비거주자인 청구인에 대하여 1세대 3주택 이상 주택소유 여부에 따른 중과세율 적용과 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분의 당부

거주자에 해당하지 아니하는 청구인의 경우 장기임대주택 양도에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하였다고 보기 어려움

1. 처분개요

가. 청구인은 모친 박OOO과 공동으로 소유한 OOO 소재 다세대주택 12호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2010.3.11. 남OOO과 김OOO에게 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였으나, 당초 신고시 쟁점주택이 1988년에 취득하여 10년 이상 임대한 장기주택임에도 장기보유특별공제 적용을 배제하고 중과세율을 적용하여 착오로 신고하였다며 2013.1.25. 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 청구인이 비거주자로「조세특례제한법」제97조의 장기임대주택 감면 및 다주택자 중과배제 요건을 충족하지 아니한 것으로 보아 2013.3.20. 청구인의 경정청구를 거부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.6.14. 이의신청을 거쳐 2013.10.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점주택은 2000.12.31. 이전에 임대를 개시한 주택으로 공동소유자인 박OOO의 장기임대사실을 처분청이 확인하여 양도소득세를 감면한 사실이 있고, 청구인이 비거주자일지라도「조세특례제한법」제97조의 장기임대주택 요건을 갖추고 있으므로 양도소득세 전액감면은 아니더라도 1세대 3주택 이상의 다주택자 중과대상에는 해당하지 아니하므로, 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 과세한 처분에 대한 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 쟁점주택을 보유한 사실은 확인되나 실제 임대에 공하였는지 여부를 확인할 수 있는 객관적 증빙이 없고, 쟁점주택을 1988년 신축하여 양도일까지 보유한 후 매매하여 1세대 3주택 이상의 다주택자에 해당하며,「조세특례제한법」제97조에 의한 장기임대주택 감면요건은 거주자에 한정하여 감면하는 것으로 규정하고 있으므로 장기보유특별공제 대상에서 제외되는 중과세율 적용대상에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점쟁점주택 양도에 따라 청구인에 대하여 1세대 3주택 이상 주택소유에 따른 중과세율 적용과 장기보유특별공제를 배제하여 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청 심리자료 등에 의하여 확인되는 사항은 다음과 같다.(가) 청구인은 쟁점주택을 각각 1988.7.20.과 1988.7.28. 2분의 1 지분으로 취득하여 2010.3.11. 양도하였음이 건축물대장 및 등기부등본으로 확인되며, 쟁점주택의 취득일부터 양도일까지의 기간 중 임대사업자등록을 한 사실이 확인되지 아니한다.(나)청구인은 비거주자로 2010.1.22. OOOOO OO OOOOO OOOO를 국내 체류지로 등록하고 있고 2000.1.1. 이후 출입국 내역 조회한 바, 단기 출입국 사실만 확인되는 비거주자로 확인되며, 이에 대하여는 다툼이 없다(다) 공동소유자(2분의1) 박OOO은 거주자로 쟁점주택 지분 양도와관련하여「조세특례제한법」제97조규정에 의거 100% 감면으로 사후결정 되었음이 양도소득세 결정결의서에 의하여 확인되며, 청구인의 경정청구 내역은 아래 <표>와 같다.<표> 청구인의 경정청구 내역

(2) 청구인은 청구인이 비거주자이기는 하나「조세특례제한법」제97조의 장기임대주택 요건을 갖추고 있으므로 다주택자 중과대상에서 제외하고 및 장기보유특별공제를 적용하여야 한다며 다음과 같이 주장한다. (가) 청구인은 쟁점주택을 양도하고 2010.3.15. 양도소득세를 신고·납부하면서 비거주자는「조세특례제한법」제97조에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면을 받지 못하는 경우 무조건 1세대 3주택이상자에 해당하여 양도소득세 중과대상인 것으로 보아 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 중과세율을 적용하여 양도소득세를 신고납부하였다면서 2013.1.25. 쟁점주택의 양도가 장기보유특별공제 미적용 및 중과대상에 해당하지 아니하므로 납부세액을 환급하여 달라며 경정청구를 제기하였다. (나) 쟁점주택은 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 주택으로「조세특례제한법」제97조의 임대사업자등록 요건 없이 양도소득세 전액감면 대상이어서 임대사업자등록을 할 필요가 없고, 쟁점주택의 공동소유자인 박OOO이 장기임대한 사실이 확인되어 양도소득세를 전액 감면받은 사실에의하여 10년 이상 임대하였다는 사실이 확인되며, 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 국민주택이므로「조세특례제한법」제97조에 의한 장기임대주택으로 양도소득세 감면대상에 해당하는 것으로, 청구인이 비거주자이기에 양도소득세 감면을 받지 못한다 하더라도 쟁점주택 자체는「조세특례제한법」제97조제1항의 규정에 의한 양도소득세 감면대상주택에 해당한다.

