GovBrief 국세자주 묻는 질문조세특례

합병으로 이전된 토지에 이월과세를 적용할 수 있나?

국세청 공식 회신문서번호 서면2팀-1221회신일 2004.06.14세목 조세특례회신 후 개정
1. 질문합병으로 이전된 토지에 이월과세를 적용할 수 있나?2. 공식 회신국세청 · 2004.06.143. 다툰 결과0건 직접 · 7건 조문 연결4. 현행 조문4개 근거 링크
한 줄 답 · 국세청 회신 2004.06.14

법에서 정한 합병 요건을 갖추면 특별부가세 이월과세를 적용받을 수 있다.

합병으로 소유권이 이전되는 토지 등의 양도차익에 특별부가세 이월과세가 가능한지 묻는다. 법에서 정한 합병 요건을 갖추면 특별부가세 이월과세를 적용받을 수 있다. 현물출자의 경우 관련 요건 충족 여부와 세목에 따라 과세이연 또는 이월과세 적용이 달라진다.

회신 당시 법령을 기준으로 한 국세청 공식 해석의 요약이다. 내 사정에 적용하려면 아래 원문 전문과 근거 조문, 회신 이후 개정 여부를 함께 본다.

인용 법령이 회신 이후 개정·시행됐다. 현재 조문과 대조가 필요하다. 회신 이후 개정 시행: 법인세법 시행령(2026.02.27 시행), 법인세법(2026.07.01 시행), 조세특례제한법(2026.07.01 시행) 회신일 기준 판단이며 이후 법령 개정·판례로 결론이 달라질 수 있다.

법제처 시행일별 원문 대조 · 2026.09.10 기준

회신 당시와 현재의 인용 규정이 직접 달라졌다

GovBrief 판단 이전 회신의 결론을 현재 사실관계에 그대로 적용하지 않는다.

인용 조문·항·호 중 2곳에서 문구 변경, 조문 이동 또는 삭제 신호를 확인했다. 아래 전후 문장의 요건·금액·기간·예외를 현재 사실관계에 다시 대입해야 한다.

문구 변경·이동 2 · 문구 동일 0 · 비교 불가 2
  1. 조문 이동·변경회신 당시 시행본 2004.01.29 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제44조 제1항: 제44조에서 제50조로 이동하고 회신 당시 4개 문장·단위에서 현재 1개로 바뀌었다(수정 1개 · 삭제 3개).

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(大統領令이 정하는 資産에 한한다)의 가액중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 대통령령으로 정하는 사업을 하는 내국법인이 2년 이상 그 사업에 직접 사용하던 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산(이하 이 조에서 "사업용자산"이라 한다)을 특수관계인 외의 다른 내국법인이 2년 이상 그 사업에 직접 사용하던 동일한 종류의 사업용자산(이하 이 조에서 "교환취득자산"이라 한다)과 교환(대통령령으로 정하는 여러 법인 간의 교환을 포함한다)하는 경우 그 교환취득자산의 가액 중 교환으로 발생한 사업용자산의 양도차익 상당액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다.

  2. 같은 번호의 규정 교체회신 당시 시행본 2003.11.30 → 현재 시행본 2026.07.01

    조세특례제한법 제38조 제1항: 회신 당시 제목은 ‘현물출자에 대한 과세특례’이지만 현재 같은 번호의 제목은 ‘주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례’이다. 같은 번호라도 다른 규정이므로 옛 회신 근거로 연결하지 않는다.

    무엇이 바뀌었나 종전의 삭제·수정 대상 문구와 현재의 신설·대체 문구를 직접 대조한다.

    종전: 삭제·수정 대상

    ①내국법인이 다음 각호의 요건을 갖춘 현물출자에 의하여 새로운 내국법인(獨占規制및公正去來에관한法律에 의한 持株會社 및 금융지주회사법에 의한 금융지주회사를 제외하며, 이하 이 조에서 "新設法人"이라 한다)을 설립하는 경우에는 그 출자로 인하여 취득한 신설법인의 주식가액중 현물출자로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입하여 과세를 이연받을 수 있다. 1. 신설법인의 설립등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 현물출자할 것 2. 주식 또는 대통령령이 정하는 자산을 현물출자할 것

    현재: 신설·대체 내용 (2026.09.10)

    ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유로 취득한 주식을 보유할 수 없거나 사업을 계속할 수 없는 경우에는 제2호 또는 제3호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 취득한 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수…

  3. 비교 불가회신 당시 시행본 2004.03.22 → 현재 시행본 2026.02.27

    법인세법 시행령 제140조 제10항: 회신일 당시 인용 단위를 정확히 찾지 못했다.

  4. 비교 불가회신 당시 시행본 2004.01.29 → 현재 시행본 2026.01.02

    법인세법 제140조 제10항: 회신일 당시 법령 버전에서 해당 조문을 정확히 찾지 못했다.

표시 문장은 법제처 공식 시행일별 원문을 기계적으로 대조한 결과다. 편집 판단은 변경된 규정을 다시 확인할 필요성을 설명하며 개별 세무·통관 자문이 아니다.

