비영리법인의 고정자산 처분은 과세되나?

비영리내국법인이 고정자산을 처분하였다. 해당 자산의 고유목적사업 직접 사용기간과 비사업용 토지 해당 여부 및 양도시기가 과세 판단의 조건이 되었다.

비영리내국법인의 고정자산으로 인한 수입은 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우를 제외하고 수익사업에 해당되며, 수익사업과 기타사업에 대해서는 구분경리를 하여야 하며, 처분한 고정자산이 비사업용 토지에 해당될 경우 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용됨

비영리내국법인의 고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입은 「법인세법」 제3조제3항제5호에 의하여 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이나, 해당 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상이 되지 않는 것입니다.

아울러, 처분한 고정자산이 같은 법 제55조의2제1항제3호에 의한 비사업용 토지에 해당되어 2009년 3월 15일 이전에 양도한 경우에는 당해 토지의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가 납부하여야 하는 것이나,

2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 상기의 규정을 적용하지 않는 것입니다(다만, 「소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역 안의 비사업용 토지를 양도한 경우에는 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 추가 납부함).

질의

비영리내국법인의 고정자산 처분수입과 비사업용 토지 양도소득에 대한 법인세 과세 여부.

회답

고정자산 처분수입은 「법인세법」 제3조제3항제5호에 따른 수익사업으로서 법인세 과세대상입니다. 다만, 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산은 과세대상이 아닙니다.

처분한 고정자산이 비사업용 토지이고 2009년 3월 15일 이전에 양도된 경우에는 양도소득의 100분의 30, 미등기 토지는 100분의 40을 곱한 세액을 추가 납부합니다. 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지의 양도소득에는 이를 적용하지 않지만, 지정지역 안의 비사업용 토지는 양도소득의 100분의 10을 곱한 세액을 추가 납부합니다.

국세청 법령해석 법인세과-836 (2009.07.22 회신), "비영리법인의 고정자산 처분은 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000136134/