쟁점토지 취득시기를 의제취득일(85.1.1.)로 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부

청구종중이 의제취득일 이전부터 취득하여 보유하던 쟁점토지를 특별조치법에 의하여 소유권 환원한 것으로 보이는 점 등을 종합할 때, 처분청이 그 취득시기를 의제취득일로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없음

1. 처분개요

가. OOO공파 후기종중(이하 “청구종중”이라 함)은2009.4.7. OOO동 소재 12필지 22,752㎡(523 대지172㎡, 752-6 전 7㎡, 752-11 전 842㎡, 752-12 전 1㎡, 753-1 전 136㎡, 753-7 대지 463㎡, 753-8 대지 317㎡, 753-9 전 972㎡, 760-1 전 1,993㎡, 산 203-1 임야 7,140㎡, 산 211-1 임야 8,628㎡, 산 213-1 임야 2,083㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은 동 753-8 건물(미등기) 106.91㎡를 대한주택공사에 양도(수용)하고,양도가액은 OOO천원, 취득가액은 OOO천원으로 하여 2009년 귀속 양도소득세 OOO천원을 신고ㆍ납부하였다.

나. OOO지방국세청장은 청구종중이 쟁점토지를「부동산소유권이전등기에 관한 특별조치법」(법률 제4502호, 1992.11.30., 이하 “특별조치법”이라 한다)에 따라 취득등기를 하였다 하여 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일(1994.7.1)이 아닌 의제취득일(1985.1.1.)로 보아 과세하라고 처분청에 과세자료를 통보하였고, 이에따라 처분청은의제취득일을 취득시기로 보아2013.3.8. 청구종중에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.

다. 청구종중은 이에 불복하여 2013.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구종중 주장 및 처분청 의견가. 청구종중 주장청구종중은 세법상 법인이므로 쟁점토지의 취득일은 소유권이전 등기일 내지 소유권이전등기접수일(잔금지급일이 불분명함)로 보아야 하고, 청구인이 신고한 내용을 인정하였다가 사후에 다시 과세한처분은 일사부재리의 원칙에 위배되므로 이 건 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견청구종중은 쟁점토지의 대금청산일이 불분명하므로 취득시기를등기접수일로 보아야 한다고 주장하나, 청구종중이 종중명의로 등기를 하면서 OOO시장에게 제출한 확인서발급신청서와 인근주민의 보증서 및 종중원들의 사실확인서 등에 의하면 의제취득일(1985.1.1.) 이전부터 이미 쟁점토지를 소유하였던 것이 확인되므로 쟁점토지의 취득시기를 의제취득일로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점(1)「부동산특별조치법」에 의하여 소유권이전(보존)된 부동산의 취득시기를 의제취득일(1985.1.1.)로 보아 과세한 처분의 당부

(2) 한 번 결정된 사안이므로 일사부재리원칙에 위배되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 및 처분청이 제출한 항변자료 및 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.

(가) 청구종중은 쟁점토지의 등기접수일을 취득일로 하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은「특별조치법」에 의하여 청구종중의명의로 소유권이 환원된 것으로 보아 의제취득일(1985.1.1.)을 취득일로 보아 아래 <표1>과 같이 과세하였다.OOOOOOOOOO OOOOO OO O OOOOOO(OO : OO)(나) 쟁점토지의 토지(임야)대장과 폐쇄등기부증명서 및 등기사항전부증명서 상 소유권이전 내역은 아래 <표2>·<표3>·<표4>와 같다.OOOOOOOOOO OO(OO)OOO OOO OOOO(OO : O)(다)「소득세법」제98조및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호는 자산의 양도차익 계산시 그 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하되, 대금청산일이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일로 한다고 규정하고 있고, 부칙(법률 제4803호, 1994.12.22.) 제8조는 토지 또는 건물로서 1984.12.31. 이전에 취득한 것은 1985.1.1. 취득한 것으로 본다고 규정하고 있으며,「부동산소유권이전등기 등에 관한 특별조치법」제1조등에는 이 법은 소유권보존등기가 되어 있지 아니하거나 등기부기재가 실제 권리관계와 일치하지 아니하는 부동산을 용이한 절차에 의하여 등기할 수 있게 함을 목적으로 하고 있고, 1985.12.31. 이전에 매매·증여·교환 등 법률행위로 인하여 사실상 양도된 부동산, 상속받은 부동산과 소유권보존등기가 되어 있지 아니한 부동산에 대하여 적용하며, 미등기부동산을 사실상 양도받은 자와 미등기부동산을 상속받은 자 또는 소유자미복구부동산의 사실상의 소유자는 확인서를 첨부하여 대장 소관청에 소유명의인의 변경등록 또는 복구등록을 신청할 수 있다고 규정되어 있다.

(2)살피건대,청구종중은 법인이므로「부동산특별조치법」에 의한 등기접수일을 쟁점토지의 취득일로 하여야 한다고 주장하나, 청구종중이 1994.2.1. OOO시장으로부터 교부받은 비법인등록번호는 부동산특별조치법에 의하여 부동산 등기를 위하여 부여받은 번호이고, OOO세무서장으로부터 부여받은 고유번호는 원천징수 등 납세의무의 이행을 위하여「부가가치세법」상 사업자등록번호에 준하는 부여받은 것이므로 청구종중을 법인으로 볼 수 없고, 「부동산특별조치법」은 소유권보존등기 또는 소유권이전등기가 되어 있지 아니한 부동산의 등기를 용이한 절차에 의하여 할 수 있도록 한 것으로서, 비록 청구종중이 쟁점토지의 등기원인을 매매 또는 소유권보존으로 기재하였으나, 청구종중이 1994.5.20.「부동산특별조치법」에 의하여 취득 등기를 하면서 OOO시장에게 제출한 확인서발급신청서 및 보증서 내용에 의하면, 쟁점토지는 당초 종중의 소유였는데 미등기 상태 또는 종중원 명의로 되어 있던 것을 청구종중으로 등기한 것이므로 실질적인 등기 원인은 실제 소유자인 청구종중의 명의로 소유권을 환원한 것이라고 봄이 타당하므로, 처분청이 쟁점토지의 취득일을 1984.12.31. 이전으로 보고 의제취득일(1985.1.1)을 적용하여 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다.청구종중은 처분청이 청구종중의 양도소득세 신고내용을 시인하는 결정을 하였다가 다시 과세하는 것은 일사부재리원칙에 위배되어 부당하다고 주장하나,「소득세법」제114조에는 납세지관할세무서장 또는 지방국세청장은 같은 법 제105조 또는 제110조에 따라 예정 또는 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 양도소득과세표준과 세액을 경정하고, 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류를 발견한 경우 즉시 다시 경정하도록 규정되어 있으므로, 처분청이 결정된 신고내용을 다시 경정하였다는 사정만으로는 이 건 처분을 일사부재리의 원칙에 위반되는 것으로 보기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.