국가 공익사업으로 수용되어 양도한 토지에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부 및 양도소득세가 과다하게 산출되었다는 주장의 당부(기각)

양도차익은 100% 감면되는 부분도 포함하여 산정되는 것이고, 납부할 세액은 산출세액에서 감면세액을 차감하여 산정하는 것이므로, 토지의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당한 것임

1. 처분개요

가. 청구인은 2009.12.8. OOOO OOO OOO OOO OOOOO외 3필지 토지 3,963㎡ 및 같은곳 143-1 토지 486㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 OOOOOOOOO에 양도하고, 2010.1.21. 같은곳 77 토지 279㎡, 같은곳 143 토지 522㎡(이하 “쟁점②토지”라 하고, 쟁점①토지를 합하여 “쟁점토지”라 한다)를 OOOOO에 양도한 후, 116-4외 3필지의 토지는 8년 이상 자경농지로, 쟁점①토지는 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면(20%)으로 신고하고, 같은곳 77 및 쟁점②토지에 대해서는 양도소득세를 신고하지 아니하였다.

나. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고시 쟁점①토지는 감면세액이 과다하게 계상되었고, 쟁점②토지는 신고누락한 것으로 보아 2010.12.8. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 1,554,850원(2011.2.23. 471,130원을 감액 경정함), 2010년 귀속 양도소득세 475,380원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점토지는 공익목적에 의하여 강제로 수용되었고, 청구인은 쟁점토지 등을 직접 경작하였음에도 그 소유기간이 8년 미만이라는 이유만으로 양도소득세를 과다하게 산정하여 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 수용된 토지 중 8년 이상 자경농지로 100% 감면되는 토지를 제외하고 쟁점토지는 양도차익이 약 15,000,000원에 불과함에도 양도소득세를 과다하게 산정하여 부당하다는 주장이나, 양도차익은 100% 감면되는 부분도 포함하여 산정되는 것이고, 납부할 세액은 「소득세법」제90조 의 규정에 의하여 산출세액에서 감면세액을 차감하여 산정하는 것이므로 쟁점토지의 양도에 대하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 국가 공익사업으로 수용되어 양도한 토지에 대하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부 및 양도소득세가 과다하게 산출되었다는 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 소득세법 제90조【양도소득세액의 감면】 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

(2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 「보금자리주택 건설 등에 관한 특별법」등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

(3) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점토지 등을 양도하고 자경농지 및 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면으로 신고한 데 대하여, 처분청은 쟁점①토지는 감면세액이 과다하게 계상되었고, 쟁점②토지는 청구인이 신고누락한 것으로 보아 양도소득세를 경정·고지하였다. OOOOOOOO OOOOO OO OO OOOOO OOOOOOOO (OO O OO)

(2) 쟁점토지 등에 대한 양도소득세 감면 검토조서 등에 의하면, 청구인이 2009.12.8., 2010.1.21. 양도한 토지 중 쟁점①·②토지는 그 취득일이 2005.5.15., 2005.6.3.로 공익사업용 토지에 대한 감면대상(20%)이고, 나머지 토지는 8년 이상 자경농지에 대한 감면대상(100%)으로 나타난다.

(3) 양도소득세액의 감면 규정인 「소득세법」제90조 는 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법 외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조 제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조 제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하는 것으로 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 양도소득세가 과다하게 산정되어 부당한 것으로 주장하고 있으나, 청구인은 2009.12.8. 쟁점①토지를 양도하고 감면세액을 과다하게 산정하여 양도소득세를 신고하였고, 2010.1.21. 양도한 쟁점②토지에 대해서는 양도소득세를 무신고하였으므로, 처분청이 양도세액의 감면규정인 「소득세법」제90조 에 따라 쟁점토지의 양도소득세 감면세액을 산출하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.