 될 수 없는 거래라고 주장하나, 청구법인은 2001.4.2. ‘전력산업구조개편촉진에 관한 법률’에 의 거 물적분할로 설립된 신설법인으로 상법 등 관계법률상으로도 독립된 법인이므로 쟁점공사를 내부거래 및 승계하여 수행하였다는 사유로 부당행 위계산 부인 대상이 될 수 없다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없다. 또한 쟁점공사는 청구법인의 매출거래가 아니고 판매 정책 또 는 판매기술상의 판매지원거래이어서 공사원가 외에 따로 이윤을 붙일 수 있는 있는 거래가 아니라고 주 장하나, 쟁점공사는 청구법인이 OOO로부터 위탁받아 건설한 송·변전설비로서 한국전력공사 소 유의 자산이고 OOO는 동 설비가 설치된 장소를 청구법인에게 임차료를 지불하면서 사용하고 있는데도 청구법인이 OOO로부터 위탁받아 건설비를 지급받 고 쟁점자산을 건설하여 한국전력 공사에게 공급한 행위가 판매시설을 제 공한 판매지원거래라는 논리 는 수용할 수 없다.

OOO는 법인분할시 ‘송·변전시설은 OOO의 소 유 로 한다’라는 분할계획에 따라 동 시설을 OOO의 소유로 하였고 이에 따라 분할시 건설중인 OOO의 송·변전시설 은 OOO가 청구법인의 자산으로 분할되어 부득이하게 업무협약에 따라 송·변전시설을 건설위탁한 것이고, OOO는 청구법인이 생산한 전기를 원활히 공급받기 위하여 청구법인에게 건설비용을 지 급하고 송·변전시설을 건설한 것으로 OOO와 청구법인간 에 이루어진 ‘건설 위·수탁계약’은 상행위상 거래관계에서 이루어진 계 약 이므로 법인세법 제52조 에 의하여 부당행위계산을 부인한 이 건 처분 은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점자산이 ‘사용수익기부자산’인지 아니면 ‘선급사용료’인 지 여 부

(2) 쟁점자산을 ‘사용수익기부자산’으로 볼 경우, 사용수 익 기 부자 산에 대한 손금산입 방법이 강제상각 대상인지 아 니면 임의상각 대상인지 여부

(3) 청구법인이 쟁점공사를 수행하고 OOO로부터 위탁수수료를 수취하지 아니하였다 하여 부당행위계산부인하고 법인세 및 부가가 치세를 부과한 처분의 당부

나. 관련법령

< 쟁점

(1) 및 쟁점

(2) 관련법령 >

(1) 항만법〔시행 1993.11. 6] 〔법률 제4574호] 제17조【항만시설의 귀속등】 ①제9조제2항 후단의 규정 에 의한 비관리청의 항만공사로 조성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방자치단체에 귀속된다. 다만, 대통령령이 정하는 항만시설은 그러하지 아니하다. ③비관리청은 제1항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속 된 항만시설을 총사업비의 범위안에서 대통령령이 정하는 바에 따라 무 상으로 사용할 수 있다. ④제3항의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설 을 무상으로 사용하는 자는 당해 시설을 타인으로 하여금 사용하게 할 수 있다. 제18조【항만시설관리권】①해운항만청장은 비관리청이 제9 조 제2항의 규정에 의한 허가를 받아 항만시설을 설치한 경우에는 이 를 유지·관리하고 당해 항만시설을 사용하는 자로부터 사용료를 징 수할 수 있는 권리(이하 "항만시설관리권"이라 한다)를 설정할 수 있다. ②제1항의 규정에 의하여 항만시설관리권의 설정을 받은 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 해운항만청장에게 등록하여야 한다. 제19조【항만시설관리권의 성질등】①항만시설관리권은 이 를 물권으로 보며, 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민법중 부동산에 관한 규정을 준용한다.

