도급계약서상 취득가액을 실지거래가액으로 할 수 있는지 여부(경정)

건물을 신축할 당시 체결한 도급계약서를 진실한 것으로 보아 신고한 취득가액을 실지거래가액으로 인정할 수 있는지 여부

1. 처분개요

청구인은 1988.8.22 경상남도 OO시 OO동 OOOOO 대지 218.4m2(당초 같은 곳 OOOOO에서 토지구획사업으로 변경됨. 이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하고, 1993.9.15 청구외 (주)OO종합건설과 공사도급계약을 체결하여 1994.4.11 지하1층 지상4층 연면적 582.84m2의 상가건물(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 소유권보존등기를 경료한 후 부동산임대업을 영위하다가, 1999.12.14 청구외 이OO에게 쟁점부동산을 양도하는 계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 수령한 후, 2000.1.25 부동산임대업 폐업신고를 하고, 2000.1.31 소유권 이전등기를 한 다음, 실지거래가액(취득가액 211,900,000원, 양도가액 270,000,000원)으로 쟁점부동산의 양도소득세 예정신고를 하였다. 처분청은 쟁점부동산의 거래가액에 대한 실지조사 결과, 청구인이 신고한 취득가액은 신빙성이 있으나, 양도가액이 사실과 다르다고 보고 처분청에서 확인한 양도가액 490,000,000원으로 양도차익을 산정하여, 2001.7.5 청구인에게 2000년도 귀속분 양도소득세 65,792,240원을 결정고지하고, 아울러 쟁점건물의 양도에 대해 사업용자산의 공급으로 보아 1999년도 제2기분 부가가치세 9,534,110원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.8.13 이의신청을 거쳐 2001.11.29 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점부동산을 양도하면서 취득·양도가액을 사실과 다르게 신고하였는 바, 양도가액은 처분청이 확인한 금액이 사실임을 인정하나 취득가액의 경우는 쟁점건물의 도급공사금액이 당초 신고한 122,900,000원이 아닌 300,000,000원이므로 이에 의하여 과세하여야 한다.

(2) 예비적 청구로서, 이 건은 청구인이 당초 신고한 실지거래가액이 인정되지 않은 경우이므로 양도차익의 산정에 있어 기준시가를 적용하여야 함에도 처분청에서 확인한 실지거래가액으로 과세하는 것은 부당하다.

(3) 청구인은 부동산임대업을 폐업한 상태에서 쟁점건물을 양도하였고, 부동산임대업 간이과세자로서 부가가치세를 전가할 수 없으므로 쟁점건물의 양도에 대해 사업용 자산이 아닌 폐업시 잔존재화로 보아 과세하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점건물의 도급공사금액이 300,000,000원이라고 주장하나, 건축비 지급과 관련하여 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 쟁점건물의 설계·감리를 담당했던 OO종합건축사무소에서 확인해 준 공사금액이 청구인이 당초 신고한 금액과 유사하게 나타나며, 현장확인 결과 쟁점건물의 외관상 신축에 추가적인 비용이 소요되었다고 볼 수 없으므로 쟁점건물의 도급공사금액은 청구인이 당초 신고한 122,900,000원이 타당하다.

(2) 청구인은 기준시가로 과세할 것을 주장하나, 이 건은 청구인이 당초 실지거래가액으로 신고한 경우로서 세무조사를 통해 실지거래가액이 확인되므로 확인된 실가를 적용하여 양도차익을 산정하여 과세하는 것이 정당하다.

(3) 청구인은 쟁점건물을 폐업시 잔존재화라고 주장하나, 청구인이 폐업하기 이전에 이미 쟁점건물의 거래가액과 양수자가 확정되고, 중도금까지 지급되어 부가가치세의 전가가 가능한 경우이므로 이를 사업용 자산으로 보아 과세하는 것이 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구인이 주장하는 쟁점부동산의 취득가액을 인정할 수 있는지의 여부,

(2) 예비적 청구로서 쟁점부동산의 양도차익 산정시 기준시가 적용대상인지의 여부,

(3) 쟁점건물의 양도를 폐업시 잔존재화가 아닌 사업용자산의 공급으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 취득가액 및 양도가액 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득 제96조【양도가액】

① 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 당해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액 가. 제94조 제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조 제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다. 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하여야 한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 소득세법시행령 제176조의 2 【추계결정 및 경정】

① 법 제114조 제5항에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

(2) 폐업시 잔존재화 관련법령 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. 제9조【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때 부가가치세법시행령 제21조 【재화의 공급시기】

① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.(각호 생략) 제49조【자가공급 등에 대한 과세표준의 계산】

① 과세사업에 공한 재화가 소득세법시행령 제62조 또는 법인세법시행령 제24조 에 규정된 감가상각자산에 해당하는 경우에 당해 재화를 법 제6조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 공급으로 보는 때에는 다음 각호의 산식에 의하여 계산된 금액을 당해 재화의 시가로 본다.(이하 생략)

