입주권 2개 중 어느 양도분이 비과세되는가?

1세대가 보유한 1주택이 주택재개발사업으로 조합원입주권 2개로 전환되었다. 이후 다른 주택을 취득해 세대원 전원이 이사하고, 그 취득일부터 3년 이내 입주권 2개와 청산금 권리를 함께 양도했다.

종전 1주택이 조합원입주권 2개로 전환되고 1주택을 취득한 후 조합원입주권 2개를 양도하는 경우 선양도분은 과세, 후양도분은 비과세 되는 것임

법령해석과-2961

위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 1세대가 보유한 소득세법 시행령 제154조제1항이 적용되는 1주택(주택부수토지 포함)이 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업지역에 포함되어 조합원입주권(같은 법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위) 2개로 전환되고 다른 주택을 취득하여 세대원 전원이 이사한 후 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 조합원입주권 2개와 청산금에 대한 권리를 함께 양도한 경우로서 당해 거주자가 선택하여 먼저 양도하는 조합원입주권 1개는 양도소득세가 과세되는 것이며, 나중에 양도하는 조합원입주권 1개의 양도소득은 소득세법 제89조제1항제4호나목에 따라 1세대1주택 비과세가 적용되는 것입니다.

위의 경우 일괄 양도한 조합원입주권 2개의 양도가액의 구분이 불분명한 때에는 소득세법 제100조제2항 및 같은 법 시행령 제166조제6항에 따라 안분계산하는 것입니다.

질의

1주택이 조합원입주권 2개로 전환되고 다른 주택을 취득한 뒤 입주권 2개와 청산금 권리를 함께 양도하는 경우 비과세 적용 여부 및 양도가액 계산방법.

회답

먼저 양도하는 조합원입주권 1개는 양도소득세가 과세되며, 나중에 양도하는 조합원입주권 1개의 양도소득은 소득세법 제89조제1항제4호나목에 따라 1세대1주택 비과세가 적용됩니다.

일괄 양도한 입주권 2개의 양도가액 구분이 불분명하면 소득세법 제100조제2항 및 같은 법 시행령 제166조제6항에 따라 안분계산합니다.

국세청 법령해석 사전-2017-법령해석재산-0528 (2017.10.20 회신), "입주권 2개 중 어느 양도분이 비과세되는가?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000325249/