(2) 항만법시행령〔시행 1993.11.19.] 〔대통령령 제14007호] 제19조【귀속항만시설의 사용등】①법 제17조제3항의 규정 에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 무상으로 사용하고자 하는 자는 미리 관리청에 신고하여야 한다. ②제1항의 규정에 의하여 무상으로 항만시설을 사용할 수 있는 기간 은 비관리청이 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 항만시설을 유상으로 사용할 경우의 사용료와 법 제28조제3항의 규정에 의하여 타인으로부 터 징수하는 항만시설사용료 및 제21조제1항제8호의 규정에 의하여 면제되는 항만시설사용료의 총액이 제18조의 규정에 의하여 산출된 총사업비에 달할 때 까지로 한다. 이 경우 무상사용의 기간을 산정함 에 있어 적용할 항만시설의 사용료는 당해 항만시설 준공당시의 항만시 설 사용료를 기준으로 하되, 제21조제1항제8호의 규정에 의하여 사용료 가 면제되는 항만시설의 경우에는 당해 항만시설사용당시의 항만시설사용료를 기준으로 한다. ③제2항의 규정에 의한 무상사용의 기간은 20년을 초과할 수 없다.

(3) 법인세법시행령〔시행 1994.1.1] 〔대통령령 제14080호 개정] 제38조【이연자산의 종류와 상각방법】①법 제17조 제10항 의 규정에 의한 "이연자산"은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액을 말한다.

1. 창업비(이하 생략)

2. 개업비(이하 생략)

3. 신주발행비(이하 생략)

4. 시험연구비(이하 생략)

5. 사채발행비(이하 생략)

6. 사채할인발행차금(이하 생략) ②제1항의 이연자산의 상각방법은 다음에 의한다.

1. 창업비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

2. 개업일 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

3. 신주발행비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

4. 시험연구비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

5. 사채발행비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

6. 사채할인발행차금 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다. 제40조【기부금의 범위】①법 제18조에 규정하는 기부금은 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다. ②제1항의 기부금 중 금전외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거 나 그 자산으로부터 수익을 받을 경우에 당해 기부자산의 손비처리에 관 하여 필요한 사항은 재무부령으로 정한다. 법인세법시행령〔시행 1995.1.1] 〔대통령령 제14468호] 제38조【이연자산의 평가】①법 제17조제4항의 규정에 의하 여 취득가액을 계산하거나 기타 자산·부채등을 평가함에 있어서 이연 자 산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부 담액으로 한다.

1. 창업비(이하 생략)

2. 개업비(이하 생략)

3. 신주발행비(이하 생략)

4. 연구개발비(이하 생략)

5. 사채발행비(이하 생략)

6. 사용수익기부자산가액 금전외의 자산을 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부 터 수익을 얻는 경우에 당해 자산의 장부가액을 말한다. ②제1항의 이연자산은 다음 각호의 방법에 의하여 상각 한다.

1. 창업비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다

2. 개업일 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

3. 신주발행비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

4. 연구개발비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

5. 사채발행비 ......매 사업연도에 균등액이상을 상각하여야 한다.

6. 사용수익기부자산 당해 자산의 내용연수 또는 사용수익기간에 따라 총리령이 정하는 바에 의하여 상각하여야 한다. 부칙 <제14468호, 1994.12.31> 제1조【시행일】 이 영은 1995년 1월 1일부터 시행한다.(이하 생 략) 제7조【손익의 귀속사업연도등에 관한 경과조치】③이 영 시 행전에 자산을 기부하고 사용수익하는 분에 대하여는 종전의 제40조제2항의 규정에 의한다. 법인세법시행령〔시행 2002. 1. 1] 〔대통령령 제17457호] 제24조【감가상각자산의 범위】①법 제23조제2항에서 "건 물, 기계 및 장치, 특허권등 대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각 호의 고정자산(제2항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한 다)을 말한다.

2. 다음 각목의 1에 해당하는 무형고정자산 마. 창업비(이하 생략) 바. 연구개발비(이하 생략) 사. 사용수익기부자산가액 : 금전외의 자산을 국가 또는 지방자치단 체, 조세특례제한법 제73조 제1항 각호의 규정에 의한 법인 또는 이 영 제36조 제1항 제1호의 규정에 의한 법인에게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 당해 자 산의 장부가액 ②감가상각자산은 다음 각호의 자산을 포함하지 아니하는 것으로 한 다. 제26조【상각범위액의 계산】①법 제23조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 개별 감가상각자산 별로 다음 각호의 구분에 의한 상각방법중 법인이 납세지 관할세무서 장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.