1. 건물 또는 구축물 당해 재화의 취득가액 × (1-10/100 × 경과된 과세기간의 수) = 시가

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1988.8.22 쟁점토지를 취득하여 동 지상에 1994.4.11 쟁점건물을 신축한 후 부동산임대업을 영위하다가, 1999.12.14 청구외 이OO에게 쟁점부동산을 양도하는 계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 수령한 후 2000.1.25 부동산임대업 폐업신고를 하고, 2000.1.31 소유권 이전등기를 한 다음, 실지거래가액(취득가액 211,900,000원, 양도가액 270,000,000원)으로 쟁점부동산의 양도소득세 예정신고를 하였으며, 처분청은 쟁점부동산의 양도에 대한 실지조사 결과, 청구인이 신고한 취득가액은 신빙성이 있으나, 양도가액은 양수자 이OO가 운영하는 병원장부상 반영된 취득가액과 조사당시 확보한 실지계약서상 가액이 490,000,000원으로 확인됨에 따라, 청구인이 신고한 양도가액이 사실과 다르다고 보고, 쟁점부동산의 양도가액을 490,000,000원으로 하여 양도소득세를 결정고지하는 한편, 쟁점건물의 양도에 대하여 이를 사업용자산의 공급으로 보아 부가가치세를 결정고지하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

쟁점토지의 취득가액이 89,000,000원이라는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으나, 청구인은 쟁점건물의 도급공사금액은 당초 청구인이 신고한 122,900,000원이 아닌 300,000,000원이므로 이에 의하여 양도차익을 산정하여 과세하여야 한다고 주장하면서, 건축공사표준도급계약서(1993.9.15), 확인서(2001.8.26), 인근건물 공사도급계약서(1993.10.24), 일반건축물대장 등을 제출하고 있는 바, 청구인이 제시한 확인서(2001.8.26)는 쟁점건물의 신축공사를 담당했던 (주)OO종합건설의 이사 손OO이 작성한 것으로서, 그 내용은 총공사금액을 300,000,000원(설계비 포함)으로 계약하여 준공하였다고 되어 있고, 건축공사표준도급계약서(1993.9.15)에 의하면 쟁점건물의 도급금액이 300,000,000원으로 되어 있으며, 쟁점토지 소재지 근처의 경상남도 OO시 OO동 OOOOO에 소재한 근린상가건물의 공사도급계약서(1993.10.24)에 의하면, 전체 공급가액이 651,000,000원이고 평당 도급금액이 1,852,000원으로, 이는 청구인이 주장하는 쟁점건물의 평당도급금액 1,700,000원에 근사한 것으로 되어 있으나, 국세통합전산자료에 의하면 쟁점건물의 신축을 담당한 (주)OO종합건설은 쟁점건물 신축과 관련한 공급가액을 청구인이 당초 취득가액이라고 신고한 122,900,000원으로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 확인되고, 쟁점건물의 설계 및 감리를 담당했던 OO종합건축 소속 건축사 마OO과 박OO이 작성한 확인서(2001.10.15, 2001.10.12)에 의하면, 1993년 당시 쟁점건물의 평당 건축비가 800,000원～1,000,000원 내외임을 확인하고 있어 청구인이 주장하는 평당 가액 1,700,000원과는 현저한 차이가 있으며,

청구인이 당초 처분청에 제출한 건설공사표준도급계약서(1993.10.13)에는 쟁점건물의 도급금액이 122,900,000원으로 기재되어 있고, 청구인은 달리 공사대금 지급과 관련된 금융자료 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로, 쟁점건물의 신축 공사도급금액이 300,000,000원이라는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다. 처분청은 이 건이 당초 실지거래가액으로 신고된 사안이고 실지조사를 통해 실가가 확인되었으므로 확인된 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세하여야 한다고 하나, 소득세법 제96조 제1항 제6호 및 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 법 제94조 제1호 등의 규정에 의한 자산의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도당시 기준시가에 의하되, 다만 양도자가 실지거래가액을 증빙서류와 함께 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 예외적으로 실지거래가액을 적용할 수 있도록 규정하고 있는 바, 위의 각 규정은 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익을 산정함에 있어서 종래의 실지거래가액 과세원칙으로부터 기준시가 과세원칙으로 전환하였음을 선언한 것으로서 실질과세의 예외를 인정한 취지로 해석되는 것이므로, 일정한 자산을 양도한 경우에 양도자가 실지거래가액이라 하여 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되는 경우 당해 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 그와 같은 신고가 없거나 신고가 있었다 하더라도 당해 신고한 실지거래가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하면 그 때는 다시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 비록 조사 등에 의하여 달리 실지거래가액이 확인되다 하더라도 그 확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것은 아니라 할 것이다(대법원 2000두314, 2000.7.28, 국심2001중513, 2001.7.14 합동회의외 다수 같은 뜻).

