벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로 보아 양도세 과세특례를 적용 할 수 있는지 여부(기각)

청구인이 출자당시 벤처기업으로 확인받거나 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업이 아니어서 양도소득세 과세특례적용대상으로 보기 어려움

1. 처분개요

가.청구인은 2001.4.2. 온라인 게임개발 및 서비스업체인 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)설립시 출자자로 참여하여 52,000주(액면가액 1주당 500원)를 취득하고 2005.3.7. 주식발행초과금의 자본전입에 의한 무상증자시 141,566주를 취득하여 합계 193,566주를 보유하다가, 2006.5.30. 그 가운데 123,683주를 양도후 2006.8.31. 양도소득세 235,468,060원을 예정신고·납부하고, 2008.8.29. 추가로 60,921주를 양도후 2008.12.1. 양도소득세 2,158,775,770원을 예정신고·납부한 다음(이하 양도주식 모두를 “쟁점주식”이라 한다), 2009.3.5. 쟁점주식은「조세특례제한법」제14조에 의거 양도소득세 과세 대상이 아니라 하여 이미 예정신고·납부한 양도소득세 전액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

나.처분청은 2009.4.29. 청구인이 OOO에 출자할 당시 그 법인은 벤처기업이 아니었으므로 쟁점주식은「조세특례제한법」제14조의 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라 하여 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지하였다.

다.청구인은이에 불복하여 2009.6.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인이 OOO에 출자 후 그 법인이 3년 이내에 벤처기업으로 등록되었으므로 쟁점주식은「조세특례제한법」 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상이다.

나. 처분청 의견

청구인이 OOO에 출자 당시 그 법인은 벤처기업이 아니었으므로 쟁점주식은「조세특례제한법」 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식은「조세특례제한법」 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

(1)조세특례제한법 제13조【중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세】

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 출자는 중소기업창업투자회사ㆍ벤처기업출자유한회사 또는 신기술사업금융업자가 직접 또는 중소기업창업투자조합, 한국벤처투자조합, 신기술사업투자조합 및 부품ㆍ소재전문투자조합을 통하여 다음 각호의 1에 해당하는 방법으로 창업자ㆍ신기술사업자 또는 벤처기업의 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

1. 당해 기업의 설립시에 자본금으로 납입하는 방법

2. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법

3. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금의 자본전입에 의하는 방법

4. 당해 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무의 자본전환에 의하는 방법제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는「소득세법」 제94조제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. (단서 생략)

4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분(2)조세특례제한법 시행령 제12조【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】

① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다.

1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것(3)소득세법 제94조【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득다. 주권상장법인 또는 코스닥상장법인이 아닌 법인의 주식등

다. 사실관계 및 판단

(1)쟁점주식을 발행한 OOO은 2001.4.2. 온라인 게임 개발 및 서비스업을 주요 사업으로 하여 설립되었으며, 2002.6.3. 벤처기업으로 등록된 사실이 OOOOOOOOO OOOOOOOOOOO(OOOOOOOOO)에 의하여 확인된다.

(2)청구인의 쟁점주식에 대한 양도소득세 신고납부현황은 다음과 같다.(O, OOO)(3)청구인은OOO의 창업시에 출자후 3년 이내에 동 법인이 벤처기업으로 등록되었으므로 쟁점주식을「조세특례제한법」제14조의 규정에 의한 벤처기업에 대한 출자로 보아야 한다는 주장이고, 처분청은 청구인이 쟁점주식 출자 당시OOO이 벤처기업으로 등록되거나 전환한지 3년 이내인 벤처기업이어야 양도소득세 과세특례 적용대상이라는 의견이다.

(4)「조세특례제한법」제14조제1항 및같은법 시행령 제12조제1항의 내용을 보면 “창업후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대해 출자한 주식 또는 출자지분을 그 출자일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 양도소득세 과세특례가 적용된다.”고 규정하고 있는 바, 법인 설립 후 3년 이내에「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조제1항의 규정에 따른 벤처기업으로 전환된 경우 벤처기업으로 전환되기 이전에 출자된 당해 법인의 주식 또는 출자지분은「조세특례제한법」제14조제1항 제4호에 해당되지 않는 것(OOOOO OOOOOOOOO, OOOOOOOOO OO)이므로 청구인이 출자 당시 OOO은 벤처기업으로 확인받거나 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업이 아니어서 쟁점주식을「조세특례제한법」 제14조제1항 제4호의 양도소득세 과세특례 적용대상으로 보아야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.