5. 창업비 : 법인설립일이 속하는 사업연도개시일부터 5년 이내에 종료 하는 매 사업연도에 균등액을 상각하는 방법

6. 연구개발비 : 연구개발비로 계상한 사업연도개시일부터 5년 이내 에 종료하는 매 사업연도에 균등액을 상각하는 방법

7. 사용수익기부자산가액 : 당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관 한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말한다)에 따라 균등하게 안분 한 금액(그 기간중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경 우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법

(4) 법인세법 시행규칙〔시행 1994.11.8.] 〔재무부령 제2006호] 제16조【사용수익 기부자산의 손금계산】영 제40조제2항 에 서 규정하는 "기부자산"은 다음 각호의 방법에 의하여 계산한 금액 의 범위내에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.

1. 당해기부자산이 법 제18조제3항, 조세감면규제법 제61조 제1항 및 제2항에 규정된 기부금에 해당하는 경우 가. 당해기부자산을 이연비용으로 하여 당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금액중 법 제18조제3항, 조세감면규제법 제61조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 범위내의 금액. 다만, 당해기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 때에는 당해기간에 따라 안분한 금액 중 법 제18조제2항, 조세감면규제법 제61조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산 입되는 범위내의 금액 나. 가목의 규정에 의한 당해기부자산의 손금계산기간이 만료되기 전에 당해자산이 멸실되거나 사용 또는 수익에 관한 계약이 해 지되어 당해기부자산의 사용 또는 수익이 불가능하게 된 때에는 당해 기부자산가액에서 가목의 규정에 의하여 손금에 산입된 금액을 차감한 금액중 법 제18조제3항, 조세감면규제법 제61조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입되는 범위내의 금액 법인세법시행규칙〔시행 1995.3.30.] 〔총리령 제492호] 제16조【사용수익 기부자산액의 손금계산】①영 제38조 제2항 제6호의 사용수익기부자산가액은 각 사업연도에 다음 각호의 1의 방법에 의하여 계상한 금액을 손금에 산입한다. 이 경우 국가 및 지 방자치단체, 조세감면규제법 제61조 제1항 및 제2항에 규정된 법인 또는 영 제42조에 규정된 법인외의 자에게 기부한 경우에는 손금에 산입되지 아니하는 기부금으로 본다.

1. 사용기간에 관한 특약이 없는 경우에는 당해기부자산가액을 영 제49조제1항의 신고내용연수에 따라 균등하게 안분한 금액

2. 사용기간에 관한 특약이 있는 경우에는 사용기간에 따라 균등하 게 안분한 금액

3. 기부자산의 신고내용연수 또는 사용계약기간중에 멸실되거나 계 약이 해지된 경우에는 미상각잔액 < 쟁점

(3) 관련법령 >

(1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

① 납세지 관할세무 서장 또는 관할지방 국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계 산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당 히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율 · 이자율 · 임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】

① 법 제52 조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경 우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율 · 요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.

(3) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급 에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가 3의

2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

(4) 부가가치세법 시행령 52조 【부당대가 및 에누리 등의 범위】

① 법 제13조 제1항 제3호 및 제3호의 2에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인 정되는 시가보다 낮은 대가로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO는 1994.1.10. OOO시설을 준공 하고 국가에 기부(32,968백만원)하여 쟁점자산인 항만시설사용권을 취 득하였고 쟁점자산을 구축물로 계상(30년, 정액법)하여 상각하여 오 다가「전력산업구조개편에 관한 법률」에 의거 2001.4.2. 물적분할로 신설되는 청구법인에게 쟁점자산을 27,697백만원(취득가액 32,968백만 원- 임의상각에 의한 상각액 5,271백만원)에 인계하였으며, 청구법인은 인수한 쟁점자산을 한국전력공사와 같은 방법으로 감가상각을 하다 가 2004사 업연도에는 실제 발생한 항만시설사용료등의 누계액이 쟁점자산 의 취득가액에 도달함으로 인해 미상각한 잔액(2003사업연도에 청구법인 이 자본적지출로 추가 취득한 54백만원을 포함한 25,118백만원) 모두를 손 금에 산입하였다.