따라서 청구인이 신고한 쟁점부동산의 실지거래가액이 사실로 인정되지 아니하는 이 건의 경우, 처분청이 양도소득 과세표준과 세액을 경정함에 있어서 취득 및 양도당시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것임에도 확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 양도소득세를 부과한 처분은 위 법리를 오인한 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 쟁점(3)에 대하여 본다. (가) 청구인은 부동산임대업을 폐업한 상태에서 쟁점건물을 양도하였고 부동산임대업 간이과세자로서 부가가치세를 전가할 수 없으므로 쟁점건물을 폐업시 잔존재화로 보아 과세하여야 한다고 주장하면서, 폐업사실증명원(2001.7.25), 폐업신고서(2000.1.25), 부동산임대공급가액명세서 등을 제출하고 있는 바, 폐업사실증명원(2001.7.25), 폐업신고서(2000.1.25)에 의하면, 청구인은 1993.10.15부터 쟁점건물에서 부동산임대업을 영위하다가 1999.12.30 폐업하고 처분청에 2000.1.25 신고한 것으로 확인되며, 부동산임대공급가액명세서에 의하면 쟁점건물에 입주해 있던 OO카세트와 OO화재는 각각 1999.7.31과 1999.12.30 퇴거한 것으로 확인되고 있다. (나) 처분청에서 조사 당시 확보한 쟁점부동산매매계약서(1999.12.14, 청구인도 이를 실제계약서로 인정)에 의하면, 매매대금은 총 490,000,000원으로 아래와 같이 매매대금을 지급하는 것으로 되어 있는 바,

계약금

중도금

잔금

총매매대금

지급시기

1999.12.14

1999.12.23

2000.1.30

-

금액(원)

59,000,000

200,000,000

231,000,000

490,000,000

이를 볼 때 청구인은 1999.12.14 쟁점건물의 양도계약을 체결하고 1999.12.23 중도금까지 수령한 상태에서 1999.12.30 부동산임대업을 폐업하고 2000.1.31 소유권을 이전해 준 것으로 확인된다. (다) 재화가 폐업시 잔존재화에 해당되는지의 여부는 거래된 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래되었느냐와 관련이 있으므로 폐업과 관련한 부가가치세법상의 공급시기에 대하여 살펴보면, 부가가치세법 제9조 제1항에서 공급시기에 관한 원칙을 정하고, 동조 제4항의 위임에 따라 동법시행령 제21조 제1항 각호에서 거래형태에 따른 개별적인 공급시기를 정하면서, 단서에서 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 보도록 규정하고 있는 바, 이는 폐업전에 공급받을 자와 공급가액이 정해져서 부가가치세의 전가가 이루어질 수 있고, 따라서 이러한 경우에는 당사자간의 거래가액을 기준으로 한 과세표준이 계산되어 과세되어야 하는데도 단지 동항 각호에서 정한 시기가 폐업일 이후에 도래하였다는 이유로 폐업시 잔존재화로 과세하는 것은 폐업시 잔존재화에 대한 과세취지에도 어긋날 뿐만 아니라 거래실질 내용과도 부합하지 아니하기 때문에 폐업일을 공급시기로 하여 당사자간의 거래가액을 기준으로 과세하기 위함이라고 해석된다(국심1990서2553, 1991.5.2 합동회의 외 다수 같은 취지).

(라) 이 건의 경우 청구인은 1999.12.14 쟁점건물을 포함한 쟁점부동산을 양도하는 계약을 체결하고 계약금 및 중도금을 수령한 상태에서 1999.12.30 부동산임대업을 폐업하고 2000.1.30 잔금을 수령한 후 2000.1.31 소유권을 이전한 것으로 확인되는 바, 이는 폐업일전에 거래상대방과 거래가액이 확정되고, 따라서 폐업일 이전에 건물에 대한 부가가치세를 상대방에게 전가시킬 수 있었다고 할 것이므로 이러한 경우에는 폐업시 잔존재화로 하여 그 공급시기 및 과세표준을 계산하는 것이 아니라 폐업일을 공급시기로 하고 그 거래가액을 기준으로 과세표준을 계산함이 타당하다 할 것이다. (마) 또한, 청구인은 부동산임대업 간이과세자로서 부가가치세를 전가할 수 없는 위치에 있다고 주장하나, 이 건 처분은 부동산임대업에 대한 것이 아니라 사업용 자산의 양도에 대한 것으로서, 청구인은 부동산임대와는 별개로 쟁점건물의 양도에 대하여는 양수자에게 부가가치세를 전가할 수 있는 것이므로 이에 대한 청구주장 역시 이유없다 할 것이다. 따라서 처분청에서 쟁점건물을 폐업시 잔존재화가 아닌 사업용자산의 공급으로 보아 당사자간의 거래가액을 기준으로 과세표준을 계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.