비영리법인의 부동산 양도에 법인세가 과세되나?

비영리내국법인이 수익사업을 영위하지 않으면서 보유 중인 부동산을 양도하는 경우이다. 질의에는 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지와 건물의 취득가액 산정도 포함되어 있다.

수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인의 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분이익은 과세되지 않음

귀 질의1)의 경우 비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것이며,

이 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것입니다.

귀 질의2)의 경우 비영리내국법인이「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 구 「법인세법」부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물을 양도하는 경우 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있는 것입니다.

질의

1. 수익사업을 영위하지 않는 비영리내국법인이 보유 부동산을 양도할 때의 과세 여부.

2. 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물의 취득가액 산정방법.

회답

1. 비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있다. 다만, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 생기는 수입에는 법인세가 과세되지 않는다. 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단한다.

2. 비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 구 「법인세법」부칙(1998.12.28. 법률 제5581호) 제8조 제2항의 본문 단서규정에 의거 1990.12.31. 이전에 취득한 수익사업용이 아닌 토지 및 건물을 양도하는 경우, 취득가액은 장부가액과 1991.1.1. 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 및 같은법 제61조 제1항 내지 제3항의 가액으로 평가한 가액 중 큰 금액으로 할 수 있다.

국세청 법령해석 서면인터넷방문상담2팀-227 (2007.01.31 회신), "비영리법인의 부동산 양도에 법인세가 과세되나?", GovBrief 국세, https://tax.govbrief.kr/d/nts_cgm/010000000000041749/