(2) 처분청은 쟁점자산을 선급사용료로 보아 OOO가 취득한 시기부터 물적분할시까지 발생한 항만시설사용료등을 차감한 금액 16,382백만원(취득가액 32,968백만원-OOO 보유기간의 항만시 설사용료등 16,586백만원)을 분할에 따른 청구법인의 인수가액으로 보았고, 청구법인이 쟁점자산을 인수한 이후에도 각 사업연도에 발생한 항만시설사용료등을 손금으로 보면서 2004사업연도에는 25,004백만원을 익금에 산입하여 과세하였는 바, 청구법인은 아래와 같이 처분청이 소득조 정을 경정하였다는 자료를 제시하고 있다. (단위 : 백만원)

구 분

한 전

청 구 법 인

‘01.3이전

‘01.4.-12

2002

2003

2004

청구법인계

회 계

처 리

취득가액

32,968

27,697

54

27,751

손금계상

5,271

706

942

985

25,118

27,751

경

정

내

용

항만시설

사용료 등

16,586

1,798

1,571

12,953

114

16,436

시부인계산

내용

( △ 11,315)

( △ 1,092)

△ 629

△ 11,968

25,004

부과제척 기간 경과,

고가매입

부과제척기간경과

손금추인

손금추인

익금가산

12,597

12,097

310

당초경정

당초경정

재경정

(3) 쟁점 (1)에 대하여 살펴본다. 법 인이 다른 항만을 사용하면서 사용료를 면제받 은 것은 그 자산으로 부터 수익을 얻는 경우로 볼 수 있고, 법인이 항만법상 비관리청으로 서 국가기반시설인 항만공 사를 시행하였는 바, 비관리청의 항만공사로 조 성 또는 설치된 토지 및 항만시설은 준공과 동시에 국가 또는 지방 자치단 체에 귀속되며, 국가 등에 귀속된 항만시설을 총사업비의 범위 안 에서 무상으로 사용할 수 있다라고 「항만법 」 제17조 및 동법 시행령 제19조에 명시하고 있어 법인세법상 사용수익기부자산의 요건인 소유권에 대한 귀속요건과 사용수익권에 대한 획득 요건을 모두 충족한 것으로 보여지며, 법인세법상 사용수익기부자산 의 경우 사용수익권의 대상을 기부채납한 당해 자산만으로 한정한 바가 없고, 현 실적으로도 항만부두 특성상 다수가 이용할 수밖에 없어 특 정인 이 독 점적으로 사용할 수 없는 것이며, 설령 기부자산 뿐만 아 니라 모든 항만시설을 사용할 수 있는 포괄적 권리가 주어졌다 하더라도 이는 항만법의 규정에 의거 당해 항만시설의 총사업비의 범위내에서만 사 용할 수 있는 권리로서, 국가 등에 게 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 이외의 추가혜택이 주어진 것으로 보기 어려운 점 등을 감안할 때, 이 건의 경우와 같은 항만 시설이 용권은 법인세법상 사용수익기부자산에 해당한다고 하겠다(OOO, 2008.6.12. 같은 뜻임) .

(2) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 사용수익기부자산의 손금계산에 관한 법인세법령을 보 면, 1994.12.31. 이 전에는 기부금 범위에 포함(구 법인세법 시행령 제40조 제2항)하여 “당해기부자산을 이연비용으로 하여 당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금액 ...... 다만, 당해기부자산의 사용 또는 수익기간이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있는 때에는 당해기간에 따라 안분한 금액 ......, 당해기부자산의 손금계산기간이 만료되기 전에 당해자산이 멸실되거나 사용 또는 수익 에 관한 계약이 해 지되어 당해기부자산의 사용 또는 수익이 불가능하게 된 때에는 당해 기부자산가액에서 손금에 산입된 금액을 차감한 금액 ...... (구 법인세법 시행규칙 제16조 )”으로 하였다가 1995.1.1. 시행령 을 개정하여 사용수익기부자산을 이연자산에 포함(구 법인세법 시행령 제38조 )시키면서 부칙 제7조에 의하여 개정전에 취득한 사용수익기부 자산에 대하여는 종전 규정을 적용하도록 하였으며, 2002.1.1. 시행령 을 개정한 이후에는 사용수익기부자산을 감가상각자산의 범위에 포함하였 다. (나) 청구법인은 OOO가 쟁점자산을 1994.1.10.에 취득하였 으므로 쟁점자산을 이연자산이 아닌 기부금으로 하여 구 법인세법 시행규 칙 제16조(사용수익기부자산의 손금계산)를 적용하여야 하고 동 규칙 제1호 가목의 ‘당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금액’을 임의상각 으로 보아야 하며 또한 세법상으로도 일반적인 감가상각 원칙이 임의상 각이므 로 쟁점자산을 임의상각하여야 한다고 주장하고 있다.

