청구법인이 수취한 계산서를 실물거래 없이 발행한 가공계산서로 보아 쟁점금액을 손금불산입하여 대표자 상여처분 후 근로소득세를 과세한 처분의 당부

세무서장의 조사 당시

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영농조합법인 대표자가 실물거래 없이 계산서를 발행한 사실을 인정하였고 이에 대하여 청구법인은 어떠한 법적 조치를 취한 사실이 없는 것으로 확인되는 점, 청구법인의 계좌 거래내역 사본을 보면 계산서의 공급일자에는 약재매매와 관련하여 계좌이체내역이 없고, 청구법인이 제출한 거래대금 인출 통장사본은 현금출납장과 일자ㆍ금액이 일치하지 아니하는 점, 생산자증명서의 생산자들이 위탁매매사실을 부인하거나 수령증에 기재된 거래품목을 생산하지 않는 것으로 조사되어 청구주장에 대한 증빙으로 제시된 생산자 증명 및 판매대금 수령증을 신뢰할 수 없는 점, 실물거래가 있었다는 청구주장과 관련하여 청구법인은 대금지급에 관한 금융자료ㆍ물품송장ㆍ상품수불부 등 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.8.1. OOO에서 ‘의료법인 OOO’이라는 상호로 한방병원을 운영하고 있는 법인사업자로, 2009～2012사업연도에 OOO으로부터 OOO원의 매입계산서를 발급받고, 위 매 입액을 당기 상품매입으로 손금계상하여 2009～2012사업연도 법인세를 신고 ·납부하였다.

나. OOO장은 OOO에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 OOO로부터 발급받은 매입계산서를 실물거래 없는 가공계산서로 확인하여 과세자료를 통보하 였고, 처분청은 이에 따라 매입계산서 상의 매입가액 중 OOO원을 손금불산입하고 대표자 OOO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지를 하였으나, 청구법인이 원천징수하여 자진 신고납부하지 아니하자 2015.2.9. 청구법인에게 2009년～2012년 원천징수분 근로소득세합계 OOO을 각 결정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.5.4. 이의신청을 거쳐 2015.9.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 약재의 매입과 관련하여서 실제 재배농민과 거래하였고 재배농민에게 증빙서류 및 계산서 수취를 할 수 없어 중개·알선 용역을 제공한 OOO으로부터 계산서를 사후에 발급받아 손금산입하였다. 또한, 거래의 직접 당사자인 재배농민이 작성하여 수취한 생산자증명 및 판매대금수령증, 확인서 등 청구법인이 소명한 내역이 있음에도 불구하고 실물거래임이 인정되지 않는다면 납세자 입장에서 가혹한 과세가 되어 실질과세원칙에 위배되는 것으로 판단된다. 한편, 청구법인은 OOO과 현금거래를 하였으나, OOO의 사업자등록 등을 확인하고 실제 사업 여부 등을 검토한 후 거래를 하는 등 거래 상대방에 대한 주의의무를 다한 후 실물거래를 하고 계산서를 적법하게 교부받았다. 따라서, 실물거래가 있었음에도 불구하고 손금불산입하여 대표자 상여로 처분 후 근로소득세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

OOO장의 조사 결과에 따르면 OOO의 대표자 OOO는 실물거래 없이 계산서를 발행한 사실을 확인하였고, 청구법인이 제출한 현금증빙서류 중 은행인출금액은 매입금액과 일치하지 않는 등 청구법인은 실물거래에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 수취한 계산서를 실물거래 없이 발행한 가공계산서로 보아 해당 금액을 손금불산입하여 대표자 상여처분 후 근로소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

(2) 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면, 청구법인은 2009 ～2012사업연도에 OOO으로부터 OOO원의 매입계산서를 발급받고, 위 매입액을 당기 상품매입으로 손금계상하여 법인세를 신고·납부하였고, 처분청은 OOO장의 과세자료에 따라 쟁점금액을 손금불산입하여 대표자 OOO에 대한 상여로 소득 처분하여 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 원천징수하여 자진 신 고납부하지 아니하자 청구법인에게 이 건 처분을 한 사실이 나타난다.

(2) OOO장의 OOO에 대한 조사내용(2013년 9월)을 보면, OOO은 과세분 소매매출 해당금액을 실제거래 없이 청구법인 등 거래처에 면세분 계산서로 가공발행한 사실이 나타나고, OOO장의 조사 당시 OOO 의 장부에는 위탁매매에 대한 판매수수료OOO 수익계상액은 없는 것으로 조사되었으며, 생산자 증명 및 판매대금 수령증에 기재된 생산자 김재열은 수령증에 기재된 오미자, 오가피, 천마 등을 재배하지 않으며 OOO에 위탁판매한 사실이 없음을 진술하였고, 청구법인의 계좌 거래내역을 조사한바, 계산서의 공급일자에는 약재매매와 관련하여 계좌이체내역이 없고, 청구법인은 당시 거래대 금을 법인계좌에서 인출하여 재배농민에게 직접 지급하였다고 주장하며 거래대금 인출 통장사본을 제시하였는데 현금출납장과 일자, 금액이 일치되지 아니하는 것으로 조사되었다.

(3) OOO장의 OOO에 대한 조사 당시 대 표자 OOO가 제출한 확인서(실물거래 없이 계산서를 발행하였음)에 의해 청구법인에게 불리한 이 건 처분이 과세되었음에도 청구법인은 OOO에 대하여 심리일 현재 손해배상청구 등 관련 법적 조치를 취한 사실이 없는 것으로 확인된다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구 법인은 거래당사자인 재배농민의 생산자 증명 및 판매대금 수령증 등을 제시하면서 실물거래가 있었으므로 쟁점금액을 필요경비로 공제하여야 한다고 주장하나, OOO장의 조사 당시 OOO 대표자 OOO가 실물거래 없이 계산서를 발행한 사실을 인정 하였고 이에 대하여 청구법인이 어떠한 법적 조치를 취한 사실이 없는 것으로 확인되는 점, 청구법인의 계좌 거래내역 사본을 보면 계산서의 공급 일자에 약재매매와 관련하여 계좌이체한 내역이 없고, 청구법인이 제출한 거래대금 인출 통장사본은 현금출납장과 일자, 금액이 일치하지 아니하는 점, 생산자증명서의 생산자들이 위탁매매사실을 부 인하거나 수령증에 기재된 거래품목을 생산하지 않는 것으로 조사되어 청구주장에 대한 증빙으로 제시된 생산자 증명 및 판매대금 수령증을 신뢰할 수 없는 점, 실물거래가 있었다는 청구주장과 관련하여 청구법인은 대금지급에 관한 금융자료, 물품송장, 상품수불부 등 객관적이고 구체적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다. 따라서, 처분청이 쟁점금액을 손금불산입하여 대표자 상여처분 후 청구법인에게 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.