중소기업특별감면세액을 계산함에 있어서 제조업의 소득금액과 결손이 발생한 도·소매업의 소득금액을 통산할 것인지 여부(기각)

2개 이상의 감면대상사업 중 일부의 감면대상사업에서 결손이 발생한 경우 다른 감면대상사업의 소득금액과 통산하여 감면세액을 계산하는 것으로, 제조업의 소득금액과 결손이 발생한 도·소매업의 소득금액을 통산하여 중소기업특별감면세액을 계산한 것은 타당한 것임

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOOOO OOO OOO OOOOOO에서 P.E.T 식품용기를 생산하는 제조업과 OOOOO OOO OO OOO에서 석유류를 판매하는 도·소매업 및 부동산임대업을 영위하는 업체로, 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 구분경리한 제조업의 소득금액 1,040,600,760원, 도·소매업의 소득금액 △497,108,542원, 부동산임대업의 소득금액 635,129,391원(각 사업연도의 소득금액은 1,178,621,609원임) 중 제조업의 소득금액 1,040,600,760원을 중소기업특별세액감면대상으로 보아 중소기업특별감면세액을 37,433,314원으로 계산한 후, 이를 자진납부할 법인세액에서 차감하였다 .

나. 처분청은 제조업의 소득금액 1,040,600,760원과 도·소매업의 소득금액 △497,108,542원을 통산한 543,492,218원을 중소기업특별세액감면대상으로 보아 중소기업특별감면세액을 19,550,932원으로 계산한 후, 청구법인이 계산한 금액과의 차액을 경정하여 2009.6.10. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 22,125,870원을 고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.8.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

법인세의 감면비율이 서로 다른 2개 이상의 사업을 겸영하는 경우에는 법인세법 제59조 제2항에 의하여 감면대상사업의 소득별로 감면비율을 적용하여 감면세액을 계산하는 것이 타당하다(OOO OOOO OOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO). 따라서, 처분청이 제조업의 소득금액과 결손이 발생한 도·소매업의 소득금액을 통산하여 중소기업특별감면세액을 계산한 것은 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

2개 이상의 감면대상사업 중 일부의 감면대상사업에서 결손이 발생한 경우 다른 감면대상사업의 소득금액과 통산하여 감면세액을 계산함이 타당하다(OOO OOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO). 따라서, 제조업의 소득금액과 결손이 발생한 도·소매업의 소득금액을 통산하여 중소기업특별감면세액을 계산한 것은 적법·타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점 법인세의 감면대상사업인 제조업과 도·소매업을 겸영하는 청구법인의 중소기업특별감면세액을 계산함에 있어서 제조업의 소득금액과 결손이 발생한 도·소매업의 소득금액을 통산할 것인지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업 에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다 . (단서생략)

1. 감면업종 가. 제조업 사. 도매업 아. 소매업

2. 감면비율 가. 대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조에서 “소기업”이라 한다)이 도매 및 소매업, 의료업, 자동차정비업 및 관광산업(이하 이 조에서 “도매업 등”이라 한다)을 영위하는 사업장 : 100분의 10 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 30 바. 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장 : 100분의 15

(2) 조세특례제한법 시행령 제6조 【중소기업에 대한 특별세액감면】

⑤ 법 제7조 제1항 제2호 가목에서 “대통령령으로 정하는 소기업”이란 중소기업 중 제2조 제1항 제1호의 규정에 의한 상시 사용하는 종업원 수가 다음 각 호의 요건을 충족하는 기업을 말한다. 다만, 매출액이 100억 원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다.

1. 제조업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 100명 미만일 것

3. 기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우에는 10명 미만일 것

(3) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각 호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(괄호생략)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다.

1. 각 사업연도의 소득에 대한 세액감면 (면제를 포함한다)

2. 이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제

3. 이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업연도 중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다.

② 제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(괄호생략)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율 (100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액( 감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액 )으로 한다.

(4) 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】

① 법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 “공제액 등”이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각 호의 금액을 공제한 금액으로 한다 .

1. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액전액

2. 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2007.3.31. 처분청에 제출한 2006사업연도(2006.1.1.～2006.12.31.) 법인세 과세표준 및 세액조정계산서에 첨부되어 있는 소득구분계산서, 공제감면세액계산서, ‘중소기업특별세액감면신청서’의 기재내용을 보면, 청구법인이 법인세의 감면대상사업별로 구분하여 경리한 제조업의 소득금액 1,040,600,760원, 도·소매업의 소득금액 △497,108,542원, 부동산임대업의 소득금액 635,129,391원(각 사업연도소득금액은 1,178,621,609원임) 중 제조업의 소득금액 1,040,600,760원을 중소기업특별세액감면대상으로 보아 2006사업연도의 중소기업특별감면세액을 37,433,314원으로 계산하여 신고한 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 청구법인에 대한 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액 ‘경정결의서’를 보면, 처분청은 제조업의 소득금액 1,040,600,760원과 도·소매업의 소득금액 △497,108,542원을 통산한 금액 543,492,218원을 중소기업특별세액감면대상 소득금액으로 계산하여 중소기업특별감면세액을 19,550,932원으로 경정한 사실이 확인된다.

(3) 청구법인은 법인세의 감면비율이 서로 다른 2개 이상의 사업을 겸영하는 경우에는 법인세법 제59조 제2항에 의하여 감면대상사업의 소득별로 감면비율을 적용하여 감면세액을 계산함이 타당하다고 주장하지만, 첫째, 청구법인은 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 바목 즉, 중기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종 중 도매업 등을 제외한 업종을 영위하는 사업장의 감면비율인 100분의 15를 적용하여 감면세액을 계산한 점, 둘째, 법인세법 제59조 제1항 제1호에서 “법인이 납부할 법인세액에서 각 사업연도의 소득에 대한 감면세액을 차감한다”고 규정한 점, 셋째, 법인세법 시행령 제96조 제1항 제1호에서 “법 제59조 제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 공제액 등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액을 공제한 금액으로 한다”고 규정한 점 등을 감안하면, 처분청이 제조업의 소득금액과 결손이 발생한 도·소매업의 소득금액을 통산하여 2006사업연도 중소기업특별감면세액을 계산한 것은 타당하다 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 청구법인이 과다하게 신고한 중소기업특별감면세액을 경정하여 법인세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.