이에 대해 처분청은 ‘구 법인세법 시행령 제38조 제1항의 규 정에 의한 이연자산은 각 사업연도에 균등액 이상(사용수익기부자산가액은 내용연수 또는 사용수익기간에 따라 균등하게 안분한 금액) 을 상각하여야 하므로 법인이 임의로 상각하지 아니하거나 과소 상각 한 경우에도 동조 제2항의 규정에 의하여 당해 사업연도에 상각하여야 할 균등액을 한도로 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다(법인세법시행규칙 2-11-41...17 ,이연자산상각의 계산특례, 1997 4.1.)’라는 예규 등을 제시하며 쟁점자산이 기부금 범위에 포함되었더라도 사용수익 기간이 특약되어 그 기간을 연장할 수 없으므로 구 법인세 법 시행규칙 제16조(사용수익기부자산의 손금계산) 제1호에서의 ‘당해기간에 따라 안분한 금액’의 의미는 사용수익기부자산이 이연자산으로 개정된 이 후의 ‘사용기간에 따라 균등하게 안분한 금액’의 의미와 같은 성격 이므 로 쟁점자산도 균등하게 안분한 금액을 비용처리하여야 하는 강제상 각의 의미를 갖고 있다는 의견이다.

(다) 살피건대, 쟁점자산을 기부금 범위에 포함시켜 적용할 구 법인세법 시행규칙 제16조 (사용수익기부자산가액의 손금계산) 제1호 가목은 ‘ 당해기부자산을 이연비용으로 하여 당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금 액’으로 하면서 ‘ 다만, 당해기부자산의 사용 또는 수익기간 이 약정되어 있는 경우로서 그 기간을 연장할 수 없는 특약이 있 는 때에 는 당해기간에 따라 안분한 금액’으로 하고 있어 항만법에서 사용수익 기간을 20년으로 특약하고 있는 쟁점자산의 경우 기부채납에 의하 여 취득한 가액을 이연비용화함으로써 20년 기간에 균등하게 안분하여 손금에 산입하여야 할 것으로 판단되는 점, 사용수익기부자산이 이 연자산으로 개정된 이후에 적용되는 법인세법 시행규칙 제16조 (사 용수익 기부자산액의 손금계산, 시행 1995.3.30., 총리령 제492호)제 1항 제1호 ‘사용기간에 관한 특약이 없는 경우에는 당해기부자산가액 을 영 제49조 제1항의 신고내용연수에 따라 균등하게 안분한 금액’으로 하면서 제2호 ‘ 사용기간에 관한 특약이 있는 경우에는 사용기간에 따 라 균등하 게 안분한 금액’으로 규정하였는 바, 사용기간의 특약이 없는 기부자산에 대해서도 ‘신고내용연수에 따라 균등하게 안분한 금 액’으로 개정한 것으로 보아 사용수익기부자산을 기부금으로 하여 적용할 구 법인세법 시행규칙 제16조 제1호 가목 ‘ 당해기부자산을 이연비용으로 하여 당해기부자산의 내용연수에 따라 안분한 금 액’에서의 안분의 의미는 균등하게 안분한 금액으로 해석되는 점, 또한 사용 수 익기부자산이 이연자산에서 감가상각자산으로 개정된 이후의 「법 인세법 시행령」 제26조(상각범위액의 계산) 제1항 제7호는 ‘ 당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관 한 특약이 없는 경우 신고내용연수 를 말한다)에 따라 균등하게 안분 한