(다) 따라서, 쟁점주택은 당초 취득시부터 장기임대를 목적으로 신축하였을 뿐만 아니라 양도시까지 22년 동안 임대사업을 하다가 양도한 임대사업용주택이므로「조세특례제한법」제97조에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면대상에 해당하지 아니하더라도, 임대사업용 주택이므로 1세대 3주택 이상의 중과대상이 아니며,「소득세법」제121조(비거주자에 대한 과세방법)에서 비거주자에 대해서는 거주자와 같은 방법으로 과세한다고 규정하고 있으므로 쟁점주택의 공유자에 대해서는 양도소득세를 감면하면서도 청구인은 비거주자라는 이유로 양도소득세 감면 및 3주택 이상 다주택자로 보아 장기보유특별공제 배제와 중과세율 적용대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 부당한 것이다.

(3) 이에 대하여 처분청은 장기임대주택의 감면요건은 거주자에 한정하는 것이며 청구인은 다음과 같은 사유로 이에 해당하지 아니한다는 의견이다.(가) 청구인은 쟁점주택이 1988년 신축하여 양도일까지 10년 이상 임대한「조세특례제한법」제97조에 의한 장기임대주택이라고 주장하나, 청구인이 쟁점주택을 보유한 사실은 부동산 등기부 등에 의하여 확인되나, 청구인과 공동소유자는 쟁점주택이 고가주택으로 임대소득에 대해 종합소득세 납세의무가 있음에도 취득시부터 양도일까지 임대사업자등록을 한 적도 없고 임대소득에 대해 신고납부한 사실도 없어 10년 이상 장기임대를 하였다는 주장을 뒷받침할 수 있는 증빙서류를 제출하지 아니하였다.(나) 청구인은 쟁점주택을 1988년 신축하여 양도일까지 보유한 후 매매하여 1세대 3주택 이상의 다주택자에 해당하며, 쟁점주택이소득세법 시행령 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】에서 제외되는 제1항 제3호의 요건에 해당하는지 살펴본 바,「조세특례제한법」제97조·제97조의2 및 제98조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택으로 규정하고 있어 청구인은 이에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.(다) 또한, 청구인은 비거주자라는 이유로 1세대 3주택자로 보아 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제함은 부당하다고 주장하나, 비거주자인 청구인에 대해 거주자와 달리 차별적으로 과세한 사실이 없고 세법해석은 법문에 충실한 문리해석을 하여야 하므로「조세특례제한법」상 장기임대주택 감면요건에 해당하지 않는 청구인에게 다주택자 중과세율 적용하고 장기보유특별공제를 배제하는 것으로 거주자와 동일한 방법으로 과세한 것이다.

(4) 살피건대,「조세특례제한법」제97조제1항은 장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면 대상으로 거주자가 5년 이상 임대한 후 양도하는 주택을 규정하고 있고,「소득세법」제104조제1항 제4호에서는 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대하여 양도소득세 과세표준의 100분의 60을 양도소득세의 세율로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제167조의3 제1항 제3호에서는「조세특례제한법」제97조의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택은 양도소득세율 60% 중과대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바, 거주자에 해당하지 아니하는 청구인의 경우 장기임대주택 양도에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하였다고 보기 어려우므로 처분청이 쟁점주택의 양도와 관련하여 비거주자인 청구인에게 장기임대주택의 양도에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 다주택자 중과세율 적용 대상으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.