사실관계

법인이 합병으로 소멸하면서 토지 등의 소유권이 합병법인에 이전된다. 원문은 현물출자로 설립된 신설법인의 사업승계 여부에 관한 기존 회신도 함께 제시하였다.

질의요지

합병에 의해 소유권이 이전되는 토지 등의 양도차익은 특별부가세 이월과세를 적용받을 수 있는 것임

본문(원문)

귀 질의의 경우 법인이 합병으로 소멸하는 경우 법 소정의 요건을 갖춘 합병에 의해 소유권이 이전되는 토지 등의 양도차익에 대하여 특별부가세의 이월과세를 적용 받기 위하여 이월과세 신청서를 제출하여야 되는 지에 대하여는 우리 청의 기존 질의 회신 법인46012-3216, 1999.08.16 및 법인46012-19, 2002.01.26을 참고하기 바라며, 법인세법 제44조 제1항과 구 법인세법 시행령 제140조 제10항의 규정에 따라 특별부가세의 이월과세를 적용 받을 수 있는 것임.

붙임 :

※ 법인46012-3216, 1999.08.16

법인이 합병으로 인하여 소멸하는 경우에 법인세법 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 합병에 의하여 소유권이 이전되는 토지 등의 양도차익에 대하 여는 같은법시행령 제140조 제10항 규정에 따라 특별부가세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.

※ 법인46012-19, 2002.01.26

1. 질의 1의 경우와 같이 현물출자에 의하여 설립된 신설법인이 현물출자한 내국법인의 사업을 승계하지 아니한 경우에는 조세특례제한법 제38조 제1항의 규정에 의한 법인세과세이연을 적용받을 수 없는 것이며, 특별부가세의 경우에는 사업승계 여부에 관계없이 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것을 말함) 제38조 제1항의 요건을 충족하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.

2. 또한 질의 2의 경우와 같이 조세특례제한법 제38조 제1항에서 규정하는 이월과세적용을 받은 경우 동법 동조 제4항 각호의 사유가 발생하더라도 이월과세된 특별부가세를 추징할 수 없고 신설법인이 동 부동산을 양도하는 경우 과세되는 것임.

1. 질의 1의 경우와 같이 현물출자에 의하여 설립된 신설법인이 현물출자한 내국법인의 사업을 승계하지 아니한 경우에는 조세특례제한법 제38조 제1항의 규정에 의한 법인세과세이연을 적용받을 수 없는 것이며, 특별부가세의 경우에는 사업승계 여부에 관계없이 조세특례제한법(2001.12.29. 법률 제6538호로 개정되기 전의 것을 말함) 제38조 제1항의 요건을 충족하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있는 것임.

2. 또한 질의 2의 경우와 같이 조세특례제한법 제38조 제1항에서 규정하는 이월과세적용을 받은 경우 동법 동조 제4항 각호의 사유가 발생하더라도 이월과세된 특별부가세를 추징할 수 없고 신설법인이 동 부동산을 양도하는 경우 과세되는 것임.

정제 정리

질의

법정 요건을 갖춘 합병으로 소유권이 이전되는 토지 등의 양도차익에 특별부가세 이월과세를 적용할 수 있는지 여부.

회답

법인세법 제44조 제1항과 구 법인세법 시행령 제140조 제10항에 따라 특별부가세의 이월과세를 적용받을 수 있다.

1. 현물출자로 설립된 신설법인이 현물출자한 내국법인의 사업을 승계하지 않은 경우 법인세과세이연을 적용받을 수 없으나, 특별부가세는 사업승계 여부와 관계없이 관련 요건을 충족하면 이월과세를 적용받을 수 있다.

2. 이월과세 적용 후 관련 사유가 발생하더라도 이월과세된 특별부가세를 추징할 수 없고, 신설법인이 해당 부동산을 양도하는 경우 과세된다.

원문이 참조한 다른 해석

같은 법령·조문을 다룬 심판결정

공통 조문을 다뤘다는 구조 연결이다. 동일 질문·동일 사실관계·동일 결론을 뜻하지 않는다.

관련 해석

이 답을 인용할 때

국세청 법령해석 서면2팀-1221 (2004.06.14 회신), "합병으로 이전된 토지에 이월과세를 적용할 수 있나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000079235/

출처·편집 정보

원문
국가법령정보센터 국세청 회신 목록(기관 원문 연결) (식별자 010000000000079235)
원 제목
합병에 의한 양도차익의 특별부가세 이월과세 적용 여부
공개 등급
공개 후보 · 검색 색인 대상
편집
질문형 제목·3문장 요약·사실관계·정제 정리는 정제 파이프라인 산출물(원문 근거 계약 검사 통과). 법령 해소·현행성은 규칙 기반. 조문 링크는 govbrief.kr에 조문 페이지가 있는 것만 연결.
갱신
2026-09-10
원문 출처: 국가법령정보센터(법제처)·국세청·조세심판원. 법령해석 요약은 원문에서 선별한 문장이고, 심판결정은 공식 주문·재결요지·이유를 그대로 싣는다. 현행성 표시는 인용 법령의 개정·폐지 여부를 법령 DB와 대조한 결과다. 편집 가공물은 법적 효력이 없다. · 전문가 연결 문의 · llms.txt · RSS · sitemap