금액(그 기간중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경 우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법’ 으로 규정하고 있는 바, 사용수익기부자산이 기부금에서 이연자산 으 로, 이연자산에서 감가상각자산 대상으로 변경되었으나 사용수익기 부자산의 손금방법을 규정한 개정법령을 보면 사용수익기부자산을 기부금에 포함한 당시의 법령과 달리 다른 점이 없어 쟁점자산과 같이 국가 에 기부채납하고 장기간에 걸쳐 상각하는 사용수익기부자산에 대 해서는 같은 상각방법을 적용함이 타당한 것으로 보이는 점 등을 고려하여 보면 쟁점자산의 상각방법은 취득가액을 사용수익기간으로 균등하 게 안분한 금액을 각 사업연도의 손금에 산입하는 강 제상각 방식에 의 하여 하여야 할 것으로 판단된다. 따라서, 쟁점자산이 사실상 소멸한 2004사업연도에 손금산입할 쟁점자산의 미상각잔액은 한국전력공사가 쟁점자산을 취득한 시기부 터 강제상각에 의한 방법으로 손금계산하고 이를 차감하여 산정한 금액으로 하여야 할 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(3)에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 쟁점공사에 대하여 부당행위계산부인하여 과세한 경위를 보면, 청구법인이 OOO로부터 쟁점공사 를 위탁받아 2001.3.21.～2006.8.20. 기간 중 공사를 완료하여 OOO에 공 급하 고 자재 사급 비 8,741백만원, 도급비 1,626백만원, 간접공사비 1,463 백만원, 합 계 총공사비 11,830백만원을 2006사업연도에 수령하고 한 국전력공 사에게 세금계산서를 교부하였으나, 청구법인이 특수관계자인 OOO로부터 적정이윤을 수취하지 아니하였다 하여 부당행위 계산부 인(위탁수수료 미수취)하고 간접공사비를 산출하여 이윤율 10% (노 무 비, 경비, 일반관리비 합계액의 10%)인 213백만원을 2006사업 연 도에 익금산입하고 2006년 제2기 부가가치세 과세표준에 산입하였 다. (나) 청구법인은 OOO로부터 분할(2001.4.2)되기 이전인 2001.3.21. OOO의 내부조직인 OOO 에 체결된 OOO 건설업무위탁협약서’에 의거하 여 쟁 점공사를 수행한 것이므로 당초 약정은 내부조직간의 내부거래이어 서 “위탁수수료”가 발생할 여지가 없고, 분할이후에는 동 협약서 제2조 제2항 규정에 따라 OOO의 승계인인 청구법인이 동 협약상 의 권리·의무를 수행한 것이므로 부당행위계산부인대상이 될 수 없는 거래이며, 쟁점공사에 의해 완성된 송전용 전기설비는 OOO 의 소유이지만 생산된 전기를 판매하기 위하여 청구법인이 사용하는 시 설이어서 그 건설비용 전액과 시설의 운전유지비 및 철거비까지 청 구법인이 부담하게 되므로 쟁점공사는 청구법인이 자기시설을 공사 한 것과 같게 되어 공사비외에 위탁수수료를 붙여야 한다는 처분청의 논 리가 맞지 않다는 주장을 하고 있다.

(다) 살피건대, 청구법인은 OOO로부터 물적분할되 어 설립된 신설법인으로 법적으로 분할된 이후인 2006년에 쟁점공사를 완료한 후 완공된 시설물을 OOO에 기부하지 아니하고 쟁점 공사의 완공에 따른 대금을 정산하고 세금계산서를 수수한 점으로 보 아 쟁점공사 수행은 청구법인이 주장하는 공사부담금과는 별개의 행위라 할 것이고, 일반적인 상거래상 OOO가 제3자에게 쟁 점공사를 위탁하였을 시 이윤부분은 당연히 추가되어야 하는 점 등 을 고려하여 보면 처분청이 쟁점공사에 따른 위탁수수료를 수취하지 아니하였 다 하여 부당행위계산부인하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 조세심판관합동회의 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세 기 본 법」 제81조와 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규 정에 의하여 주문 과 같이 결 정한다.